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  • 来自专栏生命科学

    MCE | 死亡——调节性细胞死亡

    2死亡可以通过两条主要途径:外源性 (转运蛋白依赖) 途径,内源性 (酶调控) 途径。 1、抑制胱氨酸/谷氨酸反向转运蛋白来促进死亡 System xc- 是细胞内重要的抗氧化体系,该系统由 2 个亚基组成,SLC7A11 和 SLC3A22转运蛋白与“超载” 增加的吸收,减少的储存和限制的外流都会导致积累增加,然后通过一系列的信号传导途径来促进死亡2、AMPKα1/α2的基因敲除细胞系建立 上述模拟或诱导能量应激的化合物均会激活 AMPK,那么 AMPK 是否参与能量应激介导的死亡抑制? 2、Hyemin Lee 等人使用死亡通路相关的抑制剂/诱导剂,以及建立了 AMPK敲除细胞系,证明死亡与 AMPK 之间的调节关系。

    1.2K10编辑于 2023-03-09
  • 来自专栏用户7627119的专栏

    死亡相关基因集

    死亡(Ferroptosis)最早由哥伦比亚大学Dr. Brent R.Stockwell在2012年提出,是一种依赖性的,区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。 死亡的的本质是谷胱甘肽的耗竭,谷胱甘肽过氧化物酶(GPX4)活性下降,脂质氧化物不能通过GPX4催化的谷胱甘肽还原酶反应代谢,之后二价的离子氧化脂质产生活性氧,从而促使死亡的发生。 今天我们就来聊聊如何获取死亡相关的基因集合。 FerrDb数据库(http://www.zhounan.org/ferrdb/current/)是广州医科大学附属脑科医院和四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室共同开发的,是人工收集管理的死亡相关的标志物和调控因子以及死亡关联疾病的数据库 截止到目前为止,该数据库从PubMed数据库下载了784篇关于死亡的文章,并从中提取死亡的调控因子和标志物以及相关疾病。数据库在更新中。

    1.2K20编辑于 2022-09-21
  • 来自专栏生命科学

    MCE | 死亡抑制机制

    众所周知,谷胱甘肽过氧化物酶 4 (GPX4) 和死亡抑制蛋白 1 (FSP1) 构成了死亡的两大主要防御系统→ 1) GPX4 通过减少谷胱甘肽 (GSH) 来减少脂质氢过氧化物造成的毒性; 2) FSP1 是不依赖谷胱甘肽的死亡抑制因子,它作为氧化还原酶,在细胞膜上将辅酶 Q (CoQ) 还原为泛醇 (CoQH2),CoQH2作为一种捕获自由基的亲脂性抗氧化剂,可以抑制脂质过氧化物。 ,并伴随尿苷 (Uridine; 嘧啶生物合成的最终产物) 的积累,然而死亡抑制剂 (Liproxstatin-1) 能够降低 RSL3 处理后增加的 15N-UMP(尿苷-15N2 5'-单磷酸) 此外,抑制 DHODH 可增强细胞对 class 2 死亡诱导剂 (RSL3 和 ML162;抑制 GPX4 活性) 和 class 1 死亡诱导剂 (Sulfasalazine和Erastin;阻断 即 DHODH 通过将线粒体中的 CoQ 还原为 CoQH2来抑制死亡

    1.1K50编辑于 2023-03-09
  • 来自专栏生命科学

    死亡化合物库 | MedChemExpress

    目前研究发现,一些其他的信号通路及生命进程也会影响死亡的敏感性,如 CoQ10 作为细胞膜上的抗氧化剂,是一种内源性的死亡的抑制剂;NADPH 及硒的丰度也会影响死亡的敏感性;p53 及 Nrf2 死亡与疾病 生命机体的正常生理进程是否有死亡的参与还不清楚,但很多疾病均报道与死亡有关,包括肿瘤、神经退行性疾病、局部缺血再灌注损伤、肾衰竭等。 另外死亡在肿瘤免疫治疗中也具有重要的作用,抑制肿瘤细胞的死亡通路后,会降低肿瘤细胞对免疫治疗的敏感性。综上说明,死亡在肿瘤治疗中或可发挥重要作用。 为方便科研研究,MCE 死亡化合物库,主要包含一些常用的死亡诱导剂及抑制剂,化合物主要靶向 GPX4,system Xc-,ROS,DPP4,p53,Nrf2 等与死亡密切相关的靶点,可以用于死亡机制及相关疾病的研究 J Hematol Oncol 12, 34(2019). [2] Brent R.Stockwell, José Pedro Friedmann Angeli. et al.

    45120编辑于 2023-03-03
  • 来自专栏生命科学

    死亡,究竟该如何检测?- MedChemExpress

    关于 GSH/GPX4 途径System Xc- 是一种广泛分布在磷脂双分子层中的重要的抗氧化体系,由两个亚基 SLC7A11 和 SLC3A2 组成的异二聚体。 死亡如何检测呢?死亡的关键指标死亡是由依赖的脂质过氧化驱动的,因此在死亡期间检测这种脂质过氧化是必要的。 相关产品Erastin死亡诱导剂,结合且抑制电压依赖性阴离子通道 (VDAC2/VDAC3)。RSL3死亡诱导剂,可直接降低 GPX4 的表达。 H2DCFDA可渗透细胞的,用于检测细胞内活性氧 (ROS) 水平的探针。JC-1 试剂盒用于测量线粒体膜电位的荧光探针试剂盒。 Hepatology. 2017 Aug;66(2):449-465. 6. Li L, et, al.

    1.3K30编辑于 2022-12-28
  • 来自专栏生命科学

    fer1死亡抑制剂介绍|死亡抑制剂fer-1原理|MCE

    01fer1死亡抑制剂介绍Ferrostatin-1 (Fer-1) 是一种有效的、选择性的 ferroptosis 抑制剂,抑制 Erastin 诱导的 HT-1080 细胞死亡 (EC50=60 Ferrostatin-1 在亨廷顿病 (HD)、脑室周围白质软化症 (PVL) 和肾功能障碍的细胞模型中抑制细胞死亡[2]。 02死亡抑制剂fer-1原理Ferrostatin-1(Fer-1)是一种有效的死亡(ferroptosis)抑制剂,其主要作用原理是通过抑制脂质过氧化来阻止死亡的发生。 具体来说,死亡是一种依赖性的、由脂质过氧化驱动的程序性细胞死亡形式。 总之,Fer-1通过作为自由基清除剂,阻断脂质过氧化链式反应,从而有效抑制死亡,被广泛用于研究死亡在神经退行性疾病、缺血再灌注损伤、肿瘤等疾病中的作用。

    70011编辑于 2025-10-27
  • 来自专栏生命科学

    死亡标志:细胞形态变化、代谢改变、分子特征与程序性死亡比较 | MCE

    01细胞形态变化脂质过氧化是死亡的核心驱动因素,因此,死亡细胞的形态变化主要出现在细胞富含脂质的生物膜上以及细胞中维持氧化还原平衡的线粒体中。 02细胞代谢水平的变化铁死亡积累和脂质过氧化密切相关。 此外,过量的亚铁离子(Fe2+)可以产生过量活性氧(ROS),导致脂质过氧化,诱导死亡。同时,GSH 水平显著下降,导致细胞抗氧化能力减弱,进而加剧脂质过氧化物的积累,并诱导死亡。 03细胞分子水平的变化铁死亡受到多种机制调控,主要分为过氧化代谢部分(如代谢途径和脂代谢途径) 和抗氧化部分 (如 System xc--GSH-GPX4 途径,AIFM2-CoQ10, GCH1-BH4 04死亡和铜死亡的比较参考文献:[15] Nanoscale Adv. 2023 Feb 14;5(5):1271-1290.

    1.1K12编辑于 2025-06-30
  • 来自专栏作图丫

    死亡相关预后signature轻松发6+~

    然而,先进的多学科治疗并不能挽救高危乳腺癌转移的死亡率。死亡是一种新发现的与癌症治疗相关的调节细胞死亡的形式,特别是在根除对传统疗法有抵抗力的侵袭性恶性肿瘤方面。 背景介绍 死亡在最近两年已然成为热点,今天小编为大家带来的这篇文章,作者通过死亡相关基因识别乳腺癌预后基因特征,文章发表在《Frontiers in Cell and Developmental Biology 从 FerrDb 网站获得了 259 个与死亡相关的基因。 结果解析 01 技术路线 本研究技术路线如图1所示。 图 1 02 TCGA中与预后死亡相关的DEGs的识别 本研究首先在 TCGA 队列中鉴定了预后死亡相关的 DEGs,结果显示大多数死亡相关基因在乳腺癌肿瘤组织和邻近的非肿瘤组织之间差异表达,包括 图 7 小编总结 本研究探索了乳腺癌组织中总共 259 个明确定义的死亡相关基因及其与 OS 的相关性。外部队列构建并验证了一种新的 11 基因死亡相关预后模型。

    61310编辑于 2022-12-04
  • AbMole小课堂:Ferrostatin-1如何高效阻断死亡

    死亡是一种依赖于的非凋亡形式的细胞死亡,其特征是细胞内离子水平升高和脂质过氧化反应加剧。 Ferrostatin-1(Fer-1,AbMole,M2698)是一种经典的死亡抑制剂,被大量高分文献使用以探究死亡的发生机制和生理作用。 这种对自由基的捕捉和稳定作用,使得 Ferrostatin-1 能够在脂质过氧化的关键步骤发挥抑制作用,保护细胞膜的完整性和功能,进而抑制死亡的发生[2]。 2. LIP中的Fe2+被认为与死亡高度相关。有研究表明20 μM 的Ferrostatin-1(Fer-1)可有效降低胞内LIP 达50%以上[3]。图2.

    34810编辑于 2025-11-27
  • AbMole| 焦距细胞焦亡、死亡与坏死性凋亡

    死亡和抗肿瘤免疫死亡是一种新型的调节细胞死亡形式,其特征是依赖性的脂质 ROS 积累达到致死水平。对死亡的敏感性由许多基本分子决定。 因此,低GPX4表达水平与对死亡的敏感性增加有关。类似地,胱氨酸-谷氨酸逆向转运蛋白(Xc-系统)的活性对于死亡的执行很重要。 最近的研究表明,控制自噬的关键基因的敲除或敲低通过降低细胞内亚铁水平来限制erastin诱导的死亡,也将死亡定义为一种自噬依赖性细胞死亡。许多研究表明,死亡与癌症的发生有关。 肿瘤抑制因子 p53 与死亡的敏感性密切相关,基于不同癌症中广泛存在的 p53 突变,推测死亡是抵抗肿瘤发生的内在机制。 由于最近报道 HMGB1 是与死亡相关的 DAMP,因此死亡细胞触发有效免疫反应的机制可能与传统免疫原性细胞死亡(ICD)有一些相似之处。

    28210编辑于 2025-12-24
  • 来自专栏作图丫

    旧瓶装新酒,这篇死亡lncRNA竟然发了11分!

    结果解析 01 死亡相关lncRNA 从TCGA确定了胰腺癌的265个死亡相关基因和14806个死亡相关lncRNA。 值得注意的是,一些 lncRNA与三个核心死亡调节因子ACSL4、SLC7A11和GPX4的表达高度相关,与之前的研究一致(图2A)。 结果表明,lncRNA SLCO4A1-AS1敲低显著上调胰腺癌细胞对erastin和RSL-3诱导的死亡的敏感性,这表明lncRNA SLCO4A1-AS1可能是介导死亡抗性的新分子(图2H和I) 图2 02 构建死亡相关lncRNA预后模型 重新排列132个死亡相关lncRNA的转录组表达矩阵以构建由4715个 lncRNA对组成的0-或-1矩阵。 Kaplan-Meier曲线显示,在死亡模型风险较高的患者生存时间几乎降低了2倍(P < 0.001,图3E)。

    49950编辑于 2022-03-29
  • 来自专栏作图丫

    7分+死亡相关基因与预后和免疫关联分析

    死亡作为一种新的程序性细胞死亡,已被证明在肿瘤治疗中具有潜力。 背景介绍 作为前段时间的研究热点,死亡方向一直有不少文章产出,今天小编给大家介绍的一篇文章,基于已经报道的死亡相关基因,构建预后模型,并通过分析不同风险类型和免疫特征的差异,得到了很好的结果,文章题目为 ,获得了60个FRGs(死亡相关基因)。 与训练集相似,较高的风险分数对应于更多的死亡。这6个基因的表达趋势与训练集一致(图2A)。ROC分析显示,验证集中模型的1年、2年和3年AUC分别为0.62、0.6和0.79(图2B)。 随着风险评分的增加,患者的死亡人数增加,并且6个signature基因的表达水平持续增加(图2D)。

    1.3K30编辑于 2022-03-29
  • AbMole小课堂:Erastin—靶向System Xc⁻的死亡明星分子

    后来经过持续研究,将上述细胞死亡形式命名为死亡,其特征是细胞的活性氧(ROS)以及脂质过氧化物累积。Erastin(AbMole,M2679)诱导死亡的关键机制之一是对System Xc⁻的抑制。 通过shRNA 敲低 BECN1可抑制Erastin引起的死亡。无论是哪种方式,Erastin都可以高效诱导细胞死亡。图2. 正常生理条件下,VDAC2/3会被胞质内的游离微管蛋白堵塞,Erastin 可以在体内和体外阻止上述过程,诱导VDAC打开,这将增加线粒体膜电位ΔΨ和线粒体ROS并引起氧化应激,最终导致死亡(图3)[ 在上述实验探究中,AbMole的Erastin(AbMole,M2679)被作为死亡诱导剂处理 HT22细胞以证明 LPC对细胞死亡的抑制[6]。图4. (IF = 10.7)研究人员在上述文章中探究了雷公藤内酯醇(Celastrol,Cel)对肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)的抑制活性,证明了Cel通过靶向VDAC2诱导死亡

    35310编辑于 2025-11-27
  • 死亡机制全解析:五大核心通路 | MCE

    因此,研究死亡可为疾病机制的理解、治疗靶点的发现、抗肿瘤药物的开发、克服传统化疗的耐药性提供新方向[1][2][3]。 过量的 Fe2+ 可以通过两种机制产生活性氧(ROS),随后导致脂质过氧化,诱导死亡。1. 依赖性芬顿反应;2. 激活含酶如脂氧合酶(ALOXs)。 2.2 的流出Fe2+ 主要由细胞膜上的 SLC40A1 输出,但也可以通过 Prominin 2 介导的外泌体(Exosome)以铁蛋白 的形式输出,从而抑制死亡。 POR 与细胞色素 B5 还原酶 1(CYB5R1) 的偶联 会介导 H2O2 的产生,NOX 介导 O2 •- 的产生,随后通过催化的芬顿反应驱动脂质过氧化和死亡。 知识卡片在死亡的芬顿反应中,第一步是 H2O2 在 Fe2+ 存在下生成强氧化能力的羟基自由基(•OH), •OH 能够从含 多不饱和脂肪酸的磷脂(PUFA-PL)的双烯丙基位置夺取氢原子,生成脂质自由基

    3.2K21编辑于 2025-06-24
  • 来自专栏生信小驿站

    文献复现之一篇死亡生信文章(1)

    2. 文章摘要 在本研究中,系统地研究了透明细胞肾细胞癌中铁死亡的特征模式(ccRCC) ,死亡和肿瘤微环境(TME)的相互作用。 高死亡评分特点是预后差、T 细胞增浸润、更高的免疫和基质评分、高肿瘤突变负荷和较高的CTLA4 免疫疗法药物反应。同时,低死亡分与高肿瘤纯度、氨基酸和脂肪酸代谢途径有关。 经验证,死亡评分为独立有效的预后因子。总的来说,死亡可能与TME相关。对死亡的评估可能提高对 TME 中免疫浸润的理解,协助肿瘤学家制定个性化的免疫治疗策略。 3. 基于死亡的一致聚类分析 无监督聚类的亚型数量是基于57个的死亡相关基因(Supplementary table 2)的 mRNA 表达谱上进行的。应用t-SNE在上述基因的表达谱 来验证亚型。 降维和死亡评分 来自 TCGA 数据库的ccRCC 患者被分为不同的死亡亚型,亚型之间的差异基因(DEGs)也被筛选出来。

    2K43发布于 2021-06-17
  • 来自专栏生命科学

    死亡细胞实验相关抑制剂、激动剂 | MedChemExpress

    关卡二:一石二鸟 上面提到小白证明了 Erastin 诱导 786-O 细胞的死亡。现在小白手里有个实验室自己合成的药物 X,未知是否具有保护细胞免受死亡的作用。 小白的实验分组),并且在 MCE 购买了文献中常用的死亡抑制剂 Ferrostatin-1 作为阳性对照。 促进细胞对死亡的敏感度 (图 4A)。 综上所述,Erastin 诱导的死亡需要 MDMX,而 MDMX 发挥作用独立于 p53。 相关产品 Erastin 死亡 (ferroptosis) 诱导剂,结合且抑制电压依赖性阴离子通道 (VDAC2/VDAC3)。

    61910编辑于 2023-03-07
  • 来自专栏作图丫

    死亡+免疫相关亚型分析轻松可发7+!

    02 死亡亚型TME细胞浸润特征及生物学功能 为了更好地了解三个集群之间的生存差异,本研究首先对三种亚型进行 GSVA 富集分析,以检查它们的功能和生物学差异(图 2a,b)。 综合分析三个死亡集群的 ESTIMATE 评分和免疫评分,发现 C 簇的得分最高。 图 2 接下来本研究进一步探讨三个簇间TME浸润细胞组成的差异。 对 1160 名 LUAD 患者的基质活性进行定量分析,正如预期的那样,A 簇中的 EMT2 和 Pan-F-TBRS 显著高于其他两个簇,而簇 C 与抗原加工机制和免疫检查点有关(图 2e)。 结果显示PD1、PD-L1、PD-L2 和 CTLA-4 在低死亡评分组中具有更高的表达(图 5f)。 由于PD-L1的表达水平与抗PD-L1治疗的疗效密切相关,因此本研究分析了死亡评分与IC和TC免疫类型的关系(图6b,c,d),结果显示,IC2死亡评分低于IC0和IC1;TC2死亡评分低于其他两组

    68611编辑于 2022-12-14
  • 来自专栏聊点学术

    细胞“死亡(Ferroptosis)”的那些事。

    因此,累积是区别于氧化应激通路,诱发死亡的一种独特的机制。 下图是死亡的机制: ? 图片来源:Cell, 2017, 171 (2) 273-285. ④ qPCR/Western Blot:检测细胞内与死亡相关的因子的变化,例如COX-2,ACSL4,PTGS2,NOX1,GPX4和FTH1等,其中COX-2,ACSL4,PTGS2和NOX1在死亡细胞中表达上调 死亡研究常用试剂 1、System Xc抑制剂,Erastin 及其类似物:sulfasalazine, glutamate, and sorafenib 2、GPX4 抑制剂:RSL3,ML162 3、FIN56:可耗尽GPX4和CoQ10 4、FINO2:可间接抑制GPX4,诱导脂质过氧化 研究进展 1、细胞死亡与肿瘤的关系 有研究发现,肾癌与白血病相比较肺、结肠等疾病更对死亡敏感, 2、细胞死亡与脑卒中的关系 在缺性脑卒中疾病中,Tau蛋白的功能失调,可能导致年龄依赖性介导的神经毒性,MCAO能够抑制3个月大的小鼠脑半球Tau蛋白的功能,并且使铁水平升高,但是在野生型小鼠中

    7.1K20发布于 2020-11-02
  • 来自专栏生信菜鸟团

    解码中性粒细胞“死亡”:生信分析的多维视角

    中性粒细胞与死亡的关联 中性粒细胞是一种重要的免疫细胞,在肿瘤微环境中可以演变为促肿瘤的N2型肿瘤相关中性粒细胞(TANs)。 2. 死亡在肿瘤中的双重作用 死亡是一种由催化的脂质过氧化引起的程序性细胞死亡方式。 三阴性乳腺癌的治疗新策略:一项最新研究发现,一种小分子CT-1可以通过靶向铁蛋白重链-1(FTH1),同时诱导N2型TAN和三阴性乳腺癌(TNBC)细胞发生铁死亡。 胶质瘤中的死亡逃逸机制:另一项研究揭示了细胞衰老相关基因IFI16通过激活死亡调控因子HMOX1,帮助胶质瘤细胞逃逸死亡,从而导致辐射抵抗。 HBPT:2,018个上调基因和2,295个下调基因( 。 通过主成分分析(PCA),HBT、HBPT和HBPB中性粒细胞在基因表达上表现出明显的区分。

    55910编辑于 2025-02-19
  • 来自专栏作图丫

    死亡的生信思路可以用在非肿瘤上?

    导语 死亡在吸烟诱导的慢性阻塞性肺病 (COPD)的发展中起着至关重要的作用。 背景介绍 死亡相关基因用于肿瘤分型预后已经发表过大量研究,但是在非肿瘤疾病上却仍然是热点。 图1 结果解析 01 鉴定死亡hub基因 对GSE10006、GSE11784、GSE20257和GSE19407这4个数据集的表达矩阵进行归一化处理,箱线图的分布趋势基本为直线(图2A-2D)。 、CBR1、AKR1B10、CBR3、SRXN1、CYP1B1、SLC7A11(图3F) 接下来,作者分析了3个数据集中214个死亡相关基因的表达,发现差异的死亡基因有:GPX2、SLC7A11、DUOX2 作者最终鉴定出NQO1、AKR1C3、AKR1C1、GPX2、TXNRD1、SRXN1和SLC7A11同时为hub基因和死亡差异表达基因(图3H)。 综上,香烟烟雾可导致小气道上皮细胞中与死亡相关的基因NQO1、AKR1C3、AKR1C1、GPX2、TXNRD1、SRXN1、SLC7A11表达上调。

    1.2K20编辑于 2022-06-24
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