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【单细胞文献解读】溃疡性结肠炎CD8+T细胞的单细胞图谱
数据介绍 对3名健康人与3名UC患者的结肠CD8+T细胞进行单细胞转录组测序，共获得8,581 个细胞。 测序平台：10x Genomics。 结果解析 01 人结肠CD8+T细胞状态的拓扑结构 本研究使用基于液滴的单细胞RNA测序(scRNA-seq)对三名健康志愿者和三名UC患者的结肠单个CD8+T细胞进行了分离(图1A)，收集了8581个细胞的基因表达数据 小结：描绘了结肠CD8+T细胞的异质性，包括具有固有性和适应性特征的IL26+细胞和DP调节性CD8+T细胞。 02 溃疡性结肠炎结肠CD8+T细胞的动态重构 作者观察到溃疡性结肠炎患者CD8+T细胞亚群变化较大，例如，组织驻留的记忆T细胞（TRM）平均占健康恢复细胞总数的45%，但仅占CD8+细胞总数的约10% 揭示了CD8+T细胞组成中广泛的异质性，包括扩增的效应子和效应子后分化的CD8+T细胞。
1.3K20编辑于 2022-03-29 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience 人初始CD8+T细胞阴性分选试剂盒，快速分离CD8+T 细胞，直接用于下游实验
内容概要Elabscience 人初始CD8+T细胞阴性分选试剂盒是一款专为生命科学与医学研究打造的高效细胞分离工具。 产品介绍人初始CD8+T细胞阴性分选试剂盒是 Elabscience 品牌推出的核心产品，专注于人初始 CD8+T 细胞的精准分离。 每 1 Assay 可处理 1×10⁷个原始材料细胞，分选后细胞纯度高达 95.4% 以上，远优于分选前 8.4% 的基础比例。 检测原理人初始CD8+T细胞阴性分选试剂盒采用阴性分选技术，通过特异性结合非目标细胞的抗体与磁珠复合物，在磁场作用下将 CD8+T 细胞以外的杂细胞（如 CD56+、CD57+、CD45RO + 细胞等 目标细胞（人初始 CD8+T 细胞）因不与磁珠结合而留在上清液中，最终实现快速、高效的分离。
22710编辑于 2025-11-14 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序鉴定银屑病的致病细胞亚群
将银屑病Tc17细胞亚群与黑色素瘤浸润的 CD8+T 细胞进行比较，发现这些细胞中细胞因子、溶细胞和代谢转录活性的上调，这与衰竭程序不同。 结果 细胞聚类 质控后的细胞： 银屑病：2919个CD8+T细胞， 正常皮肤：1656个CD8+T细胞。 分11个亚群。 银屑病皮肤中的炎性CD8+T 细胞亚群 接着研究银屑病皮肤中的CD8+T 细胞。看了已知的T细胞marker在各群的表达。如下图A。健康皮肤多的亚群，如cluster1，2，3，5，炎性子表达的少。 图D，银屑病cluster6和10，细胞毒性T细胞通路变道上调，而exhausted 肿瘤浸润的淋巴细胞里没有。 直觉上，cluster 0、4、6 和 10 之间共享的 TCR 序列和克隆型将与由cluster 4 代表的激活的皮肤归巢 CD8+T 细胞分化为任一细胞毒性效应物（由簇0代表）的模型一致。)
1.6K10发布于 2021-09-15 - 来自专栏作图丫
干湿结合让你的biomarker筛选更上一层！
导语 GUIDE ╲ 鉴定CD8+T细胞相关因子和黑色素瘤的共表达网络，阐明黑色素瘤CD8+T细胞相关基因在微环境中之间的相互作用。 在皮肤黑色素瘤、甲状腺癌、头颈部细胞癌、肝细胞癌和肺鳞腺癌中，CCL5、GBP5、GZMA、GZMH、IRF1、LAG3、NKG7、PRF1、PSMB10与CD8+T淋巴细胞浸润比例相关(图6D)。 用SingleR对这些子集进行注释，比较结果发现PSMB10、GZMA、GZMH、PRF1、CCL5在CD8+T细胞亚群中的表达含量相对较高，证实了之前在TCGA-SKCM中的发现（图7）。 同时，作者补充了15项黑色素瘤和旁组织的定量免疫组化分析，结果显示旁样本中PSMB10的IOD/Area较高(图10E)。然后将PSMB10基因表达与CD8+T淋巴细胞结合，绘制多组的生存曲线。 CD8+T淋巴细胞水平高和PSMB10水平高的患者预后最好，而CD8+T淋巴细胞水平低和PSMB10水平低的患者预后最差(图10F)。
65330编辑于 2022-03-29 - 来自专栏作图丫
【单细胞文献解读】早期复发性肝癌的肿瘤微环境
单细胞测序平台：10x Genomics 结果解析 01 原发性HCC和早期复发性HCC的单细胞图谱 共获得了16,498个细胞，聚类成如下细胞亚群：内皮细胞、肝星状细胞、HCC恶性细胞、髓系细胞 03 HCC的CD8+T细胞发育轨迹 利用Monocle绘制HCC原发灶和复发灶的CD8+T细胞进化轨迹。 比较HCC原发灶vs癌旁的clonal CD8+T细胞比例，发现HCC原发灶中有更多的clonal CD8+T。 比较HCC复发灶vs癌旁的clonal CD8+T细胞比例，发现两者之间无差别（图B）。 比较HCC原发灶vs癌旁的top 10 CD8+T细胞克隆比例，发现HCC原发灶中有更多的扩增克隆比例。 比较HCC复发灶vs癌旁的top 10 CD8+T细胞克隆比例，发现两者之间无差别（图C）。 总的来说，HCC复发灶的CD8+T细胞没有明显的克隆扩增。
1.7K10编辑于 2022-03-29 - 来自专栏单细胞天地
揭示胶质母细胞瘤中T细胞功能障碍的免疫调节机制：髓系细胞与IL-10的关键作用
通过整合scRNA和ST数据，揭示了一种特殊的髓样细胞亚型，这种细胞能够释放白介素-10，表达HMOX1，它在肿瘤微环境中发挥了免疫抑制的作用。 此外，显示了IL-10和TGFb反应（红色和蓝色线）。 (e) CD4+T细胞的拟时序分析。 (f) CD4+T细胞的类似表示（d），显示了各种T细胞状态的丰度（上图）以及RNA-速度和IL-10/TGFb反应。 图3 T细胞中IL-10反应的扰动模拟 (a) 火山图显示了IL-2和IL-10刺激的T细胞的差异基因表达。通过HOMER分析显著表达的基因（IL-10相关基因）进行de novo基序富集。 (b) CD8+T细胞中PRDM1基因的表达量。 (c) PRDM1扰动假设的插图。 (d) CD8+T细胞的RNA速率（RNA-速度）（左）和扰动轨迹（右）的矢量图。
82110编辑于 2024-02-23 - 来自专栏科研猫
7分+纯生信思路，看到后我又跃跃欲试了
颜色强度与CD8+T细胞的丰度呈正相关。 WNT信号通路和TGF-β信号通路有关 图A：CD8+T细胞相关基因的功能富集分析结果； 图B：高CD8+T细胞浸润组和低CD8+T细胞浸润组之间的基因集变异分析（GSVA）。 图C-D：高CD8+T细胞浸润组和低CD8+T细胞浸润组之间免疫相关特征的差异。 其中高CD8+T细胞浸润组的关键免疫检查点基因的表达水平升高； 图E：高CD8+T细胞浸润组和低CD8+T细胞浸润组中免疫抑制细胞的丰度。 (C) TMEM173 (STING)、IL10、IL10RA、TGFB3 和 TGFBI 在分子簇之间的表达差异。(D)肿瘤微环境中分子簇与免疫细胞和非免疫细胞的关系。
95820编辑于 2022-04-09 IL-10信号在肿瘤免疫治疗中的双重角色及精准研究策略
然而，近年研究表明，在特定时空背景下，IL-10也能直接作用于CD8+T细胞，增强其细胞毒性功能、维持记忆表型，并促进抗肿瘤免疫应答。 研究发现，肿瘤浸润免疫细胞（如CD8+T细胞、巨噬细胞）的IL-10R表达呈现“滞后性非线性”特征。 3.临床相关性验证：通过对涵盖27种人类肿瘤类型的组织芯片进行分析，研究证实肿瘤浸润的CD8+T细胞和巨噬细胞普遍存在IL-10R高表达状态，提示该机制可能具有广泛的临床意义。 2.IL-10RA表达水平与细胞分型分析：•利用优化的细胞表面染色与流式细胞术方案，试剂盒可精确检测并量化特定免疫细胞亚群（如CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞）上IL-10RA的表达水平，识别IL- 例如，在验证IL-10R高表达的基础上，进一步评估IL-10对CD8+T细胞增殖（通过CFSE或Ki67检测）、细胞因子（如IFN-γ）分泌或细胞毒功能的影响。
23810编辑于 2026-01-19- 来自专栏纳米药物前沿
Nat Nanotechnol：选择性抑制肿瘤相关巨噬细胞溶酶体内的半胱氨酸蛋白酶以提高其交叉呈递抗原的能力
通过抗原交叉呈递激活CD8+T细胞在消除肿瘤方面非常有效。尽管该功能传统上归因于树突状细胞，但肿瘤相关巨噬细胞（TAM）也可以交叉呈递抗原。同时，TAM也是最丰富的肿瘤浸润白细胞。 TAM主要为抗炎的M2表型，其过表达促进血管生成的生长因子（例如，血管内皮生长因子A），促进转移的蛋白酶（例如，基质金属蛋白酶）和抑制性分子（例如，ARG1, IL-10和PDL1）来抑制适应性免疫反应 然而，由于TAM调节其交叉呈递抗原能力的机制尚不完全清楚，导致TAM尚未被用于激活CD8+T细胞。 E64-DNA能够特异性抑制TAM溶酶体内的半胱氨酸蛋白酶群体，通过提高其交叉呈递抗原的能力激活CD8+T细胞来抑制肿瘤生长。 通过抑制半胱氨酸蛋白酶的活性，E64-DNA改善了TAM中的抗原交叉提呈，从而激活CD8+T细胞以对抗肿瘤的发生。
58220编辑于 2022-08-15 - 来自专栏凋亡检测试剂盒推文
Elabscience 小鼠CD8 T细胞阴性分选试剂盒，助力成果突破
内容概要Elabscience 推出的 EasySort™小鼠 CD8+T 细胞阴性分选试剂盒（货号：MIM003N），凭借阴性分选技术实现小鼠脾脏和淋巴结中 CD8+T 细胞的快速高效分离，分选后细胞纯度高达 本试剂盒适用于分离小鼠脾脏和淋巴结的 CD8+T 细胞，分离出的细胞可直接进行下游应用。 检测原理本试剂盒采用阴性分选技术实现 CD8+T 细胞的高效分离。 ）将这些非目标细胞吸附去除，从而留下未被标记的纯净 CD8+T 细胞。 抗病毒免疫研究：针对病毒感染模型，分离 CD8+T 细胞以分析其在病毒清除、免疫记忆形成中的作用。细胞治疗研发：为 CD8+T 细胞过继性免疫治疗研究提供高纯度起始细胞，助力细胞改造与治疗效能评估。
34510编辑于 2025-09-22 - 来自专栏纳米药物前沿
Nature：IL-18bp是IL-18免疫治疗的分泌性免疫检查点和屏障
与野生型IL-18不同，DR-18通过促进多功能效应CD8+T细胞的发展，降低表达耗竭TOX转录调节因子的耗竭CD8+T细胞的患病率，以及扩大干细胞样TCF1+前体CD8+T细胞的量，在小鼠肿瘤模型中发挥了强大的抗肿瘤作用 DR-18扩增干细胞样的TCF1+前体CD8+T细胞，并使其向多功能Teff细胞分化，远离TOX+Tex细胞。 这一机制似乎与阻断PD-1的作用不同，PD-1增强了Tex细胞的功能，但不影响干细胞样CD8+T细胞的数量。 例如，低剂量的IL-2可用于治疗性地扩大免疫抑制的Treg细胞，但高剂量可刺激CD8+T细胞用于肿瘤免疫治疗。 IL-18调节失调与许多自身炎症性疾病有关，这些疾病的特征是全身游离IL-18相对于IL-18BP10浓度升高。类似地，最近有一例IL18BP双等位基因丢失与暴发性病毒性肝炎有关。
1.4K30发布于 2021-02-04 - 来自专栏DrugOne
Brief. Bioinform. | 基于肿瘤免疫微环境数学建模和强化学习的免疫检查点抑制剂（ICI）联合化疗决策优化
图2展示了模型描述的癌细胞、免疫细胞和药物之间的交互机制： 化疗耐药性癌细胞和敏感性癌细胞之间的竞争； CD8+T 细胞在抗原呈现时增殖，抗原来自癌细胞表面、由CD8+T细胞和化疗药物引起的癌细胞产生抗原性细胞凋亡 ； 癌细胞、调节性T细胞（Tregs）对CD8+T细胞的抑制； 免疫检查点蛋白（PD-L1）减弱CD8+T 细胞杀伤癌细胞，而免疫检查点抑制剂恢复CD8+T 细胞对癌细胞的杀伤能力； 化疗对免疫系统的协同作用和破坏作用 ：杀伤癌细胞，减少癌细胞对CD8+T细胞的抑制并释放抗原；同时也杀伤CD8+T细胞。 总结来说，作者发现“热”肿瘤中CD8+T细胞增长很快；“冷”肿瘤中的CD8+T细胞刚开始增长快，但后续和癌细胞持平；而“极端冷”肿瘤中CD8+T细胞增长比癌细胞慢。 总之，CD8+T细胞的浸润率和癌细胞对化疗药物耐药性是决定ICC使用的重要因素。作者建议临床医生在决定ICC疗程时获得CD8+T 细胞基因特征和癌细胞对化疗耐药性检验。
46310编辑于 2024-11-23 - 来自专栏生信菜鸟团
竟然还能发：scRNA+bulk RNAseq筛选CD8+T细胞相关特征预测胃癌预后
方法：①从TISCH2数据库中检索到的scRNA-seq图谱来筛选出CD8+T细胞特征基因；②利用Cox和LASSO回归构建基于这些CD8+T细胞特征基因的TCGA队列预后模型；③进行生存分析以研究特征对 在GSE134520注释到9个细胞亚群。将两个数据集的CD8T细胞取交集后得到703个候选CD8+T细胞特征基因进行后续分析。 KEGG富集分析发现，CD8+T细胞特征基因主要富集于神经退行性变（hsa05022）和帕金森病（hsa05012）等通路。 3.2 筛选CD8+T细胞相关风险特征基因 从上述703个交叉基因中通过单因素Cox回归分析鉴定出35个与GC患者临床结局明显相关的CD8+T细胞标志基因。 CD8+T细胞特征在预测GC临床结局方面具有显著性能。 3.3 风险特征与临床特征之间的关系 高危评分与晚期肿瘤分期呈显著正相关。
61010编辑于 2024-03-06 顶刊分享----空间免疫评分系统预测肝癌复发
= 3.0 × 10-3）和CD3-CD57+ mature NK（P = 8.0 × 10-4）。 人外周血的流式细胞术分析进一步证明，SPON2+NK细胞比SPON2-NK细胞表达显著更高水平的IFNγ（P = 1.0 × 10-4）和穿孔素（P = 2.0 × 10-4）。 SPON2+NK和CD8+T细胞相互作用为了研究SPON2+NK细胞是否在抗肿瘤免疫应答中与CD8+T细胞相互作用，使用mIHC和单细胞RNA-seq数据进行了进一步分析。 空间相关性表明SPON2+NK细胞和CD8+T细胞之间可能存在相互作用，这可能有助于抗肿瘤免疫。 为了确定CD8+T细胞和SPON2+NK细胞之间的直接接触是否是CD8+T细胞抗肿瘤活性所必需的，使用HepG 2细胞、SPON2敲除的NK细胞和未敲除的NK细胞进行共培养实验。
30920编辑于 2025-03-17- 来自专栏yw的数据分析
10X单细胞测序细胞分类
介绍 文章对已知的多种细胞系混合后进行单细胞10X RNA测序，研究多克隆之间的互作模式。我们这里介绍里面的单细胞测序基因表达细胞分类操作。 & n_cls < 100+param_range) { clust_res <- 4 } else { stop('Not implemented') } 根据之前QC时的标记，选择过质控的细胞 = 'pca', dims = 1:n_pcs, k.param = 10 FindClusters(seuObj, resolution = clust_res, verbose = FALSE) 原文出处 http://www.thecodesearch.com/2021/02/04/10x 单细胞测序细胞分类/
71710发布于 2021-02-22 - 来自专栏科研猫
文献解读 | 8分+，单细胞基因组学+肿瘤微环境+预后
方法：为了揭示nccRCC中肿瘤微环境（TME）的异质性，对乳头状肾细胞癌（pRCC）、嫌色细胞癌（chrRCC）、集合管癌（CDRCC）和肉瘤性肾细胞癌（sarRCC）患者的肿瘤和正常组织进行了10× 细胞类型相对丰度的计算表明，在 274 名 nccRCC 患者队列中，耗竭的CD8+T细胞、TAMs和sarRCC衍生细胞的比例较大，与nccRCC的预后不佳相关。 3.材料方法 公开数据集获取 肿瘤和正常组织进行了10×单细胞基因组测序。 图 2：nccRCC 发生异常的生物学过程 3.耗竭的CD8+T在nccRCC的TME中富集 图A：CD8+T细胞被分为三个亚组； 图B：气泡图中显示三个亚组细胞最重要的10个标志物； 图C：检测到的免疫检查点涉及 ； 这些数据指出了衰竭的CD8+T细胞、TAMs和肉瘤性RCC在nccRCC进展中的关键意义。
90130编辑于 2022-04-09 - 来自专栏生信技能树
轻松一挖就节约10万经费
，哪怕是按照一两年前的均价2.5万的单个10x费用，也算是省下来了10万经费！ 省下来了10万经费 这个公共数据集GSE182434的单细胞表达量矩阵和其细胞类型注释都是公开的，所以很容易挑选子集。 都是DLBCL008这个样本的功能失调的CD8+T细胞 占的比例最高 原文 image.png 复现 image.png ⑤、PD-1、A2aR 的表达情况 也是和原文趋势一致。 结论就是： DLBCL002在功能失调型的CD8+T细胞不表达PD-1和A2aR， DLBCL007和DLBCL111仅表达PD-1， DLBCL008同时表达PD-1和A2aR，其含有大量的功能失调的 CD8+T细胞 原文 image.png 复现 image.png 写在文末 本文关心的是功能失调的CD8+T细胞，其实T细胞耗竭也是有多个阶段，比如文章：《Developmental Relationships
70410编辑于 2022-06-08 - 来自专栏用户7627119的专栏
Cell Reports | 靶向单细胞多组学方法，可在低深度下同时检测蛋白表达和低丰度转录组
来自三个健康供体的PBMCs（外周血单核细胞），经过样本预处理后，获得单细胞样本（CD45+live PBMCs 和 EBV-tetramer+ CD8+T细胞）。 抗体文库: 4000 reads/cell；转录本文库: 2000 reads/cell）为20% read depth; c. 10% read depth以此类推。 单细胞Target mRNA+AbSeq对T细胞进行分析 多组学分析不仅能够鉴别典型memory T细胞群，同时也可对罕见的抗原特异性CD8+T细胞进行研究。 ? （图D\E\F） 该方法可以从所有CD8+T细胞中鉴别出EBV-specific CD8+T细胞亚群，该亚群的两个特征性差异化表达基因为：Granulysin基因表达下调，YBX3基因表达上调。 （下图A） CD8+T细胞中，IFNG和TNF基因在CD69转录本阳性细胞和CD69蛋白阴性细胞中表达，而FOSB基因与CDD69蛋白共表达。（下图B） ?
1.1K40发布于 2020-08-05 - 来自专栏生信技能树
SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（2） 细分NK和CD8的T单细胞亚群
（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正） 现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第2讲：主要是对 NK cells and CD8+T macrophages during SARS-CoV-2 infection in ferrets“中的Figure2 Fig. 2 Subpopulation analysis of NK cells and CD8 group.by="seurat_clusters", pt.size = 2) + coord_fixed() dev.off() 1643464091561 #CD69、S1PR1、ITGAE在CD8 10讲： 01. 去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
61620编辑于 2022-03-03 - 来自专栏生物信息云
单细胞专题 | 10.细胞周期分析
最重要的两个特点就是DNA复制、分裂成两个一样的子细胞。 在分析单细胞数据时，同一类型的细胞往往来自于不同的细胞周期阶段，这可能对下游聚类分析，细胞类型注释产生混淆；由于细胞周期也是通过cell cycle related protein 调控，即每个阶段有显著的 marker基因；通过分析细胞周期有关基因的表达情况，可以对细胞所处周期阶段进行注释；在单细胞周期分析时，通常只考虑三个阶段：G1、S、G2M。 下面文章中的：sce3 单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群？ 具体参考文章【单细胞数据分析中scran包进行细胞周期分析时细胞周期marker基因的转换】 ###基因转换 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db)
2.6K31编辑于 2022-11-24
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