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基于基因表达监测预测肿瘤
简介 通过基因表达监测（DNA微阵列）对新的癌症病例进行分类，从而为鉴定新的癌症类别和将肿瘤分配到已知类别提供了一般方法。 figsize=(15,15 ))ax = Axes3D(fig, elev=-150, azim=110,)ax.scatter(X_pca[:, 0], X_pca[:, 1], X_pca[:, 2] ax.set_title("First three PCA directions")ax.set_xlabel("PCA1")ax.w_xaxis.set_ticklabels([])ax.set_ylabel("PCA2"
56060发布于 2021-01-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
TCGA数据挖掘—肿瘤免疫浸润分析思路2
上次给大家介绍了TCGA肿瘤样本根据免疫情况分析不同的免疫亚型（TCGA数据挖掘-肿瘤免疫浸润分析）。这一次给大家介绍肿瘤免疫浸润的另一种研究思路。 在上图中，T3期的样本免疫激活功能富集情况相比T1、T2整体偏低，T2期有部分样本免疫激活功能富集也偏低，这部分人群可能实际处于T2、T3的中间状态。 IM对于癌症免疫疗法至关重要，其中许多IM激动剂和拮抗剂正在临床肿瘤学中进行评估。其中包括了大部分免疫治疗靶点基因，如：PD-1、PD-L1、PD-L2、Lag3、CD40、IDO、CTLA4等等。 而T1、T2、T3期的LAG3的表达并不是呈一直下降的趋势。 分析IM基因在不同分期肿瘤病人中对预后的影响。研究不同分期中哪些基因能显著性区分生存时间，从而针对性选择治疗方案。 如下图，HLA-DPA1基因能显著性区分T2期样本的生存预后。 ? T1期 ? T2期 ?
1.4K30发布于 2020-08-06 靶向TGF-β2：重塑免疫抑制性肿瘤微环境以增强抗肿瘤免疫
TGF-β2蛋白作为一种重要的亚型，在包括胰腺癌在内的多种肿瘤中被发现特异性高表达，并与肿瘤的侵袭转移及免疫逃逸密切相关。 1.治疗策略设计：研究采用TGF-β2反义寡核苷酸（TASO）来特异性抑制肿瘤微环境中TGF-β2蛋白的产生，并联合应用免疫刺激因子白细胞介素-2，旨在同时解除免疫抑制并激活抗肿瘤免疫应答。 2.主要发现：-增强细胞毒性：TASO处理能显著增强IL-2刺激的人外周血单个核细胞对胰腺癌细胞的体外杀伤活性。-抑制肿瘤生长：在动物模型中，TASO联合IL-2治疗能有效延缓胰腺癌的生长。 这种对肿瘤物理屏障和免疫抑制环境的双重重塑，是克服胰腺癌免疫治疗抵抗的关键。基于此，TGF-β2蛋白及其信号通路成为极具潜力的治疗靶点。 五、总结该研究通过靶向TGF-β2蛋白，并联合免疫刺激疗法，在临床前模型中成功逆转了胰腺癌的免疫抑制微环境，抑制了肿瘤生长。这凸显了TGF-β2作为胰腺癌治疗关键节点的价值。
22010编辑于 2026-01-30- 来自专栏科研菌
非肿瘤入门分析就能轻松2+分！
三.结果解读 1.鉴别差异表达基因 从GEO数据库下载GSE87473数据集，使用GEO2R筛选DEGs（PFDR < 0.05 , |log2FC| > 1）。 UC组和对照组之间DEGs的热图、火山图和WGCNA分析 2.WGCNA分析 对鉴定到的988个DEGs进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)。 图2. 使用热图展示模块的表达模式 ? 图3. 模块特征基因与样本之间的关系 对鉴定到的模块进行分析： 模块的表达模式：绿松石和蓝色模块被下调，而棕色和黄色模块被上调（图2）。 图5显示，DUOXA2、 SAA1和SAA2、TNIP3、CXCL1、SLC6A14和CD55被选为hub基因。 ? 图5. 表明这几个hub基因可以作为UC诊断的潜在组织活检分子(表2和图6b)。 ?
1.1K10发布于 2020-12-08 - 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞+肿瘤微环境+肿瘤耐药+肿瘤免疫治疗
A.良性的角化病；B.轻度鳞状异常增生；C.重度鳞状异常增生；D.鳞癌 肿瘤组织里面除了肿瘤细胞，还存在结缔组织、炎症细胞、纤维细胞等；肿瘤有十大基本特征：无限增殖潜能、侵袭和转移性、失去接触抑制 图2 肿瘤微环境 研究肿瘤组织基因表达的方法常见的有传统转录组测序（bulk RNA-seq）、单细胞转录组测序（scRNA-seq）、空间转录组测序。 scRNA-seq在肿瘤方向上的研究有很多，例如研究肿瘤微环境、研究免疫细胞或肿瘤细胞、研究肿瘤耐药等，不同研究方向的样本选择及实验设计有所不同。 ? 图2 肿瘤基因表达方面研究的常见思路总结 肿瘤微环境 Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment 肺肿瘤微环境中基质细胞的表型构建 1治疗前后的鳞状细胞癌（SCC）患者的肿瘤活检样本的26016个肿瘤浸润性T淋巴细胞（TIL）。
2.5K41发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信修炼手册
lnc2Cancer:lncRNA相关肿瘤数据库
lnc2Cancer是一个从文献中收集整理的人类lncRNA相关肿瘤信息的数据库，网址如下 http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/ 目前最新版本是v2.0, 相比v1.0 , 收录的lncRNA数量，肿瘤亚型数量，lncRNA与肿瘤相关联的数量都显著增长，示意如下 ? 在该数据库中，将lncRNA与肿瘤的关系分成了以下类别 Circulating lncRNA-cancer Prognositc lncRNA-cancer Drug resistant lncRNA-cancer 根据患病与治疗的不同阶段，分成了肿瘤发生期，预后，抗药性3个方面；同时，还给出了文献中报导的，调控lncRNA的其他分子信息，包括以下几种 TF miRNA variant methylation 相比lncrnadisease数据库，ln2Cacner专注肿瘤领域，而且做了细致的划分，同时也提供了相关的TF, miRNA, SNP, 甲基化等信息。
66321发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信技能树
GEPIA2详解（中国智造-肿瘤数据库）
图片来源：GEPIA2 作者：李瑞萌 审校：Jimmy GEPIA2 是北京大学张泽民老师实验室开发的一个网站，能够对TCGA和GTEx项目共9736个肿瘤样本、8587个正常样本的RNA－seq表达数据进行分析 2 Differential Genes 在某一肿瘤/正常组织中差异表达的基因或者isoform，并且显示这些基因在染色体上的位置分布。 ? 差异基因在染色体上的位置分布 ? FOXD1基因的表达情况 (2) Box Plot：分析一个基因或者isoform或者a multi-gene signature在不同肿瘤样本和正常样本中的表达情况。 也可以对其在某一肿瘤不同亚型中的表达情况进行研究，如下图。 ? 2 Custom Data Analysis 该网站支持用户上传自己的肿瘤RNA-seq数据，以识别molecular subtype, TCGA immune subtype以及pan-cancer
15.2K63发布于 2020-03-31 - 来自专栏医学和生信笔记
用ggplot2画肿瘤领域常见的泳道图
泳道图可以展示不同患者在一定时间内接受不同治疗（或者处于不同时期）的情况，在肿瘤治疗领域的文献中很常见，但是竟然百度不到它的具体含义。。。 泳道图 上面这张图横坐标表示月数，纵坐标表示病人ID，一个条形就是一个病人，条形的颜色表示疾病的不同阶段，不同的形状表示肿瘤治疗中的起止，这张图是用SAS画出来的~ 复习下肿瘤领域的几个术语： 完全缓解 （CR, complete response）：所有靶病灶消失，无新病灶出现，且肿瘤标志物正常，至少维持4周。 dbl> <int> ## 1 1 11 1 1 10 8 -0.5 NA ## 2 在ggplot2中一旦你掌握了规律，修改这些东西真的非常简单！ ggplot2修改坐标轴详细介绍 超详细教程：修改ggplot2图例 下面就是修改细节。
2.8K20编辑于 2022-11-15 - 来自专栏生信修炼手册
Lnc2Catlas:肿瘤相关的lncRNA数据库
lnc2Catlas是一个肿瘤相关的lncRNA数据库，网址如下 https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/ 通过以下三种计算方式来分析肿瘤相关的lncRNA 通过 lncRNA与protein之间的相互作用，如果一个lncRNA的互作蛋白与肿瘤相关，则认为该lncRNA也与肿瘤相关 通过lncRNA与mRNA共表达网络，利用TCGA数据库中的肿瘤表达谱数据，构建lncRNA-mRNA 按钮，可以按照肿瘤类型查看相关信息，以乳腺癌为例，结果如下 1. 2. 疾病相关的SNP位点 ? 3. 疾病相关的蛋白编码基因 ? 4. 疾病相关的lncRNA ? 5. 共表达网络 每个子网是从利用总的共表达网络进行community分析的结果，示意如下 ? 2，影响lncRNA二级结构的SNP位点 ? 3. lncRNA与蛋白的相互作用 ? 4. lncRNA在肿瘤中的表达谱 ? 5. lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络 ?
49910发布于 2019-12-19 - 来自专栏全栈程序员必看
struts2漏洞监测_struts2 漏洞 测试方案 与 解决方案
Struts2的核心是使用的webwork框架，处理 action时通过调用底层的getter/setter方法来处理http的参数，它将每个http参数声明为一个ONGL(这里是ONGL的介绍)语句。 2.struts参数过滤。 Java代码 .*\\u0023.* .*\\u0023.* 这个可以解决漏洞问题，缺点是工作量大，每个项目都得改struts配置文件。
1.1K10编辑于 2022-09-09 - 来自专栏单细胞天地
Eninostat在HER2阳性乳腺肿瘤微环境中作用
这可以导致基因的表达模式发生改变，包括抑制肿瘤细胞的增殖、诱导细胞凋亡和促进免疫应答。 在HER2阳性乳腺肿瘤微环境中，Entinostat可以少免疫抑制，从而增强免疫系统对肿瘤的反应。 它可以改善肿瘤微环境中的免疫细胞功能，增加抗肿瘤免疫细胞的浸润和活性，并促进肿瘤细胞的免疫识别和杀伤。 单细胞实验设计 对使用Eninostat和ICIS治疗的小鼠的HER2过表达的乳腺肿瘤进行了单细胞RNA测序，以全面描述TME内多种细胞类型的变化。 CAF（癌相关成纤维细胞）：是一种存在于肿瘤微环境中的细胞类型，它们与癌细胞相互作用，促进肿瘤生长和转移。CAF通常表达一些特定的标志物，如Col12a1和Mmp2。 它们在肿瘤微环境中起着重要的免疫调节作用。 MDSCs（髓系衍生抑制性细胞）：是一类免疫抑制性细胞，存在于肿瘤微环境中。它们可以抑制免疫细胞的功能，从而减弱对肿瘤的免疫反应。
51510编辑于 2024-03-06 - 来自专栏科研猫
TCGA数据库挖掘肿瘤相关基因突变（2）cBioPortal
TCGA的“鸡肋”之处 TCGA是一个综合性的多组学肿瘤基因组数据库，除包含DNA测序之外，还包含了RNA测序、拷贝数、蛋白谱、甲基化等多个组学的数据，但是在TCGA的官方网站GDC Data 下面直接带领大家来学习一下如何通过cBioPortal挖掘肿瘤数据。还是上面的例子：比较一下乳腺癌中HER2突变阳性的病人和野生型病人的生存曲线是否有统计学差异。 在cBioPortal中共有32个癌种，240个study，基本覆盖所有常见和个别少见肿瘤。 Step2 选择需要分析的数据类型。 因为很多基因都有别名，而HER2不是一个正式的名字，系统帮我们检测到它的名字应该是ERBB2，我们点击一下文本框下面的ERBB2，它便自己改过来了。
5.7K22发布于 2019-11-14 - 来自专栏全栈程序员必看
舆情监测分析系统_舆情监测系统
我们的舆情分析系统主要包括舆情总缆分析、舆情搜索、文章分析、文章评论分析、事件舆情分析、事件舆情预警六大功能模块以及管理员系统配置模块。针对舆情总览分析、舆情搜索、文章分析、文章评论分析、事件舆情分析、事件舆情预警我们的分析数据来源于多个网站关于某一事件的报道文章的爬取，如微博、今日头条、知乎等，但主要集中于微博。管理员配置模块配置的是爬虫的爬虫间隔、舆情事件的展示参数以及系统日志查看。
6.4K30编辑于 2022-09-29 - 来自专栏呼延
雷达监测
来源 lintcode-雷达监测 描述 一个2D平面上有一堆雷达（雷达有x, y坐标，以及能探测到的范围r半径）。现在有一辆小车要从y = 0和y = 1的区间里面通过并且不能被雷达探测到。 解释： 在(0,2)处有个雷达，它能探测到以(0,2)为圆心，半径为1的圆形区域，小车不会被检测到。 给出 coordinates = [[0,2],[1,2]], radius = [1,2], 返回 “YES”。 解释： 在(0,2)处有个雷达，它能探测到以(0,2)为圆心，半径为2的圆形区域，(1,2)处的雷达能探测到以(1,2)为圆心，2为半径的圆形区域。2号雷达可以探测到小车经过。 // Write your code here for (int i=0;i < coordinates.length;i++){ //如果圆心的y轴绝对值减去半径小于等于0,说明被监测到
1.7K20发布于 2019-07-01 肿瘤免疫逃逸
MHCI类分子的表达下调可由基因组的丢失、mRNA转录水平的降低和B2微球蛋白(β2- microglobulin)基因的突变等引起。 研究发现在大量人肿瘤细胞系中，细胞内抗原加工和提呈所必需的LMP-1、LMP-2、TAP-1、TAP-2四种蛋白的 mRNA 表达低下或无法测出,具有一定的普遍意义。 (3)前列腺素E2(prostaglandin E2,PGE2):前列腺素E家族具有多种免疫抑制活性，其中 PGE2是公认的与荷瘤机体免疫抑制相关的一种前列腺素,它在多种肿瘤如乳腺癌、头颈部癌等中的表达水平明显增高 前列腺素主要通过以下几个方面来促进肿瘤免疫逃逸:PGE2能诱导产生抑制型T细胞和抑制型Mφ,降低LAK细胞的活性，抑制抗原特异性T细胞增殖和产生细胞因子等:与此同时,PGE2还能抑制APC的分化和功能; 能抑制TH1、NK细胞和Mφ的抗肿瘤活性，并上调TH2相关细胞因子如IL-10的产生。
62410编辑于 2024-02-28- 来自专栏数据结构与算法
19:肿瘤检测
我们假设给定的图像中有且只有一个肿瘤。在图上监测肿瘤的方法如下：如果某个点对应的灰度值小于等于50，则这个点在肿瘤上，否则不在肿瘤上。我们把在肿瘤上的点的数目加起来，就得到了肿瘤在图上的面积。 任何在肿瘤上的点，如果它是图像的边界或者它的上下左右四个相邻点中至少有一个是非肿瘤上的点，则该点称为肿瘤的边界点。肿瘤的边界点的个数称为肿瘤的周长。 现在给定一个图像，要求计算其中的肿瘤的面积和周长。 输入输入第一行包含一个正整数N（0 < N <= 100），表示图像的大小；接下来N行，每行包含图像的一行。 输出输出只有一行，该行包含两个正整数，分别为给定图像中肿瘤的面积和周长，用一个空格分开。 20 25 52 99 40 50 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 样例输出 9 8 来源计算概论05－模拟考试1 1 #include<iostream> 2
1.2K50发布于 2018-04-03 - 来自专栏数据结构与算法
18:肿瘤面积
18:肿瘤面积 总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB描述 在一个正方形的灰度图片上，肿瘤是一块矩形的区域，肿瘤的边缘所在的像素点在图片中用0表示。 其它肿瘤内和肿瘤外的点都用255表示。现在要求你编写一个程序，计算肿瘤内部的像素点的个数（不包括肿瘤边缘上的点）。已知肿瘤的边缘平行于图像的边缘。 输入只有一个测试样例。 输出输出一行，该行包含一个整数，为要求的肿瘤内的像素点的个数。 来源2005~2006医学部计算概论期末考试 1 #include<iostream> 2 using namespace std; 3 int a[1001][1001]; 4 int now
1.6K60发布于 2018-04-03 - 来自专栏物联网智慧生活
VOCs在线监测系统 自动监测 远程监控
一、VOCs在线报警监测系统概述 VOCs在线报警监测系统能把污染源精准监测和追溯，实现靶向治理:实时颗粒物、空气四参、气相五参的情况监测，确定影响区域空气质量的主要因素，把控重点污染源，实现定向治理 二、VOCs在线报警监测系统组成 图片2.png (1)采样单元 主要包含采样探头和高温伴热管线。采样探头具有过滤模块，可预先对烟气中的粉尘进行过滤。 (2)预处理单元 主要包含多级精密过滤模块及流量校准控制模块等，进一步去除气体中的粉尘颗粒物，同时调节和控制气体流量和稳定性，保证后续检测单元检测分析的准确性。 四、VOCs在线报警监测系统功能 1、实时数据入库系统 实时数据入库系统主要实现园区企业内所有VOCs监测点产生的测量数据实时存到监测平台数据存储中心，可以对接不同类型的监测因子。 图片4.png 2、数据存储系统 原始监测数据，将全部存储在监测平台分布式文件系统，用于存储海量的非结构化数据。
2.7K20发布于 2021-10-20 - 来自专栏生命科学
MCE 肿瘤代谢
例如己糖激酶 2 (HK2) ，其抑制剂 3-BrPA (3-bromopyruvate) ，能够抑制有氧糖酵解和氧化磷酸化，具有成为抗肿瘤药物的潜力；乳酸脱氢酶 A (LDHA，由 c-Myc 和缺氧诱导因子 乳酸还抑制 CD8+ T 细胞的增殖和功能，阻止树突状细胞成熟，并将 M1 巨噬细胞转化为 M2 巨噬细胞。此外，乳酸还通过增加内皮细胞 IL-8 和 VEGF 信号传递促进血管生成。 缩写： HK2: Hexokinase 2; LDHA: Lactate dehydrogenase A; GLUT1: Glucose transporter 1; HIF-1: Hypoxia-inducible Cell, 2000. 100: p. 57–70. 2. Hanahan, D., et al. Hallmarks of Cancer: The Next Generation. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Feb 2;107(5):2037-42. 8. Kareenhalli V. Venkatesh, et al.
60520编辑于 2023-03-15 - 来自专栏漫途科技
窨井水位监测终端，解决传统监测难题
窨井在城市排水管网中扮演着重要的角色，窨井水位监测可以及时掌握窨井的水位情况，准确反映出城市排水管道运行状态。 受限于监测设备：传统的窨井水位监测设备可能存在一些限制和不足。例如，传感器的精度和稳定性可能会受到环境条件（如湿度、温度等）的影响，导致监测结果的可靠性受到影响。 传统监测设备的安装、维护和更换也会带来一定的困难和成本。数据处理复杂：传统的窨井水位监测可能产生大量的数据，如何对这些数据进行有效的处理和分析，并从中提取出有用的信息，需要专业的数据处理和分析能力。 数据处理和分析的复杂性可能会增加监测工作的难度和成本。窨井水位监测终端图片产品特点：定时采集：支持自定义采集时间和频率，做到定时采集与上报。 图片低功耗远程采集终端M4315有效解决传统监测设备井内环境复杂、数据采集困难等问题，为城市排水提供准确的监测数据，助力管理人员日常维护和城市防涝工作。
64420编辑于 2023-07-06
腾讯云开发者
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