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最新人类肝细胞图谱
摘 · 要 本篇文章对从来自9个人提供的正常肝组织捕获的约10,000个细胞进行单细胞RNA测序，构建了人类肝细胞图谱。 文章发现并定义了内皮细胞，库普弗细胞和肝细胞中以前未知的亚型，并且这些细胞具有transcriptome-wide zonation。 聚类和注释 使用RaceID3包通过t分布随机邻域嵌入（t-SNE）算法用于降维和细胞群可视化。 ? 3.Differential gene expression analysis and pathway enrichment analysis and gene set enrichment analysis https://cran.r-project.org/web/packages/RaceID/vignettes/RaceID.html 总结 这篇文章首次发现了肝细胞、内皮细胞和巨噬细胞的新亚型
1.5K40发布于 2020-03-30 - 来自专栏聊点学术
Image Pro Plus测量肝细胞脂滴。
肝细胞空泡变性最严重的区域常在中央静脉周围。甚至正常动物肝脏的中央静脉周围也可见类似的空泡。 ? 由此可见，肝细胞空泡变时，胞浆中空泡大小及所占据的面积是评价肝细胞损伤的一个重要指标。 在传统病理分析中，我们只能通过轻微、轻度、中度和重度分级法评价肝细胞损伤。 文献显示，IPP可测量肝细胞空泡变，但是无法分清这种改变到底是来自中性脂肪还是磷脂。这种情况需要我们结合实际情况具体分析。 3 — 数据测算 有了以上的分析，后面测算就是非常简单了。其实就是测量这些脂滴的面积。对测量面积不清楚的小伙伴，可查阅往期的内容。 还是一样，打开IPP软件后，选择手动测量，进入如下的界面。 图中的3个方框中数值都可以帮助我们筛选图中的空泡。第一个框sensitivity是吸管的敏感度，调高后吸管选取的颜色会更加敏感。第二个方框是降低敏感度的，数值越高，吸管工具选取的颜色范围越大。 （3）思考组织的结构特征，根据实际情况来决定需要测算的指标。 （4）正确理解你所测算参数的生物学意义。
8.6K21发布于 2020-07-22 - 来自专栏细胞培养
CYP450酶诱导研究模型解析：全人源肝细胞TCS体系的应用表现
研究结果表明，TCS在维持肝细胞长期功能及CYP诱导能力方面表现稳定，尤其在CYP2C酶诱导研究中具有一定应用潜力，可为药物研发中的体外诱导模型选择提供参考。 关键词全人源肝细胞；三培养体系；TCS；原代人肝细胞；PHH；CYP450；CYP酶诱导；CYP2C酶诱导检测；肝细胞诱导评估模型；药物代谢研究一、引言在药物研发阶段，新型化合物对主要细胞色素P450（ 尽管PHH结合监管指南往往能较合理地预测临床诱导风险，但对于新一代的肝细胞模型在CYP诱导评估中的表现，目前仍缺乏充分认知。 3、原型诱导剂暴露48小时后主要CYP酶的诱导潜能经不同浓度原型诱导剂处理48小时后，TCS中所有主要CYP酶均表现出明显的诱导潜能，包括CYP2C家族各亚型（图3）。 总体来看，全人源肝细胞三培养体系（TCS）在长期培养稳定性与CYP450酶诱导研究中表现出良好应用潜力，可作为体外药物代谢与诱导评价的重要研究模型之一。
18110编辑于 2026-05-08 - 来自专栏类器官/器官芯片/3D培养
人原代肝细胞3D肝球培养技术解析：LifeNet长期稳定肝球模型在药物代谢与肝脏研究中的应用
近年来，基于人原代肝细胞（PrimaryHumanHepatocytes，PHH）的3D肝球模型逐渐成为肝脏研究的重要方向。 关键词：人原代肝细胞；PrimaryHumanHepatocytes；3D肝球；肝细胞球体；LifeNetHealth；肝毒性；药物代谢；ADME；肝细胞培养；长期培养模型一、为什么3D肝球模型正在逐渐替代传统 相比传统二维培养，3D肝球模型能够更好保留肝细胞之间的空间结构与细胞通讯，并维持较稳定的肝功能相关基因表达，因此逐渐成为肝脏研究中的重要工具。 研究人员认为，这种标准化培养流程能够减少实验间差异，并帮助获得更加稳定且重复性更高的3D肝球模型。三、人原代肝细胞复苏与接种过程为何对3D肝球形成如此重要？ 在人原代肝细胞相关研究中，3D肝球还可用于构建NASH、肝纤维化以及药物性肝损伤等疾病模型，从而帮助研究人员分析疾病相关机制。
16910编辑于 2026-05-14 - 来自专栏生信菜鸟团
Cell | 单细胞技术揭示人肝细胞图谱
2.组织分离和单细胞悬浮液的制备 3.单细胞RNA扩增及文库制备 其使用了mCEL-Seq2技术 4.转录丰度的量化 基于ENCODE V24 5.单细胞分析 质控阈值为>1000 UMIs 有10372 个人正常细胞、1052个类器官细胞、1282个肝癌细胞和311个移植后小鼠细胞 使用RaceID3（FateID包）进行后续分析；并标准化 6.扩散伪时间分析和自组织映射 使用destiny包 7.对比小鼠 使用GSE84498的数据来分析了人和小鼠肝区进化保护情况 8.EPCAM+的谱系分析 使用RaceID3包提取并重分析几个EPCAM+亚群，参数为mintotal = 1000 and minexpr 2.人肝细胞类型的分带 ? ? ? 3.人肝免疫细胞群 对CD163+VSIG4+ Kupffer细胞进行详细分析，发现其亚群具有明显的基因表达特征。 关于HCC的分析表明，该图谱为肝脏疾病的研究提供了关键参考，将有助于开发迫切需要的人类肝脏模型，包括类器官和人性化的肝脏嵌合小鼠模型。
6.7K31发布于 2020-03-30 - 来自专栏细胞培养
全长Laminin在肝细胞培养与3D肝类器官中的应用：LN521、LN111、LN411促进hPSC来源肝细胞成熟的研究解析
本文围绕LN521、LN111与LN411三种全长层粘连蛋白在肝细胞二维培养、原代肝细胞维持、hPSC来源肝细胞成熟以及3D肝类器官培养中的应用展开介绍，并结合相关实验数据分析其在肝脏研究、药物代谢模型以及体外肝脏微环境构建中的应用价值 这对于长期培养、药物筛选以及标准化肝细胞模型建立具有重要意义。四、LN411在原代肝细胞培养中的作用除了hPSC来源肝细胞之外，LN411在原代肝细胞培养中同样表现出较好的应用价值。 五、全长laminin在3D肝类器官培养中的应用价值随着3D培养技术与类器官研究的发展，研究人员越来越希望通过更接近人体微环境的培养体系构建稳定、可重复的肝类器官模型。 图7：LN521支持hPSC分化为各类肝细胞及PIC-LN111水凝胶支持3D肝类器官培养。相比传统3D培养体系，基于全长层粘连蛋白建立的培养模型，还能够降低肝球体之间的差异性，并提高培养一致性。 目前，这些全长层粘连蛋白已经广泛应用于hPSC来源肝细胞分化、原代肝细胞培养、3D肝球体构建以及肝类器官研究等方向，并在提高细胞成熟度、维持功能稳定以及优化药物代谢模型等方面表现出较好的应用潜力。
17110编辑于 2026-05-12 - 来自专栏细胞培养
人原代肝细胞长期培养模型比较：HepatoPac、Spheroids与TCS在慢代谢药物ADME研究中的应用解析
为什么慢代谢药物研究越来越依赖长期原代肝细胞模型？ 其中，HepatoPac是一类微图案化共培养模型，常用于延长原代肝细胞功能维持时间；Spheroids通过三维肝细胞球体结构维持细胞间相互作用；TCS则通过三培养系统构建更加稳定的长期培养环境；SHH作为传统悬浮人肝细胞模型 这种比较方式不仅关注模型是否能够消耗原药，也关注其是否能够生成具有体内相关性的代谢产物，因此更适合评价长期肝细胞模型在真实药物代谢研究中的应用价值。表1：三种长期原代人肝细胞培养模型。 表3：人血浆和肝细胞中鉴定出的BI-A及其代谢产物。 图3：TAK-041的预测代谢途径。表4：人血浆和肝细胞中鉴定出的TAK-041及其代谢产物。
20010编辑于 2026-05-13 - 来自专栏细胞培养
人肝非实质细胞NPC如何突破传统肝细胞模型局限？Kupffer Cells、肝星状细胞与LSECs应用解析
摘要：在人肝病研究、药物肝毒性评价以及3D肝脏模型构建过程中，传统单一肝细胞模型由于缺乏真实肝脏微环境，往往难以完整复现炎症、纤维化以及免疫相关损伤等关键病理过程。 关键词：人肝非实质细胞；肝NPC；KupfferCells；肝星状细胞；LSECs；肝病模型；药物ADME-Tox；NASH；肝纤维化；3D肝脏模型；原代肝细胞一、为什么传统单一肝细胞模型越来越难满足现代肝病研究需求 这种模型能够更真实模拟肝脏微环境，并同时复现：药物代谢炎症反应免疫调控ECM重塑肝纤维化过程与此同时，在3D肝脏类器官与器官芯片研究中，肝NPC也逐渐成为维持长期功能稳定性的重要支持细胞。 七、肝NPC在药物ADME-Tox与NASH研究中的应用价值目前，包含肝NPC的高生理相关性肝模型已经被广泛用于：药物ADME研究DILI评价NASH/NAFLD研究肝纤维化机制研究3D肝脏模型构建生物人工肝研究在药物研发过程中 相比传统单一肝细胞模型，包含KupfferCells、HSCs以及LSECs的高生理相关性肝模型，能够更真实模拟肝脏炎症、纤维化、药物转运以及免疫应答过程，因此在ADME-Tox评价、NASH研究以及3D
15010编辑于 2026-05-18 - 来自专栏药物代谢与原代肝细胞研究
人原代肝细胞PHH与肝非实质细胞应用解析：药物代谢、肝毒性检测与MASH模型研究
关键词：人原代肝细胞、PHH、人肝非实质细胞、Kupffer细胞、肝星状细胞、肝内皮细胞、肝细胞培养基、药物肝毒性检测、MASH模型、体外肝脏模型 一、人原代肝细胞选型主要标准人原代肝细胞是药物研发中评估代谢稳定性 常见检测内容包括CYP1A2、CYP2B6、CYP2C9、CYP3A4等主要代谢酶活性，部分细胞批次还可提供多种代谢酶和肝病相关基因分型信息，以及供体病史、BMI、肝功能指标和病理学评分。 三、人原代肝细胞PHH的主要类型与应用场景人原代肝细胞是药物研发中使用广泛的肝脏细胞模型。 中期贴壁型细胞通常可维持5至9天，长期贴壁型可维持10至14天，可支持研究人员在较长培养窗口内观察CYP1A2、CYP2B6、CYP3A4等代谢酶对诱导剂的响应。 Q3：肝非实质细胞可以传代吗？不同类型肝非实质细胞的传代能力不同。Kupffer细胞通常不增殖、无法传代，复苏后应直接用于实验，可在适宜条件下维持培养一定时间。
5910编辑于 2026-07-06 - 来自专栏聊点学术
【探索】肝细胞肥大图像之定量分析（一）
也就是说，一旦肝细胞肥大这一诊断成立，即大可能地说明肝脏处在代偿阶段，如果损伤因素不及时撤除，经过一段时间，肝细胞可能会因为失代偿而走向凋亡。 当大量的肝细胞凋亡后，纤维组织会逐渐替代，发展为肝纤维化，甚至是肝衰竭。 ▼ 2. 肝细胞肥大的诊断要点？ 大鼠、小鼠中肝细胞肥大呈弥漫性或带状，常常见于中央静脉区域。通常低倍镜下肝细胞的形态变化表现为区域性肝细胞大小和嗜酸性增加，伴有核密度的相对减少，肝脏窦状隙压缩。 此外，大家可以参考一下林志等人2019年发表在《药物评价研究》上的论文“临床前药物安全性评价中关于肝细胞肥大的探讨” 。这篇论文比较系统的探讨了肝细胞肥大诊断相关内容，比较详实。 ▼ 3. （圆框为肝细胞肥大区，方框为正常肝细胞区） ▼ 4. 肝细胞肥大有可能定量分析吗？ 如果想要在切片上定量分析肝细胞肥大，肝细胞平均大小这一重要指标必须得到。
1.7K21发布于 2020-10-21 - 来自专栏韩曙亮的移动开发专栏
【AI 大模型】Meta Llama 3 大模型 ( Llama 3 大模型简介 | Ollama 软件下载安装 | Llama3 模型下载 | Llama 3 大模型 在线 离线 使用 )
首先 , 安装 Ollama 软件 , 到 https://ollama.com/ 下载安装 ; 然后 , 运行 ollama run llama3 命令 , 即可开始使用 Llama3 大模型 ; 一 、Meta Llama 3 大模型安装 1、Llama 3 大模型简介 Llama 3 大模型 是 Meta 公司 发布的 大模型 , Meta 公司 就是 Facebook ; Llama 3 大模型 Llama3 大模型 ; 下载的模型放在了 C:\Users\用户名.ollama 目录中 , 在我的电脑上的路径是 C:\Users\octop.ollama ; 这个模型很大 , 有 4.7 G 安装完成后的效果 for help) 二、Meta Llama 3 大模型使用 1、Llama 3 大模型在线使用 在命令行中 , 可以直接进行对话 , 下面是对话内容 : D:\Llama>ollama run llama3 for help) 2、Llama 3 大模型离线使用 Llama 3 大模型 联网时 , 可以访问云端服务 , 可以生成更加丰富的文本 ; Llama 3 大模型 在 断网后也可以使用 , 下面是断开网络后
1.9K12编辑于 2024-08-09 Python 3 线程模型，进程模型记录
最近需要使用 python3 多线程处理大型数据，顺道探究了一下，python3 的线程模型的情况，下面进行简要记录； 多线程运行的优点： 使用线程可以把程序中占用时间较长的任务放到后台去处理； 用户界面可以更加吸引人 ，并且不阻塞界面的运行； 程序运行的速度可以更快； 充分利用CPU多核的特征进行处理； 内核线程：由操作系统内核创建和撤销； 用户线程：不需要内核支持在用户程序中实现的线程； Python3 中的多线程 ： _thread 提供了一些原始的api 用于写多线程程序； threading 提供了更加便利的接口 两者都是python3内置的线程模块 #! /usr/bin/env python3 import threading import time exitFlag = 0 class myThread (threading.Thread): 的多线程程序并不能利用多核CPU的优势 （比如一个使用了多个线程的计算密集型程序只会在一个单CPU上面运行）; 如果要进行利用python的多进程形式，可以使用python的 multiprocessing 编程模型包
98720发布于 2020-12-30- 来自专栏Pou光明
3_相机模型
相机标定的过程既给出相机的几何模型又给出透镜的畸变模型，这两个模型定义了相机的内参。 1、相机模型 重新把针孔相机模型整理为另一种等价形式，使其数学形式更简单一些。如图，交换针孔和图像平面，主要差别是现在物体出现在等式右边。针孔中的点被理解为投影中心。 这样允许我们将定义摄像机的参数(fx，fy，cx，cy)重新排列为一个3×3矩阵，该矩阵称为相机的内参矩阵。
39610编辑于 2024-02-29 - 来自专栏药物代谢与原代肝细胞研究
器官芯片应用方向：CN Bio肝芯片联合PBMC共培养如何重现免疫介导肝损伤？【SOT2026研究解读】
由于传统模型难以同时兼顾肝细胞功能和免疫系统参与，因此越来越多研究开始采用微生理系统（MPS）等新方法学（NAMs）工具，以提高临床前研究的人体相关性。 图3：免疫细胞肝芯片共培养功能图谱这一结果说明PBMC参与是诱导免疫相关肝损伤的重要条件，同时也验证了肝芯片系统能够较真实地模拟临床观察到的免疫介导肝损伤过程。 肝芯片与PBMC共培养模型的研究价值研究表明，将HLA匹配的PBMC整合到原代人肝细胞微生理系统中，可以有效模拟免疫相关药物诱导肝损伤过程。 相比传统体外模型，该体系能够持续提供营养、氧气和动态流体环境，从而维持肝细胞长期功能稳定，并促进免疫细胞与肝组织之间的真实相互作用。 通过同时整合肝细胞功能和免疫系统参与，该模型能够更加真实地模拟人体药物反应过程，为药物研发、机制研究以及风险评估提供更加可靠的人体相关性数据支持。
17000编辑于 2026-06-03 顶刊分享--激活的ATF6α是限制免疫监视的肝脏肿瘤驱动因子
结果2、肝细胞ATF6α活化诱导损伤的机制及FBP1的保护作用肝细胞特异性ATF6α活化小鼠模型的建立与表型通过他莫昔芬诱导的肝细胞特异性nATF6α转基因小鼠（TGAlb-cre+）及AAV8-cre 结果3、ATF6α活化驱动小鼠肝癌发生及FBP1的保护作用肝细胞ATF6α持续活化通过抑制FBP1，驱动ER应激、代谢重编程及免疫耗竭微环境，最终导致肝癌发生；FBP1恢复可阻断这一进程并减轻T细胞耗竭 MUP-uPA模型：在内质网应激驱动的MASH-HCC模型中，Atf6缺失降低肝重比、肝损伤及肿瘤负荷，同时BiP/Hsp90b1表达下调，而其他UPR分支（Ddit3/Atf4/Xbp1）无代偿性激活 结果5、肝细胞ATF6α驱动免疫抑制及对ICB的增敏作用ATF6α活化与免疫抑制微环境转录特征：3月龄TGAlb-cre+小鼠肝脏即富集免疫抑制相关基因集（ICF、TGFβ活化、Treg细胞特征），FBP1 机制模型：ATF6α活化肝细胞通过增强糖酵解/乳酸产生，在细胞非自主层面上抑制CD8+ T细胞抗肿瘤免疫监视。
45020编辑于 2026-02-21知识扩展--细胞衰老
分子与代谢特征代谢重编程：CDKN1A+衰老肝细胞的脂质和异物代谢功能降低；而CDKN1A+ SERPINE1+衰老肝细胞的酒精代谢活性增强，类似于分区2-3区的肝细胞。 转录调控因子：snATAC-seq显示，CDKN1A+和SERPINE1+群体中AP-1（FOS/JUN）和NFKB1的基序 accessibility 增加；CRP+肝细胞则表现为STAT1和STAT3 人类衰老细胞在小鼠纤维化肝脏中重现模型：使用小肠切除术诱导的肠衰竭相关肝病小鼠模型，在术后2、10、26周收集肝脏样本进行分析。目的：验证在人类肝脏中观察到的衰老细胞群是否在该疾病模型的小鼠体内重现。 微环境类型：根据细胞类型富集和标志物表达，将其分为：肝实质区：区域1、2、3。门静脉区。免疫实质区。 结论：THBS介导的衰老信号网络在物种间和疾病模型中具有高度保守性。
43320编辑于 2026-03-13- 来自专栏类器官/器官芯片/3D培养
肝脏器官芯片用于siRNA/ASO寡核苷酸递送研究
MPS的洞察有助于推动那些动物模型适用性较差的新型模式药物的开发，从而使初次人体研究的信息更充分。 一、引言：寡核苷酸疗法临床前测试的核心痛点随着新药物模式进入临床试验，对与人体相关的体外模型的需求日益增加。传统的临床前动物模型通常无法准确预测药物的疗效和毒性，导致后期药物损耗率居高不下。 每2-3天进行一次培养基更换，并使用培养基样品评估细胞健康状况和损伤情况。通过分别使用显色法测定乳酸脱氢酶和酶联免疫吸附测定法定量白蛋白的产生，评估肝细胞的健康状况和功能性。 原代人肝细胞在第0天接种到各孔中，每2-3天更换培养基并取样，寡核苷酸在第4天添加一次，或在第4、6、8天添加三次，或用培养基对照处理（图1D）。 在胶原蛋白涂层支架上可生成稳定且有功能的原代人肝细胞，用于评估标记寡核苷酸的摄取情况（图1E）。图1.使用PhysioMimix核心微生理系统生成3D人肝脏微组织。
16110编辑于 2026-05-07 HD文章分享--肝细胞癌早期恶变的分子机制研究
知识积累肝细胞癌通常起源于不典型增生结节，这是一种癌前病变，估计有30%的风险进展为肝细胞癌。以往的研究使用无演化关系的不典型增生结节和肝细胞癌分析了肝癌的起始过程。 值得注意的是，配对的不典型增生结节和极早期肝细胞癌表现出相似的突变特征模式。此外，来自患者3（P3）的后续磁共振成像（MRI）数据验证了该病例中从不典型增生结节到极早期肝细胞癌的演化过程。 类器官模型的功能验证：通过人诱导肝细胞（hiHep）类器官模型，验证了c-MYC和CTNNB1激活可显著促进类器官生长，与临床观察一致。 模块3（微环境相关）：呈现先降后升的模式，富集于上皮-间质转化、血管生成和免疫相关通路，反映恶性转化过程中微环境的动态变化。 免疫组化进一步证实PD1+CD8+ T细胞、PDL1+细胞、FOXP3+CD4+ T细胞及CD163+巨噬细胞浸润增加。
15920编辑于 2026-03-31- 来自专栏CreateAMind
实现最小意识模型-3获胜假设模型
3.1.2获胜假设模型和贝叶斯全球工作空间理论 下一个模型家族包括流行的意识“获胜假说”模型(见(Rorot，2021))并扩展到贝叶斯全球工作空间理论。 虽然核心获胜假设模型独立于GWT，但GWT方法的最新扩展特别利用了获胜假设模型所构建的主动推理工具。 最令人惊讶的预测，或那些与预期结果偏差最大的预测，然后被广播到全球工作区，在那里它们可以用来更新内部模型和影响行为。 预测性全球工作空间理论提出，意识是大脑将感官信息与其内部模型生成的预测相协调的能力的一种功能。需要点燃的神经元动力学依赖于被赋予足够时间深度的推理形式，以提供输入线索的上下文。 根据这种观点，“注意力模式”是一个简化的模型，大脑用它来表示自己的注意力过程，并通知和指导这些注意力过程。
38310编辑于 2023-11-01 - 来自专栏生物医药
类器官内单细胞CRISPR筛选揭示肝细胞分化和成熟的决定因素
为了识别这些未干扰的细胞，我们在P2和P4组中每个基因的干扰概率分布上拟合了一个双组分高斯混合模型（图3a及补充文件1：图S8）。 由于Fos敲除导致我们的小鼠ICO模型中肝细胞分化加速，我们想探究Fos是否在体内肝细胞分化中发挥作用。 另一方面，已有研究证明Fos缺失可在肝脏条件性敲除小鼠模型中上调代谢通路[44]，这与我们从类器官模型获得的数据一致。总的来说，我们提出Fos是肝细胞分化和成熟的抑制因子。 ，我们在人体肝内胆管类器官（hICO）模型中评估了人FOS缺失的影响。 FOS蛋白在小鼠和人类中的功能一致性也显示了在基因背景统一的模型中进行基因筛选的潜力。
14810编辑于 2026-05-25
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