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多位点测序与肿瘤空间进化
突变特征：103 个 ESCC 中的突变特征主要有 6 个（ FigS2b ）：APOBEC（Sig 2 和 13）、dMMR（DNA 错配修复缺陷 Sig 6 和 15）、BRCAness（Sig 3） 、PIK3CA 和 CUX1 等突变则往往发生在相对较晚的阶段。 系统发育进化枝可分别分为主干进化枝、分支进化枝和私有进化枝（Fig2b），将分支进化枝映射到原发性肿瘤的物理区域，发现部区域明显比其他区域包含更多靠近肿瘤中心的分支进化枝（Fig2f ），这表明来自肿瘤中心的亚克隆更有可能沿食道向上扩张 空间进化：考虑到肿瘤生长过程中选择驱动的亚克隆突变扩增，我们定义了区域克隆性评分 (RCS)，以根据克隆性最高的亚克隆突变簇来评估亚克隆的选择压力。 总结 该研究创新点在于提出了肿瘤空间进化模型：首次提出ESCC的“空间定向进化”理论，揭示亚克隆扩张的方向性与免疫微环境相互作用。
15100编辑于 2025-04-13 - 来自专栏生信菜鸟团
利用 Timescape 做肿瘤进化鱼图
写在前面 前面我们使用 pyclone 分析了肿瘤样本的 clusters 结构，接下来我们进一步分析肿瘤进化，画一个鱼图，需要用到的工具是 citup 和 Timescape 参考： https:// ，可用于从单个患者获得的多个样本来推断肿瘤异质性。 给定每个样本的突变频率，CITUP 使用基于优化的算法来找到最能解释数据的进化树。但是，前提条件是，CITUP 也是针对于深度测序数据的，这次勉强使用，为的是学习一下这个工具。 ${case}_pyclone_analysis/freq.txt cat ./9.pyclone/${case}_pyclone_analysis/tables/loci.tsv | cut -f 3 可以看到，每个样本的克隆进化关系如图所示，当然结果并不是很理想，毕竟数据不是很完美，不过这并不影响我们对工具的学习： ?
5.4K11发布于 2020-04-30 - 来自专栏生信菜鸟团
scDNAseq 拷贝数变异分析肿瘤克隆进化
关心的癌基因主要来自： 研究结果 scDNA-seq结果：1222个肿瘤细胞和53对照正常细胞进行的 scDNAseq，平均测序深度是 0.4x，分析得到的拷贝数变异结果：发现了 3 个肿瘤细胞亚群（图 通过基于所有单细胞的 CNA 事件构建系统发育树来检查 CNA 异质性的进化（图 2 C）。 随后进行 scRNAseq，3个患者的27344个细胞，结果验证了前面的 DPCNE 模型。 同时也发现，从 scRNA-seq 数据推断出的 CNA 结果比 scDNA-seq 中的 CNA 结果噪声更大，缺乏明确确定小 CNA 的能力 总结 作者分析发现，其拟合的模型 DPCNE 表明肝癌中的间断进化和渐进进化并不相互排斥 ，两种进化模式可以在同一肿瘤中共存，并可能在不同阶段驱动肝癌的发生。
57110编辑于 2024-04-11 肿瘤异质性的空间和基因组综合分析（肿瘤克隆进化）
今日参考文献知识积累肿瘤的空间和基因组异质性是影响癌症进展、治疗和生存的关键因素。肿瘤的进化是通过突变的积累进行的，导致不同的癌细胞亚群的出现，称为克隆，以其基因型为特征。 这些克隆的空间分布可能在整个肿瘤组织中发生巨大变化。这种遗传和肿瘤空间异质性是患者预后、生存和治疗的两个关键决定因素。 肿瘤表型异质性的表征，即将克隆表达谱与其空间分布之间的潜在差异联系起来，在很大程度上仍未得到探索。 Tumoroscope将ST spot映射到前列腺肿瘤样本中的克隆群体在WES数据中发现的282个高置信度体细胞snv在ST数据中也检测到。 使用Canopy，我们基于这些共享SNV的WES数据构建了肿瘤的进化树。SNV可能发生在进化过程的后期，导致肿瘤镜发现的不同克隆的形成。
40010编辑于 2024-10-30- 来自专栏R语言交流中心
R语言之肿瘤进化事件选择的算法实现
我们今天给大家介绍一个通过人类肿瘤的进化条件所选择的事件介绍。其只设计了Linux下的版本所以我们如果需要安装在windows下还是需要利用devtools进行编译安装。
97030发布于 2019-07-31 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | 肿瘤缺氧促进基因组不稳定性和肿瘤进化
我们将这些基因组不稳定的方面通过克隆和亚克隆适应与肿瘤进展和进化联系起来，并讨论支持缺氧作为肿瘤进化过程中驱动因素的最新数据，连同驱动突变一起（图1）。 ）和G9a（也称为EHMT2）及GLP（也称为EHMT1））调节组蛋白3赖氨酸9（H3K9）的去甲基化。 鉴于这些基因通常发生突变并且是重要的肿瘤抑制基因和癌基因，它们表明缺氧选择了支持肿瘤生长、进展和存活的基因型（图3）。 尽管表面生长和体积生长彼此显示出不同的进化动力学，但当纳入坏死后，它们在肿瘤中心都具有更高程度的克隆进化和适应性。 一项最近的研究表明，在缺氧期间实验性地失去SETDB1（一种进化上高度保守的H3K9甲基转移酶）可以促进转座元件衍生的双链RNA的产生，从而过度激活炎症反应，导致细胞死亡，这表明免疫检查点阻断和SETDB1
51710编辑于 2025-04-18 - 来自专栏生信技能树
单细胞水平的拟时序分析看肿瘤进化关系
该研究设计的单细胞样品还是蛮多的，主要是分成3组： WT (9 mice), PtR (7 mice, PbCre:Rosa26mT/mGPtenfl/flRb1fl/fl), PtRP (13 mice GSM6428989 Wild-Type 24 Wks Replicate 2, Intact (no castration or DHT) GSM6428990 Wild-Type 24 Wks Replicate 3, 从第一层次降维聚类分群，可以看到野生型小鼠主要是basal以及lum细胞，而肿瘤基因工程小鼠就是带有Gfp的就亚群很多了： 第一层次降维聚类分群 文献写的很清楚： WT includes luminal Mutant cell types include adenocarcinoma, Tff3-Gfp, Pou2f3-Gfp, Vim-Gfp, and NEPC. 既然肿瘤基因工程小鼠里面的细胞亚群这么多，就有必要弄清楚它们的进化关系，因为野生型小鼠主要是basal和两种lum细胞，这个时候跟肿瘤没有关系，所以删除掉它们后，剩余的5个单细胞亚群进行拟时序分析，如下所示
1.1K30编辑于 2022-12-16 - 来自专栏指点的专栏
L3-004. 肿瘤诊断
L3-004. 肿瘤诊断 题目链接 在诊断肿瘤疾病时，计算肿瘤体积是很重要的一环。给定病灶扫描切片中标注出的疑似肿瘤区域，请你计算肿瘤的体积。 输出格式： 在一行中输出肿瘤的总体积。 输入样例： 3 4 5 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 int area[65][1300][130]; bool visit[65][1300][130]; // 一个坐标点的立体周围 6 个方向: z, x, y int directions[6][3] int area[65][1300][130]; bool visit[65][1300][130]; // 一个坐标点的立体周围 6 个方向: z, x, y int directions[6][3]
60320发布于 2019-01-18 - 来自专栏作图丫
肿瘤多区域取样的进化分析四：肝癌肿瘤内基因组异质性变化
对同一患者的MLs进行比较分析，重建肿瘤的进化过程。 数据介绍 收集2013年1月至2014年5月天津肿瘤医院肝癌手术切除患者。共53个样本，包括43个病变样本和10个匹配的非癌肝组织或血液样本。 Figure 3：10例HCC患者的全基因组拷贝数变异。（A）10例HCC患者所有肿瘤样本全基因组拷贝数状态的热图。热图中的颜色表示log2（CN/ploidy）值。 大部分潜在的驱动基因拷贝数明确地定位在系统发育树的主干或单分枝上，这意味着基于突变的树可以高度概括肿瘤的进化史（Figure 4）。 系统发育树显示了两组有不同的进化途径，提示它们具有独立的肿瘤发生机制（Figure 5B）。 总突变谱在两组间有显著性差异（P=.015）（Figure 5C）。 ICC（P5IM）与其他3个HCC病变（P5P，P5SN1，P5SN2）有102个突变（Figure 6B），包括TP53、CTNNB1和PIK3CB的潜在驱动突变。
68540编辑于 2022-03-29 - 来自专栏生信技能树
你知道肿瘤特异表达而且是进化上比较新的基因吗
concurrently》，链接是：https://www.nature.com/articles/s41598-019-52835-w 提到了：虽然癌基因、抑癌基因和分化基因是人类最古老的基因类别，但是它们的进化同时发生 作者假设进化上年轻的新基因应该在肿瘤中特别表达，并且证实了这个假说，最典型的就是cancer/testis genes ，作者建议把这一类基因称作是：Tumor Specifically Expressed , Evolutionarily New (TSEEN) genes，而且认为TSEEN 基因可能成为最好的肿瘤标志物。 中文是：人类蛋白质图谱(管家基因)、肿瘤相关基因数据库(癌基因)、 TSGene (肿瘤抑制基因)、 CTDatabase (癌症/睾丸(CT)抗原基因)、 HomeoDB (同源盒基因)、 DeathBase )(245个致癌基因)被设计用于利用来自特征明显的致癌基因和肿瘤抑制基因的信息来促进癌症研究。
50820编辑于 2022-03-03 - 来自专栏作图丫
肿瘤多区域取样的进化分析七：胶质瘤多区域的WGS和WES揭示肿瘤的演化模式
不同的是，本工作重点研究原发肿瘤的基因改变如何影响肿瘤细胞的进化和亚克隆异质性。 比较了诊断时和疾病复发后的突变频率，发现TP53突变型肿瘤和TP53野生型肿瘤之间存在不同的突变趋势（Fig. 3B）。 04 全基因组测序推断肿瘤的进化 为了全面报道GBM肿瘤的异质性和疾病的进展，本研究对cohort II的10个主要复发对进行了全基因组测序。 Figure 5：肿瘤复发模式。 根据外显子突变谱构建的进化系统发育树显示，肿瘤原发区和复发区分属不同的分支，分离结构不同（Fig. 6）。 在该特异性肿瘤中发现MSH2、MSH6、MLH1、MLH3、POLD3等多个DNA错配修复基因发生突变。
1.5K21编辑于 2022-03-29 顶刊分享---肿瘤进化和微环境相互作用（突变 + 单细胞 + 空间）
知识积累耐药亚克隆经常出现在癌症中，肿瘤微环境（TME）可以通过多种机制进一步驱动耐药。克隆进化仍然是癌症最棘手的问题之一。 跨越癌症的空间微环境肿瘤微环境区域克隆进化使用CalicoST和inferCNV识别CNV事件（外显子 + 单细胞 + 空间 + 突变）单细胞可以检测1-98个在肿瘤区域特异性映射的突变。 三维肿瘤结构与TME相互作用为了研究肿瘤生长模式和TME在3D中的相互作用，我们对BRCA、CRC、PDAC和CHOL的肿瘤进行了连续切片，对11个样本进行了ST检测，对2个样本进行了CODEX检测。 使用无监督深度学习方法来识别连续切片ST数据集中的3D细胞邻域。三维重建为研究异质性肿瘤微环境提供了更高的灵敏度。 3D模型构建生活很好，有你更好
26620编辑于 2024-11-01- 来自专栏生信菜鸟团
这篇最近发在Nature上的肿瘤进化有什么不一样？
根据肿瘤累积的体细胞突变目录，对大块肿瘤样品进行测序可以部分重建单个肿瘤的进化历史。 躯体驱动事件的相对时序 尽管单个事件的时间估计反映了一个样本之间不同的进化时期，但它们部分地定义了每个样本中发生驱动程序突变和拷贝数变化的顺序(图3a-d)。 将这些顺序汇总到各个样本中可以确定病变的概率等级(图3a)，概括每个突变是在肿瘤进化过程中优先发生在早期还是晚期。 图3展示了汇总单样本排序揭示了驱动程序突变的典型时序。 图4展示了克隆肿瘤早期和晚期进化过程中的动态突变过程。其中图4a早期为左，晚期为右。 ? 图4a，b. 肿瘤发展的典型时间表 小结 作者利用PCAWG数据集来表征来自38种类型的2,658名独特供体的2,778种癌症样品的进化史，并推断染色体进化的时间和方式，了解每种癌症类型的样本之间典型的突变序列。
2.8K20发布于 2020-07-29 - 来自专栏作图丫
肿瘤多区域取样的进化分析三：突变分析揭示复发性胶质瘤的起源和治疗driver进化
有4例肿瘤呈线性克隆进化模式，推断这些患者的复发肿瘤是由≥75%的初始肿瘤中检测到突变的细胞引起的(Fig. 1B)。 有3名患者的肿瘤显示出分枝性克隆进化，推断这些患者的复发性肿瘤是由最初肿瘤早期阶段细胞进化的，因为复发性肿瘤共享≤25%的最初肿瘤中检测到的突变。 然而从突变谱中推断，3个初始肿瘤样本和4个复发样本都由一个只有IDH1 R132H突变的普通肿瘤细胞衍生(Fig. 2A)。 同时如果在匹配的初始肿瘤中未检测到C>T/G>A转移，则将每个高突变肿瘤中的C>T/G>A转移归类为TMZ相关，并在TMZ治疗前切除(Fig. 3A)。 在18号患者的复发肿瘤中发现了一个TMZ相关突变(PIK3CA Glu542→Lys)，该突变可激活Akt并诱导mTOR依赖的致癌转化。
91031编辑于 2022-03-29 - 来自专栏作图丫
肿瘤多区域取样的进化分析五：追踪非小细胞肺癌的进展
为了阐明区域内的亚克隆并绘制每个肿瘤的进化史，下面根据它们的细胞普遍性对突变进行了聚类，每个簇代表肿瘤系统发育树上的一个节点和一个存在于肿瘤群体或在其进化史上存在的亚克隆。 具体来说，如果母方等位基因在一个区域的一个亚克隆中得到或失去，而父方等位基因在另一个区域的另一个亚克隆中得到或失去，则会导致镜像亚克隆等位基因不平衡的图谱（图3A-B）。 本工作在76%的肿瘤中发现基因组加倍事件，除了3个肿瘤，其余肿瘤均为克隆，表明全基因组复制是NSCLC进化的早期事件。 此外，镜像亚克隆等位基因不平衡在双基因组肿瘤中显著富集。 04 选择与平行进化 破译肿瘤中正在进行的选择的证据可能有助于阐明进化的限制，从而确定治疗的目标。 然而，不同亚克隆中不同亲本等位基因的局灶性扩增发生在5个肿瘤中，并影响到已知的癌症基因，包括MUC1、CDK4、CHD8和NKX2-1（图3C）。在染色体臂水平，13个肿瘤中观察到潜在的平行进化。
91921编辑于 2022-03-29 - 来自专栏生信技能树
单细胞数据挖掘文章全文图表复现：NK细胞耗竭和肿瘤细胞进化轨迹
Journal of Translational Medicine上 在线阅读链接：https://doi.org/10.1186%2Fs12967-023-04112-8 文章实验设计 主要研究NK细胞和肿瘤细胞在非角化性鼻咽癌 )),sep=""), pch=15,col=RColorBrewer::brewer.pal(n = 8, name = "Dark2")[2:1], cex=0.6, bty="n") # 鉴定肿瘤细胞亚型 <- DimPlot(Epi_sub,group.by = 'copykat.Tumor_pred',label=T) p1+p2+p3 copykat的鉴定结果，正常细胞和肿瘤可以区分开，肿瘤细胞的两个亚型好像混在一起 HLA-B','HLA-C','HLA-E','HLA-F','HLA-G','B2M'),group.by = 'copykat.Tumor_pred') NK细胞可以通过下调的I类MHC来识别并杀死肿瘤细胞 ，可以看到在2类肿瘤细胞中，I类MHC分子均有下调。
1.3K12编辑于 2023-12-04 - 来自专栏作图丫
肿瘤多区域取样的进化分析一：食管鳞状细胞癌的空间瘤内异质性和时间克隆进化
为了探索ITH和ESCC的基因组进化，在每个肿瘤区域识别的体细胞突变（包括沉默突变和非沉默突变）的基础上建立系统发育树，每棵树的主干、“共享”分支和“私有”分支分别代表在所有肿瘤区域的突变、在部分但不是全部肿瘤区域的突变和仅在一个肿瘤区域的突变 这说明driver突变是肿瘤进化过程中相对早期的事件，与之前在其他类型肿瘤中的发现一致。 接下来，计算了个体突变特征对每个肿瘤的贡献（Fig. 3b），并在检测的肿瘤中确定了几个特征，包括特征1(年龄)、特征2和13(APOBEC)，以及特征6和15 (DNA错配修复)，与之前食道鳞状细胞癌和其他鳞状细胞癌的结果一致 与主干突变相比，许多肿瘤的特征1在分支上的相对贡献显著下降，在某些情况下，还观察到与DNA损伤相关的特征（特征3和15）在分支上相对贡献增加（Fig. 3c,d）。 使用带有私有改变的探针来推断肿瘤的进化，并基于甲基化特征之间的欧几里德两两距离为每个病例构建系统表观遗传学树。
1K11编辑于 2022-03-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞+肿瘤微环境+肿瘤耐药+肿瘤免疫治疗
肿瘤，在医学上是指细胞的异常病变，肿瘤细胞与正常细胞相比，存在结构、功能和代谢的异常，它们具有超常的增生能力，这种增生和机体不相协调。 A.良性的角化病；B.轻度鳞状异常增生；C.重度鳞状异常增生；D.鳞癌 肿瘤组织里面除了肿瘤细胞，还存在结缔组织、炎症细胞、纤维细胞等；肿瘤有十大基本特征：无限增殖潜能、侵袭和转移性、失去接触抑制 scRNA-seq在肿瘤方向上的研究有很多，例如研究肿瘤微环境、研究免疫细胞或肿瘤细胞、研究肿瘤耐药等，不同研究方向的样本选择及实验设计有所不同。 ? 图2 肿瘤基因表达方面研究的常见思路总结 肿瘤微环境 Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment 肺肿瘤微环境中基质细胞的表型构建 1治疗前后的鳞状细胞癌（SCC）患者的肿瘤活检样本的26016个肿瘤浸润性T淋巴细胞（TIL）。
2.4K41发布于 2020-08-06 - 来自专栏DrugOne
Methods | 新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化图谱”
对批量肿瘤或分离单细胞中的体细胞突变进行测序可揭示肿瘤内部的遗传异质性，并能重建肿瘤的进化史；肿瘤之间也表现出异质性，并能够在物理空间内发生进展。 spot的等位基因特异性拷贝数谱；3、推断出与已识别的拷贝数谱（肿瘤克隆）相关的系统发育，以及结合体细胞进化和克隆空间演化的系统地理学图谱；4、 利用非单细胞分辨率的SRT技术（如10x Genomics 此外，在两个CRC肝转移患者样本中，CalicoST推断的肿瘤克隆空间分布比Numbat和interCNV更具一致性。相比之下，Numbat识别的肿瘤克隆具有较低的空间相关性。 图3. ，包括空间肿瘤进化的三维模型。 CalicoST可为肿瘤的拷贝数驱动因素、肿瘤的空间异质性和空间进化提供有价值的见解，为整合遗传进化、表观遗传变化和细胞类型的空间组织的其他生物学分析提供基础。
35110编辑于 2024-11-23 - 来自专栏进阶高级前端工程师
看透react源码之感受react的进化3
react15为什么需要进化react15有两大原罪，渲染阻塞和无法合并异步函数里面的setState原罪1：同步渲染阻塞主线程react15从setState到DOM节点渲染到页面上，整个流程都是同步的 后续为了更方便进行解读，我会用render阶段代指Reconciler，用commit阶段代指Renderer写在最后本文主要简述了react的进化历程和新react架构的基本构成。
55530编辑于 2023-01-05
腾讯云开发者
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