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氧化石墨烯-环R10肽核靶向纳米平台克服肿瘤多药耐药
在这项工作中，环状R10肽（cR10）与聚甘油覆盖的纳米氧化石墨烯缀合，该工程化纳米平台可克服肿瘤多药耐药性。 由cR10肽促进的纳米制剂的核靶向，以及随后的激光触发释放的阿霉素释放实现有效的抗癌活性，这在体外和体内实验中均得到证实。 本文证明了通过聚甘油覆盖的石墨烯纳米片靶向细胞核可以在体内和体外成功克服肿瘤的多药耐药性。 该系统使多药耐药丧失能力的有效性归因于多方面的成功结合，包括cR10对细胞核的靶向能力，DOX与石墨烯纳米片的牢固结合以及激光触发的DOX释放和光热效应。 有和没有激光照射显示出最佳和次佳结果，指出了cR10克服多药耐药的关键作用。这项工作介绍了一种新开发的环状肽的核靶向纳米药物，为克服肿瘤多药耐药打开了新的大门。
39620发布于 2021-02-04 - 来自专栏纳米药物前沿
Angew：靶向肿瘤和免疫细胞中GRPr的肽偶联的铱（III）复合物
胃泌素释放肽受体（GRPr）在生命系统中起着增生和炎性的作用。本文报道了一种高度选择性的GRPr拮抗剂（JMV594）-铱（III）络合物，用于探测活肿瘤细胞和免疫细胞中的GRPr。 这是第一个肽偶联的铱（III）复合物，被开发为GRPr生物成像探针和GRPr活性的调节剂。这种诊疗制剂在揭示GRPr在生命系统中的各种作用方面显示出巨大潜力。 总体而言，此工作为开发肽偶联的金属基探针提供了一种有效的方法，该探针不仅保留了金属化合物的优异光物理特性，而且还结合了肽的理想生化特性。
57310发布于 2021-02-04 - 来自专栏DrugOne
. | 跨物种线粒体靶向序列的生成式设计
然而，目前被系统表征的靶向肽数量有限，导致相关序列在工程应用中被反复使用。 结果 构建用于人工线粒体靶向序列设计的变分自编码器 线粒体靶向序列（MTSs）是一类带正电荷的肽段，具有形成两性α螺旋的倾向。 这些肽段通常位于目的蛋白的N端，长度为10–120个氨基酸，典型长度约为35个氨基酸。与过氧化物酶体等细胞器不同，MTSs 并不包含特定的序列模体，其导入过程依赖于理化性质和结构特征。 结果表明，人工MTS平均与任何自然MTS相差10–15个氨基酸，展示出良好的结构多样性。 模型生成序列覆盖自然MTS空间 研究人员进一步评估了VAE模型对自然MTS序列空间的覆盖能力。 随后，研究人员在潜在空间中进行线性插值，生成了62条假设具有双靶向能力的肽段。通过分析插值路径中肽段的特征变化，研究人员揭示了这类双靶向序列可能源自线粒体靶向肽的进化轨迹。
66810编辑于 2025-05-08 - 来自专栏DrugOne
. | 通过模拟结合界面实现精准肽分子设计
DRUGONE 肽类在靶向治疗中具有口服生物利用度、细胞通透性和高特异性等优势，使其区别于传统的小分子和生物制剂。 表面等离子共振成像显示约 8% 的肽分子具有 10⁻⁸ M 级别的亲和力，26 条肽的 KD 值低至 10⁻⁹ M，明显优于随机文库筛选。 小鼠乳腺癌、骨髓瘤和肺癌模型中的注射实验验证了候选肽的膜结合效果，展示了其在临床诊断成像和靶向治疗中的潜力。 结果显示 CD38、HER2 和 CD4 的命中率超过 10%，而 PD-L1 和 BCMA 较低。 实验验证结果表明，该方法在多个肿瘤模型中展示了靶向成像和治疗的潜力。未来，PepMimic 不仅可用于药物开发，还可应用于基础研究中的蛋白互作机制解析和诊断工具开发。
40210编辑于 2025-10-14 - 来自专栏DrugOne
. | 挑战难成药蛋白，PepPrCLIP设计精准结合肽
设计结合剂以靶向难成药蛋白在药物研发中是一项重大挑战。在本研究中，作者提供了一个算法框架，用于设计短小、能与靶点结合的线性肽，仅需靶蛋白的氨基酸序列。 模型评估 评估时，作者使用三个关键指标：二元准确率、前1准确率和前10%准确率。二元准确率是模型在给定两个蛋白质-肽对时预测正确结合对的准确性。 前1准确率是对于给定蛋白质，模型从数据集中随机抽样的64个肽中选择正确结合肽的可能性，前10%准确率是该肽在按CLIP得分对该蛋白排名时位于前10%肽中的可能性。 因此，前10%准确率使作者能够衡量模型准确排序一组肽候选物的能力。如果可用于筛选的资源有限，高前10%准确率提供了信心，表明模型将优先考虑高质量的肽候选物。 高斯扰动生成自然状态肽用于CLIP优先排序 大约存在10^26种可能的20核苷酸寡聚体肽——对于给定靶点来说，无论是在体内还是体外，这都是一个太大而无法详尽筛选的空间。
35300编辑于 2025-03-03 - 来自专栏DrugOne
Briefings in Bioinformatics | 用于PPI抑制剂设计的深度分子生成模型
结果表明，生成的分子具有更好的PPI靶向药物相似性和药物相似性。生成的分子与 iPPI-DB 共享化学空间。探索了 PPI 抑制剂的基于肽和基于配体的分子生成。 3 结果与讨论 模型性能 所有模型在来自训练数据集的 300000 个预处理的分子上进行了训练，并在 10 000 个测试和骨架拆分测试集上进行了测试。 基于肽的生成分子案例 为了评估基于肽生成的化合物是否可以成为有效的候选分子，研究人员选择了基于p53(肽)生成 MDM2-p53 靶标的潜在候选抑制剂。 分子对接结果显示，研究人员找到了 10 种具有比参考化合物更高的对接分数和 QEPPI 值的化合物。 研究人员探索了基于肽的 PPI 抑制剂设计和基于配体的 PPI 抑制剂设计。结果表明，生成的分子具有更好的 PPI 靶向药物相似性和药物相似性。
77050编辑于 2022-11-28 STTT | 从胰岛素到司美格鲁肽，读懂百年明星分子的现在与未来
图 1｜2019 年全球非胰岛素多肽药物销量 Top 10，前三位均为 GLP-1 类似物。 二、多肽的长板与短板 多肽药物的作用机制类似生物药——高亲和力、高特异性地结合细胞表面受体并触发胞内效应。 心血管疾病：靶向 RAAS 与利钠肽 合成血管紧张素 II 于 2017 年获批，用于脓毒症 / 感染性休克的升压治疗； 利钠肽（ANP / BNP / CNP）是心血管稳态的关键调节因子。 肿瘤：诊疗一体化的新希望 多肽在肿瘤领域有四大应用方向：显像探针、偶联纳米材料、肽疫苗、靶向药物。 例如镥[Lu-177]氧奥曲肽用于神经内分泌肿瘤的诊断与治疗，多种靶向 PD-1 / PD-L1 的多肽正在研发。 图 4｜多肽在肿瘤治疗中的四大应用：(a) 候选肽筛选；(b) 显像与诊断；(c) 肽偶联纳米材料；(d) 肿瘤免疫与靶向治疗。
6200编辑于 2026-06-02- 来自专栏纳米药物前沿
上海大学王艳丽Small Methods：一种通过细胞核靶向和线粒体介导的凋亡途径治疗肿瘤的高效碳基药物递送系统
据报道，负载DOX的CBNs可用于靶向肿瘤细胞核，但为了提高药物靶向率，通常需要修饰活性靶向配体，如抗体、叶酸和肽（RGD和核靶向肽）等，这些活性靶向配体在提高药物靶向性的同时也存在潜在的缺点，如抗体成本高 、肿瘤穿透率低（因其体积大）、适体稳定性低（因血浆中的核酸酶）以及肽的循环半衰期低（因血浆中的肽酶）等问题。 此外，修饰的靶向配体也使得合成过程繁琐且难以操作。 上海大学王艳丽教授课题组在之前的工作中通过改进的碱基介导的水热分子融合合成了一种新型石墨烯基肿瘤细胞核靶向荧光纳米探针，该探针具有肿瘤细胞靶向性的特点，是一种CBN。 结果表明，CPD在肿瘤细胞核中的DOX靶向率高达36.78 %，在肿瘤组织中的ID/g百分比高达30.09 %，肿瘤生长抑制率高达79.42±2.83 %，大大降低了DOX的全身副作用。
1K00编辑于 2022-08-15 - 来自专栏DrugAI
Science | 靶向无序蛋白的新一代结合蛋白设计
DRUGONE 无结构蛋白质和肽在生物过程中发挥关键作用，但由于其缺乏明确定义的结构且具有高度可变的序列和构象特性，因此难以被传统方法靶向。 研究人员先在6条合成序列上进行了测试，在平均每个靶标8个设计中获得了高亲和力结合，且多为10~100纳摩尔范围。 疾病靶点识别：用于识别突变型肽段（如CTN4），在临床质谱检测中具有潜力。 肿瘤细胞标记：结合MSLN的设计子能特异性标记表达该受体的细胞，表现出良好的肿瘤靶向潜力。 讨论 研究人员提出，靶向无结构蛋白实际上比靶向折叠结构更具优势，因为其构象异质性使其能被诱导至有利的结合状态。 其框架还可推广至： 靶向多种肿瘤相关受体的无结构区域； 检测神经肽、非典型开放阅读框编码蛋白； 通过设计双特异性结合子，提高结合特异性与亲和力； 融入催化功能，实现结合与功能调控的一体化； 探索翻译后修饰靶标
21520编辑于 2026-01-06 - 来自专栏纳米药物前沿
中国药科大学周建平/丁杨团队AS：仿生脂质纳米复合物组装体实现“药物-载体”协同清除Aβ和抑制Tau蛋白磷酸化治疗
以天然高密度脂蛋白活性组分载脂蛋白A-I（ApoA-I）和磷脂仿生组装Aβ高亲和纳米复合物，并荷载Tau蛋白磷酸化抑制剂亚甲蓝（MB）；为高效渗透入脑，经apoA-I模拟肽仿生锚定并优化靶向配体Ang密度 通过修饰不同密度的脑靶向肽Ang，在细胞和动物水平进行靶向效果比较和优化：纳米复合物APLN/MB的脑靶向效果与靶向肽Ang的修饰密度并非正相关，过高的优势密度可能会因位阻作用降低纳米复合物与靶向配体的相互作用 图3 靶向肽Ang密度优化及APLN/MB靶向效果考察。 优化并评价纳米复合物体内靶向效果及体内致病毒蛋白Aβ清除和Tau蛋白磷酸化抑制效果和机制。 “药物-载体”协同治疗策略通过同时靶向AD双致病诱因，有望阻断甚至逆转AD病程，为AD药物研发提供新策略，极具应用前景。
1.3K50编辑于 2022-08-15 多肽与多肽的固相合成技术_MedChemExpress(MCE 中国)
近年来，科研工作者成功打造了一款针对肥胖的“神级装备”——司美格鲁肽，使“减肥”成为科研圈的现象级词条。 多肽是以氨基酸为基本单位，经肽键连接而成的生物分子，其分子量一般小于 10 KDa。要了解多肽性质及其合成过程，首先需要了解氨基酸的结构特点。氨基酸是同时含有氨基和羧基官能团的一类有机化合物。 Section.02多肽的功能及其应用作为搭建多肽的“分子积木”，氨基酸种类、序列组合及修饰的多样性共同决定了多肽结构和功能的多样性，使其能执行信号转导与调控、免疫防御、酶催化、靶向识别运输等多种生理功能 药物与疫苗开发多肽可直接作为治疗性药物 (如胰岛素用于治疗糖尿病，司美格鲁肽被批准用于治疗 2 型糖尿病和肥胖)；也可作为靶向载体，辅助药物递送，例如 177Lu-dotatate (Lutathera ®)，其载体肽 Tyr3-octreotate 可将核素 177Lu 递送至表达生长抑素受体的肿瘤部位，实现靶向治疗。
86110编辑于 2025-06-10- 来自专栏DrugOne
ACS Fall 2025 |12个最新公布的临床候选药物
5、IID432（Novartis） Ph-1 | 靶向克氏锥虫的拓扑异构酶 II 抑制剂 基于 氰基三唑骨架，对 T. cruzi 高选择性。 9、FOG-001（Parabilis Medicines） Ph-1/2 | 稳定化 α-螺旋肽（Helicon™ 技术） 抑制 β-catenin/TCF4 相互作用，靶向 Wnt 通路。 10、TYRA-200（Tyra Biosciences） Ph-1 | 共价 FGFR2 抑制剂 克服现有 FGFR 抑制剂耐药突变。 在胆管癌及其他 FGFR2 突变驱动癌中实现显著肿瘤回缩。 11、MOMA-341（MOMA Therapeutics） Ph-1 | 共价 WRN 抑制剂 靶向 Cys727，利用合成致死机制，适用于 MSI-H/dMMR 肿瘤。 肽类与宏环分子 在放射配体和 PPI 靶向中展现潜力。 耐药克服与新型作用机制 成为焦点（如 FGFR2、WRN、PIP4K2C）。 传染病与炎症疾病 领域同样迎来小分子突破。
32910编辑于 2025-09-02 Cell | PocketXMol：原子级统一建模重塑AI药物研发范式，并发现强效小分子和多肽抑制剂！
生成分子中35.37%同时满足“Vina得分优于参考分子+3D结构有效”，远超第二名的20.54%（p=4.9×10⁻²⁴）（图2B）。 （p=3.18×10⁻²⁴），侧链构象RMSD中位数仅1.1Å，与真实结构高度一致（图4H-J）； 环肽设计：在26个蛋白-环肽复合物测试中，Top1/Top10 Rosetta结合能优于AfDesign PD-L1靶向肽：高亲和力与体内肿瘤靶向性验证 PD-L1是免疫治疗的核心靶点，PocketXMol设计的10残基肽展现出优异的靶向性能： 结合亲和力：382个合成肽中，15个Kd达10⁻⁸M，76个达 10⁻⁷M，命中率远超随机肽库（10⁷库容仅8个10⁻⁸M级肽）； 细胞特异性：FITC标记的P65、P73、P282肽能特异性结合PD-L1阳性H1975细胞，与PD-L1抗体共定位，对PD-L1阴性 ：P282肽能剂量依赖性抑制PD-1/PD-L1相互作用，为免疫治疗提供了新的肽类候选分子。
53420编辑于 2026-03-03- 来自专栏DrugOne
Bioact. Mater. | 基于集成计算策略开发新型抗胞内菌感染药物
通过以下规则确定候选肽序列：a）AMP_model预测为抗菌肽概率大于0.9；b）Hemolysis_model预测结果为非溶血肽；c）肽序列长度小于10个氨基酸。 2、跨尺度分子动力学模拟解析肽-膜相互作用 通过人工智能模型初步得到6条候选肽序列之后，研究者借助分子动力学模拟对候选肽和磷脂膜之间的相互作用进行系统性研究。 通过比较肽在细菌细胞膜体系（POPE/POPG）和哺乳动物细胞膜体系（POPC）中的行为差异分析其靶向性和作用机制。 靶向性是确保药物高效清除胞内菌而无细胞毒性的关键因素。 基于跨尺度分子动力学模拟构建肽-膜相互作用综合评价体系，从原子层面解析候选分子的靶向性与作用机制。随后，制定系统的实验方案对于目标分子的生物活性进行全面验证。
37510编辑于 2025-05-12 - 来自专栏DrugOne
. | 机制驱动AI新策略：设计专门攻击MRSA持留细胞的抗菌肽
单细胞微流控实验显示，该肽能够杀死指数生长期的持留细菌，证明机制型人工智能可用于开发针对耐药和持留菌的新型抗菌肽。 为解决这一问题，研究人员提出一种机制型人工智能策略，将机器学习模型与生物物理约束评分结合，通过同时考虑统计预测和膜作用机制，从而优先筛选具有真实膜破坏能力的抗菌肽，并专门用于靶向持留细胞和生物膜。 通过这一双重筛选流程，研究人员能够在大规模候选肽库中优先选择具有膜靶向活性并可能对持留菌有效的序列，并进一步通过体外实验、单细胞分析和动物模型验证其抗菌效果。 图4：WP-CAMPER1靶向细菌膜的结构与生物物理机制解析。 研究人员认为，膜靶向抗菌肽是一种有前景的抗感染策略，而将机器学习与机制约束结合，可以显著提升新型抗菌分子的发现效率。
19810编辑于 2026-03-25 - 来自专栏生命科学
科研助攻 | 一文讲清：如何破解 PPI 靶点成药难题 | MedChemExpress (MCE)
随着相关研究的深入，热点 (Hot Spots) 的发现使有效靶向 PPI 成为可能。 注意：丙氨酸扫描法鉴定热点是基于各个残基与靶标蛋白的结合能确定的，但并不意味这些残基就是药物设计中的有效靶向位点，需要具备一些能够与配体结合的结构特征才能被确定为有效结合位点。 基于结构设计的 PPI 抑制剂策略分为两种，第一种是基于界面热点结构设计小分子药物，第二种是拟肽设计，依靠计算机建模模拟 PPI 中关键肽的二级结构，根据关键肽形成的 α 螺旋结构设计肽/拟肽类化合物。 Curr Drug Metab. 2017;18(1):5-10. [2] Lu, Haiying et al. B vol. 13,10 (2023): 4060-4088.[8] Wang, Zhi-Zheng et al.
45910编辑于 2024-06-27 - 来自专栏DrugOne
. | 小样本深度学习模型从百亿级多肽样本库中 精准挖掘抗鲍曼不动杆菌肽
但是因鲍曼不动杆菌生存力顽强的特性，其靶向抗菌肽的研发进展缓慢，目前仅报道百余条相关抗菌肽，这证明开发抗鲍曼不动杆菌肽难度较大。 近年来，人工智能等方法在开发抗菌肽领域获得巨大成功。 使用该工作流，分别从六肽（0.64亿）、七肽（12.8亿）以及八肽（256亿）全文库中挖掘抗菌肽。湿实验结果表明，91.1%（41/45）的多肽表现抗菌活性（图3a,b）。 这是一种不易耐药的杀菌机制，而耐药性实验也证明，抗菌肽在10天细菌培养条件下，没有产生耐药性（图4j）。RNA-seq结果也证明，抗菌肽处理后，细菌耐药基因未出现上调（图4k）。 使用657个抗白色念珠菌肽阳性样本微调模型（替换了148个抗鲍曼不动杆菌肽数据），分别重新训练分类-排序-回归模型。再从包含12.8亿样本的七肽全文库中挖掘top-10样本。 湿实验结果证明，90%（9/10）多肽具有抗菌活性，最强抗菌肽的MIC达16 μg/mL。该结果证明FSLSMEP具有较强的泛化性，能有效帮助筛选其他数据匮乏的抗菌肽。
19220编辑于 2026-03-02 - 来自专栏优雅R
生信爱好者周刊（第 44 期）：为何动物的寿命差异那么大？
肽和 HLA 结合的计算预测可以加速免疫原性肽筛选并促进疫苗设计。然而目前缺乏一个自动程序来优化对目标 HLA 等位基因具有更高亲和力的突变肽。 网址：https://peerxiv.web.app/dashboard/papers 4、DrugCVar|一个针对特定变异位点的肿瘤靶向用药分析平台 DrugCVar的主页展示 DrugCVar是由中山大学肿瘤防治中心刘泽先研究员团队开发的一个针对特定变异位点的肿瘤靶向用药分析平台 该平台整合了近几年发表的临床试验文献以及公开数据库 (OncoKB、CIViC、CGI和MCG) 的数据方便用户快速检索肿瘤变异靶向用药方案，同时对不同格式的肿瘤变异位点数据进行批量注释，为研究肿瘤的潜在靶向突变和制定治疗策略提供了重要数据支持 11、gitdown|便捷创建gitbook[10] gitdown包可以用来创建gitbook。 、miloR|基于KNN图对单细胞数据集进行丰度差异分析: https://github.com/MarioniLab/miloR [10] 11、gitdown|便捷创建gitbook: https:
1K20编辑于 2022-12-30 - 来自专栏智能生信
. | 机器学习设计非溶血性抗菌肽
2 模型 1.DDBAASP 作者在阈值为32 μg mL -1和 10 μM 的情况下，鉴定了 4774 个活性和 1867 个非活性线性肽。 然后，从两个生成模型中各采样50000个肽序列。 ? 属性分布和过滤器 接着，根据两种策略来进一步筛选序列： （1）使用计算的疏水矩和预测的α-螺旋分数作为两亲性螺旋的估计值来进一步过滤序列并进行聚类； （2）从每个肽池中随机抽取 10 个序列以遵循模型采样分布 最终获得的序列都至少有5个位置与AMP活性和溶血性分类器的训练集和测试集不同，来自模型a的序列标记为GN(Gram-阴性靶向化合物)，来自模型b的序列标记为GP(Gram-阳性靶向化合物)。 表1测定结果显示，GN肽中有9种活性肽，6种对绿脓杆菌、鲍曼不动杆菌均有活性和非溶血性，GP肽中只有3种对MRSA有活性，其中2种有非溶血性。 ?
1.3K20发布于 2021-06-24 靶向KRAS G12V突变的新型TCR疗法进展及蛋白降解策略展望
近期，中国科学院大学团队在《NatureCommunications》上发表的研究，揭示了通过T细胞受体疗法靶向KRASG12V突变新抗原的可行性。 1.TCR发现与功能验证：研究人员利用HLA-A*11:01转基因小鼠进行免疫，鉴定出两种能够特异性识别由该HLA分子呈递的9氨基酸KRASG12V突变肽的TCR。 3.结构生物学洞察：通过解析TCR-肽段-HLA三元复合物的晶体结构，研究揭示了G12V突变肽段独特的呈递构象，并明确了TCR通过其互补决定区与突变残基（缬氨酸）形成特异性相互作用的结构基础，这为理解免疫系统精确识别 此项研究证实了针对共享KRASG12V突变开发"现成"TCR-T细胞疗法的潜在可行性，为克服该突变亚型的靶向治疗困境提供了新的免疫学方案。 通过该工具，可系统评估蛋白降解对下游信号通路、细胞功能及肿瘤生长的影响，加速下一代靶向药物的发现。四、结论与展望KRASG12V突变作为重要的致癌驱动因素，其靶向治疗正处于多技术路径并行的突破前夜。
40210编辑于 2026-01-23
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