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《Cell》破解 PROTAC 透膜难题∶ CD36 蛋白介导的内吞机制_MedChemExpress(MCE中国)
该团队揭示了 CD36 是介导 PROTAC 及 bRO5 化合物透膜的关键蛋白，通过结构优化增加PROTAC 分子与 CD36 的亲和力，可以明显提高 PROTAC 透膜性，显著增强 PROTAC 的抗肿瘤功效 这类分子通过同时结合靶蛋白和 E3 泛素连接酶，诱导蛋白质降解，从而实现对疾病关键蛋白的精准清除。 CD36 缺失会大幅降低这些药物的细胞摄取效率及靶蛋白降解能力；CD36 表达恢复可显著提升 PROTAC 的疗效。CD36 介导的摄取依赖于经典的内吞通路 (Rab5/EEA1 早期内体途径) 。 Section.03研究亮点:从机制到应用的系统性突破发现 CD36 可识别并内吞多种"大分子药物"通过生物素标记的 PROTAC 探针，结合细胞膜蛋白质组筛选，研究者发现 CD36 是多个 PROTAC 因此，在药物发现中，通过相应受体 (如 CD36) 的细胞摄取应包括在化学内吞剂的检测流程中。2.
46301编辑于 2025-07-03- 来自专栏单细胞天地
单细胞数据揭示两种巨噬细胞亚型及其预测胃腺癌免疫治疗和预后的相关预后因素
将WGCNA分析中获得的巨噬细胞亚群（670）和巨噬细胞模块基因（2,360）中特异性表达的基因取交集，在86个常见基因中，鉴定出7个预后因子（RGS2、GNAI2、ANXA5、MARCKS、CD36、 RGS2、GNAI2、ANXA5、MARCKS、CD36、NRP1和PDE4A是STAD的预后指标，其中GNAI2和PDE4A是保护指标，RGS2、ANXA5、MARCKS、CD36和NRP1是危险指标 首先，在HPA数据库中查询RGS2、GNAI2、ANXA5、MARCKS、CD36、NRP1和PDE4A的蛋白产物表达水平。MARCKS基因编码的蛋白质在STAD组织中的表达低于正常胃组织（图4A）。 STAD组织中RGS2、PDE4A和CD36的mRNA水平升高，正常组织中GNAI2、MARCKS和NRP1的mRNA水平升高（图4B）。7个预后因素的表达也具有组织特异性。 RGS2在胞质溶胶中特异性表达，ANXA5在核膜中特异性表达，CD36在高尔基体中特异性表达（图4C）。此外，发现 GNAI2 的显着拷贝数缺失（图 4D）。
1.1K10编辑于 2024-04-01 - 来自专栏R基础
两蛋白间的分子对接—2
两蛋白间的分子对接—21 与Chatgpt之间的对话需要进行的是SFN和HDAC6两蛋白分子的对接，思路是Uniprot数据库中检索SFN与HDAC6蛋白质，挑选分别率最佳的构象。 以下记录和chatgpt的对话：2 优化后的分析流程具体看最后一条与chatgpt之间的对话现在的分析流程是下载AF-Q9UBN7-F1、AF-P31947-F1的PDB文件，不需要去除水分子和多余配体
56811编辑于 2024-11-19 - 来自专栏DrugOne
基于Alphafold2进行蛋白设计
前言: 随着alphafold2突破性预测蛋白结构的成功，学术界也开始尝试探索如何使用它进行高精度的蛋白序列设计。本篇快速地进行一下解读。 2. 2.2 迭代end-2-end设计 设计方法的核心是通过MCMC算法对序列空间进行采样，接着使用AlphaFold预测结构，直到生成与目标结构的backbone尽可能地相似。 在第一阶段进行序列设计时，af2预测的TM-score仅有0.746，经过上述的方法进行迭代设计之后，新设计的序列与Top7的相似性仅为27%。 初始序列对应匹配TM-score为0.596-0.7之间，经过设计后，af2预测结构的Cα-RMSD降低至1Å以内，pLDDT score > 85。 讨论 作者通过使用缩水版的alphafold2进行fix-backbone设计，本质上即使用基于pLDDTscore版本的mcmc序列采样，最后通过结构验证所设计的序列可靠性。
1.1K10发布于 2021-09-17 AbMole | Alirocumab助力揭秘HTR期间肝脏免疫调节新机制
之后，对移植后受体小鼠的血清进行了多重细胞因子检测，发现促炎症细胞因子、VCAM-1和M-CSF水平明显增加（图2A）。 在体外用这些细胞因子刺激原代小鼠的肝细胞，得出了TNF-α和IFN-γ能诱导PCSK9的mRNA表达（图2B）的结论。 用ABplex Mouse 18-Plex Custom Panel检测小鼠血清中的多种细胞因子和趋化因子（n=2）。 水平(图3A和3B)，并得到TNF-α和IFN-γ能通过SREBP2协同促进肝细胞中PCSK9的表达(图3C)的结论。 A, 肝脏中SREBP2的mRNA和蛋白水平通过qPCR（n=4）和WB测量。B, 肝脏中SREBP2的mRNA水平通过qPCR测定，血清中PCSK9的水平通过ELISA测定（n=4）。
13210编辑于 2025-12-22AbMole小讲堂丨Concanamycin A (Con A)：V-ATP酶抑制剂在自噬、肿瘤和动物实验中的应用
Concanamycin A（CAS No.：80890-47-7）在原代AML细胞（患者来源）中呈现剂量依赖性的抗增殖与促凋亡效应（剂量范围：10–100 nM）[2]。 Concanamycin A(Con A，Folimycin，刀豆素A，AbMole，M7737) 在大鼠模型中，静脉注射（剂量为1 mg/kg）可用于研究V-ATP酶对CD36蛋白亚细胞循环的调控，并揭示其在心肌脂质代谢紊乱中的作用 自噬缺陷突变体（atg5-1和atg7-2）积累更多的FREE1蛋白，并对缺铁表现出超敏反应，在缺铁条件下，自噬相关基因上调，促进FREE1的自噬降解，从而可能减轻FREE1对铁吸收的抑制作用。 Protein Synthesis IN-1作为蛋白质合成抑制剂，用于追踪FREE1蛋白的半衰期和降解过程。 General subjects 2018, 1862 (3), 684-691.[2] Bartaula-Brevik, S.; Leitch, C.; Hernandez-Valladares, M
15510编辑于 2026-02-03- 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体
这里不详细介绍，因为我们做分子对接，通常蛋白名称是已知的。我们重点介绍怎么选择合适的蛋白结构文件。 ? 比如我们搜索PI3K这个蛋白，结果是有很多的。可以看到有393个结构信息。 ? 包括 UniProtKB 中直接与这个蛋白质有两两相互作用的蛋白质序列的链接，以及这个蛋白质在各种蛋白质相互作用数据库或蛋白质网络数据库中涉及的数据库记录链接。 三级结构列出了该蛋白质在蛋白质结构数据库 PDB 中涉及的数据库记录链接。这些结构经常只对应蛋白质的部分序列。 Family & Domains：提供蛋白质家族及结构域信息。 能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。比专业级的PyMOL（https://pymol.org/2/）。这个软件已经被世界上著名的生物医药软件公司“薛定谔公司（Schrödinger）”收购。 最后，这些都是在蛋白结构已知的蛋白分子对接，如果我们要对接的蛋白，没有晶体结构，在PDB中是检索不到的，在UniProt 中的Structure是不会显示的。
7.1K64发布于 2021-02-26 - 来自专栏DrugScience
DOCK-2-蛋白受体与配体的准备
准备蛋白受体以及配体文件 使用的蛋白文件为1HTP 整体蛋白显示 1:去除水分子，分别将蛋白受体与其中的配体进行保存，保存格式为任意，此处保存为pdb格式 2:使用chimera的dock prep插件 ，为受体加氢加电荷，并且保存为mol2文件 保存好的受体文件，mol2格式，文件头一部分 @<TRIPOS>MOLECULE rec-1htp.pdb 1940 1962 131 0 0 PROTEIN ff14SB @<TRIPOS>ATOM 1 N -15.3620 29.4030 8.6420 N.4 1 SER 0.1849 2 1 C1 -6.7080 26.0460 -4.3120 C.2 1 OSS 0.5639 2 O1 -5.7380 26.2170 -5.0540 O.2 1 OSS -0.5151 3 C2 -6.6180 25.3890 -2.9330 C.3
88820发布于 2021-02-04 - 来自专栏生信技能树
蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据
上周我们公布了，蛋白质组学习小组起飞啦！ 短短几天就获得了200多小伙伴的支持，让我们也更有信心的带领大家掌握一个蛋白质组学数据处理的实战，我们第2期学习内容是认识一下蛋白质组学的原始数据 ? Cell Carcinoma is Downregulation of the Mevalonate Pathway at the Post-transcriptional Level》 理清文章思路 总结蛋白质组学部分的流程 标出所用的软件及需要下载的内容 2.下载软件：MaxQuant 网址：https://www.maxquant.org/ 下载 ?
5.6K77发布于 2019-07-18 - 来自专栏医学数据库百科
人类蛋白免疫组化表达数据库
写在前面 我们在进行基因的蛋白表达检测的时候，通常的方法是进行western blot以及免疫组化进行检测的。 对于某一个蛋白免疫组化的结果呈现，数据库是分成了四个分类来呈现的，分别是：没有检测到、低表达、中表达以及高表达。、 ? 数据库使用 数据库的使用和基因的检索数据库是一样的。 我们只需要输入我们想要检索的蛋白名即可。例如我们这里输入：CD36。 ? 对于每一个蛋白的数据结果，数据库提供了多个模块来展示结果。首先我们看到的是一个汇总的界面，这里我们能看到这个蛋白的基本信息。 组织表达情况 在组织表达情况当中，我们可以看到这个蛋白的不同在不同的正常组织当中mRNA和蛋白的表达情况。 2. 蛋白表达定位情况 在 CELL部分，我们可以看到这个蛋白在细胞当中的什么部位表达，通过蛋白的表达位置来确定这个蛋白可能具有的功能。 ? 3.
3.7K40发布于 2020-07-16 - 来自专栏新智元
地球超2亿蛋白质结构全预测，AlphaFold引爆「蛋白质全宇宙」！
DeepMind官宣，AlphaFold可以预测出2亿多个蛋白质结构，几乎覆盖了整个「蛋白质宇宙」。 今天，DeepMind再次引爆学术界！ AlphaFold能够预测2亿多个蛋白质结构，实现数量级的重大飞跃。 最重要的是，全部免费开放！ 在未来，预测蛋白质结构就如同使用「谷歌搜索引擎」一样简单。 超2亿蛋白质结构，免费用 不可小觑的是，AlphaFold确实是学术界「海啸级」的存在，足以改变全人类。 现在，他们分享了科学界已知的2亿多种蛋白质预测结构。 这庞大数字背后所涵盖的几乎是整个蛋白质宇宙！ 他说：「从近100万个蛋白质结构扩展到超过2亿个蛋白质结构，几乎涵盖了所有基因组测序的生物体，这是一个巨大的里程碑！」
67820编辑于 2022-08-26 Furin蛋白酶切位点在SARS-CoV-2刺突蛋白功能中的作用机制研究
早期生物信息学分析，特别是通过多序列比对，发现SARS-CoV-2刺突蛋白在S1/S2亚基交界处存在一个独特的、在其他已知冠状病毒中较为罕见的插入序列"PRRA"。 该重组蛋白可用于：1.体外酶切验证：在体外生化反应体系中，直接验证Furin蛋白酶对SARS-CoV-2野生型及突变型刺突蛋白（或其S1/S2重组肽段）的切割效率与特异性。 2.酶动力学研究：定量分析酶切反应的动力学参数（如Km、Kcat），评估不同刺突蛋白变异体作为底物的差异。3.抑制剂筛选平台：作为靶点蛋白，用于高通量筛选或评估潜在Furin蛋白酶抑制剂的活性与效能。 2.无外源蛋白酶条件下的作用：在不存在外源性蛋白酶（如胰蛋白酶）的细胞-细胞融合模型中，具有功能性Furin切割位点的刺突蛋白展现出更强的介导膜融合能力。 四、结论与展望：从机制研究到工具应用综合现有研究，SARS-CoV-2刺突蛋白中的Furin蛋白酶切位点是一个重要的功能元件，但其在病毒入侵中的绝对必要性可能因微环境（如局部蛋白酶的种类与丰度）而异。
12510编辑于 2026-01-26- 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
安装AlphaFold2，预测Omicron棘突蛋白结构
最近在研究如何将Alphafold2 如何安装在家里的服务器上，在升级了硬件后终于成功了。正好赶上这个超级病毒出现，于是想小试一下看看在晶体结构被解出来之前，预测是什么样子。 根据南非官方（上图）给出的突变信息获得突变以后的蛋白序列，使用Alphafold2 预测得到蛋白三维结构。就是下面这个图片，Alphafold给出的预测精准度是：76.91%。 新冠病毒棘突蛋白入侵宿主细胞的钥匙，它通过与宿主细胞膜上ACE2受体结合入侵细胞。而棘突蛋白的RBD区域是与ACE2结合的关键。 这次突变的位置确实集中在RBD区域，从放大的图片看，突变多在棘突蛋白偏中心轴的位置，而抗体中和区域在另外一侧，这样的突变会增加传播率，而是否影响现有抗体或者疫苗的能力从位置来看推测影响并不大。
38520编辑于 2023-02-28 - 来自专栏智药邦
AlphaFold预测出2亿种蛋白质结构，打开整个蛋白质宇宙
2022年7月28日，DeepMind官方网站发布AlphaFold最新进展：AlphaFold已经确定了地球上几乎所有已知生物体中大约2亿种蛋白质的结构。 通过与EMBL-EBI合作，DeepMind发布了科学界已知的几乎所有已编目蛋白质的预测结构，这将使AlphaFold DB扩展超过200倍 (从近100万个结构到超过2亿个结构)，有可能大大增加我们对生物学的理解 03 2020年 解决50年来生物学领域重大挑战 2020年11月30日 AlphaFold2以巨大优势赢得CASP14，并被CASP的组织者认为是解决50年历史的“蛋白质折叠问题”的解决方案，因为它预测结构达到原子精度 2021年11月2日 DeepMind更新了AlphaFold2源代码以解释多链蛋白质复合物，显著提高了预测蛋白质相互作用的准确性。 2022年7月28日 DeepMind将AlphaFold蛋白质结构数据库从近100万个结构扩展到超过2亿个结构，包括对UniProt中大多数蛋白质的预测。
88220编辑于 2022-11-16 - 来自专栏智药邦
Nat Commun｜使用AlphaFold2改进对蛋白质-蛋白质相互作用的预测
使用优化的MSA与AlphaFold2可以准确地预测异源二聚体复合物的结构。 摘要 预测相互作用的蛋白质链的结构是理解蛋白质功能的一个基本步骤。 不幸的是，没有一种计算方法能够产生准确的蛋白质复合物的结构。AlphaFold2在模拟单链蛋白质结构方面显示出前所未有的准确度。在这里，我们将AlphaFold2应用于预测异源二聚体蛋白的复合物。 最近，在CASP14实验中，AlphaFold2 (AF2) 在单链蛋白的结构预测中达到了前所未有的性能水平。 在这项工作中，我们在两个不同的数据集上系统地应用AF2管道，以同时折叠和对接蛋白-蛋白对。 我们结合不同的输入MSA，来探索使用AF2管道的对接成功率，以研究输出模型质量与这些输入之间的关系。 研究结果和未来展望 在这里，我们表明AlphaFold2 (AF2) 可以预测许多异质蛋白复合物的结构，尽管它被训练为预测单个蛋白链的结构。
5.6K10编辑于 2022-06-08 - 来自专栏生信技能树
花十几万做四个样品的空间单细胞转录组就为了证明这么简单的事情？
里面的空间单细胞转录组数据文件，走空间单细胞流程，详见：10x的空间单细胞文件格式详解 需要完成上面的4个样品的空间切片的上皮细胞的打分以及可视化，然后随便也看看下面的基因列表的地方吧； Fibroblast: CD36 ,PDGFRB,C5AR2,S100A4,CD70,PDPN,VIM,ITGA5,MME,PDGFRA,FAP,ACTA2, Endothelial: PECAM1,VEGFA,KDR,CD34,ITGB1 GJB1, GJC3, GPR17, PMP22, MPZL1, TRF, RAP1, GAL3ST1, MYO1D Neurons: NCAM1,MAP2,RBFOX3,TUBB3,GRIN1 通过组织学染色（如H&E染色）和免疫组化分析（如免疫组化染色检测肿瘤标志物如CK7、CK20、ER、PR、HER2等）来确定样品是否含有癌细胞。 蛋白质组学分析：通过蛋白质质谱分析样品中蛋白质的组成，寻找与乳腺癌相关的蛋白质标志物。
21110编辑于 2024-11-21 - 来自专栏火星娃统计
GEO数据挖掘5
数据库能够把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究，通俗点讲就是通过基因寻找通路 GO全称为gene ontology，由基因本体联合会（Gene Ontology Consortium）建立的数据库，数据库对基因和蛋白功能进行限定和描述 948 ## 2 DUSP6 1848 ## 3 DCT 1638 ## 4 SPRY2 10253 ## 5 MOXD1 26002 ## 6 DEG=deg head(DEG) ## logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B g ## CD36 UP ## ETV4 -3.843247 9.667077 -46.99899 4.224762e-14 1.325237e-10 22.56297 DOWN ## symbol ## CD36 CD36 ## DUSP6 DUSP6 ## DCT DCT ## SPRY2 SPRY2 ## MOXD1 MOXD1 ## ETV4 ETV4 # 通过基因名将转换后的
1.4K10发布于 2020-09-15 【辰辉创聚生物】重组蛋白表达纯化|蛋白表达定制|蛋白修饰|原核表达蛋白
原核蛋白表达宿主菌株与表达载体的选择1. C41、C43 等突变株：对有毒或难表达蛋白更为耐受，常用于膜蛋白或代谢负担较大的蛋白。2. 此外，对于碱性蛋白，可构建融合保护多肽（如GST、Nus、MBP等）融合策略，通过保护作用避免降解。结合连接肽和酶切位点，既保留表达产量，又能后续切除保护模块。2. 例如使用携带冷激蛋白promoter的表达载体，在较低温度（如11℃）下诱导，可显著提高可溶表达几率。蛋白表达定制服务1. 目标蛋白及修饰/标签设计：根据实验需求确定是否添加His-tag、GST等融合标签，是否加入酶切位点；2. 基因合成与密码子优化：针对E. coli 系统进行优化，提升表达效率；3.
64110编辑于 2025-08-25- 来自专栏单细胞天地
母乳细胞的单细胞测序揭示了哺乳期乳腺变化
在人类乳腺中，这种导管结构会嵌入富含胶原蛋白的特殊基质中，其中含有不同类型的间充质和免疫 (IM) 细胞。 ) and other secretory genes integral to milk fat secretion such as xanthine hydrogenase (XDH), CD36 ( CD36) and mucin-1 (MUC1) 然后对LC1和LC2进行差异分析， 其中1640 个基因在 LC1 中高表达，发现 1782 个基因在 LC2 中高表达；富集分析结果显示：LC1 细胞高表达与转录 两种组织来源的LC具有如此差异的表达模式，说明了LC1 和 LC2 可能受到不同的调节作用。 虽然两者都表达了已知和新发现的分泌基因，但作者发现 LC2 的细胞还会高表达免疫调节和抗原呈递基因，这些基因之前并没有被列入乳腺的LC marker基因。
38610编辑于 2023-09-26 - 来自专栏DrugOne
. | 一个综合的SARS-CoV-2-human蛋白-蛋白相互作用组
3 结果 综合SARS-CoV-2-human蛋白质-蛋白质相互作用组 高通量Y2H筛选系统：测试了28种SARS-CoV-2蛋白质与16000种人类蛋白质的所有成对组合 ，生成二元SARS-CoV-2 图一：使用Y2H和ap-ms检测SARS-CoV-2-human蛋白质-蛋白质相互作用的管道。 SARS-CoV-2蛋白中的每一种，以使用TMT-AP–MS蛋白质组学鉴定病毒-宿主共复合物相互作用 (图一)。 如下图（图二）是网络可视化SARS-CoV-2-human的蛋白质-蛋白质相互作用组。 图二：可视化SARS-CoV-2-human的蛋白质-蛋白质相互作用组。 通过Y2H和TMT-ap-ms蛋白质组学平台鉴定的SARS-CoV-2宿主因子具有高度的进化保守性，与以前的研究一致。
43920编辑于 2022-11-28
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