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《Cell》破解 PROTAC 透膜难题∶ CD36 蛋白介导的内吞机制_MedChemExpress(MCE中国)
该团队揭示了 CD36 是介导 PROTAC 及 bRO5 化合物透膜的关键蛋白，通过结构优化增加PROTAC 分子与 CD36 的亲和力，可以明显提高 PROTAC 透膜性，显著增强 PROTAC 的抗肿瘤功效 这类分子通过同时结合靶蛋白和 E3 泛素连接酶，诱导蛋白质降解，从而实现对疾病关键蛋白的精准清除。 CD36 缺失会大幅降低这些药物的细胞摄取效率及靶蛋白降解能力；CD36 表达恢复可显著提升 PROTAC 的疗效。CD36 介导的摄取依赖于经典的内吞通路 (Rab5/EEA1 早期内体途径) 。 Section.03研究亮点:从机制到应用的系统性突破发现 CD36 可识别并内吞多种"大分子药物"通过生物素标记的 PROTAC 探针，结合细胞膜蛋白质组筛选，研究者发现 CD36 是多个 PROTAC 对精准医疗和临床实践的应用CD36 蛋白的突变或缺失可能会影响 PROTAC 药物活性或耐药性，此外，一些临床阶段的 PROTACs 或可以通过提高介导受体 (如 CD36) 的亲和力，提升其疗效。
46301编辑于 2025-07-03- 来自专栏单细胞天地
单细胞数据揭示两种巨噬细胞亚型及其预测胃腺癌免疫治疗和预后的相关预后因素
将WGCNA分析中获得的巨噬细胞亚群（670）和巨噬细胞模块基因（2,360）中特异性表达的基因取交集，在86个常见基因中，鉴定出7个预后因子（RGS2、GNAI2、ANXA5、MARCKS、CD36、 MKN7 和 MKN28（两种胃癌细胞系）中 7 个预后因子的表达趋势与 RNA-seq 数据中的表达趋势一致，也比较了公共 HPA（人类蛋白质图谱）数据库中的蛋白质表达水平。 首先，在HPA数据库中查询RGS2、GNAI2、ANXA5、MARCKS、CD36、NRP1和PDE4A的蛋白产物表达水平。MARCKS基因编码的蛋白质在STAD组织中的表达低于正常胃组织（图4A）。 STAD组织中RGS2、PDE4A和CD36的mRNA水平升高，正常组织中GNAI2、MARCKS和NRP1的mRNA水平升高（图4B）。7个预后因素的表达也具有组织特异性。 PDE4A、CD36 和 NRP1 的表达（图 7A-7G（略））。
1.1K10编辑于 2024-04-01 AbMole | Alirocumab助力揭秘HTR期间肝脏免疫调节新机制
A, 肝脏中SREBP2的mRNA和蛋白水平通过qPCR（n=4）和WB测量。B, 肝脏中SREBP2的mRNA水平通过qPCR测定，血清中PCSK9的水平通过ELISA测定（n=4）。 之后，通过使用Cd36–/–小鼠作为心脏移植模型中的受体，并给予Alirocumab处理。如图7A所示，发现在Cd36敲除小鼠中，单克隆抗体治疗对心脏移植物长期存活的能力减弱。 由于CD36也在心肌细胞上表达，为了研究上述结果是否与供体心脏中CD36的表达有关，又通过构建HTR小鼠模型，并用同种型IgG1或Alirocumab治疗受体小鼠(图7B)。 发现Alirocumab在该模型中显著延长了心脏同种异体移植物的存活时间(图7C)。从而得到PCSK9消融对HTR的保护作用是CD36依赖性的结论。 图 7 A，用Alirocumab治疗的WT和Cd36-/-小鼠异体移植的生存曲线（n=5）。
13210编辑于 2025-12-22AbMole小讲堂丨Concanamycin A (Con A)：V-ATP酶抑制剂在自噬、肿瘤和动物实验中的应用
Concanamycin A可诱导溶酶体、胞内体等酸性细胞器的pH值升高，进而影响蛋白质降解、自噬体成熟及离子稳态。 Concanamycin A（CAS No.：80890-47-7）在原代AML细胞（患者来源）中呈现剂量依赖性的抗增殖与促凋亡效应（剂量范围：10–100 nM）[2]。 Concanamycin A(Con A，Folimycin，刀豆素A，AbMole，M7737) 在大鼠模型中，静脉注射（剂量为1 mg/kg）可用于研究V-ATP酶对CD36蛋白亚细胞循环的调控，并揭示其在心肌脂质代谢紊乱中的作用 自噬缺陷突变体（atg5-1和atg7-2）积累更多的FREE1蛋白，并对缺铁表现出超敏反应，在缺铁条件下，自噬相关基因上调，促进FREE1的自噬降解，从而可能减轻FREE1对铁吸收的抑制作用。 Protein Synthesis IN-1作为蛋白质合成抑制剂，用于追踪FREE1蛋白的半衰期和降解过程。
15510编辑于 2026-02-03- 来自专栏生信技能树
花十几万做四个样品的空间单细胞转录组就为了证明这么简单的事情？
acc=GSE190811，可以看到； GSM5732357 PT_3 LNM ST GSM5732358 PT_6 LNM ST GSM5732359 PT_7 LNM ST GSM5732360 PT 里面的空间单细胞转录组数据文件，走空间单细胞流程，详见：10x的空间单细胞文件格式详解 需要完成上面的4个样品的空间切片的上皮细胞的打分以及可视化，然后随便也看看下面的基因列表的地方吧； Fibroblast: CD36 通过组织学染色（如H&E染色）和免疫组化分析（如免疫组化染色检测肿瘤标志物如CK7、CK20、ER、PR、HER2等）来确定样品是否含有癌细胞。 蛋白质组学分析：通过蛋白质质谱分析样品中蛋白质的组成，寻找与乳腺癌相关的蛋白质标志物。
21110编辑于 2024-11-21 - 来自专栏医学数据库百科
人类蛋白免疫组化表达数据库
写在前面 我们在进行基因的蛋白表达检测的时候，通常的方法是进行western blot以及免疫组化进行检测的。 对于某一个蛋白免疫组化的结果呈现，数据库是分成了四个分类来呈现的，分别是：没有检测到、低表达、中表达以及高表达。、 ? 数据库使用 数据库的使用和基因的检索数据库是一样的。 我们只需要输入我们想要检索的蛋白名即可。例如我们这里输入：CD36。 ? 对于每一个蛋白的数据结果，数据库提供了多个模块来展示结果。首先我们看到的是一个汇总的界面，这里我们能看到这个蛋白的基本信息。 组织表达情况 在组织表达情况当中，我们可以看到这个蛋白的不同在不同的正常组织当中mRNA和蛋白的表达情况。 蛋白表达定位情况 在 CELL部分，我们可以看到这个蛋白在细胞当中的什么部位表达，通过蛋白的表达位置来确定这个蛋白可能具有的功能。 ? 3.
3.7K40发布于 2020-07-16 - 来自专栏百味科研芝士
干湿结合7-mRNA预测模型轻松发5分+
cholangiocarcinoma 一种新的多mRNA标志物预测胆管癌复发的预后价值 术语 CCA：胆管癌 DEGs：差异表达基因 mRNA：由DNA的一条链作为模板转录而来的、携带遗传信息的能指导蛋白质合成的一类单链核糖核酸 在平均交叉验证误差最小的λ值下，选择了7个非零系数的mRNA，包括CD36、GGCX、UBASH3B、DBN1、PTTG1、CCNA2和SPATS2（图3B）。 根据这7个mRNA的表达情况，构建了RFS的风险评分公式：风险评分=（-0.96873×CD36表达状态）+-0.03944×GGCX表达状态）+（0.01064×UBASH3B表达状态）+（0.04955 通过qRT-PCR检测44例CCA肿瘤标本中7个mRNA的表达水平。然后，根据这7个mRNA的表达情况计算每个患者的风险评分。 TCGA和Ren Ji数据集中基于7-mRNA分类器的分层分析 在TCGA和Ren Ji数据集中具有不同临床变量的患者亚组中进一步进行了基于7-mRNA特征的生存分析（图6-7）。
72730发布于 2020-04-30 - 来自专栏火星娃统计
GEO数据挖掘5
GEO数据挖掘5 sunqi 2020/7/13 GEO数据挖掘5 概述 GO和KEGG富集分析 KEGG全称 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，由日本京都大学生物信息学中心的 数据库能够把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究，通俗点讲就是通过基因寻找通路 GO全称为gene ontology，由基因本体联合会（Gene Ontology Consortium）建立的数据库，数据库对基因和蛋白功能进行限定和描述 DEG=deg head(DEG) ## logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B g ## CD36 UP ## ETV4 -3.843247 9.667077 -46.99899 4.224762e-14 1.325237e-10 22.56297 DOWN ## symbol ## CD36 CD36 ## DUSP6 DUSP6 ## DCT DCT ## SPRY2 SPRY2 ## MOXD1 MOXD1 ## ETV4 ETV4 # 通过基因名将转换后的
1.4K10发布于 2020-09-15 - 来自专栏单细胞天地
母乳细胞的单细胞测序揭示了哺乳期乳腺变化
在人类乳腺中，这种导管结构会嵌入富含胶原蛋白的特殊基质中，其中含有不同类型的间充质和免疫 (IM) 细胞。 本研究获得了9名捐赠者的母乳（LMC，56030 个细胞）和7名捐赠者的非哺乳期乳腺组织（NMC，54714 个细胞），总共110,744 个活的乳腺细胞，确定了两种不同的分泌细胞类型。 CSN318) and other secretory genes integral to milk fat secretion such as xanthine hydrogenase (XDH), CD36 (CD36) and mucin-1 (MUC1) 然后对LC1和LC2进行差异分析， 其中1640 个基因在 LC1 中高表达，发现 1782 个基因在 LC2 中高表达；富集分析结果显示：LC1
38610编辑于 2023-09-26 【辰辉创聚生物】重组蛋白表达纯化|蛋白表达定制|蛋白修饰|原核表达蛋白
宿主菌株的选择BL21 系列菌株：最常用的表达宿主，如 BL21(DE3)，因缺乏 Lon 与 OmpT 蛋白酶，可减少重组蛋白降解，配合 T7 表达系统可实现高水平表达。 C41、C43 等突变株：对有毒或难表达蛋白更为耐受，常用于膜蛋白或代谢负担较大的蛋白。2. 表达载体的选择启动子系统：最常见为 T7 启动子（如 pET 系列），表达强度高；若需较温和表达，可选用 tac、trc 或冷诱导启动子。 构建表达载体：选择合适promoter（如T7、低温诱导promoter）与融合伴体；4. 小规模表达筛选：不同诱导温度、菌株、培养方式下检测表达产量与溶解性；5. 大规模表达与裂解；6. 蛋白纯化：亲和层析 → 可选凝胶过滤或离子交换等进一步纯化；7. 酶切去伴体：如需去除融合标签，采用特异性酶处理；8. 纯化后处理：如脱盐、浓缩、折叠／复性（针对包涵体）；9.
64110编辑于 2025-08-25阿尔茨海默症: 关于 β-淀粉样蛋白 的 7 大常见检测！
SDS-PAGE基本原理：在 SDS-PAGE 中，加入十二烷基硫酸钠（SDS）和强还原剂，SDS 破坏蛋白质的氢键和疏水相互作用，使其构象改变，而还原剂打开蛋白质内的二硫键，使其分解为亚基。 利用 SPR 技术表征了不同生物素化的 Aβ42:Aβ40 比率的开始和结束状态，并证实了 Aβ42 和 Aβ40 可以直接相互作用，并且它们相互影响各自的聚集行为 (图 7)[13]。图 7. 07小贴士SPR 基本原理：指金属表面的电子以及周围介质中的电子，以特殊频率的共振而产生的一种特殊的电磁波，可以检测抗原与抗体、DNA 与蛋白、蛋白与蛋白之间的相互作用。 J Am Chem Soc. 2009 May 13;131(18):6316-7.[7] Weber DM, et al. FASEB J. 2005 Feb;19(2):255-7.[11] Postupna NO, et al.
83510编辑于 2025-03-28【辰辉创聚生物】包涵体蛋白纯化|可溶性蛋白表达|大肠杆菌蛋白表达|原核蛋白表达
在生物技术与分子生物学中，原核蛋白表达体系（尤其是大肠杆菌蛋白表达）因操作简便、生长速度快、成本低廉，是获取重组蛋白的重要途径。 然而，在高水平表达时，目标蛋白往往以包涵体蛋白形式沉淀，形成不可溶的聚集物。这种现象虽影响生物活性蛋白得率，但其高表达量、易纯化等特性使得包涵体蛋白纯化成为不可忽视的技术路线。 因此，在工程过程中，提升可溶性蛋白表达与完善包涵体蛋白的纯化与复性策略，是实现高效、活性蛋白回收的关键。可溶性蛋白表达策略避免目标蛋白形成沉淀、提高可溶性表达是首选路径。 4、伴侣蛋白共表达：如 DnaK–DnaJ–GroEL/ES 蛋白折叠体系，以及过氧化还原系统 DsbA/DsbC 可改善折叠，尤其针对含多二硫键蛋白。 通过上述策略，可显著在原核蛋白表达 / 大肠杆菌蛋白表达系统中提升可溶性蛋白表达比率，从而降低进入包涵体途径的蛋白量。包涵体蛋白纯化流程当可溶性表达不足时，包涵体表达成为高产获取目标蛋白的重要替代。
36610编辑于 2025-09-02- 来自专栏医学数据库百科
蛋白功能预测
我们在遇到一些新的蛋白的时候，经常需要去了解这个蛋白的功能。如果是一个新的还没有功能注释的蛋白，一般数据库就用不了了。这个时候就可以使用 NetGo 来对蛋白的序列进行功能注释了。 ? NetGo基于三重信息来对蛋白序列进行功能预测： 基于已知的功能信息信息(GO数据库) 基于STRING蛋白相互作用数据库进行注释 如果没有互作蛋白的可以进行同源转换进行注释。 数据库评价 对于蛋白功能预测的话，已知的蛋白基本上都已经基于GO预测好了。如果我们研究的是已知常规蛋白的话，其实可以去类似Genecards或NCBI的gene数据库直接看的。 这个数据库更多的可以用于新发现的蛋白的预测，或者说一个基因不同转录本之间的研究，看有没有功能的区别。
92810发布于 2020-06-01 PCSK9抑制剂在缺血性卒中防治中的研究进展
一、引言前蛋白转化酶枯草溶菌素9（PCSK9）作为调节胆固醇代谢的关键分子，近年来受到广泛关注。随着PCSK9抑制剂的临床应用日益普及，其在动脉粥样硬化性心血管疾病防治中的价值已获得充分证实。 除LDLR外，PCSK9还可促进低密度脂蛋白受体相关蛋白1（LRP1）、极低密度脂蛋白受体（VLDLR）及载脂蛋白E受体2（ApoER2）的降解，并通过载脂蛋白E（ApoE）及相关通路影响肝脏脂质合成与分泌 其一，高水平的循环PCSK9通过降低脂质清除间接激活血小板；其二，PCSK9可直接与血小板表面的CD36受体结合，不依赖于LDLR通路触发血小板活化信号，增强血小板聚集功能，从而增加血栓形成风险。 （三）小干扰RNA药物的研究现状针对PCSK9的小干扰RNA（siRNA）药物（如英克司兰）通过抑制PCSK9蛋白合成实现长效降脂效果。 该试剂盒采用分别标记供体荧光基团和受体荧光基团的PCSK9与LDLR蛋白，当二者特异性结合时发生能量转移，产生可定量检测的荧光信号。
13910编辑于 2026-02-28- 来自专栏DrugOne
用蛋白语言模型改进蛋白复合物预测
本文提出了 ColAttn 方法，该方法利用蛋白质语言模型识别复合物的间相互作用，并进一步结合多序列比对方法来提升结构预测准确性。 1 介绍 现在有许多深度学习模型在计算生物结构。 AlphaFold-Multimer 就提升了蛋白质复合物结构的预测水平，但其准确性依然取决于多序列比对（MSA）结果。 同时，蛋白质语言模型也在不同的工作中被广泛应用，它可以捕捉到序列中的约束和共进化信息。 图 5：不同因素对结果的影响 作者使用预测结构的 DockQ 得分评估 ColAttn 构建的间相互作用质量，当层数为 6 或 7 时，效果是最好的。 图 6：不同层上 DockQ 得分 4 总结 本文基于预训练蛋白语言模型，探索了一些 MSA 配对算法构建有效间相互作用的效果，这篇文章也是首次将蛋白语言模型用来构造联合 MSA，实验结果证明本文提出的
73320编辑于 2022-11-28 - 来自专栏单细胞天地
scRNA-seq揭示了正常和高脂饮食喂养小鼠升主动脉的细胞异质性
(i) 成纤维细胞（cluster 1-4），它们富含胶原蛋白和富含亮氨酸的小蛋白聚糖蛋白、1α1 型胶原蛋白 (Col1a1)、Col1a2 和核心蛋白聚糖； (ii) SMCs (Clusters Cd248； (vi) 周细胞（ Clusters 19 和 20 ），高表达 Wif1、Chad 和 Sult1d1； (vii) T 细胞 (Cluster 21)，高表达 Cd3g、Cd3d 和 Nkg7； 又看了每个亚群的marker基因： 最大的群体 (EC_1) 表达参与脂质转运 (Fapb4、Cd36 和 Gpihbp1)、细胞粘附 (Igfbp7 和 Cxcl12) 和血管生成标记 (Flt1) 值得注意的是，S100a8 是一种钙结合蛋白，在调节免疫反应和炎症过程中起重要作用，在 HFD 组中的EC_1 中上调。 Mo/MΦ_3 富含细胞外基质组织，在摄入 HFD 期间，Mo/MΦ_3 中趋化因子和受体（包括 Ackr3、Ccl11、Ccl19、Ccl7、Cxcl12 和 Cxcl16）的表达增强。
1.1K20编辑于 2022-04-18 【辰辉创聚生物】膜蛋白表达|无细胞蛋白表达|重组蛋白表达生产
高可控性无细胞系统可以精确控制反应条件，如温度、pH、离子强度和底物浓度等，从而优化蛋白质的表达和折叠过程。这种可控性对于膜蛋白等复杂蛋白的表达至关重要。3. 无细胞蛋白表达系统在膜蛋白研究中的应用1. 膜蛋白的表达和纯化膜蛋白由于其疏水性和结构复杂性，传统的细胞表达系统难以高效表达和纯化。 膜蛋白的功能研究无细胞系统能够在体外合成具有功能的膜蛋白，如离子通道、受体和转运蛋白等，为其功能研究提供了便利。通过与膜片钳技术、荧光标记和质谱分析等方法结合，可以深入探讨膜蛋白的功能机制。4. 膜蛋白的药物筛选膜蛋白是许多药物的靶点，如G蛋白偶联受体（GPCR）和离子通道等。无细胞系统能够在体外合成目标膜蛋白，并进行高通量药物筛选，为新药的开发提供了有效的平台。 此外，结合计算模拟和结构生物学技术，也有助于深入探讨膜蛋白的功能机制。无细胞蛋白表达系统作为一种高效、可控和灵活的蛋白合成方法，在膜蛋白研究中具有重要应用价值。
36610编辑于 2025-09-09- 来自专栏生命科学
USP7小分子抑制剂——抑癌蛋白新助手 | MedChemExpress
泛素特异性蛋白酶7（USP7）能将 MDM2 去泛素化，使 p53 负调控蛋白 MDM2 在细胞内的水平增加，进而导致 p53 的细胞内水平下降。 研究动态近期一项研究，发现了两个小分子化合物 FT671 和 FT827（图1），能够高亲和性、高特异性地作用于 USP7，进而提高 p53 蛋白水平，并且在小鼠模型中抑制肿瘤生长。 这两个化合物在乳腺癌细胞 MCF7 中，可以浓度依赖性的抑制 USP7 的蛋白表达水平，且不对其他 DUBs 产生作用。 在 HCT116 细胞和 U2OS 细胞中敲低 USP7 的表达可以增加 p53 蛋白的表达水平，并诱导下游的 p21 蛋白表达，进而导致肿瘤细胞生长停止和凋亡。 M君有话说：本研究的关键意义在于发现了一种通过作用于 USP7，进而抑制被认为无成药性的癌症相关蛋白 p53 的新方法。
53130编辑于 2023-02-06 【辰辉创聚生物】哺乳动物细胞蛋白表达|HEK293蛋白表达|CHO细胞蛋白表达|哺乳蛋白瞬时表达
哺乳动物蛋白表达是指将目标基因导入哺乳动物细胞（如CHO、HEK293等）后，利用其与人类高度相似的转录、翻译及翻译后修饰机制，在细胞内合成并加工目标蛋白的过程。 其优势在于适合快速验证蛋白功能、小规模制备和结构分析。例如，研究者常在 HEK293E 中快速获得融合蛋白或重组受体蛋白，用于体外功能实验。 蛋白表达培养悬浮培养配合优化培养基（如 Expi293 系统），可在一周内获得毫克至克级蛋白产量。4. 磷酸化、乙酰化、甲基化等修饰：调控蛋白功能和定位；4、内质网和高尔基体的质量控制：能降解错误折叠蛋白，保证产物一致性。 哺乳动物细胞蛋白表达系统因其天然的折叠与修饰能力，成为表达结构复杂、功能敏感蛋白的首选平台。
38310编辑于 2025-08-27【辰辉创聚生物】可溶性蛋白表达|大肠杆菌蛋白表达|蛋白表达纯化
3．表达载体与启动子强启动子：如 T7 promoter（pET 系列载体）用于高水平表达，诱导诱导强，但容易导致过量蛋白聚集。 耐毒性株：BL21(DE3)pLysS/pLysE 在诱导前抑制 T7 RNAP 表达，从而降低毒性蛋白对宿主的损害。 7．探索性/高通量设计方法数据驱动与机器学习工具：近日综述指出，SoluProt、ICOR、Cosmo、DeepTESR 等工具可用于预测表达可溶性并进行优化设计。常见优化策略与实例1. 融合标签与纯化标签融合提高表达量专利中提到一种复合融合标签结构（T7 tag + His6 + Strep II + EK 切割位点），克隆到 N 端，经过密码子优化，表达量较常规 His 标签提高了约 纯化与活性检测 利用亲和层析、切割标签、二级纯化（如凝胶层析）纯化 检测生物活性、折叠结构（如圆二色、活性实验）7.
35710编辑于 2025-09-11
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