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Canu | 三代测序数据组装软件②
Canu软件简介 Canu软件是Celera Assembler基因组组装软件的一个分支，能利用测序错误率较高的三代测序数据（PacBio或Nanopore）进行基因组De novo组装。 Canu官网 https://github.com/marbl/canu Canu软件安装 #1、利用conda安装canu conda install -y canu #2、编译安装canu wget \ https://github.com/marbl/canu/archive/refs/heads/master.zip # 解压文件 unzip master.zip # 安装软件 cd canu-master Canu使用案例 canu \ -d pacbio_canu_out \ -p pacbio_canu \ genomeSize=5.4m \ maxThreads=12 \ -pacbio-raw pacbio.fastq.gz Canu主要结果输出文件 # 最终拼接结果文件，用于下游分析 pacbio_canu.contigs.fasta
2.1K20编辑于 2022-08-18 - 来自专栏有困难要上，没有困难创造困难也要上！
三代测序组装工具Canu学习笔记
Canu简介 Canu是Celera的继任者，能用于组装PacBio和Nanopore两家公司得到的测序结果。 Canu分为三个步骤：纠错，修整和组装。 wget -c http://nanopore.s3.climb.ac.uk/MAP006-PCR-1_2D_pass.fasta -O oxford.fasta 环境准备 为了测试方便，这里没有从 Canu 注册 quay.io 账号 为了从 quay.io 获取 Canu 镜像，需要先注册一个账号，注册比较简单，就是填个表格就行了。 下载 Docker 镜像 sudo docker login quay.io sudo docker pull quay.io/biocontainers/canu:1.7.1--pl526h470a237 _0 运行容器 在上面下载的数据文件同级目录下运行下面命令来启动一个容器 sudo docker run -it --rm -v `pwd`:/canu quay.io/biocontainers/canu
2.7K50发布于 2019-03-20 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
使用Circlator环化Ecoli基因组组装结果
_25x.filtered.fastq pacbio.fastq 组装 time canu -p canu -d canu_outdir genomeSize=4.8m -pacbio-raw pacbio.fastq 输出结果 canu.contigs.fasta 组装结果 canu.unassembled.fasta 没有被用于组装的reads canu.correctedReads.fasta.gz 用于组装的经过矫正的 image.png 使用circlator环化基因组 circlator all --verbose canu_outdir/canu.contigs.fasta canu_outdir/canu.correctedReads.fasta.gz circlator_outdir --verbose将软件运行的过程信息输出到屏幕上 canu_outdir/canu.contigs.fasta canu组装结果的路径 canu_outdir/canu.correctedReads.fasta.gz quica start 3 使用Canu对三代测序进行基因组组装 4 生信小白组装学习系列：初识Canu与其组装实战训练(3)
2.7K20发布于 2020-03-03 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 | 三代长读长基因组组装 -- Canu
2017年3月15日，Canu发表于《Genome Biology》期刊上，题目为Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive 在此，提出 Canu来应对这些问题。Canu是 Celera Assembler的继任者，专门为高噪声（high-noise）的单分子测序数据设计。 一、软件介绍 Canu能利用测序错误率较高的三代测序数据（早期PacBio CLR或ONT）进行基因组de novo组装。从Canu (v1.9)开始，也支持PacBio HiFi数据的组装。 Canu可以恢复未完成的组装任务，支持在系统中断或其他异常终止后继续运行。每次重新启动 Canu时，它会检查组装目录中的文件，以决定接下来的操作。 例如，如果除了两个重叠计算任务之外其他都已完成，Canu只会计算这两个尚未完成的任务。为了获得最佳效果，请不要在重启之间更改Canu的参数设置。
70621编辑于 2025-05-29 - 来自专栏生信喵实验柴
pacbio及nanopore基因组拼接
总结 1、软件使用简单； 2、自带纠错功能； 3、可以拼接宏基因组和质粒； 2.3 canu 拼接基因组 canu 是一款流行的三代测序数据拼接软件，适用于 canu 软件其实具有悠久的历史，虽然只发表于 2017 年，但其源于著名的 Celera Assembler。 但是，canu软件的缺点是非常消耗资源，拼接比较耗时，默认会开启所有 CPU。 文档：https://canu.readthedocs.io/en/latest/ canu 拼接主要分为三大步骤：纠错，修建 read，拼接。 -d canu -p canu genomeSize=5.4m maxThreads=12 -nanopore-raw /share/home/xiehs/05.assembly/40.nanopore
1.8K30编辑于 2022-05-23 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
文献笔记二十九：银合欢（Leucaena trichandra）线粒体基因组
length (500 bp) recovering the qualifying reads to a new fastq file using seqtk assembling reads with Canu grep -F -x -v -f 这行命令是干什么的还不知道 根据id提取序列（fastq） seqtk subseq nanopore.fasta ids.txt > aligned.fastq canu 组装 canu -p hehuan -d hehuan-oxford genomeSize=2000k -nanopore-raw aligned.fastq 最后再用canu软件组装的结果作为参考序列重复这个过程
1.1K20发布于 2020-08-17 - 来自专栏生信喵实验柴
教你学会编译软件
git clone https://github.com/hyattpd/Prodigal.git cd Prodigal sudo make install prodigal 检查是否安装完成 4 canu git clone https://github.com/marbl/canu.git cd canu/src sudo make export PATH=$PATH:/用户路径/biosoft/canu 设置路径进环境变量 source ~/.bashrc 刷新环境变量 canu 检查是否安装完成 5 flye git clone https://github.com/fenderglass/Flye
1.5K30编辑于 2021-12-15 - 来自专栏天意生信俱乐部
CycloneSEQ-WT02测评系列（三）：从原始数据到高质量细菌基因组组装
Canu组装：利用长读长优势进行基因组组装，生成初始contigs。 Racon纠错：进一步降低碱基错误率，提升组装精度。 组装结果与质量评估 经过Canu组装和Racon纠错，三种菌株的基因组的结果： 在完成基因组组装和注释后，我们需要先评估基因组组装注释的质量，再做进一步的分析。
48210编辑于 2025-05-22 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 | 三代长读长基因组组装 -- Flye
如果你使用其他方法（如 Canu）对 ONT 读长进行了纠错，请使用 --nano-corr。 如果你拥有通过其他工具（如 Canu）纠错后的 PacBio 序列，请使用 --pacbio-corr。 --out-dir 输出目录 [其他可选参数] --pacbio-raw <文件>：PacBio 原始 CLR 数据（<20% 错误率） --pacbio-corr <文件>：使用其他工具（如 Canu
64821编辑于 2025-05-27 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
文献笔记三十三：结合二代三代测序数据组装叶绿体基因组
assembler designed for solving the long repeats problem in long-read assemblies of circular genomes Canu
2.3K10发布于 2020-03-03 - 来自专栏igenome
20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装
bioconda igv #-------------------------------------------------------------------------------- #(24) canu 已安装 apt install -y canu #---------------------------------------------------------------------------
1.7K32编辑于 2022-05-19 - 来自专栏Linux基础入门
wtdbg2 | 三代测序数据组装软件①
wtdbg2相比于Canu等软件，其运行速度可能快了10倍左右。软件在基因组组装前没有对long reads进行校正，在组装后能利用三代和二代测序数据对基因组序列进行校正。
1.8K30编辑于 2022-08-18 - 来自专栏生信喵实验柴
ubantu系统设置
install -y minimap2 apt install -y bowtie2 apt install -y phylip apt install -y clustalx apt install -y canu
92520编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信宝典
中科院遗传所课题组开发高质量基因组组装软件
HERA跟已有基因组组装软件CANU等非常互补，预期二者的整合将会产生新的软件，大大提高基因组组装的效率。
87040发布于 2019-12-25 - 来自专栏生信喵实验柴
安装生物软件和配置数据库
安装基因组拼接相关工具 mamba install -y velvet mamba install -y flye mamba install -y miniasm mamba install -y canu
1.4K20编辑于 2022-10-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
基因组组装：NextDenovo2 使用大全
它采取了一种“先校正错误再进行组装”的方法，这与canu工具类似，但对于PacBio HiFi读取数据则无需进行校正。相较于其他工具，NextDenovo在计算资源和存储空间的需求上要小得多。
1.1K10编辑于 2024-04-28 - 来自专栏生信喵实验柴
组装结果纠错
第三步测序方案：至少要测（2x30倍=60G或者200倍=400G）；3代测序+2代纠错，nanopore+illumina； 第四步质控过滤； 第五步flye，canu
2.6K20编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信喵实验柴
基因组拼接原理
对 Clean Data 进行纠错后，基于纠错后的数据用 Canu、SMARTdenovo、WTDBG2、Miniasm、MECAT、SPAdes、Unicycler、MaSuRCA 等软件分别进行组装
2.4K20编辑于 2022-04-07 - 来自专栏生信喵实验柴
熟练使用Bioconda
安装基因组拼接相关工具 mamba install -y velvet mamba install -y flye mamba install -y miniasm mamba install -y canu
4.2K72编辑于 2021-12-16 - 来自专栏Sentieon：文献解读
Sentieon 项目文章 | 长读长基因组测序在神经发育障碍分子诊断中的应用
组装使用 canu(v1.8)，Falcon unzip(falcon-kit 1.8.1)，HiCanu(hicanu_rc +325 changes)，和hifiasm(v0.5-dirty-r247
29810编辑于 2025-06-12
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