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NGS基础 - 高通量测序原理
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析、ChIP-seq分析、DNA甲基化分析、重测序分析五部分内容。 NGS基础系列文章包括高通量测序原理，测序数据获取和质量评估，常见文件格式解释和转换4部分。 本文 (高通量测序原理) 涉及测序文库构建原理、连特异性文库的构建方式和识别方法、测序簇生成过程、双端测序过程、测序接头产生、PCR duplicate、测序通量选择标准等。 ? ? ? ? ? ?
1.8K83发布于 2018-02-05 - 来自专栏生信宝典
上传高通量测序原始文件
在我们发表高通量测序文章之前通常要上传测序数据到GEO数据库，现总结流程如下。 注册账户、填写MetaSheet 在NCBI GEO官网注册一个账号，然后登陆。 数据上传，原始测序的fastq一般采用gzip压缩后上传。 在Linux系统，使用的是lftp上传； Windows可以使用FileZilla. ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov -u geo -p password -t fasp/detination_dir/ -s localdir/ 为了简单方便，localdir里面只包含需要上传的文件，包括原始测序文件
1.7K90发布于 2018-02-05 - 来自专栏用户7627119的专栏
高通量测序常见名词解释
高通量测序平台产生的序列叫做reads，每一条由A,G,T,C组成的序列都叫做一条read。 什么是soft-clipped reads？ 当基因组发生某一段的缺失，或转录组的剪接，在测序过程中，横跨缺失位点及剪接位点的reads回帖到基因组时，一条reads被切成两段，匹配到不同的区域，这样的reads叫做soft-clipped reads 基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb
1.2K40编辑于 2022-09-21 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
了解学习高通量测序技术（NGS）神器SequencEnG：66种高通量测序技术全介绍
login=false 网页平台上以树状图的形式列出来66中高通量测序技术，分为3个大类，非别是 DNA RNA Epigenetics image.png 加入我们想了解那种测序技术可以直接点击对应的节点 ，屏幕右侧就会列出 测序技术的基本介绍 这个部分还会列出参考文献，我们可以找来参考文献详细阅读 建库的基本流程 数据分析的流程 image.png 点击数据分析流程还会列出每一个步骤可能会用到的软件 image.png 非常系统全面，如果大家正在学习高通量测序技术，可以找来这个平台和对应的论文来看看，应该会有帮助
57930编辑于 2023-01-06 - 来自专栏生信宝典
Illumina测序仪比较和各种测序应用模式图，助力了解高通量测序
Illumina做为全球最大的二代测序仪生产商，成立于1998年，起家是芯片技术，2006年收购Solexa，开启了二代测序的霸主地位，占有至少七成的二代测序市场份额。 今年Illumina将以大约12亿美元的价格收购Pacific Biosciences，扩大对长读长序列的访问并加速科学发现，在三代测序的积极布局也会带来新的市场突破和技术突破。 这部分也会更新在测序发展史：150年的风雨历程中。 不谈技术和市场，Illumina官网是学习和了解基本高通量测序技术、发展和应用的一个比较好的渠道。 了解不同测序仪的性能、参数、应用和周期信息。 NGS基础 - 高通量测序原理 了解都有哪些测序应用，RNA层面，DNA层面，单细胞层面，近百种不同的建库测序方式，致力于解决不同层面的问题。 各种单细胞水平的测序 （2019年转录组课程增加开单细胞测序的分析了）。 ? 了解了测序的不同应用，学学基本的生信操作（Linux、R和Python）和高级的分析（转录组、扩增子和宏基因组）吧。
3.5K1312发布于 2018-12-25 - 来自专栏有困难要上，没有困难创造困难也要上！
高通量测序数据质控神器Trimmomatic
简介 高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。 Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器，可以对测序数据进行过滤。 软件有两种过滤模式，分别对应 SE（单末端测序模式） 和 PE（双末端测序模式） 测序数据，同时支持 gzip 和 bzip2 压缩文件。
1.9K40发布于 2019-03-20 - 来自专栏BioIT爱好者
使用 Docker 分析高通量测序数据
做生信的童鞋想要学习 Docker，或者使用 Docker+Pipeline 封装自己的一套数据分析流程，相信一定不能错过胡博强老师在2017年写这篇《[Docker]使用阿里云 + Docker 分析高通量测序数据
72520发布于 2021-10-15 - 来自专栏用户7627119的专栏
高通量测序后的实验验证手段——转录组篇（下）
上篇介绍高通量测序后的实验验证手段的帖子中，小编主要介绍了表达量验证、RNA结合蛋白、亚细胞定位。 本篇帖子从功能方面来对转录组测序的结果进行验证，功能方面无非就是使感兴趣的基因的表达升高（功能获得）或降低（功能缺失）看样品表型是否有变化。基因过表达和基因沉默是研究基因功能的两个重要手段。
2.1K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信技能树
高通量测序如何寻找T-DNA插入的位置
为了解基因组存在T-DNA插入时，即基因组构成为AC而样本基因组为ABC的情况得到的测序结果在序列比对的时候的可能情况，因此需要先要使用模拟数据进行探索。 第一步：构建参考序列和实际序列。 seqret -filter -sbegin 8000 > part2.fa# 合并cat part1.fa part2.fa| union -filter > refs/ref.fa 第二步：模拟测序结果 0.02 -d 350 -1 100 -2 100 -s 50 -r 0 -R 0 -N 10000 -c 0 refs/AF086833.fa data/data 解释dwgsim的参数， -e和 -E为测序仪的系统错误率 Identifying T-DNA Insertion Loci in ActivationTagged Arabidopsis thaliana Plants - 【直播】我的基因组（十五）:提取未比对的测序数据
17.8K90发布于 2018-03-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
高通量测序后的实验验证手段——转录组篇（上）
对于高通量技术大家一定都不陌生，但生物信息分析之后该做什么呢？接下来的日子，小编会和大家探讨并分享高通量测序后的实验验证，即该用什么技术做什么验证！ 关于实验小编也是初来乍到，今天先和大家探讨最常见的转录组测序后的验证方法。
2.3K22发布于 2020-08-06 - 来自专栏微生态与微进化
高通量测序的分子实验基础：DNA提取与处理
基于扩增基因组DNA中的某个特定小片段（例如16S rRNA基因的高变区）的测序分析称为扩增子测序，扩增的片段作为marker基因来分析微生物群落。 由于高通量测序一次测序量很大，一般将多个样品混合在一起上机测序，为了对不同样品的序列进行区分，在合成引物时设计了特异性的barcode序列，通过PCR反应将barcode序列添加到样品所有小片段中，如下图所示 03 鸟枪法打断 鸟枪测序（Shotgun sequencing）是将大分子的目标DNA随机地处理成大小不同的小片段进行测序，并在后续的生物信息学分析中将这些短序列组装成目标DNA的技术方法。 由于测序技术读长的限制，在基因组、宏基因组测序中，对基因组DNA进行鸟枪法打断是必需的步骤。 在传统的测序技术中，使用限制性内切酶对目标DNA上的限制性内切酶识别位点进行切割，从而形成小片段。 而新一代的高通量测序技术中，常使用机械法（例如超声波DNA破碎）使大分子DNA形成在一定长度范围内分布的短序列片段。
2.6K31编辑于 2022-05-05 - 来自专栏生信宝典
IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器，支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式，如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。 考虑到不同样品的测序深度不同，需要根据样品的测序量做一个标准化处理，建议使用deepTools的bamCoverage命令。 ? ?
2.3K90发布于 2018-03-30 - 来自专栏单细胞天地
同一细胞中转录组和染色质高通量测序联合分析
这篇文章是在单细胞测序的基础上通过联合ATAC-seq发明了一种新的技术，从而达到在单细胞水平进行RNA-seq和ATAC-seq同时测序，从而使得因单细胞测序因为检测数量稀疏的峰值信号被发现，使得测序的结果更加的精准 在确定了当前的技术的测序结果可靠的情况下，研究者对该技术的测序质量进行了另一方面的评估。 除此之外，作者还通过UMAP对不同的细胞以及不同的测序技术进行了验证，结果进一步的证明，这种测序技术能够很好的将四种细胞区分出来。 ? ? 接着作者将自己测序的结果与公共测序数据库进行相关性分析结果如下。 ? 然后也对自身的数据进行相关性分析。 ? 以上的数据均是在新生的小鼠的大脑皮层测序得到的，最后，研究者在成年的小鼠大脑皮层进行同样的测序，进行t-sne和相关性分析，结果如下。 ?
71710发布于 2020-03-30 - 来自专栏简说基因
病原微生物高通量测序：第三节 检测原理
临床微生物高通量检测，应用场景不同，各种测序技术令人眼花缭乱，但我们可以做如下总结。 检测对象：病原体核酸，或人宿主自身核酸 测序技术：DNA 测序，或 RNA 测序 测序范围：DNA 靶向，或 DNA 非靶向；所有 RNA，或部分 RNA 进而可以归纳为两大类，四小类测序策略。 以微生物核酸为检测对象： 病原基因组测序（metagenomic） 病原转录组测序（metatranscriptomic） 以人宿主自身核酸为检测对象： 人基因组测序（DNA-Seq） 人转录组测序（RNA-Seq 因此可以说，宏基因组测序，就是大海捞针。而靶向测序，则可与之互为补充。 2. 靶向测序（targeted NGS, tNGS） 靶向扩增子测序是先富集目的 DNA 序列，再测序。 捕获： 通过核酸探针与目的片段进行杂交，从而抓取目的序列进行测序。 显然，靶向测序只能用于核酸序列已知的病原体的检测。其好处是灵敏度高、成本低。
2.4K11发布于 2021-01-04 - 来自专栏简说基因
病原微生物高通量测序：第二节 应用场景
临床微生物高通量测序，主要有 4 个应用场景：感染病原识别、微生物组分析、人宿主免疫应答分析和肿瘤学分析。目的不同，采用的测序策略也不一样。 1.感染病原识别 临床微生物高通量测序，第一个重要目的当然是物种鉴定，找出感染的病原。其次是功能鉴定，如抗生素抗性、病毒抑制剂抗性和毒力因子预测等。 测序策略： 1.1 非靶向测序 宏基因组测序；样本：血液（血浆）；用途：培养阴性感染/不明原因的发热/监控免疫受损的病人 宏基因组测序；样本：呼吸道分泌物；用途：培养阴性或 PCR 阴性的急性肺炎 宏基因组测序 ；样本：脑脊液；未确认的脑膜炎或脊髓炎 宏基因组测序；样本：粪便；用途：严重腹泻 宏基因组测序；样本：感染组织或其他体液；培养阴性感染 1.2 靶向测序 扩增子测序（通用细菌、真菌或寄生虫 rRNA 测序 测序策略： 肿瘤全基因组测序；样本：肿瘤组织；用途：鉴定与癌症相关的病毒 液态活检测序；样本：无细胞体液；用途：同时进行癌症和传染病检测 参考文献 Chiu C Y , Miller S A .
88121发布于 2021-01-04 - 来自专栏用户7627119的专栏
Nature Methods|具有组合流体索引的超高通量单细胞RNA测序方法
研 究 背 景 细胞图谱项目和高通量扰动筛选所需的单细胞测序规模较大，对当前技术是一个挑战。 因此作者设计了一个超高通量单细胞RNA测序方法。 方 法 流 程 首先在透化细胞内进行一轮全转录组预索引，然后进行液滴过载的 scRNA-seq，可以显著提高现有微流体液滴的产量。 ▎预索引和液滴超载提高了scRNA-seq通量 为了评估scifi-RNA-seq液滴超载的性能，作者将15,300、383,000和 765,000 个预索引核进行单细胞测序。 并且，预索引能够从测序数据中确定每个液滴(由 round2 条形码识别)中单核的有效数量(由 round1 条形码识别)。每个液滴内的平均核数以可控方式增加。 结 论 为了对数百万个单个细胞进行经济高效的单细胞测序，作者开发了“单细胞组合流体索引”(scifi)。
1.5K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏用户7627119的专栏
基因测序写入最新版新冠肺炎防控方案！盘点高通量测序技术在全球抗疫中的应用
从病毒基因组序列的组装，到病毒进化研究，病毒变异监测，再到核酸检测实验室助力大规模人群的筛查，高通量测序技术辅助临床重症的诊断，以国产测序平台华大智造DNBSEQ为代表的一系列“中国智造”为全球抗疫提供着源源不断的支持和帮助 图1. a)瑞典卡罗林斯卡医学院转化微生物组研究中心的新冠病毒测序流程；b)基于DNBSEQ平台对新冠肺炎阳性样本的SNV检测结果。 帮助我们揭示秘密的，正是近年来快速发展的高通量测序技术。 坚 盾 除了在科研“战线”上持续做出贡献，高通量测序在疫情防控和患者救治的一线也体现出巨大的价值。 目前，基于高通量测序技术在新冠病毒检测中可展开的技术路线有3种：宏基因组测序（Meta）、探针捕获测序（Capture）和多重PCR扩增子测序（Amplicon）。 实践是最好的试金石：经历了全球抗疫考验的高通量测序技术，必将为人类健康发挥更大的价值。 参考文献： 1.
1.5K30发布于 2020-09-22 - 来自专栏生信宝典
Genome Biology | 利用高通量测序从基因组水平揭示食肉目染色体进化
为探讨上述问题，动物生态与保护遗传学研究组和英国桑格研究所研究人员合作，利用10X Genomics、染色体流式分选及高通量测序等技术，首次构建了染色体级别的大熊猫基因组（2n=42条染色体），并与食肉目中两个质量较好的狗和猫的染色体级别基因组进行比较分析
1.1K10发布于 2019-12-12 - 来自专栏科技记者
分析粪便微生物移植后患者高通量单分子实时测序数据的工作流程
有许多基于测序的方法来了解复杂宏基因组，从全样本鸟枪法测序到靶向扩增。虽然靶向方法在低测序深度提供有价值的数据，但它们受引物设计和PCR限制。全样本鸟枪法通常使用短读长测序，这导致数据处理困难。 尽管与短读取测序方法相比，吞吐量较低，但读长是社区的真实随机抽样，因为SMRT测序已被证明具有非常低的序列偏好。 我们显示即使具有相对较低的测序深度，长读长，无装配，随机抽样也可以让我们在物种层面描述低丰度的社区成员。 我们还显示，使用长读长的鸟枪测序，由于整个基因被单一reads覆盖，所以可以实现使用经典的目标16S或短读长测序技术无法实现功能性的预测。 长读宏基因组分析工作流程 ? A)平均长度约2 kb的剪切基因组DNA在PacBio系统上制备并测序。多重测序通过SMRTbell模板进行，允许生成高质量的循环共识序列（CCS）读数。
73310发布于 2020-03-03 - 来自专栏智能生信
DiffChIPL：一种基于limma的具有生物复制的高通量测序数据的差异峰值分析方法
DiffChIPL: a differential peak analysis method for high-throughput sequencing data with biological replicates based on limma
53120编辑于 2022-12-29
腾讯云开发者
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