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单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 使用的数据 对照1：10例健康气管样本（ Deprez et al., 2020） 对照2：4例健康肺样本（Madissoon et al., 2019） BALF单细胞数据（支气管肺泡灌洗液, broncho-alveolar lavage fluid）：总共14个样本，包括对照、轻度和重症患者样本 (Liao et al., 2020) BALF单细胞群初步注释 利用Liao文章的marker基因，大致分成macrophages , myeloid dendritic cells, and T-cells，但发现很多cluster的细胞类型不好确定【A) Control. Liao et al markers】 于是自己又细分亚群，分别得到19, 17, and 18个cluster， 21939, 7316 and 37197 cells 然后又找了一些marker自行细胞注释
73310编辑于 2021-12-16 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 使用的数据 对照1：10例健康气管样本（ Deprez et al., 2020） 对照2：4例健康肺样本（Madissoon et al., 2019） BALF单细胞数据（支气管肺泡灌洗液, broncho-alveolar lavage fluid）：总共14个样本，包括对照、轻度和重症患者样本 (Liao et al., 2020) BALF单细胞群初步注释 利用Liao文章的marker基因，大致分成macrophages , myeloid dendritic cells, and T-cells，但发现很多cluster的细胞类型不好确定【A) Control. Liao et al markers】 于是自己又细分亚群，分别得到19, 17, and 18个cluster， 21939, 7316 and 37197 cells 然后又找了一些marker自行细胞注释
69930发布于 2021-11-19 单细胞空间外显子--多模态空间组学揭示肺前驱病变进展中肺泡祖细胞与促炎微环境的协同演变
空间多组学结果1、多模态空间组学揭示前驱病变与浸润性肺腺癌的区域特异性表达谱系采用Visium CytAssist平台（10× Genomics）对25例浸润性肺腺癌患者的56份组织样本进行空间转录组分析 发现位于肺泡Ⅱ型细胞与肿瘤细胞之间的KRT8高表达肺泡中间细胞亚群，该群细胞与前驱病变细胞紧密聚集。 meta-program间关联分析发现：淋巴系MP4与浆细胞MP11呈显著正相关（ρ = 0.606，校正p值 <0.0001），前驱程序MP3与正常肺泡程序MP10正相关（ρ = 0.374，校正p值 通过iStar以超像素分辨率映射9个上皮meta-program及髓系meta-program（此处标记为MP10），并结合IL1B表达可视化显示：配对非典型腺瘤性增生/肺腺癌附近的反应性肺细胞及非典型腺瘤性增生细胞本身 通过分析肺泡谱系细胞的转录特征，识别出定位在肺泡Ⅰ/Ⅱ型细胞之间的KRT8高表达肺泡中间细胞，同时发现了一个以高表达CXCL2和NFKBIA/Z为特征的炎症性肺泡Ⅱ型细胞亚群。
25620编辑于 2025-11-08- 来自专栏单细胞天地
COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析
作者选了COVID-19严重程度不同的患者以及健康人的支气管肺泡灌洗液免疫细胞，进行单细胞转录组测序。 发现重度患者的支气管肺泡灌洗液中富含巨噬细胞，普通型患者的特点是存在高度克隆扩增的CD8+ T细胞。 为了评估细胞因子和趋化因子水平，检查了其他几名病人的支气管肺泡灌洗液（S7-S10，他们的人口调查数据在附表四） 来自维基百科： 细胞因子（英语：cytokine，又稱细胞介素、细胞激素、细胞素、细胞活素 针对9个病人的表达矩阵的质控阈值是：基因数量200-6000，UMI count大于1000，线粒体含量小于10%。 Fig. 1 图A：对支气管肺泡灌洗液免疫细胞进行分群后进行细胞·类型鉴定，UMAP展示出13种细胞类型 图B：主要的支气管肺泡灌洗液免疫细胞在健康、中度、重度患者中的分布 图C：UMAP展示了4组巨噬细胞在健康
1.9K20发布于 2020-06-24 - 来自专栏生信菜鸟团
空间转录组学识别与肺纤维化远端肺重塑相关的分子微环境失调 | Nat.Genet
通过更广泛的基因集合，我们发现了KRT5−/KRT17+细胞和活化的纤维化成纤维细胞高度一致的信号定位（扩展数据图10和补充表10）。 除了肺泡空间积累的巨噬细胞，在肺纤维化 (PF) 样本中，当肺泡重塑不那么显著时，我们观察到肺泡内的较小群组 FABP4+（肺泡）巨噬细胞和间质中的 SPP1+ 巨噬细胞（图 5c）。 此外，我们使用更广泛的基因集和匹配的 Visium HD 数据确认了远端肺泡空间中同时存在 FABP4+ 和混合 FABP4+/SPP1+ 的积累（图 5g,h 和补充表 10）。 Data preprocessing 数据预处理 Cell segmentation 细胞分割 Para_01 使用 10X Xenium 舱内细胞分割技术（10X Genomics）进行细胞分割。 ’细胞；活化的纤维化成纤维细胞；肺泡 FABP4+ 巨噬细胞；SPP1+ 巨噬细胞；补充表 10）。
44300编辑于 2025-03-21 - 来自专栏作图丫
【单细胞文献解读】肺癌微环境中的基质细胞图谱
数据介绍 单细胞测序数据（10x Genomics）: 入组5例未经治疗的NSCLC患者，其中2例腺癌，2例鳞癌，1例大细胞癌。 利用2192个高变基因进行主成分分析，确定了8个不同的亚群：内皮细胞、成纤维细胞、B细胞、骨髓细胞、T细胞、肺泡细胞、上皮细胞、癌细胞。 03 TME中的成纤维细胞簇 成纤维细胞可进一步划分为6个亚型： 肿瘤来源的细胞特异性表达了胶原蛋白和细胞外基质的分子(COL10A1,COL4A1) 而正常组织来源的成纤维细胞中有更高的弹性蛋白表达 07 TME中的肺泡（上皮）细胞簇 肺泡细胞可进一步划分9个亚群： I型肺泡上皮细胞 (AGER, CAV1) II型肺泡上皮细胞 (SFTPC, ABCA3) 棒状细胞 (SCGB1A1) 基底细胞 (KRT15) 其中I型肺泡上皮细胞、II型肺泡上皮细胞，以及呼吸道表皮细胞只肿瘤中出现。
98230编辑于 2022-03-29 - 来自专栏单细胞天地
人类远端肺部气道细胞图谱绘制
其中每一种都处于远端气道内的特定位置，并将其命名为 TRB 分泌细胞（TRB-SC）、末端细支气管前分泌细胞（pre-TB-SCs）、肺泡 0 型上皮细胞（AT0s）、SCGB3A2 纤毛细胞 (SCGB3A2 以LGR5为标志的气道独特的成纤维细胞群 基于人肺部参考数据集，先注释了7个间充质细胞群：肺泡成纤维细胞、外膜成纤维细胞、肌成纤维细胞、纤维肌细胞、周细胞以及血管和气道平滑肌细胞。 LGR5+成纤维细胞是 FGF（FGF2、FGF7、FGF10 和 FGF14）、BMP（BMP2、BMP4、BMP5 和 BMP7）和 WNT 通路配体的来源，这些配体通过其同源受体（FGFR2 和 作者进一步使用人类AT2来源的肺泡培养物验证了这些预测。 作者耗尽了 AT2 生长和维持所必需的因子（EGF、FGF10、SB431542 和 CHIR99201），耗尽后类器官形态从囊状到多腔囊状结构和细胞状态转变。
84321编辑于 2023-02-10 文献分享----华大空转（Stereo-seq）分析揭示肺泡树突状细胞-T细胞免疫中心防御肺部感染
bin的分析模式仍然是华大时空平台的分析主流，不过缺少也很明显，跟10X HD 8um的那种分析状态差不多华大平台的一些文章，也都分享过目前华大还无法做到图像与分子信息的结合分析，尤其我们需要划分区域直接提取分子信息的时候非常麻烦 分析结果1、SARS-CoV-2感染前后仓鼠肺器官尺度免疫图谱无监督的单细胞、空间聚类分析结果2、免疫图谱显示的肺泡DC-T免疫中枢Stereo-seq数据与scRNA数据的联合分析整合的Stereo-seq 基于CellChat分析推断共定位细胞亚群的细胞间通讯，研究DC-T免疫中枢中细胞类型与肺泡定位的ATI和巨核细胞之间的潜在相互作用。 分析结果3、肺泡DC-T免疫枢纽对SARS-CoV-2感染的反应空间共定位的细胞会增强细胞间的协同作用。 数据显示，在d14时，仓鼠肺中几乎不存在SARS-CoV-2 rna，肺泡DC-T免疫中枢含有Ccr7+Ido1+ dc、Cd160+Cd8+ T细胞和Tnfrsf4+Cd4+ T细胞，在d14时恢复到生理水平
40220编辑于 2024-10-22- 来自专栏生信技能树
SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（3） 细分巨噬细胞的单细胞亚群
（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正） 现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第3讲：细分巨噬细胞的单细胞亚群 下面是前年实习生（日行一膳 , umap11, umap12, umap13, umap12n, umap10n, umap11n ## 细胞簇命名 MP$Annotation <- as.character(MP$Annotation :1,1] %>% {-log10(.)} %>% {names(.) = str_replace_all(names(.) 10讲： 01. 去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
73520编辑于 2022-03-03 - 来自专栏类器官/器官芯片/3D培养
人源3D肺模型与ALI气液界面培养技术解析：Epithelix MucilAir、SmallAir与AlveolAir在呼吸系统研究中的应用
在人原代细胞方面，Epithelix可提供多种低代次冷冻保存细胞，包括原代肺泡上皮细胞、肺泡巨噬细胞等。这类细胞来自人肺组织分离，并经过标准化冻存和运输处理，以尽可能保证细胞活性与实验一致性。 这类细胞来源于人体肺组织，能够较好保留肺泡上皮细胞的生物学特征，适合用于构建更接近人体肺泡微环境的体外模型。 另一类重要细胞是原代肺泡巨噬细胞（AlveolarMacrophages）。肺泡巨噬细胞是肺部免疫研究中的关键细胞类型，参与颗粒物清除、局部免疫调控、炎症反应和组织稳态维持。 在部分实验体系中，肺泡巨噬细胞还可以与肺泡上皮细胞共同构建2D或3D共培养体系，从而模拟上皮细胞与免疫细胞之间的相互作用，为肺泡微环境研究提供更完整的实验条件。 本文基于Epithelix、肺泡细胞、肺泡巨噬细胞、MucilAir、3D肺模型、人源肺细胞等相关应用的公开资料、参考文献曼博生物整理发布，用于科研技术交流与学习参考。
10110编辑于 2026-05-12 文献分享--特发性肺纤维化肺泡再生生态位的时空细胞图谱
知识积累健康肺泡的修复依赖于肺泡干细胞分化为特定上皮细胞以维持气体交换的能力。在特发性肺纤维化（IPF）等慢性纤维化肺病中，这一再生过程出现异常。 损伤发生后，健康肺部展现出显著的修复能力，这一过程由多种祖细胞支持，包括Ⅱ型肺泡上皮细胞（ATII）、克拉拉细胞、KRT5⁻支气管肺泡干细胞（BASCs）以及更为罕见的KRT5高表达气道基底干细胞。 纤维化反应被认为是肺泡微损伤后过度修复所致：活化的成纤维细胞通过沉积胶原蛋白扩张间质。这种结构改变伴随显著免疫细胞浸润以及异常上皮再生——形成细支气管样细胞而非薄壁的Ⅰ型肺泡上皮细胞。 结果1、IPF肺脏再生肺泡生态位的时空定义结果2、IPF肺脏再生肺泡生态位的细胞组成特征鉴定出5种肺泡上皮细胞类型，核心发现：1）异常上皮（ABIs+基底细胞）占IPF再生肺泡的64%，功能性ATI细胞不足 FN表达异质性CD206highFNhigh肺泡巨噬细胞构成独立亚群，与既往报道的定居型/促纤维化亚群均不同潜在功能意义FN信号：可能通过整合素受体维持ABI存活或促进基底样分化MIF信号：或调控巨噬细胞向病变肺泡区域的迁移与滞留时空特异性
37020编辑于 2025-08-12- 来自专栏单细胞天地
单细胞RNA测序揭示了转移性肺腺癌的分子和细胞重编程
sce.all=merge(x=sceList[[1]], y=sceList[ -1 ] ) as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10 , 1:2]) head(sce.all@meta.data, 10) table(sce.all@meta.data$orig.ident) library(stringr) phe=str_split 第一层次降维聚类分群 将208,506细胞分类为九个不同的细胞谱系，以规范的标记基因表达，从而确定上皮细胞(肺泡细胞和癌细胞)、间质细胞(成纤维细胞和内皮细胞)和免疫细胞(T、NK、B、髓系和肥大细胞) 发现纤毛上皮细胞和肺泡细胞位于不同的轨迹分支，标志着它们不同的分化状态。其次，杆状细胞位于纤毛分支和肺泡分支之间，表明其处于中间分化状态。 分析发现大多数S1和S3相关基因在肿瘤细胞和正常细胞之间共享但存在差异调节，并与维持表面活性物质动态平衡、肺泡发育和纤毛运动的正常上皮功能相关，S2相关基因表现出明确的肿瘤导向特征，如积极的细胞运动和异常增殖或凋亡
84610编辑于 2023-12-13 - 来自专栏yw的数据分析
10X单细胞测序细胞分类
介绍 文章对已知的多种细胞系混合后进行单细胞10X RNA测序，研究多克隆之间的互作模式。我们这里介绍里面的单细胞测序基因表达细胞分类操作。 & n_cls < 100+param_range) { clust_res <- 4 } else { stop('Not implemented') } 根据之前QC时的标记，选择过质控的细胞 = 'pca', dims = 1:n_pcs, k.param = 10 FindClusters(seuObj, resolution = clust_res, verbose = FALSE) 原文出处 http://www.thecodesearch.com/2021/02/04/10x 单细胞测序细胞分类/
68110发布于 2021-02-22 顶刊复习--肺腺癌上皮细胞状态和可塑性图谱（突变 + 单细胞）
空间转录组（ST）分析证实，KACs位于肺泡实质向肿瘤细胞转化的中间态，且肿瘤区域肺泡分化标志（如NKX2-1）表达显著降低。 KAC特征谱与KRAS信号显著正相关（R = 0.45），与肺泡特征谱负相关（R = -0.77），而其他AICs无此关联。 KACs作为KRAS突变型肺腺癌（KM-LUAD）发生的关键中间态KACs呈现介于正常肺泡细胞与恶性细胞之间的分化状态，其转录特征在肺癌干细胞（如MDA-F471细胞系）中显著富集KRAS突变动态：NNK 突变型KACs分化程度更低（P = 7.8×10^−6），且高表达KAC标志基因（如Cldn4、Krt8）KACs是烟草致癌物诱导的KM-LUAD早期发展中的关键中间态细胞：动态演化：从AT2细胞衍生， 我们来关注一下核心的方法，尤其单细胞检测突变的内容单细胞检测KRAS G12D突变生活很好，有你更好
29620编辑于 2025-08-07- 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序获得人类肺的分子细胞图谱
方法流程 研究结果 1人类肺的58种分子细胞类型 作者获得了3个病人正常的肺组织，包括支气管、细支气管和肺泡区域以及外周血。 LRP5、CTNNBIP和TCF7L2)和解毒(CP、GSTA1和CYP4B1)的基因，可能是肺泡干细胞。 基质细胞中两个细胞群表达经典纤维母细胞标记(BSG和COL1A2)，一个(WIF1+FGF18+ASPN+)是典型的肌成纤维细胞，定位于肺泡管。 另一个(纤维肌细胞)表达较高的收缩基因(MYH11、CNN1和TAGLN)，与气道平滑肌和肺泡混杂在一起。 )，并且都定位于近端血管；TREM2+树突状细胞定位于血管和肺泡(APOC1、APOE、CYP27A1)。
72930编辑于 2022-09-21 - 来自专栏科研菌
这篇11分文章还留了个宝藏给你
数据，比对到mm10参考基因组上。 转录噪音的计算：首先，针对每种有10个以上old和young组样本细胞的细胞类型(n=28)，作者通过抽样保证每种类型细胞内，细胞的UMI总数相等，以及该类型细胞内old和yoong组的细胞一样多。 基于该类型细胞内所有基因的平均表达值，把基因均分成10份并去掉最大和最小的那份。在剩下的8份种，变异系数最低的10%基因被抽出来。 F4G-I：用免疫荧光实验取验证两组小鼠肺组织在细胞组成上的差异，纤毛细胞(Foxj1标记)在old组小鼠中显著增多(H)，而克拉拉细胞(CC10标记)在old小鼠中显著减少(I，此处是两种细胞的比例) 图S6.衰老对不同类细胞通路和上游调控因子的影响 6.衰老小鼠肺中特定细胞胆固醇合成增加 肺泡表面活性物质的稳态受到Ⅱ型肺泡上皮细胞和脂成纤维细胞中脂质合成过程的调控。
1K10发布于 2020-06-28 - 来自专栏单细胞天地
单细胞python复现|| 01-文献解读：肺癌转移中的再生谱系和免疫介导的杀伤
在这里，我们发现，人类原发性肺腺癌的特征是再生细胞类型的出现，通常在肺损伤后出现，并且转录因子表达有差异，包括肺泡和支气管上皮谱系。 E1：中细分出4种上皮细胞亚型：Ⅰ型肺泡上皮（alveolar epithelial cell types 1，AEC1）、Ⅱ型肺泡上皮（AEC2）、上呼吸道的纤毛细胞（ciliated cells）和分泌细胞 （club cells） E2：E1中的4种细胞+两种参与严重肺损伤修复的肺再生祖细胞、SOX2-derived KRT5+ basal-like cells、AEP（肺泡上皮祖细胞）+ NE（神经内分泌细胞 原发LUAD肿瘤与肺损伤后的正常肺上皮细胞再生的状态相似，并且几乎所有的肺泡和支气管细胞都表现出显著的谱系混乱特点。 再生亚群（type II） → 增殖性SOX2 high 肺泡上皮细胞祖细胞状态（type III）。
88010编辑于 2023-02-10 单细胞、空间、外显子多组学分析探讨
这里需要提醒大家一句，大家如果采用国产平台做单细胞空间分析的话，尽量选一些提供售后分析的公司，尤其空间组学，像我们这样的人分析10X居多，国产空间在智能化上还是不如10X的，需要一定的分析支持，大家需要注意这一点 分析方法并没有变，只是融合了多组学信息，看到的内容很多都刷新了我们的认知，例如文章中两条路径共享一个中间状态的细胞群，这群细胞同时具有2型肺泡细胞特征和1型肺泡细胞的基因表达特征。 更重要的是，研究者发现肺泡中间态细胞中一个亚群在肿瘤样本中显著富集，而且该亚群的细胞去分化水平显著升高，提示了这群细胞与肿瘤细胞的密切关系。 第五点，空间组学（10X 与 DSP）为什么这两个空间组学最好，原因就在于数据和图片的灵活配对。华大目前还做不到这一点。 空间组学主要表征的是细胞的空间排布，也就是微环境，空间的细胞识别目前还是需要借助单细胞的力量实现，寻因的平台不知道能做到什么程度。
33510编辑于 2024-03-02- 来自专栏生物信息云
单细胞专题 | 10.细胞周期分析
最重要的两个特点就是DNA复制、分裂成两个一样的子细胞。 在分析单细胞数据时，同一类型的细胞往往来自于不同的细胞周期阶段，这可能对下游聚类分析，细胞类型注释产生混淆；由于细胞周期也是通过cell cycle related protein 调控，即每个阶段有显著的 marker基因；通过分析细胞周期有关基因的表达情况，可以对细胞所处周期阶段进行注释；在单细胞周期分析时，通常只考虑三个阶段：G1、S、G2M。 下面文章中的：sce3 单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群？ 具体参考文章【单细胞数据分析中scran包进行细胞周期分析时细胞周期marker基因的转换】 ###基因转换 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db)
2.5K31编辑于 2022-11-24 - 来自专栏数据分析与挖掘
【知识图谱】知识图谱的构建-python-neo4j
", "desc": "肺泡蛋白质沉积症(简称PAP)，又称Rosen-Castle-man-Liebow综合征，是一种罕见疾病。 该病以肺泡和细支气管腔内充满PAS染色阳性，来自肺的富磷脂蛋白质物质为其特征，好发于青中年，男性发病约3倍于女性。" ，例如巨细胞病毒，卡氏肺孢子虫，组织胞浆菌感染等均发现有肺泡内高蛋白沉着。 \n虽然启动因素尚不明确，但基本上同意发病过程为脂质代谢障碍所致，即由于机体内，外因素作用引起肺泡表面活性物质的代谢异常，到目前为止，研究较多的有肺泡巨噬细胞活力，动物实验证明巨噬细胞吞噬粉尘后其活力明显下降 ，而病员灌洗液中的巨噬细胞内颗粒可使正常细胞活力下降，经支气管肺泡灌洗治疗后，其肺泡巨噬细胞活力可上升，而研究未发现Ⅱ型细胞生成蛋白增加，全身脂代谢也无异常，因此目前一般认为本病与清除能力下降有关。"
2.4K31发布于 2021-04-09
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