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单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 使用的数据 对照1：10例健康气管样本（ Deprez et al., 2020） 对照2：4例健康肺样本（Madissoon et al., 2019） BALF单细胞数据（支气管肺泡灌洗液, broncho-alveolar lavage fluid）：总共14个样本，包括对照、轻度和重症患者样本 (Liao et al., 2020) BALF单细胞群初步注释 利用Liao文章的marker基因，大致分成macrophages , myeloid dendritic cells, and T-cells，但发现很多cluster的细胞类型不好确定【A) Control. diabetes 基因列表：https://www.cell.com/cms/10.1016/j.isci.2021.103030/attachment/0b421468-3a53-48b6-8c28-3eee4d7e06f7
73310编辑于 2021-12-16 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 使用的数据 对照1：10例健康气管样本（ Deprez et al., 2020） 对照2：4例健康肺样本（Madissoon et al., 2019） BALF单细胞数据（支气管肺泡灌洗液, broncho-alveolar lavage fluid）：总共14个样本，包括对照、轻度和重症患者样本 (Liao et al., 2020) BALF单细胞群初步注释 利用Liao文章的marker基因，大致分成macrophages , myeloid dendritic cells, and T-cells，但发现很多cluster的细胞类型不好确定【A) Control. diabetes 基因列表：https://www.cell.com/cms/10.1016/j.isci.2021.103030/attachment/0b421468-3a53-48b6-8c28-3eee4d7e06f7
69930发布于 2021-11-19 单细胞空间外显子--多模态空间组学揭示肺前驱病变进展中肺泡祖细胞与促炎微环境的协同演变
另存在1例染色体稳定病例（P22）和1例仅含两个肺腺癌样本的未分型病例（P7）。如预期所示，除P22外所有肺腺癌均检测到拷贝数变异且非整倍体水平显著更高。 值得注意的是，P7的两个肺腺癌样本呈现截然不同的拷贝数变异谱通过color-coding its corresponding spots、组织学注释、伪时间轨迹及CytoTRACE推断分化状态，进一步解析空间动力学特征 整合单核RNA测序与空间转录组数据进行分析，发现非浸润区域（正常肺组织/前驱病变）比浸润区域具有更高MP2/MP7和更低MP6。 反应性肺细胞稀疏分布于病变周边区域，保留肺泡特征（MP2-肺泡Ⅱ型）但共表达MP6-肿瘤/KRT8高表达肺泡中间细胞与MP7-炎症/应激程序，提示其处于从正常肺泡细胞向肿瘤早期表型偏离的关键阶段。 结果7、针对 IL-1β 的治疗性干预可抑制促肿瘤炎症，并联合免疫检查点抑制阻止 LUAD 的发展研究通过小鼠干预实验证明，在癌前阶段靶向IL-1β信号，既能有效抑制肺腺癌发生，也能与免疫检查点阻断疗法产生协同增效作用
25620编辑于 2025-11-08- 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序获得人类肺的分子细胞图谱
图1 人肺和血细胞的scRNA-seq和注释策略 2新的肺细胞类型、亚型和状态 基底细胞有多种分子细胞类型，在激素产生(ALOX15、ADH7、SNCA)和粘附(POSTN、ISLR、PCDH7)方面存在差异 LRP5、CTNNBIP和TCF7L2)和解毒(CP、GSTA1和CYP4B1)的基因，可能是肺泡干细胞。 基质细胞中两个细胞群表达经典纤维母细胞标记(BSG和COL1A2)，一个(WIF1+FGF18+ASPN+)是典型的肌成纤维细胞，定位于肺泡管。 另一个(纤维肌细胞)表达较高的收缩基因(MYH11、CNN1和TAGLN)，与气道平滑肌和肺泡混杂在一起。 )，并且都定位于近端血管；TREM2+树突状细胞定位于血管和肺泡(APOC1、APOE、CYP27A1)。
72930编辑于 2022-09-21 - 来自专栏单细胞天地
COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析
作者选了COVID-19严重程度不同的患者以及健康人的支气管肺泡灌洗液免疫细胞，进行单细胞转录组测序。 3.1 样本收集 2020年1-2月取自深圳第三人民医院的13个病人，并根据新型冠状病毒肺炎诊疗方案（http://www.nhc.gov.cn/yzygj/s7653p/202003/46c9294a7dfe4cef80dc7f5912eb1989 为了评估细胞因子和趋化因子水平，检查了其他几名病人的支气管肺泡灌洗液（S7-S10，他们的人口调查数据在附表四） 来自维基百科： 细胞因子（英语：cytokine，又稱细胞介素、细胞激素、细胞素、细胞活素 Fig. 1 图A：对支气管肺泡灌洗液免疫细胞进行分群后进行细胞·类型鉴定，UMAP展示出13种细胞类型 图B：主要的支气管肺泡灌洗液免疫细胞在健康、中度、重度患者中的分布 图C：UMAP展示了4组巨噬细胞在健康 4.3 COVID-19患者BALF 中T细胞克隆扩增分析 使用scTCR-seq对8个COVID-19患者（排除了S3）BALF的7个T细胞群分析了T细胞克隆扩增 ?
1.9K20发布于 2020-06-24 - 来自专栏类器官/器官芯片/3D培养
人源3D肺模型与ALI气液界面培养技术解析：Epithelix MucilAir、SmallAir与AlveolAir在呼吸系统研究中的应用
在人原代细胞方面，Epithelix可提供多种低代次冷冻保存细胞，包括原代肺泡上皮细胞、肺泡巨噬细胞等。这类细胞来自人肺组织分离，并经过标准化冻存和运输处理，以尽可能保证细胞活性与实验一致性。 这类细胞来源于人体肺组织，能够较好保留肺泡上皮细胞的生物学特征，适合用于构建更接近人体肺泡微环境的体外模型。 另一类重要细胞是原代肺泡巨噬细胞（AlveolarMacrophages）。肺泡巨噬细胞是肺部免疫研究中的关键细胞类型，参与颗粒物清除、局部免疫调控、炎症反应和组织稳态维持。 在部分实验体系中，肺泡巨噬细胞还可以与肺泡上皮细胞共同构建2D或3D共培养体系，从而模拟上皮细胞与免疫细胞之间的相互作用，为肺泡微环境研究提供更完整的实验条件。 无血清体系可以减少未知成分干扰，使研究人员更容易分析细胞对特定刺激物或候选药物的反应。图7：Epithelix无血清培养基产品清单。
10110编辑于 2026-05-12 - 来自专栏单细胞天地
人类远端肺部气道细胞图谱绘制
其中每一种都处于远端气道内的特定位置，并将其命名为 TRB 分泌细胞（TRB-SC）、末端细支气管前分泌细胞（pre-TB-SCs）、肺泡 0 型上皮细胞（AT0s）、SCGB3A2 纤毛细胞 (SCGB3A2 以LGR5为标志的气道独特的成纤维细胞群 基于人肺部参考数据集，先注释了7个间充质细胞群：肺泡成纤维细胞、外膜成纤维细胞、肌成纤维细胞、纤维肌细胞、周细胞以及血管和气道平滑肌细胞。 空间转录组数据表明，包括FGF14在内的基因表达在气道周围的LGR5+成纤维细胞中富集，但在肺泡区域中不存在。RNA-FISH 显示LGR5+成纤维细胞位于气道的上皮下间质中。 LGR5+成纤维细胞是 FGF（FGF2、FGF7、FGF10 和 FGF14）、BMP（BMP2、BMP4、BMP5 和 BMP7）和 WNT 通路配体的来源，这些配体通过其同源受体（FGFR2 和 作者进一步使用人类AT2来源的肺泡培养物验证了这些预测。
84321编辑于 2023-02-10 - 来自专栏单细胞天地
单细胞python复现|| 01-文献解读：肺癌转移中的再生谱系和免疫介导的杀伤
在这里，我们发现，人类原发性肺腺癌的特征是再生细胞类型的出现，通常在肺损伤后出现，并且转录因子表达有差异，包括肺泡和支气管上皮谱系。 样本情况 单细胞数据：17个组织样本，包括正常肺组织(n = 4)、原发性肺腺癌(未治疗者7例，新辅助化疗后1例，肺腺癌脑转移n =3，肺腺癌骨转移n =1，肺腺癌肾上腺转移n =1）。 E1：中细分出4种上皮细胞亚型：Ⅰ型肺泡上皮（alveolar epithelial cell types 1，AEC1）、Ⅱ型肺泡上皮（AEC2）、上呼吸道的纤毛细胞（ciliated cells）和分泌细胞 原发LUAD肿瘤与肺损伤后的正常肺上皮细胞再生的状态相似，并且几乎所有的肺泡和支气管细胞都表现出显著的谱系混乱特点。 再生亚群（type II） → 增殖性SOX2 high 肺泡上皮细胞祖细胞状态（type III）。
88010编辑于 2023-02-10 文献分享----华大空转（Stereo-seq）分析揭示肺泡树突状细胞-T细胞免疫中心防御肺部感染
分析结果1、SARS-CoV-2感染前后仓鼠肺器官尺度免疫图谱无监督的单细胞、空间聚类分析结果2、免疫图谱显示的肺泡DC-T免疫中枢Stereo-seq数据与scRNA数据的联合分析整合的Stereo-seq 基于网络聚类分析，确定了11个细胞模块。同一模块内的细胞亚群往往在空间上共定位。 基于CellChat分析推断共定位细胞亚群的细胞间通讯，研究DC-T免疫中枢中细胞类型与肺泡定位的ATI和巨核细胞之间的潜在相互作用。 分析结果3、肺泡DC-T免疫枢纽对SARS-CoV-2感染的反应空间共定位的细胞会增强细胞间的协同作用。 数据显示，在d14时，仓鼠肺中几乎不存在SARS-CoV-2 rna，肺泡DC-T免疫中枢含有Ccr7+Ido1+ dc、Cd160+Cd8+ T细胞和Tnfrsf4+Cd4+ T细胞，在d14时恢复到生理水平
40220编辑于 2024-10-22- 来自专栏生信技能树
寻找表型特异性单细胞亚群的工具Scissor
，而预测为阴性主要是髓系和肺泡细胞。 因为肺泡上皮由肺泡I型（AT1）和肺泡II型细胞（AT2），这里并没有区分这两个，统一为肺泡上皮细胞。 with low PDCD1/CTLA4 and high TCF7 expres- sion associated with an immunotherapy response. 发现它主要是在第2个T细胞亚群里面富集 ： 免疫疗效相关T细胞亚群 这个黑色素瘤特异性免疫治疗反应相关T细胞亚群如果去跟所有的其它T细胞差异分析，可以看到它是T cell subpopulation with low PDCD1/CTLA4 and high TCF7 expression 免疫治疗反应相关T细胞亚群的特性 最后看疾病特异性单细胞亚群 这里以 facioscapulohumeral
1.5K40编辑于 2022-03-03 - 来自专栏单细胞天地
呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构
前面我们系统性梳理了各种器官的上皮细胞的细分亚群，以及其对应的标记基因列表： 乳腺上皮细胞单细胞亚群 肝上皮细胞单细胞亚群 肺上皮细胞单细胞亚群 结直肠上皮细胞单细胞亚群 胃上皮细胞单细胞亚群 肾上皮细胞单细胞亚群 但是这些亚群其实还可以有层级结构，以呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构为例： 这次我们说的呼吸道上皮，主要是肺泡和支气管上皮谱系，因为数据集来源于肺癌的单细胞文章：《Regenerative lineages and immune-mediated pruning in lung cancer metastasis》，是17个组织的4万多个单细胞数据： 正常肺组织(n = 4)、 原发性肺腺癌(未治疗者7例 ） 新辅助化疗后1例，肺腺癌脑转移n =3，肺腺癌骨转移n =1，肺腺癌肾上腺转移n =1） 主要的上皮单细胞亚群是： Ⅰ型肺泡上皮（alveolar epithelial cell types 1，AEC1 ）、 Ⅱ型肺泡上皮（AEC2）、 上呼吸道的纤毛细胞（ciliated cells） club 细胞 Secretory 细胞 basal-like cells AEP（肺泡上皮祖细胞） NE（神经内分泌细胞
68510编辑于 2023-02-10 - 来自专栏生信技能树
SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（3） 细分巨噬细胞的单细胞亚群
（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正） 现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第3讲：细分巨噬细胞的单细胞亚群 下面是前年实习生（日行一膳 ）的分享 1643459432584 本次复现的是于2021年7月27日发表在Nature Communications上的”Single-cell transcriptome of bronchoalveolar midpoint = 0, guide = "colourbar", aesthetics = "fill")+ theme(axis.text.y = element_text(size = 7) 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05. 去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
73520编辑于 2022-03-03 - 来自专栏生信菜鸟团
空间转录组学识别与肺纤维化远端肺重塑相关的分子微环境失调 | Nat.Genet
例如，气道生态位C1和T7以及淋巴样生态位T2和C9分别描述了特定气道和淋巴样细胞类型之间的紧密空间关系（图3b、补充图3和补充表3）。 特别引人注意的是我们观察到上皮细胞从其下方基底膜的部分脱离（图4及扩展数据图7–9）。 （图4和扩展数据图7–9），而C3细胞生态位捕捉到了KRT5−/KRT17+细胞与表达CTHRC1和FAP的活化成纤维细胞之间的关系，并标记了上皮脱落和纤维化病灶。 尽管在肺泡空间内积累，但作为总巨噬细胞群的一部分，FABP4+ 巨噬细胞仅在受累较轻的样本中略有增加，并且随着病理百分比的增加而变得不那么频繁（图 5f、扩展数据图 7 和补充图 7）。 与此同时，SPP1+ 巨噬细胞在对照组肺中也有观察到，但在受累更严重的样本中占总巨噬细胞群的比例更高，并且 SPP1 表达的增加与更高的病理评分相关（图 5f、补充图 7 和补充表 2、7 和 8），这表明巨噬细胞表型的演变是进行性肺纤维化的特征
44300编辑于 2025-03-21 文献分享--特发性肺纤维化肺泡再生生态位的时空细胞图谱
知识积累健康肺泡的修复依赖于肺泡干细胞分化为特定上皮细胞以维持气体交换的能力。在特发性肺纤维化（IPF）等慢性纤维化肺病中，这一再生过程出现异常。 损伤发生后，健康肺部展现出显著的修复能力，这一过程由多种祖细胞支持，包括Ⅱ型肺泡上皮细胞（ATII）、克拉拉细胞、KRT5⁻支气管肺泡干细胞（BASCs）以及更为罕见的KRT5高表达气道基底干细胞。 纤维化反应被认为是肺泡微损伤后过度修复所致：活化的成纤维细胞通过沉积胶原蛋白扩张间质。这种结构改变伴随显著免疫细胞浸润以及异常上皮再生——形成细支气管样细胞而非薄壁的Ⅰ型肺泡上皮细胞。 结果1、IPF肺脏再生肺泡生态位的时空定义结果2、IPF肺脏再生肺泡生态位的细胞组成特征鉴定出5种肺泡上皮细胞类型，核心发现：1）异常上皮（ABIs+基底细胞）占IPF再生肺泡的64%，功能性ATI细胞不足 FN表达异质性CD206highFNhigh肺泡巨噬细胞构成独立亚群，与既往报道的定居型/促纤维化亚群均不同潜在功能意义FN信号：可能通过整合素受体维持ABI存活或促进基底样分化MIF信号：或调控巨噬细胞向病变肺泡区域的迁移与滞留时空特异性
37020编辑于 2025-08-12文献分享--空间单细胞图谱揭示健康与病变人肺的区域性差异
进一步细分得到28种细胞类型，并结合标记基因验证补充了7种稀有细胞类型（如离子细胞、簇细胞等），最终构建包含35种细胞类型的空间图谱。 关键邻域包括：肺泡实质：以AT1、AT2和气囊细胞为核心，与基质细胞、内皮细胞、单核细胞和NK细胞等形成稳定邻域。 AT0细胞：在肺泡区域被发现，其标志物共表达模式提示该细胞类型内部存在异质性。绘制了假复层上皮的顶端-基底轴向细胞层级结构：基底细胞和上基底细胞富集于靠近基底膜的区域。 这印证了单细胞研究中“近端气道基因程序在远端上皮细胞中被异常激活”的发现。肺泡上皮与免疫细胞变化：AT1细胞比例降低，T淋巴细胞比例增加。 健康肺泡邻域的破坏：与健康组织相比，代表正常肺泡结构的两个邻域（AT2-Alv和Cap-Alv）在COPD样本中显著减少，这与COPD病理中的“肺泡简化”现象相符。
24510编辑于 2025-11-06顶刊复习--肺腺癌上皮细胞状态和可塑性图谱（突变 + 单细胞）
空间转录组（ST）分析证实，KACs位于肺泡实质向肿瘤细胞转化的中间态，且肿瘤区域肺泡分化标志（如NKX2-1）表达显著降低。 KAC特征谱与KRAS信号显著正相关（R = 0.45），与肺泡特征谱负相关（R = -0.77），而其他AICs无此关联。 KACs作为KRAS突变型肺腺癌（KM-LUAD）发生的关键中间态KACs呈现介于正常肺泡细胞与恶性细胞之间的分化状态，其转录特征在肺癌干细胞（如MDA-F471细胞系）中显著富集KRAS突变动态：NNK 暴露早期（EOE）仅有0.02%的KACs携带KrasG12D突变，7个月后升至0.19%。 我们来关注一下核心的方法，尤其单细胞检测突变的内容单细胞检测KRAS G12D突变生活很好，有你更好
29620编辑于 2025-08-07- 来自专栏科研菌
这篇11分文章还留了个宝藏给你
=7)。 F7A：对队列1中样本得到的每种细胞类型做old和young组间的差异分析，在两组间共有391个差异表达基因(Wilcoxon秩和检验，FDR<0.1)，其中在肺泡巨噬细胞和肺泡Ⅱ型上皮细胞中，两组小鼠间的差异表达基因最多 作者以二者为例，说明衰老对小鼠肺组织细胞类型的特异性影响。 F7B-C：肺泡巨噬细胞(B，125个差异基因)和肺泡Ⅱ型上皮细胞(C，121个差异基因)中两组样本差异表达分析的火山图。 作者对两类细胞中的一些差异表达基因做了分析。 F7D-E：为了对上面由scRNA-seq数据得到的差异分析结果做验证。 图F7. 衰老对细胞类型的特异性影响 S6A-B：根据F7中研究的两类细胞的scRNA-seq数据差异分析结果，进行基因富集分析，A为肺泡巨噬细胞中的富集结果，B为肺泡Ⅱ型上皮细胞中的富集结果。
1K10发布于 2020-06-28 - 来自专栏作图丫
【单细胞文献解读】肺癌微环境中的基质细胞图谱
而单细胞测序可以从单细胞精度上，了解基质细胞的异质性、以及基质细胞和肿瘤细胞是如何相互影响、互相博弈的。 利用2192个高变基因进行主成分分析，确定了8个不同的亚群：内皮细胞、成纤维细胞、B细胞、骨髓细胞、T细胞、肺泡细胞、上皮细胞、癌细胞。 07 TME中的肺泡（上皮）细胞簇 肺泡细胞可进一步划分9个亚群： I型肺泡上皮细胞 (AGER, CAV1) II型肺泡上皮细胞 (SFTPC, ABCA3) 棒状细胞 (SCGB1A1) 基底细胞 (KRT15) 其中I型肺泡上皮细胞、II型肺泡上皮细胞，以及呼吸道表皮细胞只肿瘤中出现。 I型肺泡上皮细胞、呼吸道上皮细胞以及交叉树突状细胞的marker基因高表达预示着LUSC患者生存较差。而CD8+T细胞marker基因高表达反映了LUAD患者的生存较差。
98230编辑于 2022-03-29 - 来自专栏单细胞天地
手把手带你复现NC之Figure7
正如预期的那样，考虑到这种联系，肌成纤维细胞丰度在PP肿瘤中最高;而肺泡和表皮成纤维细胞在TRU肿瘤中最为突出 Figure 7G 散点图显示肺泡或肌成纤维细胞丰度与免疫细胞亚群（LM22）丰度之间的Spearman 表明与肌成纤维细胞和肺泡成纤维细胞相关的免疫细胞之间存在反比关系，这在分析的所有LUAD转录组数据集中一致地观察到。肺泡成纤维细胞与多个静息免疫细胞亚群相关。 小结 本项研究确定了存在于对照组织和肿瘤组织中的三个主要亚群:外膜成纤维细胞、肺泡成纤维细胞和肌成纤维细胞。 还表明了癌症相关的肌成纤维细胞可能起源于组织内的外基质或肺泡成纤维细胞，这一过程涉及炎症和应激反应信号的短暂阶段。 在对照组织样本中常见的两种成纤维细胞亚群(肺泡和外膜成纤维细胞)与LUAD患者生存率的提高有关，尤其是肺泡成纤维细胞。
53610编辑于 2023-09-26 - 来自专栏数据分析与挖掘
【知识图谱】知识图谱的构建-python-neo4j
", "desc": "肺泡蛋白质沉积症(简称PAP)，又称Rosen-Castle-man-Liebow综合征，是一种罕见疾病。 该病以肺泡和细支气管腔内充满PAS染色阳性，来自肺的富磷脂蛋白质物质为其特征，好发于青中年，男性发病约3倍于女性。" ，例如巨细胞病毒，卡氏肺孢子虫，组织胞浆菌感染等均发现有肺泡内高蛋白沉着。 \n虽然启动因素尚不明确，但基本上同意发病过程为脂质代谢障碍所致，即由于机体内，外因素作用引起肺泡表面活性物质的代谢异常，到目前为止，研究较多的有肺泡巨噬细胞活力，动物实验证明巨噬细胞吞噬粉尘后其活力明显下降 ，而病员灌洗液中的巨噬细胞内颗粒可使正常细胞活力下降，经支气管肺泡灌洗治疗后，其肺泡巨噬细胞活力可上升，而研究未发现Ⅱ型细胞生成蛋白增加，全身脂代谢也无异常，因此目前一般认为本病与清除能力下降有关。"
2.4K31发布于 2021-04-09
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