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单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 使用的数据 对照1：10例健康气管样本（ Deprez et al., 2020） 对照2：4例健康肺样本（Madissoon et al., 2019） BALF单细胞数据（支气管肺泡灌洗液, broncho-alveolar lavage fluid）：总共14个样本，包括对照、轻度和重症患者样本 (Liao et al., 2020) BALF单细胞群初步注释 利用Liao文章的marker基因，大致分成macrophages , myeloid dendritic cells, and T-cells，但发现很多cluster的细胞类型不好确定【A) Control. j.isci.2021.103030/attachment/0b421468-3a53-48b6-8c28-3eee4d7e06f7/mmc4 发现重症的17个cluster中，cluster11表现非常突出，9个基因列表中表达了
73310编辑于 2021-12-16 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 使用的数据 对照1：10例健康气管样本（ Deprez et al., 2020） 对照2：4例健康肺样本（Madissoon et al., 2019） BALF单细胞数据（支气管肺泡灌洗液, broncho-alveolar lavage fluid）：总共14个样本，包括对照、轻度和重症患者样本 (Liao et al., 2020) BALF单细胞群初步注释 利用Liao文章的marker基因，大致分成macrophages , myeloid dendritic cells, and T-cells，但发现很多cluster的细胞类型不好确定【A) Control. j.isci.2021.103030/attachment/0b421468-3a53-48b6-8c28-3eee4d7e06f7/mmc4 发现重症的17个cluster中，cluster11表现非常突出，9个基因列表中表达了
69930发布于 2021-11-19 单细胞空间外显子--多模态空间组学揭示肺前驱病变进展中肺泡祖细胞与促炎微环境的协同演变
发现位于肺泡Ⅱ型细胞与肿瘤细胞之间的KRT8高表达肺泡中间细胞亚群，该群细胞与前驱病变细胞紧密聚集。 KRT8高表达肺泡中间细胞处于双轨交汇点：既参与肺泡Ⅱ型向Ⅰ型分化路径，又通过渐进性伪时间递增与分化程度丧失导向浸润性细胞。单核RNA测序数据的非负矩阵分解分析识别出9个共识meta-program。 通过iStar以超像素分辨率映射9个上皮meta-program及髓系meta-program（此处标记为MP10），并结合IL1B表达可视化显示：配对非典型腺瘤性增生/肺腺癌附近的反应性肺细胞及非典型腺瘤性增生细胞本身 通过分析肺泡谱系细胞的转录特征，识别出定位在肺泡Ⅰ/Ⅱ型细胞之间的KRT8高表达肺泡中间细胞，同时发现了一个以高表达CXCL2和NFKBIA/Z为特征的炎症性肺泡Ⅱ型细胞亚群。 与所有其他上皮亚群（包括正常肺泡细胞和晚期肿瘤细胞）相比，KRT8高表达肺泡中间细胞、非典型腺瘤性增生和炎症性肺泡Ⅱ型细胞的邻域中C15细胞数量显著更多。
25620编辑于 2025-11-08- 来自专栏单细胞天地
单细胞python复现|| 01-文献解读：肺癌转移中的再生谱系和免疫介导的杀伤
相比之下，转移瘤表达内胚层和肺特异性转录因子SOX2和SOX9，并具有更原始的转录程序，跨越干细胞到再生肺上皮祖细胞状态。 这种发育连续过程反映了小鼠模型中转移性休眠自发爆发的进展阶段，并表现出对自然杀伤细胞的SOX9依赖性抵抗。 E1：中细分出4种上皮细胞亚型：Ⅰ型肺泡上皮（alveolar epithelial cell types 1，AEC1）、Ⅱ型肺泡上皮（AEC2）、上呼吸道的纤毛细胞（ciliated cells）和分泌细胞 再生亚群（type II） → 增殖性SOX2 high 肺泡上皮细胞祖细胞状态（type III）。 具体而言，表达SOX2的肿瘤细胞在分裂时，很容易被免疫系统中的NK细胞检测到，并被NK细胞杀死。相反，表达SOX9的癌细胞可以对NK细胞耐受。
88010编辑于 2023-02-10 - 来自专栏单细胞天地
COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析
作者选了COVID-19严重程度不同的患者以及健康人的支气管肺泡灌洗液免疫细胞，进行单细胞转录组测序。 发现重度患者的支气管肺泡灌洗液中富含巨噬细胞，普通型患者的特点是存在高度克隆扩增的CD8+ T细胞。 针对9个病人的表达矩阵的质控阈值是：基因数量200-6000，UMI count大于1000，线粒体含量小于10%。 Fig. 1 图A：对支气管肺泡灌洗液免疫细胞进行分群后进行细胞·类型鉴定，UMAP展示出13种细胞类型 图B：主要的支气管肺泡灌洗液免疫细胞在健康、中度、重度患者中的分布 图C：UMAP展示了4组巨噬细胞在健康 IL1B, IL6, TNF 和几种趋化因子 (CCL2, CCL3, CCL4 and CCL7)在重症患者的巨噬细胞中高表达；CXCL9, CXCL10 and CXCL11在患者中表达量高于正常人
1.9K20发布于 2020-06-24 - 来自专栏作图丫
【单细胞文献解读】肺癌微环境中的基质细胞图谱
04 TME中的B细胞簇 B 细胞可进一步划分为9个亚型： 滤泡型B细胞 (MS4A1, CXCR4, HLA-DRs) 浆细胞（immunoglobulin gamma） MALT边缘区B细胞 (immunoglobulins (CLEC9A+，XCR1+) CD163+和CD68+的巨噬细胞 大多数亚群的细胞都来源于非肿瘤组织。 06 TME中的T细胞簇 T细胞可进一步划分为9个亚群： Treg细胞 (FOXP3+) NK细胞及NKT细胞 (FGFBP2) CD8+T细胞 (CD8A+) CD4+T细胞 (CD4+) 通路分析发现肿瘤来源的 07 TME中的肺泡（上皮）细胞簇 肺泡细胞可进一步划分9个亚群： I型肺泡上皮细胞 (AGER, CAV1) II型肺泡上皮细胞 (SFTPC, ABCA3) 棒状细胞 (SCGB1A1) 基底细胞 (KRT15) 其中I型肺泡上皮细胞、II型肺泡上皮细胞，以及呼吸道表皮细胞只肿瘤中出现。
98230编辑于 2022-03-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序获得人类肺的分子细胞图谱
scRNA-seq获得75,000个细胞的转录组，识别出58个不同的转录细胞群，包括15个上皮细胞，9个内皮细胞，9个基质细胞和25个免疫细胞。 LRP5、CTNNBIP和TCF7L2)和解毒(CP、GSTA1和CYP4B1)的基因，可能是肺泡干细胞。 基质细胞中两个细胞群表达经典纤维母细胞标记(BSG和COL1A2)，一个(WIF1+FGF18+ASPN+)是典型的肌成纤维细胞，定位于肺泡管。 另一个(纤维肌细胞)表达较高的收缩基因(MYH11、CNN1和TAGLN)，与气道平滑肌和肺泡混杂在一起。 )，并且都定位于近端血管；TREM2+树突状细胞定位于血管和肺泡(APOC1、APOE、CYP27A1)。
72930编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信菜鸟团
空间转录组学识别与肺纤维化远端肺重塑相关的分子微环境失调 | Nat.Genet
此外，许多生态位要么是疾病特有的，要么在疾病中富集，包括免疫相关（T2、C7、C9）、纤维化相关（T6、T9、C4）和过渡上皮生态位（T3、C2；图3c和补充图14）。 特别引人注意的是我们观察到上皮细胞从其下方基底膜的部分脱离（图4及扩展数据图7–9）。 ◉ 在其中一个样本中，我们观察到一个由纤维化生态位（T6/T9；棕色/粉色）和 COL1A1 表达（灰色）标记的致密纤维化区域，该区域与 T3/C3 相邻，表明上皮脱离，并靠近正常肺泡生态位（T4/C8 （图4和扩展数据图7–9），而C3细胞生态位捕捉到了KRT5−/KRT17+细胞与表达CTHRC1和FAP的活化成纤维细胞之间的关系，并标记了上皮脱落和纤维化病灶。 最终得到了 47 种细胞类型，包括 4 种内皮细胞、12 种上皮细胞、22 种免疫细胞和 9 种间充质细胞（扩展数据图 2–5 和补充表 2）。
44300编辑于 2025-03-21 - 来自专栏单细胞天地
呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构
前面我们系统性梳理了各种器官的上皮细胞的细分亚群，以及其对应的标记基因列表： 乳腺上皮细胞单细胞亚群 肝上皮细胞单细胞亚群 肺上皮细胞单细胞亚群 结直肠上皮细胞单细胞亚群 胃上皮细胞单细胞亚群 肾上皮细胞单细胞亚群 但是这些亚群其实还可以有层级结构，以呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构为例： 这次我们说的呼吸道上皮，主要是肺泡和支气管上皮谱系，因为数据集来源于肺癌的单细胞文章：《Regenerative lineages ） 新辅助化疗后1例，肺腺癌脑转移n =3，肺腺癌骨转移n =1，肺腺癌肾上腺转移n =1） 主要的上皮单细胞亚群是： Ⅰ型肺泡上皮（alveolar epithelial cell types 1，AEC1 ）、 Ⅱ型肺泡上皮（AEC2）、 上呼吸道的纤毛细胞（ciliated cells） club 细胞 Secretory 细胞 basal-like cells AEP（肺泡上皮祖细胞） NE（神经内分泌细胞 KRT14','APOE','EMP3','APOC1','CD44','UCHL1','ASCL1', 'CALCA','TM4SF1','MUC5B','LRP5','SOX2','SOX9'
68510编辑于 2023-02-10 文献分享----华大空转（Stereo-seq）分析揭示肺泡树突状细胞-T细胞免疫中心防御肺部感染
分析结果1、SARS-CoV-2感染前后仓鼠肺器官尺度免疫图谱无监督的单细胞、空间聚类分析结果2、免疫图谱显示的肺泡DC-T免疫中枢Stereo-seq数据与scRNA数据的联合分析整合的Stereo-seq 基于网络聚类分析，确定了11个细胞模块。同一模块内的细胞亚群往往在空间上共定位。 基于CellChat分析推断共定位细胞亚群的细胞间通讯，研究DC-T免疫中枢中细胞类型与肺泡定位的ATI和巨核细胞之间的潜在相互作用。 分析结果3、肺泡DC-T免疫枢纽对SARS-CoV-2感染的反应空间共定位的细胞会增强细胞间的协同作用。 数据显示，在d14时，仓鼠肺中几乎不存在SARS-CoV-2 rna，肺泡DC-T免疫中枢含有Ccr7+Ido1+ dc、Cd160+Cd8+ T细胞和Tnfrsf4+Cd4+ T细胞，在d14时恢复到生理水平
40220编辑于 2024-10-22- 来自专栏生信技能树
SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（3） 细分巨噬细胞的单细胞亚群
（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正） 现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第3讲：细分巨噬细胞的单细胞亚群 下面是前年实习生（日行一膳 assays #Active assay: SCT (18694 features, 3000 variable features) # 1 other assay present: RNA # 9 combine) { plots <- CombinePlots(plots = plots) } return(plots) } pdf("Fig3d.heatmap_MP.pdf",13,9) 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05. 去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
73520编辑于 2022-03-03 - 来自专栏类器官/器官芯片/3D培养
人源3D肺模型与ALI气液界面培养技术解析：Epithelix MucilAir、SmallAir与AlveolAir在呼吸系统研究中的应用
在人原代细胞方面，Epithelix可提供多种低代次冷冻保存细胞，包括原代肺泡上皮细胞、肺泡巨噬细胞等。这类细胞来自人肺组织分离，并经过标准化冻存和运输处理，以尽可能保证细胞活性与实验一致性。 这类细胞来源于人体肺组织，能够较好保留肺泡上皮细胞的生物学特征，适合用于构建更接近人体肺泡微环境的体外模型。 另一类重要细胞是原代肺泡巨噬细胞（AlveolarMacrophages）。肺泡巨噬细胞是肺部免疫研究中的关键细胞类型，参与颗粒物清除、局部免疫调控、炎症反应和组织稳态维持。 在部分实验体系中，肺泡巨噬细胞还可以与肺泡上皮细胞共同构建2D或3D共培养体系，从而模拟上皮细胞与免疫细胞之间的相互作用，为肺泡微环境研究提供更完整的实验条件。 本文基于Epithelix、肺泡细胞、肺泡巨噬细胞、MucilAir、3D肺模型、人源肺细胞等相关应用的公开资料、参考文献曼博生物整理发布，用于科研技术交流与学习参考。
10110编辑于 2026-05-12 文献分享--特发性肺纤维化肺泡再生生态位的时空细胞图谱
知识积累健康肺泡的修复依赖于肺泡干细胞分化为特定上皮细胞以维持气体交换的能力。在特发性肺纤维化（IPF）等慢性纤维化肺病中，这一再生过程出现异常。 损伤发生后，健康肺部展现出显著的修复能力，这一过程由多种祖细胞支持，包括Ⅱ型肺泡上皮细胞（ATII）、克拉拉细胞、KRT5⁻支气管肺泡干细胞（BASCs）以及更为罕见的KRT5高表达气道基底干细胞。 纤维化反应被认为是肺泡微损伤后过度修复所致：活化的成纤维细胞通过沉积胶原蛋白扩张间质。这种结构改变伴随显著免疫细胞浸润以及异常上皮再生——形成细支气管样细胞而非薄壁的Ⅰ型肺泡上皮细胞。 结果1、IPF肺脏再生肺泡生态位的时空定义结果2、IPF肺脏再生肺泡生态位的细胞组成特征鉴定出5种肺泡上皮细胞类型，核心发现：1）异常上皮（ABIs+基底细胞）占IPF再生肺泡的64%，功能性ATI细胞不足 FN表达异质性CD206highFNhigh肺泡巨噬细胞构成独立亚群，与既往报道的定居型/促纤维化亚群均不同潜在功能意义FN信号：可能通过整合素受体维持ABI存活或促进基底样分化MIF信号：或调控巨噬细胞向病变肺泡区域的迁移与滞留时空特异性
37020编辑于 2025-08-12文献分享--空间单细胞图谱揭示健康与病变人肺的区域性差异
关键邻域包括：肺泡实质：以AT1、AT2和气囊细胞为核心，与基质细胞、内皮细胞、单核细胞和NK细胞等形成稳定邻域。 AT0细胞：在肺泡区域被发现，其标志物共表达模式提示该细胞类型内部存在异质性。绘制了假复层上皮的顶端-基底轴向细胞层级结构：基底细胞和上基底细胞富集于靠近基底膜的区域。 ）与S100A9阳性细胞仅部分重叠，揭示了此前未知的细胞状态复杂性。 这印证了单细胞研究中“近端气道基因程序在远端上皮细胞中被异常激活”的发现。肺泡上皮与免疫细胞变化：AT1细胞比例降低，T淋巴细胞比例增加。 健康肺泡邻域的破坏：与健康组织相比，代表正常肺泡结构的两个邻域（AT2-Alv和Cap-Alv）在COPD样本中显著减少，这与COPD病理中的“肺泡简化”现象相符。
24510编辑于 2025-11-06- 来自专栏用户7627119的专栏
Nature | COVID-19疾病进展期间肺病理的空间景观
外周血或支气管肺泡灌洗液中的免疫分析揭示了免疫系统的主要变化，如过度的中性粒细胞激活，淋巴细胞减少，和异常的适应性免疫系统反应。 其中肺泡上皮细胞表现出最高的SARS-CoV-2 Spike (Spike+)阳性率(图2b)。肺泡上皮细胞的表型取决于高峰水平, 细胞间差异标记的强度依赖于Spike水平(如图2c-d)。 比较健康和COVID-19肺之间的巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用，巨噬细胞优先与肺泡壁的成纤维细胞相互作用，表明在疾病晚期，巨噬细胞促进了肺泡壁的纤维化和增厚(图2f-h)。 观察到越来越多的细胞带有细胞死亡的标记物，特别是带有cCasp3的巨噬细胞和中性粒细胞(图2i)，而上皮细胞和内皮细胞优先出现细胞死亡C5b-C9(图2j,k)，可能提示肺泡损伤。 图3 一个数据驱动的，临床注释相关联的肺病理景观 结 论 研究发现，SARS-CoV-2主要感染肺泡上皮细胞，并诱导与肺损伤相关的局部高炎症细胞状态。
58220编辑于 2022-09-21 - 来自专栏单细胞天地
文献分享——SingleR包来源
通过对博来霉素诱导的肺纤维化小鼠肺部标本进行单细胞测序，然后找到了一群介于和疾病相关的巨噬细胞，这群细胞从转录组上来看介于单核细胞和肺泡巨噬细胞（有自我更新能力）之间。 文章结论： 找到了起源于单核细胞、和疾病相关的一类巨噬细胞，会向纤维化niche中转移定居，并向肺泡细胞转变，发挥促进纤维化的作用。 2群：肺泡巨噬细胞AM和肺间质巨噬细胞IM。 这说明C2是在向正常肺泡巨噬细胞转向过程的中间态。 这里给我们一个提示：如果想在实验层面了解细胞的分化方向，可以在不同时间点收集细胞做测序，看转录组变化趋势。 作者收集了模型小鼠3、9月的样本以及Trf1fl/fl 而没有诱导敲除的control小鼠9月的样本，拿去做了芯片： ? 发现C2、C3相关基因表达增加，在9月更高。
3.8K21发布于 2020-03-30 - 来自专栏单细胞天地
人类远端肺部气道细胞图谱绘制
其中每一种都处于远端气道内的特定位置，并将其命名为 TRB 分泌细胞（TRB-SC）、末端细支气管前分泌细胞（pre-TB-SCs）、肺泡 0 型上皮细胞（AT0s）、SCGB3A2 纤毛细胞 (SCGB3A2 以LGR5为标志的气道独特的成纤维细胞群 基于人肺部参考数据集，先注释了7个间充质细胞群：肺泡成纤维细胞、外膜成纤维细胞、肌成纤维细胞、纤维肌细胞、周细胞以及血管和气道平滑肌细胞。 空间转录组数据表明，包括FGF14在内的基因表达在气道周围的LGR5+成纤维细胞中富集，但在肺泡区域中不存在。RNA-FISH 显示LGR5+成纤维细胞位于气道的上皮下间质中。 人肺泡上皮中 AT0细胞的动力学和独特的细胞轨迹 作者使用几种不同的轨迹分析算法（scVelo、Monocle3、PAGA、scEpath和Slingshot），发现从AT2群到成熟AT1或TRB-SC 作者进一步使用人类AT2来源的肺泡培养物验证了这些预测。
84321编辑于 2023-02-10 - 来自专栏数据分析与挖掘
【知识图谱】知识图谱的构建-python-neo4j
", "desc": "肺泡蛋白质沉积症(简称PAP)，又称Rosen-Castle-man-Liebow综合征，是一种罕见疾病。 该病以肺泡和细支气管腔内充满PAS染色阳性，来自肺的富磷脂蛋白质物质为其特征，好发于青中年，男性发病约3倍于女性。" ，例如巨细胞病毒，卡氏肺孢子虫，组织胞浆菌感染等均发现有肺泡内高蛋白沉着。 \n虽然启动因素尚不明确，但基本上同意发病过程为脂质代谢障碍所致，即由于机体内，外因素作用引起肺泡表面活性物质的代谢异常，到目前为止，研究较多的有肺泡巨噬细胞活力，动物实验证明巨噬细胞吞噬粉尘后其活力明显下降 ，而病员灌洗液中的巨噬细胞内颗粒可使正常细胞活力下降，经支气管肺泡灌洗治疗后，其肺泡巨噬细胞活力可上升，而研究未发现Ⅱ型细胞生成蛋白增加，全身脂代谢也无异常，因此目前一般认为本病与清除能力下降有关。"
2.4K31发布于 2021-04-09 - 来自专栏作图丫
【单细胞文献解读】靶向治疗诱导肺癌进化
基于单细胞转录组数据，识别到了一些临床上常见的driver基因突变，同时，在一些样本中还鉴定出了新的突变。 04 比较TN和RD RD比TN呈现更高的肺泡signature(图A)。 通过RT-PCR的正交验证，发现肺泡的标志性基因NKX2-1在RD中表达高于Control组和获得性耐药的细胞，说明在RD组中肺泡信号被激活（图B）。 08 靶向治疗期间肿瘤微环境的改变 对所有的免疫细胞(n =13,431)进行聚类和注释分析，共获得9个免疫细胞亚型(图A-B)。 MF1：在 靶向治疗响应期--RD 富集，表达了一些髓系来源的抑制细胞marker (FCN1，VCAN，S100A8，S100A9) 以及炎症的消退、伤口愈合和抑制IL-1b的基因 (THBS1 and MF2：在 疾病进展期--PD 富集，表达了一些促炎因子(CXCL9，CXCL10，CXCL11)，同时也在PD期特异性表达了IDO1。
72120编辑于 2022-03-29 - 来自专栏作图丫
【单细胞文献解读】转移性肺腺癌的异质性及动态变化
测序平台：10x Genomics 结果解析 01 肺腺癌早期、晚期以及转移的细胞动态 单细胞RNA测序共获得了208,506个细胞，聚成9个细胞亚群：上皮细胞(肺泡细胞和癌细胞)、基质细胞(成纤维细胞和内皮细胞 04 髓系细胞塑造免疫抑制的微环境 对单核-巨噬细胞分亚群，发现： 在正常肺组织中观察到的巨噬细胞亚群有：抗炎的肺泡巨噬细胞(APOE+,CD163+, C1QB+)，促炎的肺泡巨噬细胞(IL1B+, CXCL8+)，以及表达抗炎Makers的循环肺泡巨噬细胞。 在正常组织和肺癌组织中，都发现了S100A9+单核细胞(M-C3)和树突状细胞(DCs)。 mo-Macs可以为耗竭型CD8+T细胞提供激活(TNF-TNFRSF1B)和抑制性(LGALS9-HAVCR2)信号。
1K20编辑于 2022-03-29
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