- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏生信技能树
指定通路绘制gsea图热图和火山图
对初学者来说， 跳过了大量细节，所以跟这个教程会比较吃力，有粉丝就提问了希望可以对这些通路在在具体的癌症里面细化展示，比如绘制gsea图，热图和火山图。 up_kegg_', gsub('/','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf')) }) 然后 批量针对每个通路绘制热图 gsub('/','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf')) }) 然后 批量针对每个通路绘制火山图 ，把每个通路里面的基因列表标记在火山图里面，这个时候仍然是分成两步走，首先绘制一个火山图 (不同的包做差异分析得到的矩阵列名不一样，下面是DEseq2的结果举例哦 )： ## for volcano #34bfb5", "#828586","#ff6633") ) dev.off() p_v ggsave(p_v,filename = 'step4_deg_volcano.png',height = 6,
2.9K30编辑于 2022-07-26 - 来自专栏数据挖掘
数据挖掘—KEGG通路图绘制和通路图标注上下调基因
数据挖掘—KEGG通路图绘制和通路图标注上下调基因在做差异基因分析后，使用差异基因做KEGG富集时候，常常需要绘制某些KEGG通路图以及在通路图上标注上下调基因，这里我包装了个函数来快速的进行绘制plot_kegg_pathview_tf deg_shared,select_dt,"pathview")主要传入3个参数，第一个是用来做富集分析的差异基因列表，需要同时包含“Gene”,"logFC"两列，如#演示用，logFC统一设置为1或者-1，通路图会根据 Human Diseases", ]kk_dt <- na.omit(kk_dt)dim(kk_dt[kk_dt$pvalue < 0.05,])#9#如本次以绘制满足pvalue < 0.05的9条通路为例 dir.exists(pathway_folder)){ dir.create(pathway_folder) } # 设置输出目录为该通路文件夹 old_wd <- ，其中包含3个文件，分别是原始的KEGG通路图，标注上下调基因的通路图等如：
34310编辑于 2026-02-09 - 来自专栏生信修炼手册
PathVisio : wiki pathway 通路图可视化工具
PathVisio 是一款免费开源的pathway 可视化工具，通过这个软件我们不仅可以创建并编辑通路图，甚至还可以进行富集分析。 编辑通路图 我们从wikipathway 下载的gpml 通路文件，可以直接导入这个软件中。 > Import , 导入该文件，导入成功后，就可以看到通路图了。 对于编辑好的通路图，可以选择 File -> Export 进行导出，可以导出为图片，支持PDF， PNG，SVG， TIFF 4 种格式，也可以另存为gpml 等文件格式。 通过这个软件，我们不仅可以从gpml文件得到对应的通路图，还可以对通路图进行编辑和修改； 通过Search功能，可以方便的查询基因相关的通路信息； 这个软件还有很多插件，将功能扩展的更加强大，值得我们去探索
2.1K20发布于 2020-05-09 - 来自专栏R语言数据分析指南
R优雅的自定义绘制代谢通路图
❝最近看到一个非常好的案例来分享一下，使用igraph，ggraph等R包来自定义绘制代谢通路pathway， 原文文档链接见下方，数据可自行去官网下载。 ", "6P-gluconolactone", "Glc6PHD", "6P-gluconolactone", "6P-glucoconate", "6P-gluconolactonase", graph_from_data_frame( d = example1_edge_table, vertices = example1_nodes_table, directed = T ) 绘制基础通路图 graph_from_data_frame( d = example2_edges, vertices = example2_nodes, directed = T) 绘制PPP代谢途径图 - graph_from_data_frame( d = example3_edges, vertices = example3_nodes, directed = T) 绘制TCA途径图
1.1K00编辑于 2022-12-20 - 来自专栏生信技能树
想富集哪个通路就富集哪个通路？
pvalueCutoff = 0.9, qvalueCutoff =0.9) head(kk.up)[,1:6] 》我提问：我拿到了2000个差异基因，然后去kegg富集，发现铁死亡通路不显著，然后我把2000个基因去跟铁死亡通路交集后的30个基因，然后拿30个基因去kegg富集，发现铁死亡通路这个时候显著了。 如果铁死亡通路在这个步骤中不显著，可能是因为这些基因在整个基因集的背景下对铁死亡通路的贡献不够突出。 交集分析： 将差异基因与铁死亡通路的基因集进行交集分析，是为了筛选出与铁死亡通路直接相关的基因子集。这个步骤有助于缩小分析范围，专注于可能在铁死亡通路中起关键作用的基因。 二次富集分析： 用交集后的30个基因进行KEGG富集分析，如果发现铁死亡通路显著，这表明这些基因在铁死亡通路中可能扮演重要角色。
58910编辑于 2024-11-21 - 来自专栏全栈程序员必看
POJ–1300–Door Man【推断无向图欧拉通路】
无向图欧拉通路充要条件：G为连通图，而且G仅有两个奇度结点（度数为奇数的顶点）或者无奇度结点。 无向图欧拉回路充要条件：G为无奇度结点的连通图。 思路：推断是否存在欧拉通路。 依据欧拉通路、欧拉回路的性质来做。有两种情况：一种是欧拉回路。全部房间的门的个数都是偶数个，而且此时初始房间不是0，此时存在要求的路径。假设初始是0则不行。还有一种是欧拉通路。
30510编辑于 2022-07-08 - 来自专栏生命科学
Wnt 信号通路介导胆碱通路抵御感染 | MedChemExpress
综合以上实验结果，线虫通过毒蕈碱受体的激活抵御 Staphylococcus aureus 的感染（图1）。 而在未被细菌感染的线虫内，利用胆碱受体的拟似物 Arecoline 和激动剂 Oxotremorine 也可以刺激 cwn-2 的表达（图2）。 综合以上结果，Staphylococcus aureus 的感染刺激 Ach 释放激活毒蕈碱信号通路，而毒蕈碱信号通路的又诱导 Wnt 信号通路的受体和配体的表达（图3）。 证明毒蕈碱信号通路的抗菌作用下游需要通过 Wnt 信号通路，而 Wnt 信号通路在先天性免疫反应中也是必要的条件（图4）。 Centanafadine： Centanafadine 是 NE /多巴胺 (DA) 转运的双抑制剂，还能抑制 5-羟色胺 (serotonin) 转运体，其对人 NE，DA 和 5-羟色胺转运体的 IC50 值分别为 6
42620编辑于 2023-02-16 - 来自专栏网络收集
图表6 雷达图
6、图表6 雷达图1.雷达图的实现步骤步骤1 ECharts 最基本的代码结构<!
51020编辑于 2022-06-16 - 来自专栏生信菜鸟团
R tips：交互式网络图展示GO富集子通路
clusterProler包可以进行富集分析和可视化，对于富集结果它有一个goplot的绘图类型，用于绘制显著富集通路的有向无环图（DAG）。 富集分析时dotplot只展示最显著的n（n=10, 15, 20,等等）条通路，那么子通路网络图可以进一步展示这些显著通路是否有显著的子通路（绿色箭头指示）。 这些网络图有一个缺点，不能展示相应的通路名，否则的话，整个网络图会非常凌乱（我把相应的代码注释了，可以自己尝试展示通路名的情况），这个时候可以考虑使用交互网络图来完成。 ? sigmaNet绘制交互网络图 交互网络图如下，红色的线是“is_a”，紫色的线是“part_of”，点的大小代表连接的数量，由于子通路往往不止一条，所以大的点代表父通路，小点代表子通路，着色的点是显著通路 链接：https://pan.baidu.com/s/1RtOP1Hlz6QQGuFKnM1TtEQ 提取码：i71r
4.1K21发布于 2021-05-24 IL-6信号通路：分子机制、生物学功能与疾病关联
一、IL-6及其信号通路的分子基础白细胞介素-6是一种由多种细胞（如巨噬细胞、T细胞、成纤维细胞等）分泌的多效性细胞因子，在免疫调节、炎症反应、造血调控以及神经内分泌等多个生理与病理过程中发挥核心作用。 四、IL-6信号失调与人类疾病IL-6信号通路的过度或持续激活是多种重要疾病的核心病理环节：1.自身免疫与炎症性疾病：在类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等疾病中，升高的IL-6水平驱动局部及全身性炎症，导致组织破坏 五、IL-6蛋白作为研究与干预靶点的价值鉴于IL-6通路在生理和病理中的核心地位，IL-6蛋白本身不仅是关键的效应分子，也成为重要的研究工具和药物开发靶点。 1.基础研究工具：高纯度的重组IL-6蛋白是体外研究该信号通路的必备试剂，用于刺激细胞、激活通路、研究下游基因表达及功能变化。 目前，靶向IL-6通路（如使用IL-6R单克隆抗体）已成为治疗类风湿关节炎等自身免疫病的有效策略，并正在拓展至更多炎症性疾病和部分肿瘤的治疗探索中。
29610编辑于 2026-02-06IL-6IL-6R信号通路与细胞因子风暴：病理机制与靶向干预
临床观察发现，在这些重症病例中，白细胞介素-6水平的显著且持续升高是一个共同且关键的特征，提示IL-6信号通路在细胞因子风暴的发生与发展中可能扮演着核心驱动者的角色。 二、IL-6/IL-6R信号通路的双重作用与病理转化白细胞介素-6是一种具有多重生物学功能的关键细胞因子，其在生理和病理状态下的功能差异，主要取决于其通过哪种受体复合物传递信号。 1.经典顺式信号：当IL-6与表达在部分细胞（如肝细胞、某些免疫细胞）膜上的膜结合型IL-6受体结合后，再与跨膜蛋白gp130形成复合物，主要激活JAK-STAT3通路。 异常升高的IL-6水平，特别是通过反式信号通路，导致免疫系统进一步失调：它可抑制自然杀伤细胞的抗病毒功能，促进促炎的Th17细胞分化并抑制调节性T细胞功能，破坏免疫稳态。 三、靶向IL-6/IL-6R通路的治疗策略：从机制到临床鉴于IL-6在细胞因子风暴中的核心地位，阻断其信号通路成为干预过度炎症反应的重要治疗策略。靶向IL-6受体的人源化单克隆抗体应运而生。
17010编辑于 2026-01-20- 来自专栏生命科学
Wnt 信号通路 | MedChemExpress
Wnt 信号通路是一种古老的、进化上保守的通路。 其中，Wnt 蛋白属于分泌的糖蛋白，可与卷曲蛋白 (Frizzled) 家族的受体，如与脂蛋白受体相关的蛋白 5/6 (LRP5/6)，Ror2 和 Ryk 相互作用，导致各种细胞内信号传导级联激活，这些信号传导级联可以交叉连接或独立发挥作用 磷酸化的 LRP5/6 将 Axin 募集到膜上，破坏复合物分解，从而导致细胞质中 β-catenin 的稳定和积累。 而 Wnt 信号通路也会被 R-spondin 家族蛋白和 Norrin 蛋白激活。另外，其下游途径的激活也可以被抑制，例如 TAK1-NLK 阻断了 β-catenin 诱导的转录活性。 Salinomycin 作用于 Wnt/Fzd/LRP 复合物，阻断 Wnt 诱导的 LRP6 磷酸化，导致 Wnt 共受体 LRP6 蛋白降解。
1.2K30编辑于 2023-03-01 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
PROGENy ||推断通路活性
常可以通过基因的表达来推断某个信号通路的活性。然而，只考虑基因表达对通路的作用往往忽略了翻译后修饰的作用，并且下游信号代表非常特定的实验条件。 PROGENy可以从基因表达数据中推断14种信号通路（雄激素，雌激素，EGFR，低氧，JAK-STAT，MAPK，NFkB，PI3K，p53，TGFb，TNFa，Trail，VEGF和WNT）的通路活性 例如：在pbmc单细胞数据中识别通路活性。 ? 文章原文：https://www.nature.com/articles/s41467-017-02391-6 代码实现：https://www.bioconductor.org/packages/release
1.9K40发布于 2020-11-03 - 来自专栏生命科学
细胞凋亡通路 | MedChemExpress
它死亡的方式比较有“创意”，既以坏死的形态为特征，如细胞肿胀和破裂，又与细胞凋亡类似，由确定的信号通路控制。 Apoptosis. 2017;22(2):306-323. 6. Gudipaty SA, et al. Published 2018 Jul 6. 8. Wu Y, Dong G, Sheng C.
68630编辑于 2023-03-08 - 来自专栏总栏目
07-图6 旅游规划
2 30 0 3 4 10 0 2 2 20 2 3 1 20 输出样例: 3 40 废江博客 , 版权所有丨如未注明 , 均为原创丨本网站采用BY-NC-SA协议进行授权 转载请注明原文链接：07-图6
17720编辑于 2022-09-05 - 来自专栏全栈程序员必看
【Verilog】FPGA驱动Ov7670Ov7725搭建视频通路（RGB565、灰度图）
总线时序，以及使用 verilog 驱动三态门的方法； • 掌握数字系统设计的方法； （二）设计任务 o 设计并利用 FPGA 实现 OV7670(Ov7725)~VGA（320*240）显示器的视频通路 Ov7725) 输出转简单格式模块； o （基本要求）利用 BRAM 搭建图像帧缓冲空间； o （基本要求）设计 VGA 显示模块，显示摄像头输入的图像； o （提高要求）使用双缓冲机制搭建视频通路 RawRGB,RGB(GRB4:2:2,RGB565/555/444),YUV (4:2:2)和 YCbCr(4:2:2)输出格式 （5） 支持 VGA,CIF,和从 CIF 到 40×30 的各种尺寸 （6） /{8'h18, 8'ha0}; //HSIZE 水平尺寸 7'd5 : i2c_data <= {8'h19, 8'h03};//{8'h19, 8'h07}; //VSTRT 垂直起始位置 7'd6 ； （6） 设计RGB565转灰度图模块，可利用拨码开关选择显示彩图或是灰度图； 2、还存在的问题 在RGB彩色输出切换至灰度图输出时，由于有2个像素时钟的延时，在VGA显示屏上显示的灰度图区域会较彩色图向右平移
2.6K30编辑于 2022-10-05 - 来自专栏生信技能树
高分杂志Figure1绘制：PCA + 火山图 + 通路富集气泡图（包含分析代码与绘图统统给你）
文献中的图一：PDAC中的肿瘤特异性通路特征 b，PCA图显示治疗前肿瘤及其配对的TATs（肿瘤邻近组织）中可分析的蛋白质。 c，火山图显示肿瘤与TATs之间差异丰富的蛋白质。 d，点图展示基于显著上调/下调的蛋白质识别的富集通路。 Figure1b 绘制 涉及4787种可分析蛋白质的主成分分析（PCA）揭示了肿瘤和TACs之间明显的分离。 /results/Figure1/1C.PRO_Limma_fc1.5.pdf", p, width = 5.8, height = 6) 结果如下： Figure1d 绘制 点图展示了基于显著上调/ 下调蛋白鉴定的富集通路。 红色点表示在肿瘤中与TACs相比上调蛋白富集的通路（校正P值<0.05），而蓝色点表示在肿瘤中下调蛋白富集的通路（校正P值<0.05）。
85510编辑于 2025-10-11 白细胞介素-6信号通路的分子机制与生物学功能
基于对IL-6信号通路的深入解析，人IL-6试剂盒（HICA）已成为基础研究及临床评估中广泛应用的检测工具。 二、IL-6信号通路的分子组成IL-6分子：IL-6是一种分子量约26kDa的糖蛋白，可由淋巴细胞、单核巨噬细胞、成纤维细胞及内皮细胞等多种细胞分泌。其表达受细菌内毒素、病毒及其他炎症因子的精密调控。 STAT3是IL-6信号通路最主要的效应分子，其SH2结构域结合于磷酸化gp130后被JAK磷酸化，形成二聚体转位至细胞核，调控急性期蛋白、细胞因子及抗凋亡基因转录。 此外，IL-6亦可激活Ras-MAPK及PI3K-AKT通路，参与细胞增殖与代谢调控。 慢性炎症性疾病：炎症性肠病患者肠黏膜及血清IL-6、sIL-6R浓度升高，反式信号通路在维持肠道Th17应答、破坏肠上皮屏障中发挥致病作用。
15510编辑于 2026-02-24- 来自专栏百味科研芝士
通路绘制软件介绍:PathwayMapper
昨天我们介绍了两个基于现成数据库来可视化通路的工具。同时也说到这两个工具有两个不好的地方：1. 数据结果到处是png格式的；2.通路会显示所有相关的基因，有可能会造成可视化信息的混淆。 这个时候其实最好的就是自己来绘制通路图，所以这两天就给大家介绍了几个自定义可视化通路的工具。 对于通路的可视化，我们最常见的时候通过类似logFC这类的数据来进行基因的标注。但是对于突变的数据，也是可以标注的通路上的。例如下面这个图。 以上就是这个通路绘制工具的基本用法，如果有绘图通路的需要的同学可以试一下哈。对于这类的工具，这个只是可以画一些简单的通路图，但是对于通路当中的修饰比如磷酸化这些的，这个网站就不能标注出来了。 如果想要在通路当中把修饰情况标注出来，可以参考我们明天的帖子哈。
1.2K20发布于 2021-09-03 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
通路富集与超几何分布
生物学上的GO通路的富集，即差异基因显著富集的通路是基于统计学上的超几何分布的。 3.多重假设检验 拿一个通路来做检测，如果定义p-value<0.05，即取到大于等于k的几率是0.05，那就有5%的概率看到是一个假阳性。 当每个通路都进行超几何分布计算时，每一次有5%的概率假阳性，当检验次数越多，假阳性的数量也会随之增加。因此我们需要用多重假设检验对计算好的P值进行校正，可以使用Bonferroni法和FDR法。
1.8K20发布于 2020-07-07
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号