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韦恩图
韦恩图主要用于集合的计算，计算不同集合之间的交集，并集，补集等。可以绘制 2-7 个集合的运算，图形可以用圆形或者椭圆形表示。 ,zcolor = rainbow(6)) venn(list(A,B,C,D,E,F,G,H),zcolor = rainbow(6))#画不了，只能画7个，一般5个最多了 #这个时候可以百度下花瓣图，
85820编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
韦恩图
1.VennDiagram做韦恩图 library(VennDiagram) venn_list <- list(geneset1, geneset2,geneset3,geneset4) names( pic_hd.jpg 常用参数 col ：边框颜色 lwd ：边框线宽度 fill ：填充颜色 alpha：透明度 cex ：标签字体大小 cat.cex ：字体大小 margin：边际距离 韦恩图不支持 'serif', cat.cex = 1, cat.fontfamily = 'serif') pdf(file="venn_plot.pdf") grid.draw(venn) dev.off() 2. UpSetR做韦恩图 library(UpSetR) listInput <- list(one = c(1, 2, 3, 5, 7, 8, 11, 12, 13), two = c(1, 2, 4, image.png 3.venn做韦恩图 venn(x, snames = "", counts, ilabels = FALSE, ellipse = FALSE, zcolor = "bw", opacity
1.6K20发布于 2020-04-01 - 来自专栏用户7627119的专栏
韦恩图
韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。 绘制韦恩图的工具有很多，这里小编先给没有任何编程基础的人推荐几款比较好用的网络工具。 1. Venn http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 操作简单，不仅画出了韦恩图，还很贴心的给出了数据统计的结果并列出了各个部分对应的ID，且提供直接下载 BioVenn http://www.biovenn.nl/index.php BioVenn只能绘制3维及以下的韦恩图，不过圆圈的大小可以随数据集大小而变化，并且对图片的编辑选项也更多。 =========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。 今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 ? Fig3为韦恩图 ?
5.7K10发布于 2020-08-06 - 来自专栏医学和生信笔记
比例韦恩图
之前介绍了巨多画韦恩图和upset plot的R包，今天再介绍一个可以按照比例画不同大小圆圈韦恩图的R包：eulerr。 library(eulerr) df1 <- list(a = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7), b = c(1, 8, 5), c = c(1, 9, 4,5), d = c(10)) 自带一个venn()函数，可以画普通的韦恩图，默认配色还不错，默认配色来自于同一个作者的另一个R包：qualpalr，感兴趣的可以去看看 plot(venn(df1)) plot of chunk unnamed-chunk-3 使用euler()之后就变成了比例韦恩图，形状可选circle或者ellipse. plot(euler( skyblue","orange","firebrick","grey")), # 边框 edges = list(col="purple",lty = 1:4,lwd=2)
1.3K40编辑于 2022-11-15 - 来自专栏用户7627119的专栏
零代码韦恩图,韦恩饼图,upset图,导出交集
那么今天小编就来安利一款零代码画韦恩图，维恩饼图，upset图并导出所有交集的网络工具，VennDetail，全程不需要一行代码，只需点一点鼠标就能得到精美图片。 VennDetail的网址如下： http://hurlab.med.und.edu:3838/VennDetail/ 先来看看这个工具都能得到什么结果 韦恩图 ? 韦恩饼图 ? 2.导入gene lists 记得改一下gene list的名字，你这里输入什么名字，在后面的结果里面就会显示什么名字，否则会显示File1，File2， File3 ，File4 ...... ? 3.点击左下角的Plot，你就能得到venn图了，是不是so easy！ ? 4. 导出所有交集结果 1)在Detail标签下面，2)选择需要导出的交集的类型，如果需要导出所有交集结果，就选择所有交集的名字。3)填写结果文件名称，4)点击download data。大功告成。 ?
1.6K30发布于 2020-08-06 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
Vennerable做韦恩图
3个list取交集： Vstem3<-Vstem[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")] plot(Vstem3, doWeights = FALSE) ? 2.ChowRuskey plot(Vstem, doWeights = FALSE,type="ChowRuskey") ?
2.1K20发布于 2020-07-16 - 来自专栏医学和生信笔记
ggvenn画韦恩图
韦恩图的画法实在是太多了，今天再介绍一个ggvenn，之前介绍过同类型的ggVenndiagram，但是对于边框颜色的更改不友好还介绍过一个非ggplot语法的venndiagram。 安装 # 2选1 install.packages("ggvenn") if (! a <- list(`Set 1` = c(1, 3, 5, 7, 9), `Set 2` = c(1, 5, 9, 13), `Set 3` = c(1, 2 (a) plot of chunk unnamed-chunk-5 数据框形式 d <- tibble(value = c(1, 2, 3, 5, 6, ), `Set 1` = c(TRUE, FALSE, TRUE, TRUE, FALSE, TRUE, FALSE, TRUE), `Set 2`
1.7K20编辑于 2022-11-15 - 来自专栏医学数据库百科
韦恩图绘制工具推荐
在数据可视化的时候，对于两个分类或者多个数据集来进行交集和并集可视化经常要用到韦恩图(Venn)来进行展示。对于韦恩图可视化，网上还是有很多相关的工具的。 但是韦恩图绘制工具的，图形调整度没那么自由，进而就导致绘制的图形比较难看。所以今天就来推荐一个在线绘制韦恩图的工具。 我们想要看看这些基因有哪些是共同存在差异的，这个时候就可以用韦恩图来进行展示。 韦恩图当中，每一个数据集是一个独立的形状(一般是圆形)。 但是其中有一个功能是来进行韦恩图绘制的。并且韦恩图绘制的效果也挺好看。所以就还是挺推荐使用的。关于funrich。由于是客户端的软件。 所以就放一张这个软件可以做的图吧。以下就是一个四个集合绘制的韦恩图。 韦恩图的替代 对于韦恩图而言，如果是五个以下的数据来进行取可视化的话，还是可以很清楚的展示数据的分组的。
2.3K20编辑于 2022-04-01 - 来自专栏生信宝典
R语言学习 - 韦恩图
韦恩图 韦恩图是用来反映不同集合之间的交集和并集情况的展示图。一般用于展示2-5个集合之间的交并关系。集合数目更多时，将会比较难分辨，更多集合的展示方式一般使用upSetView。 这篇文章讲解下如何用R代码一步出图。 韦恩图一步法 假设有这么一个矩阵，第一列为不同集合中的ID，第二列为集合的名字，无标题行，存储为venn.txt。 ehbio3 a ehbio4 b ehbio4 h ehbio4 d ehbio5 e ehbio5 y ehbio5 x ehbio5 选取所有的5个集合，绘制韦恩图 选取其中4个集合，绘制韦恩图 # -f: 指定输入文件的名字，格式如上 # -a: 指定第一个集合的名字 (-f指定的文件中第二列的某个字符串) # -b: 指定第二个集合的名字 (-f指定的文件中第二列的某个字符串 选取其中3个集合，绘制韦恩图 # -f: 指定输入文件的名字，格式如上 # -a: 指定第一个集合的名字 (-f指定的文件中第二列的某个字符串) # -b: 指定第二个集合的名字 (-f指定的文件中第二列的某个字符串
2.2K70发布于 2018-02-05 - 来自专栏医学和生信笔记
韦恩图进阶！ggupset版upset plot
大型连续剧韦恩图进阶：使用R语言画upset plot，它又来了！！！ 前面用2篇推文介绍了如何使用venndiagram和ggvenndiagram画韦恩图，再用5篇推文详细介绍了使用upsetR和complexheatmap画upset plot。 个交集 plot of chunk unnamed-chunk-5 从这个图中可以很容易看出，drama类型的电影最多（1200+），然后是不知道是啥类型的电影（1000+），如果你还不知道怎门看这个图， 这个图，下面还是交集矩阵，上面是一个热图，横坐标代表电影类型，纵坐标表示评分，颜色深浅表示评分百分比。 ## Gene Pathways ## <chr> <list> ## 1 Aco1 <chr [2]> ## 2 Aco2 <chr [1]> ## 3 Aif1
2.2K20编辑于 2022-11-14 - 来自专栏生信小驿站
绘制韦恩图及计算P值
（1）计算韦恩venn图交集的P值 #======================================================= #======================= (sur2)) sur2$gene <- rownames(sur2) sur2 <- subset(sur2, sur2$coef < 0) A=rownames(sur1) B=rownames( 计算韦恩图P值的代码为 > phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower.tail = F) [1] 2.098632e-06 可以看到P值小于0.05，因此该overlap 计算venn图P值的具体资料大家可以检索：超几何分布检验（hypergeometric test）与费歇尔精确检验（fisher's exact test）； Statistical significance （2）绘制韦恩venn图 categrory1 <- c("DEG", "PRG") lty1 <- rep("blank", 2) fill1 <- c("light blue", "pink"
3.3K10编辑于 2021-12-06 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
ggVennDiagram | 更好用的韦恩图绘制工具...
「ggVennDiagram」-韦恩图也可以快速绘制~ 今天在整理我们的R语言可视化课程相关的资料时，发现了一个绘制韦恩图的可视化工具-「ggVennDiagram」，赶紧分享给大家~~ 韦恩图的含义 韦恩图（Venn Diagram） 是一种用于展示元素集合之间重叠和关系的图表形式。 它由英国逻辑学家约翰·韦恩（John Venn）于1880年提出，常用于逻辑学、统计学和信息可视化领域。 韦恩图通常由多个圆形或椭圆形区域组成，每个区域代表一个集合，而各种组合区域表示集合之间的交集。 通过观察韦恩图，可以快速了解各个集合之间的重叠情况和关系，从而有助于进行数据分析、分类和可视化。 韦恩图常用于以下场景： 「展示数据集之间的交集和差异」：比较不同数据集之间的共有元素和独立元素。 ggVennDiagram 介绍 ggVennDiagram包可以绘制2~7个数据集合的韦恩图且结果可直接用于出版使用。
1.2K10编辑于 2024-03-06 - 来自专栏用户7627119的专栏
【R语言】复现paper中的韦恩图
韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。 绘制韦恩图的工具有很多，这里小编先给没有任何编程基础的人推荐几款比较好用的网络工具。 1. BioVenn http://www.biovenn.nl/index.php BioVenn只能绘制3维及以下的韦恩图，不过圆圈的大小可以随数据集大小而变化，并且对图片的编辑选项也更多。 =========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。 今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图 下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图 我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个
1.4K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏R语言数据分析指南
跟着nature communications学绘图(12) ggplot2注释韦恩点图
❝本节来介绍如何绘图韦恩点图及对其进行注释，图表主要使用「ggplot2」,「UpSetR」，「ggplotify」等包来实现，此图我想介绍的重点在于图形格式的转换及拼图下面来进行具体介绍， A highly library(cowplot) library(ggrepel) otu_RA <- read_tsv("data.xls") %>% column_to_rownames(var="OTUID") 绘制韦恩点图 nintersects = 10, # 绘制交叉数目 order.by = "freq", # 排序方式 mb.ratio = c(0.7,0.3), # 条形图与点图之间的比例 mainbar.y.label = "Intersection size", sets.x.label = "Set Size", main.bar.color = "#2a83a2 p2 <- tribble(~group, ~perc,~A, "24%",24,5, "76%",76,5) %>% ggplot(aes(A,perc,fill
79610编辑于 2022-09-21 - 来自专栏R语言数据分析指南
npj图表绘制-渐变色填充韦恩图
欢迎关注R语言数据分析指南 论文 https://www.nature.com/articles/s41522-023-00395-3 原图 仿图 ❝更新ggplot2 3.5版之后即可实现渐变填充功能 ，需要注意的是Windows系统需要做额外的一些设置 ❞ 加载R包 library(ggvenn) install.packages("ggplot2") library(tidyverse) 导入数据
28810编辑于 2024-03-11 - 来自专栏生信补给站
绘图系列|R-VennDiagram包绘制韦恩图
在得到数据之后，我们经常会用到维恩图来展示各个数据集之间的重叠关系。本文简单的介绍R语言中的VennDiagram包绘制数据集的维恩图。 三 知道各个数据集的个数以及重叠（交叉）的个数 2.1 两个已知数据集的韦恩图 # 圆的大小不会根据数据量多少改变 venn.plot <- draw.pairwise.venn(80, 30, 10, 2.2 三个已知数据集的韦恩图 venn.plot <- draw.triple.venn(area1 = 80,area2 = 70,area3 = 50,n12 = 38,n23 = 18,n13 cat.cex = 2,cat.col = c("blue", "red", "green")) grid.draw(venn.plot) 四 根据数据集合绘制韦恩图 4.1 四个数据集合 A <- VennDiagram函数包最大能绘制5个数据集合的韦恩图，可以看到已经有点乱了，当更多集合的时候，可以使用之前分享的R|UpSet-集合可视化进行绘制。 韦恩图，走你。
10.6K40发布于 2020-08-06 - 来自专栏作图丫
ggVennDiagram--简单美观的韦恩图绘制方法
导语 GUIDE ╲ 维恩图用于展示在不同的事物群组（集合）之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”，它也常常被用来帮助推导（或理解推导过程）关于集合运算（或类运算）的一些规律 背景介绍 绘制韦恩图可能是大家在对自己数据进行可视化时经常会碰到的问题，低维度的数据还好说，对于复杂点的数据如何画出美观的韦恩图呢？ 今天小编给大家介绍的R包是ggVennDiagram，一个专注于韦恩图绘制的工具，作者在在对其不断的进行版本完善，接下来就让我们看看如何使用吧！ > #> 2 4 ellipse 401f setEdge 2 <dbl [101 x 2]> #> 3 4 ellipse 401f setEdge venn_setlabel(data)) + geom_sf_label(aes(label = count), data = venn_region(data)) + theme_void() 小编总结 作为韦恩图绘制使用非常广泛的一个包
4.2K20编辑于 2022-03-29 - 来自专栏生信补给站
UpSet|多集合可视化，韦恩图？upSet！
介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。 keep.order = TRUE, #keep.order按照sets参数的顺序排序 number.angles = 30, #调整柱形图上数字角度 point.size = 2, 2）queries参数 queries参数分为四个部分：query, param, color, active； query: 指定哪个query，UpSetR有内置，也可以自定义； param: list 3）attribute.plots参数 添加属性图，内置有柱形图、散点图、热图等 3.1 添加柱形图和散点图 upset(data, main.bar.color = "black", queries 有备无患 （R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总）
2.5K40发布于 2021-04-13 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
如何使用R来绘制韦恩图（Venn Diagram）
2017.12.15日厦大生命科学前沿课上，一位博士师姐分享的一篇论文中，多次应用韦恩图，看起来特别美，于是特地去R语言官网阅读关于Venn Diagram的使用。 ),lty=rep(2,2),col=c('red','green'),fill=c('red','green'),cat.col=c('red','green'),rotation.degree=90 这种方式画的图与第一种方式画出结果一样！ 接下来利用draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图 > draw.triple.venn(area1=Length_A, area2=Length_B, area3=Length_C,n12 当然韦恩图会画，最重要的还是要会分析！
7K30发布于 2020-08-06 - 来自专栏生物信息与临床医学专栏
利用R包“ggvenn”快速绘制韦恩图(Venn Diagram)
韦恩图（Venn diagram）是一种能直观展示不同数据集之间的集合关系的图，常见的集合运算主要包括：交集（intersection），并集（union）和补集（complement）。 在R语言中，有很多R包可以实现韦恩图的绘制，米老鼠在这里推荐“ggvenn”和“ggVennDiagram”这两个R包，它们都是基于ggplot2的绘图系统，和其它ggplot2绘制的图兼容性好，这里主要介绍 #获取gene_set1减去gene_set2的差集 #[1] "BIRC3" "MAP3K14" "MAP3K8" "CREB5" "CCL2" "CCL20" setdiff(gene_set2 text_size = 3) p1 实际上，ggvenn包使用起来非常简单，它最主要的就是ggvenn()函数，该函数的参数比较丰富，主要包括如下内容： （1）data：用于绘制韦恩图的数据集 cowplot::plot_grid(p1, p2) #将图1和图2合并起来 关于韦恩图的简单绘制就讲到这里，有兴趣的小伙伴可以学学“ggVennDiagram”这个包。
9.5K20编辑于 2022-08-21
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