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Angew：靶向肿瘤和免疫细胞中GRPr的肽偶联的铱（III）复合物
胃泌素释放肽受体（GRPr）在生命系统中起着增生和炎性的作用。本文报道了一种高度选择性的GRPr拮抗剂（JMV594）-铱（III）络合物，用于探测活肿瘤细胞和免疫细胞中的GRPr。 这是第一个肽偶联的铱（III）复合物，被开发为GRPr生物成像探针和GRPr活性的调节剂。这种诊疗制剂在揭示GRPr在生命系统中的各种作用方面显示出巨大潜力。 总体而言，此工作为开发肽偶联的金属基探针提供了一种有效的方法，该探针不仅保留了金属化合物的优异光物理特性，而且还结合了肽的理想生化特性。
57310发布于 2021-02-04 - 来自专栏DrugOne
AlphaFold2 生成肽结构的基准测试
本文通过着力于探究AF2生成肽结构的能力。使用实验确定的NMR结构作为参考，对 AF2 在预测10-40个氨基酸之间的 588 个肽结构的准确性进行了基准测试。 我们的结果表明，AF2 可以高精度预测 a-螺旋、b-发夹和富含二硫化物的肽。 AF2 的表现至少与专门为肽结构预测开发的替代方法一样好（如果不是更好的话）。 实验方法 图1 在肽结构预测上对AF2进行基准测试的工作流 工作流：本文使用AF2通过实验确定的NMR模型来预测6个肽类的588个肽序列的结构。具体如图1A所示，预测阶段使用了五个AF2模型。 图2 A2对膜相关a-螺旋多肽的表现 a-螺旋可溶性肽表现出异常值，与膜相关肽相比表现较差。a-螺旋可溶性肽组被定义为a-螺旋肽，其结构未在膜环境中鉴定。 混合二级结构可溶性肽群定义为具有相同二级结构性质的肽群，AF2在这类肽的结果表明其无法预测次级结构-非结构边界的方向。 b-发夹肽预测效果很好。b-发夹肽组包括具有单发夹基序的肽。
65040编辑于 2023-02-17 - 来自专栏纳米药物前沿
氧化石墨烯-环R10肽核靶向纳米平台克服肿瘤多药耐药
在这项工作中，环状R10肽（cR10）与聚甘油覆盖的纳米氧化石墨烯缀合，该工程化纳米平台可克服肿瘤多药耐药性。 由cR10肽促进的纳米制剂的核靶向，以及随后的激光触发释放的阿霉素释放实现有效的抗癌活性，这在体外和体内实验中均得到证实。 合成的纳米平台具有多种不同特征的组合，包括主动核靶向，高负载能力，药物的受控释放和光热性质，为克服耐多药癌症提供了新的策略。 本文证明了通过聚甘油覆盖的石墨烯纳米片靶向细胞核可以在体内和体外成功克服肿瘤的多药耐药性。 这项工作介绍了一种新开发的环状肽的核靶向纳米药物，为克服肿瘤多药耐药打开了新的大门。
39620发布于 2021-02-04 - 来自专栏DrugOne
. | 跨物种线粒体靶向序列的生成式设计
因此，提升线粒体靶向能力对于核酸酶和药物分子的高效递送也具有重要意义。 要将蛋白质定向至线粒体，需在核编码蛋白的N端添加一段靶向肽。 然而，目前被系统表征的靶向肽数量有限，导致相关序列在工程应用中被反复使用。 结果 构建用于人工线粒体靶向序列设计的变分自编码器 线粒体靶向序列（MTSs）是一类带正电荷的肽段，具有形成两性α螺旋的倾向。 此外，双靶向肽的C末端保留了RR、R-2或R-3剪切位点模体，提示其具备在线粒体内被正确剪切的潜力。综合分析支持双靶向序列可能是由线粒体靶向序列进化而来。 随后，研究人员在潜在空间中进行线性插值，生成了62条假设具有双靶向能力的肽段。通过分析插值路径中肽段的特征变化，研究人员揭示了这类双靶向序列可能源自线粒体靶向肽的进化轨迹。
66810编辑于 2025-05-08 - 来自专栏纳米药物前沿
上海大学王艳丽Small Methods：一种通过细胞核靶向和线粒体介导的凋亡途径治疗肿瘤的高效碳基药物递送系统
据报道，负载DOX的CBNs可用于靶向肿瘤细胞核，但为了提高药物靶向率，通常需要修饰活性靶向配体，如抗体、叶酸和肽（RGD和核靶向肽）等，这些活性靶向配体在提高药物靶向性的同时也存在潜在的缺点，如抗体成本高 、肿瘤穿透率低（因其体积大）、适体稳定性低（因血浆中的核酸酶）以及肽的循环半衰期低（因血浆中的肽酶）等问题。 此外，修饰的靶向配体也使得合成过程繁琐且难以操作。 上海大学王艳丽教授课题组在之前的工作中通过改进的碱基介导的水热分子融合合成了一种新型石墨烯基肿瘤细胞核靶向荧光纳米探针，该探针具有肿瘤细胞靶向性的特点，是一种CBN。 并验证了CPD通过增加细胞内活性氧（ROS）水平和降低线粒体膜电位（MMP）来调节Caspase-3、p53和Bcl-2基因的表达水平，从而促进肿瘤细胞凋亡，发挥其抗肿瘤作用,是一种很有前途的抗肿瘤药物
1K00编辑于 2022-08-15 - 来自专栏纳米药物前沿
中国药科大学周建平/丁杨团队AS：仿生脂质纳米复合物组装体实现“药物-载体”协同清除Aβ和抑制Tau蛋白磷酸化治疗
以天然高密度脂蛋白活性组分载脂蛋白A-I（ApoA-I）和磷脂仿生组装Aβ高亲和纳米复合物，并荷载Tau蛋白磷酸化抑制剂亚甲蓝（MB）；为高效渗透入脑，经apoA-I模拟肽仿生锚定并优化靶向配体Ang密度 ，也为研究Aβ和Tau双靶点抗AD治疗研究提供了有效的动物模型（图2）。 图2Aβ-Tau双病理AD模型构建和筛选。 通过表面等离子体共振（SPR）技术分析APLN/MB具有高Aβ亲和性。 通过修饰不同密度的脑靶向肽Ang，在细胞和动物水平进行靶向效果比较和优化：纳米复合物APLN/MB的脑靶向效果与靶向肽Ang的修饰密度并非正相关，过高的优势密度可能会因位阻作用降低纳米复合物与靶向配体的相互作用 图3 靶向肽Ang密度优化及APLN/MB靶向效果考察。
1.3K50编辑于 2022-08-15 - 来自专栏DrugOne
. | 通过模拟结合界面实现精准肽分子设计
DRUGONE 肽类在靶向治疗中具有口服生物利用度、细胞通透性和高特异性等优势，使其区别于传统的小分子和生物制剂。 小鼠乳腺癌、骨髓瘤和肺癌模型中的注射实验验证了候选肽的膜结合效果，展示了其在临床诊断成像和靶向治疗中的潜力。 与 dyMEAN、HSRN 和 RFDiffusion 等最新模型比较，PepMimic 在所有指标上均表现更优，且在不同长度肽分子中保持稳定优势（图2a-c）。 已知结合物的模拟实验 在 SPRi 实验中，研究人员测试了五个靶点（PD-L1、CD38、BCMA、HER2、CD4）的 384 条候选肽。 在 CD38 和 TROP2 上的实验表明，PepMimic 能提升结合效果，并在体外实验中获得了高亲和力的肽分子（图6）。
40210编辑于 2025-10-14 STTT | 从胰岛素到司美格鲁肽，读懂百年明星分子的现在与未来
心血管疾病：靶向 RAAS 与利钠肽 合成血管紧张素 II 于 2017 年获批，用于脓毒症 / 感染性休克的升压治疗； 利钠肽（ANP / BNP / CNP）是心血管稳态的关键调节因子。 肿瘤：诊疗一体化的新希望 多肽在肿瘤领域有四大应用方向：显像探针、偶联纳米材料、肽疫苗、靶向药物。 例如镥[Lu-177]氧奥曲肽用于神经内分泌肿瘤的诊断与治疗，多种靶向 PD-1 / PD-L1 的多肽正在研发。 图 4｜多肽在肿瘤治疗中的四大应用：(a) 候选肽筛选；(b) 显像与诊断；(c) 肽偶联纳米材料；(d) 肿瘤免疫与靶向治疗。 2 型糖尿病 GLP-1 受体 利拉鲁肽（Liraglutide） 2009 2 型糖尿病 GLP-1 受体 利司那肽（Lixisenatide） 2013 2 型糖尿病 GLP-1 受体 阿必鲁肽（
6500编辑于 2026-06-02- 来自专栏DrugOne
Briefings in Bioinformatics | 用于PPI抑制剂设计的深度分子生成模型
结果表明，生成的分子具有更好的PPI靶向药物相似性和药物相似性。生成的分子与 iPPI-DB 共享化学空间。探索了 PPI 抑制剂的基于肽和基于配体的分子生成。 2 材料和方法 数据准备 研究人员建了一个靶向PPI的ChEMBL 的药物相似子集，用于模型训练。所有分子的拓扑数据均从 ChEMBL29 下载，并使用一系列规则清洗过滤。 基于肽的生成分子案例 为了评估基于肽生成的化合物是否可以成为有效的候选分子，研究人员选择了基于p53(肽)生成 MDM2-p53 靶标的潜在候选抑制剂。 该方法依赖于分子或肽作为种子分子生成多样性的PPI类药性化合物库。目前是第一次将深度分子生成模型应用于 PPI 抑制剂的从头设计。 研究人员探索了基于肽的 PPI 抑制剂设计和基于配体的 PPI 抑制剂设计。结果表明，生成的分子具有更好的 PPI 靶向药物相似性和药物相似性。
77150编辑于 2022-11-28 - 来自专栏DrugOne
. | 挑战难成药蛋白，PepPrCLIP设计精准结合肽
设计结合剂以靶向难成药蛋白在药物研发中是一项重大挑战。在本研究中，作者提供了一个算法框架，用于设计短小、能与靶点结合的线性肽，仅需靶蛋白的氨基酸序列。 作者从一组真实的、相互作用的肽开始，这些肽出现在RCSB PDB的共晶体中（这些肽取自作者的训练集）。接下来，作者使用ESM-2-650M嵌入这些肽的序列。 通过分析生成的肽与其源肽之间的汉明距离的依赖性，作者选择了范围在5到22之间的k值，以保持自然状态的肽序列（图2A）。 图 2 通过改变噪声量和采样的真实肽数量，作者生成了任意大小的生物学可行的从头设计肽集合。 由于UltraID是一种高度结构化的新型蛋白，不存在于两种模型的训练集中，作者评估了PepPrCLIP和RFDiffusion生成靶向UltraID催化口袋的IP（抑制性肽）序列的能力，该催化口袋基于AlphaFold2
35300编辑于 2025-03-03 - 来自专栏DrugOne
Structure | 评估AlphaFold2在肽结构预测上的表现
虽然理论上AF2可用于较短肽的建模，但用于训练AF2的基准集排除了最短的肽结构，因为这些肽的确定方法通常是NMR（核磁共振）光谱学。 虽然正在进行关于评估AF2预测肽-蛋白质复合体结构的性能的工作，但AF2在小肽结构预测上的表现仍未被探索。 在这项工作中，作者的目标是为使用AF2预测10到40个氨基酸长的肽的结构奠定基础，并将AF2的性能与其他肽预测方法进行比较。作者试图理解AF2是否适用于大规模建模通过实验方法难以获得的肽结构。 可溶性α-螺旋肽的异常值再次表明AF2在预测螺旋-转角-螺旋结构时遇到困难（图2D）。此外，对于1AMB，AF2完全未能预测α-螺旋结构，RMSD为每个残基0.369埃（图2D）。 AF2在预测肽结构方面，通过长度归一化的Ca RMSD测量，比所有其他肽组的替代方法表现得更好。有趣的是，AF2只在混合二级结构可溶肽上超过了APPTEST（图5E）。
71110编辑于 2024-04-28 - 来自专栏DrugOne
. | 机制驱动AI新策略：设计专门攻击MRSA持留细胞的抗菌肽
通过这一双重筛选流程，研究人员能够在大规模候选肽库中优先选择具有膜靶向活性并可能对持留菌有效的序列，并进一步通过体外实验、单细胞分析和动物模型验证其抗菌效果。 图2：分类器性能、同源性感知评估、特征重要性分析及CAMPER在生物物理特征空间中的预测精度。 图3：WP-CAMPER1在体外对金黄色葡萄球菌MW2的指数期、持留状态及生物膜相关细胞的生长抑制和杀菌活性。 图4：WP-CAMPER1靶向细菌膜的结构与生物物理机制解析。 研究人员认为，膜靶向抗菌肽是一种有前景的抗感染策略，而将机器学习与机制约束结合，可以显著提升新型抗菌分子的发现效率。
19910编辑于 2026-03-25 - 来自专栏DrugAI
Science | 靶向无序蛋白的新一代结合蛋白设计
DRUGONE 无结构蛋白质和肽在生物过程中发挥关键作用，但由于其缺乏明确定义的结构且具有高度可变的序列和构象特性，因此难以被传统方法靶向。 应用示例 蛋白组学富集：设计子可用于富集低丰度蛋白（如WASH复合体、PER2等），对研究信号通路具有价值。 疾病靶点识别：用于识别突变型肽段（如CTN4），在临床质谱检测中具有潜力。 肿瘤细胞标记：结合MSLN的设计子能特异性标记表达该受体的细胞，表现出良好的肿瘤靶向潜力。 讨论 研究人员提出，靶向无结构蛋白实际上比靶向折叠结构更具优势，因为其构象异质性使其能被诱导至有利的结合状态。 其框架还可推广至： 靶向多种肿瘤相关受体的无结构区域； 检测神经肽、非典型开放阅读框编码蛋白； 通过设计双特异性结合子，提高结合特异性与亲和力； 融入催化功能，实现结合与功能调控的一体化； 探索翻译后修饰靶标
21520编辑于 2026-01-06 多肽与多肽的固相合成技术_MedChemExpress(MCE 中国)
当多个氨基酸通过前一个氨基酸的羧基与下一个氨基酸的氨基发生脱水缩合，形成肽键连接在一起时，便形成了肽链 (图 1)2。 Section.02多肽的功能及其应用作为搭建多肽的“分子积木”，氨基酸种类、序列组合及修饰的多样性共同决定了多肽结构和功能的多样性，使其能执行信号转导与调控、免疫防御、酶催化、靶向识别运输等多种生理功能 药物与疫苗开发多肽可直接作为治疗性药物 (如胰岛素用于治疗糖尿病，司美格鲁肽被批准用于治疗 2 型糖尿病和肥胖)；也可作为靶向载体，辅助药物递送，例如 177Lu-dotatate (Lutathera ®)，其载体肽 Tyr3-octreotate 可将核素 177Lu 递送至表达生长抑素受体的肿瘤部位，实现靶向治疗。 典型的多肽固相合成一般包含以下步骤 (图 2)4：1）氨基酸耦合：选择合适的树脂，将被保护基团保护的氨基酸与树脂结合；2）脱保护：去除氨基酸的保护基团，暴露活性氨基；3）活化与缩合：活化下一个氨基酸的羧基
86110编辑于 2025-06-10靶向KRAS G12V突变的新型TCR疗法进展及蛋白降解策略展望
1.TCR发现与功能验证：研究人员利用HLA-A*11:01转基因小鼠进行免疫，鉴定出两种能够特异性识别由该HLA分子呈递的9氨基酸KRASG12V突变肽的TCR。 其中，1-2CTCR在多个个体中被重复鉴定，属于"公共TCR"。将1-2CTCR构建成嵌合抗原受体T细胞后，其在体外能特异性识别并杀伤多种携带KRASG12V突变的肿瘤细胞系。 2.体内疗效与联合潜力：在动物模型中，1-2CTCR-T细胞展现了明确的抗肿瘤活性。进一步研究发现，其与抗PD-1抗体联合使用时，可产生协同作用，增强对肿瘤生长的抑制效果。 3.结构生物学洞察：通过解析TCR-肽段-HLA三元复合物的晶体结构，研究揭示了G12V突变肽段独特的呈递构象，并明确了TCR通过其互补决定区与突变残基（缬氨酸）形成特异性相互作用的结构基础，这为理解免疫系统精确识别 通过该工具，可系统评估蛋白降解对下游信号通路、细胞功能及肿瘤生长的影响，加速下一代靶向药物的发现。四、结论与展望KRASG12V突变作为重要的致癌驱动因素，其靶向治疗正处于多技术路径并行的突破前夜。
40210编辑于 2026-01-23- 来自专栏纳米药物前沿
AFM：单次注射介孔二氧化硅微棒疫苗诱导对小抗原的体液反应
然而，最有效的疫苗需要多次加强注射，而针对通常用于增加靶标特异性和改善疫苗稳定性的合成分子和肽产生应答仍具有挑战性。 由于抗原呈递细胞对抗原的连续摄取和加工以及持续的toll样受体刺激可以增强体液免疫性，因此探讨了单次注射含有合成分子和肽的介孔二氧化硅微棒（MSR）疫苗是否可以产生有效和持久的体液免疫。 靶向促性腺激素释放激素（GnRH）十肽菌素的疫苗的单次注射可产生超过12个月的高抗GnRH滴度，并且比推注或明矾制剂产生更高的滴度。 在曲妥珠单抗结合域内靶向Her2 / neu肽会导致对肿瘤细胞上Her2的免疫反应，而针对尼古丁的MSR疫苗则产生了长期的抗尼古丁抗体。
45110发布于 2021-02-04 - 来自专栏DrugOne
ACS Fall 2025 |12个最新公布的临床候选药物
5、IID432（Novartis） Ph-1 | 靶向克氏锥虫的拓扑异构酶 II 抑制剂 基于 氰基三唑骨架，对 T. cruzi 高选择性。 9、FOG-001（Parabilis Medicines） Ph-1/2 | 稳定化 α-螺旋肽（Helicon™ 技术） 抑制 β-catenin/TCF4 相互作用，靶向 Wnt 通路。 10、TYRA-200（Tyra Biosciences） Ph-1 | 共价 FGFR2 抑制剂 克服现有 FGFR 抑制剂耐药突变。 在胆管癌及其他 FGFR2 突变驱动癌中实现显著肿瘤回缩。 11、MOMA-341（MOMA Therapeutics） Ph-1 | 共价 WRN 抑制剂 靶向 Cys727，利用合成致死机制，适用于 MSI-H/dMMR 肿瘤。 肽类与宏环分子 在放射配体和 PPI 靶向中展现潜力。 耐药克服与新型作用机制 成为焦点（如 FGFR2、WRN、PIP4K2C）。 传染病与炎症疾病 领域同样迎来小分子突破。
32910编辑于 2025-09-02 - 来自专栏智能生信
BMC Bioinf｜基于双向LSTM和Multi-head Attention的HLA与肽的结合预测
在HLA分子与肽的结合预测任务中，基于深度学习的预测模型虽然表现出较好的性能，但许多依赖于特定类型的HLA分子或特定的肽表位长度，且对数据量依赖较大，这导致数据量较少的HLA-C类分子和长肽表位的预测性能相对不佳 一、研究背景 1.1 背景 近年来，基于特异性T细胞的免疫治疗不断发展，取得了较好的成果，而靶向识别是免疫治疗过程的重要一环。对于靶向识别而言，准确预测HLA与肽的结合是其中的关键。 (2) 由于现存数据中多数位点序列长度为8-11，导致长位点序列的数据量较小，在模型上预测准确度较低。 注意力计算方式 2.4 融合层与输出层 对于得到的注意力向量，使用2维卷积得到融合向量。再将融合向量线性激活，得到预测概率。 2.5 模型架构 ? 图2. 未来，作者将考虑引入自sel-attention机制和word2vec模型来改善序列的表示方式，以进一步提升模型的预测性能。
1K20发布于 2021-04-13 - 来自专栏生命科学
MCE | HIV 衣壳蛋白有望成为 HIV 治疗新靶标
例如衣壳不仅充当保护屏障使病毒基因组免于被识别和降解，而且还能促进逆转录，与核孔复合体接触，并直接整合位点靶向。 靶向CA 的抑制剂靶向 CA 可以干扰 HIV-1 复制周期的早期和晚期步骤。近年来，越来越多抑制 CA 功能的小分子和基于肽的化合物被发现或开发。 靶向HIV-1 GagGag 蛋白是逆转录病毒编码的三种基因产物之一，HIV-1 的组装主要由 Gag 蛋白控制。 出芽后，Gag 被病毒蛋白酶切割，从而产生一系列较小的蛋白质 (MA、CA 和 NC) 和肽 (SP1、SP2 和 p6)。除了已经介绍的 CA 之外，Gag 的其他组分也与其功能密不可分。 HIV 靶点抑制剂及其作用机制Peptide T源自 HIV-1 gp120 的 V2 区的八肽，是 CD4 受体的配体，可阻止 HIV 与 CD4 受体结合Plerixafor选择性的 CXCR4 拮抗剂
56830编辑于 2023-03-15 - 来自专栏生命科学
高通道筛选出的小分子 应用到伊蚊“控制”| MedChemExpress
（3-4天）（Figure 2. ）。 TM30335 是人类 NPY Y2 和 NPY Y4 受体的激动剂，BIIE0246 是人类 NPY Y2 受体的拮抗剂，二者均可以通过 NPY Y2 受体起作用。 为了验证人类 NPY Y2 靶向药物是否在蚊子中同样也靶向调节 NPY 受体，研究者克隆了 49 个埃及伊蚊神经肽受体，并通过细胞实验去探究上述药物对蚊子受体的调节作用。 实验结果发现，TM30335 可以激活蚊子受体NPYLR7，而 BIIE0246 也靶向调节该受体（Figure 4.）。 相关产品： BIIE-0246 BIIE-0246 是一种有效的、非肽神经肽 Y (NPY) Y2 受体的高度选择性拮抗剂，其 IC50 值为 15 nM。
35720编辑于 2023-02-20
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