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使用CIRI识别环状RNA
CIRI是一款环状RNA检测软件，通过该软件的预测结果，学者第一次用实验验证出了intronic circRNA和intergenic circRNA。 运行CIRI CIRI2.pl \ -T 20 \ -F hg19.fa \ -A hg19.gtf \ -I align.sam \ -O circRNA.xls 输出结果如下所示 ?
2.2K40发布于 2019-12-19 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录之circRNA（ONT ）-- CIRI-long
从源代码安装 $ git clone https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long.git CIRI-long $ cd CIRI-long # Create $ pip install CIRI-long 三、CIRI-long的使用方法 软件主页：https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long 1. 基本用法 CIRI-long两个命令: CIRI-long call 和 CIRI-long collapse，因此整个流程分为两步。 /test_call/test.cand_circ.fa 运行CIRI-long collapse合并一个或多个样本结果。 $ CIRI-long collapse -i . CIRI-long 使用文档： https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest
72720编辑于 2024-04-07 - 来自专栏生信技能树
一个简单转录组测序数据发两篇sci（你也可以！）
第二篇文章居然是挖掘普通转录组里面的circRNAs 使用了CIRI2 and Find_circ 两个软件去寻找 circRNAs ，如下所示的结果： host genes of differentially 关于CIRI2 and Find_circ 两个软件去寻找 circRNAs，这一点由我们的生信菜鸟团专栏周四作者（大吉/大力土豆）帮我补充。 生信菜鸟团专栏周四作者目录 circRNA部分 肿瘤学习笔记3-hepatocellular carcinoma CircSplice：一个简单好用的可变剪切事件预测软件 circRNA学习专题-CIRI2
2.7K30发布于 2021-07-06 - 来自专栏生信修炼手册
文献解读|环状RNA预测软件评估
目前利用RNA_seq数据预测环状RNA的软件非常多，为了方便研究人员更好的选择合适的工具，有学者专门评估了以下11款软件的性能 CIRCexplorer(CE) circRNA_finder(CF) CIRI journal.pcbi.1005420 为了更加全面的评测各个软件的性能，构建了以下四个数据集 positvie dataset，该数据集基于circBase数据库中已知的14689个环状RNA，采用CIRI-simulator 最后得出了一个结论，没有哪一个软件能够适用于所有情况，综合各个指标来看，CIRI, CIRCexplorer, KNIFE这三款软件的性能更佳，可以作为第一选择。
73720发布于 2019-12-19 - 来自专栏小樱的经验随笔
Codeforces 791B Bear and Friendship Condition(DFS，有向图)
For example: if Alan and Bob are friends, and Bob and Ciri are friends, then Alan and Ciri should be
89890发布于 2018-04-08 - 来自专栏新智元
剧透预警！外国小哥用AI绘出美剧《巫师》网络图，还顺手发了篇论文
一个Geralt以为中心，另一个以Ciri为中心。 是不是看过后，只能用豁然开朗来形容。 不难看出，这个网络包含两个主要的社区: 一个以Ciri为中心，另一个以Geralt为中心。 一方面，你可以从这个图表中读到，Geralt周围都是他的旅伴Dandelion (Jaskier) ，Regis，Milva和Cahir，他们一直在执行营救任务寻找Ciri。 完整https://nightingaledvs.com/wp-content/uploads/2021/12/fig3_full-1.png另一方面，除了Geralt，Ciri还与Yennefer和Triss
72020编辑于 2022-03-04 - 来自专栏用户7627119的专栏
【收藏】23个circRNA数据库网址
circatlas.biols.ac.cn/ 种属：circAtlas包括从六种脊椎动物（人类，猕猴，小鼠，大鼠，猪和鸡）收集的19种正常组织 功能：每种物种中的circRNA使用四种可靠的检测算法进行了识别，包括CIRI2 使用CIRI-full / CIRI-vis pipline重建鉴定出的circRNA的全长序列。在全长circRNA中搜索内部核糖体进入位点（IRESs）和ORF，预测其编码潜力。 该数据库从ENCODE和GEO两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据然后利用find_circ，CIRI，circRNA_finder来识别其中的环状RNA 19.
6.3K31发布于 2020-08-05 - 来自专栏生信修炼手册
circRNA:环状RNA简介
拿到测序数据之后，首先要做的就是去预测其中的环状RNA分子，目前主流的软件有以下几种 find_circ CIRI CIRCexplorer MapSplice circRNA_finder 环状RNA
1.4K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信技能树
CircRNA-seq上游分析工具测评：CIRIquant VS. CIRCexplorer3
而相比之下，CIRIquant非常贴心，不仅提供一键式下载，还有示例数据及官方的文档，见https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en/latest/index.html Nat Commun 11, 90 (2020) doi:10.1038/s41467-019-13840-9， 官网教程：https://ciri-cookbook.readthedocs.io/en /test_out_dir tree -h 查看最终的输出结果： cat SRR6417989.gtf | head 想要看懂这些结果，需要浏览官网：https://ciri-cookbook.readthedocs.io -g gene_count_matrix_2.csv -t transcript_count_matrix_2.csv （3）差异分析： 注：需要安装R和edgeR，optparse包 ##示例 CIRI_DE_replicate csv --gene gene_count_matrix_1.csv --out circRNA_de_D3_VS_D6.csv ##SRP107902 CIRI_DE_replicate
4K72编辑于 2021-12-17 - 来自专栏生信修炼手册
TSCD:人和小鼠组织特异性环状RNA数据库
该数据库网址如下 http://gb.whu.edu.cn/TSCD/ 从ENCODE和GEO这两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据，然后利用以下3款软件识别其中的环状RNA find_circ CIRI
3.4K30发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
CSCD:肿瘤特异性的环状RNA数据库
该数据库的网址如下 http://gb.whu.edu.cn/CSCD/ 目前共收录了272152个肿瘤特异性的环状RNA,在利用RNA_seq数据分析环状RNA的过程中,使用了以下4款软件来识别环状RNA CIRI
73610发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信技能树
circRNA表达量差异分析网页工具和代码哪个更可靠
但是GSE159808数据集页面提供的GSE159808_ciri2.annot.txt下载文件，很明显是count矩阵，而这个circMine的网页其实并不能很好的操作count矩阵形式的表达量矩阵，
62520编辑于 2023-02-27 - 来自专栏前端Q
TypeScript 相关问题（含解答）
枚举和常量枚举（const枚举）的区别 枚举会被编译时会编译成一个对象，可以被当作对象使用 const枚举会在ts编译期间被删除，避免额外的性能开销 // 普通枚举 enum Witcher { Ciri return arg.Geralt } getGeraltMessage(Witcher) // Geralt of Rivia 复制代码 // const枚举 const enum Witcher { Ciri = 'Queen', Geralt = 'Geralt of Rivia' } const witchers: Witcher[] = [Witcher.Ciri, Witcher.Geralt]
1.4K20发布于 2021-08-24 - 来自专栏单细胞天地
单细胞circRNA不温不火
and regulatory functions among HEK293T single cells，就对研究者自己的数据集 GSE78968 had 38 single cells, 使用了 CIRI2
80420发布于 2020-03-27 - 来自专栏全栈前端精选
钉钉前端面试题~TypeScript相关问题及解答
枚举和常量枚举（const枚举）的区别 枚举会被编译时会编译成一个对象，可以被当作对象使用 const枚举会在ts编译期间被删除，避免额外的性能开销 // 普通枚举 enum Witcher { Ciri return arg.Geralt } getGeraltMessage(Witcher) // Geralt of Rivia 复制代码 // const枚举 const enum Witcher { Ciri = 'Queen', Geralt = 'Geralt of Rivia' } const witchers: Witcher[] = [Witcher.Ciri, Witcher.Geralt]
1.2K20发布于 2021-11-16 - 来自专栏BPM与RPA观察
从2022 Gartner魔力象限看全球市场，15家厂商入选国产RPA表现不俗
报告认为，弘玑Cyclone在AI领域的投入和产出均表现优异，尤其是数字助手(CIRI)和AI技能平台让人惊艳，不仅为物联网(IoT)和边缘计算提供了强大平台支撑，同时还能支持标准业务模型和BPMN的编排 数字助手(CIRI)将AI和RPA集成一体，用户可以基于移动端或桌面端随时参与自动化流程。
1.2K10编辑于 2022-08-19 - 来自专栏数据猿
弘玑创始人高煜光：原生AI加持的超自动化平台，是企业释放数字生产力的关键“钥匙” | 数据猿专访
5.0版本，发布机器⼈设计器，⽆⼈值守和有⼈值守机器⼈和任务发现等产品，对信创RPA重要功能进⾏了更新；AI产品线，发布了智能⽂档处理IDP产品尚书台，OCR、NLP等 AI组件，CV机器⼈，智能助⼿CIRI 例如，弘玑将对话机器人与RPA融合起来打造的⼈机交互助⼿CIRI，让用户能够直接通过自然语言的方式来跟RPA产品进行“沟通”，通过语音发送流程指令触发相应的业务自动化流程，并可跟踪流程执行情况。
69540编辑于 2022-12-18 - 来自专栏简说基因
RNA测序数据科学：从原始数据到有效解读——来自跨学科团队的技术指南
常用分析工具包括： • CIRI：基于split-alignment的circRNA鉴定工具 • Find_circ：基于junction reads的circRNA检测工具 • CircAtlas：大规模
1.6K10编辑于 2025-03-21 - 来自专栏博文视点Broadview
5000+收藏的Spring Boot面试核心总结，关键时刻可以救你一命！
#Solr数据库地址 spring.data.solr.host: http://127.0.0.1:8080/solr/ciri_core （3）使用服务组件。
1K20发布于 2020-06-10 - 来自专栏生信技能树
刷了一下历年的中国生物信息学十大进展
该成果发表于Nature Communications 工具链接： https://sourceforge.net/projects/ciri 原文信息： Jinyang Zhang, Shuai Chen via%3Dihub 长按阅读原文 图：CGGA数据库开发结构示意图及功能实现 • 基于纳米孔测序的环形RNA识别和全长重建方法—CIRI-long 环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的环状转录本 中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队通过结合滚环反转录扩增和三代纳米孔测序技术，开发了高效测定环形RNA全长转录本的实验与计算方法CIRI-long，解决了目前研究方法中难以区分环形RNA与线性mRNA 工具链接： https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long 原文信息： Zhang J, Hou L, Zuo Z, Ji P, Zhang X, Xue Y, et Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long.
2.1K40编辑于 2023-09-04
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