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我的细胞系还是我以为的细胞系嘛？
背景数据收集 如果要对一个未知的细胞系进行认证的话。优先的就是需要收集已知的细胞系表达数据。利用这些数据当作一个背景数据集。 数据预测 模型构建好之后，就可以进行细胞系预测了。细胞系预测的数据使用的是细胞系的表达谱芯片或者是二代测序的表达数据。我们需要提交相关的表达数据。 通过三步我们就能够预测细胞系种类了。 ? ? 其中预测的细胞系选择当中，我们可以选择类似CCLE这样900多个细胞系来一起预测。同时也可以选择单一的细胞系来进行预测。 ? ? 其次，对于每一个样本的信息也会有一个详细的结果，包括前五的可能的细胞系这样的话，如果我们的细胞系最可能的不是目标细胞系，在这里可以看看前五的有没有。毕竟结果还是有偏差的。 ? 关于数据库的时候，由于需要提供这个细胞系的表达谱的数据，所以相对来说还是有一定的门槛的。不过随着测序价格的降低，基本上应该都会有自己细胞系的测序结果的吧。
54120发布于 2020-07-07 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：质控（四）
创建目录结构single_cell_rnaseq/├── data├── results└── figures5.
1.7K01编辑于 2023-01-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：marker鉴定（十一）
5. 识别每个簇的所有markers在评估单个样品时，通常建议使用这种类型的分析。使用 FindAllMarkers() 函数，我们将每个簇与所有其他簇进行比较，以识别潜在的标记基因。 ]), by = c("gene" = "gene_name"))# 重新排序列并按 padj 排序 cd4_tcells <- cd4_tcells[, c(1, 3:5,2,6 CD14+ monocytes", "4" = "CD4+ T cells", "5"
4.9K02编辑于 2023-01-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：质控实战（五）
genes detected per UMI:这个指标让了解数据集的复杂性（每个 UMI 检测到越多基因，数据越复杂）mitochondrial ratio:该指标将提供来自线粒体基因的细胞读数百分比5.
2.2K01编辑于 2023-01-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：数据整合（九）
5. 整合利用共享的高可变基因跨条件整合或对齐样本。如果细胞按样本、条件、批次、数据集、模态进行聚类，则整合步骤可以极大地改善聚类和下游分析。
1.3K01编辑于 2023-01-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：环境搭建（三）
在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R
91001编辑于 2023-01-25 - 来自专栏DrugOne
Bioinformatics|癌症细胞系的用药反应预测
NRL2DRP的方法，该方法基于数据集GDSC，把细胞株遗传畸变信息、PPI网络信息、药物细胞反应模式信息整合在一起，使用LINE二阶相似度表示学习方法对整个网络拓扑局部结构相似性信息进行压缩获取特征向量，并基于5折交叉验证法训练一个 5. 改进 1.NRL2DRP方法使用了细胞株中多个维度的组织学信息，但是仍然有其他有意义的信息没有使用，例如: 药物结构信息，药物—靶标相互作用，基因表达谱等。
81050发布于 2021-02-01 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：聚类流程（六）
现在有了高质量的细胞，可以继续工作流程。最终，希望对细胞进行聚类并识别不同的潜在细胞类型，但是在那之前需要完成几个步骤。下面的工作流程示意图中的绿色框对应于QC 后采取的步骤，共同构成了聚类工作流程。
52701编辑于 2023-01-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：细胞聚类（十）
# 单细胞聚类# 加载包library(Seurat)library(tidyverse)library(RCurl)library(cowplot)5. # 打印出驱动 PC 的可变基因print(x = seurat_integrated[["pca"]], dims = 1:10, nfeatures = 5)图片(b) elbow 对于 3,000 - 5,000 个细胞的数据集，设置在 0.4-1.4 之间的分辨率通常会产生较好的聚类结果。增加的分辨率值会导致更多的簇，这对于更大的数据集通常是必需的。
2K01编辑于 2023-01-25 - 来自专栏芒果先生聊生信
HEK293细胞系，最全总结
HEK293细胞是原代人胚肾细胞转染5型腺病毒DNA（Ad5 DNA）而得到的永生化细胞，表达稳转的Ad5 DNA的基因，不易贴壁，表达E1A蛋白。 293T/17细胞是293T细胞中共转染pBND和pZAP质粒而获得的具有G418耐受的细胞系。该细胞系仍保留高转染效率的特点。 该细胞系为悬浮培养，缺少N-乙酰氨基葡萄糖基转移酶 (N-acetyl-glucosaminyl transferase I, GnTI）活性，可促进蛋白的Man5GlcNAc2N-聚糖型糖基化修饰。 该细胞系常用于同源的N-糖基化蛋白的表达。此外，该细胞系中具有四环素表达抑制基因，可用于四环素诱导的蛋白表达研究。 Nature communications, 2014, 5: 4767.
7.4K20发布于 2020-08-28 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：归一化和回归（八）
5. 影响评估要根据每个细胞的 G2/M 和 S 期标记的表达为每个细胞分配一个分数，可以使用Seuart函数CellCycleScoring()。
1.4K02编辑于 2023-01-25 稳定细胞系构建原理与流程解析
一、稳定细胞系的基本原理稳定细胞系的核心是基因的基因组整合：基因组整合目标基因通过各种方法插入宿主细胞的染色体中，而不是停留在细胞质内（如瞬时转染）。 二、稳定细胞系构建的流程稳定细胞系的开发一般包括以下几个核心环节：1. 设计与载体构建目标基因优化：提高翻译效率，添加信号肽和标签。 宿主细胞匹配：根据蛋白特性选择 CHO、HEK293 或其他专用细胞系。2. 方法：极限稀释法流式细胞分选（FACS）克隆成像系统（如 CloneSelect）5. 通过标准化的流程和严谨的技术控制，稳定细胞系能够为研究和产业化提供可靠、可重复、长期稳定的蛋白生产平台。
13710编辑于 2026-01-14- 来自专栏生信修炼手册
CCLE:肿瘤细胞系百科全书
CCLE全称如下 Cancer Cell Line Encyclopedia 是由Broad Institute研究所牵头发起的一项肿瘤基因组学研究项目，收集整理了1000多个肿瘤细胞系的组学数据，包含了以下类别 array(RPPA) profiles 该数据库的网址如下 https://portals.broadinstitute.org/ccle 简单注册之后就可以查看其中的数据，最新版本共包含了1457个细胞系的相关数据 通过首页的检索按钮，可以根据基因或者细胞系进行检索，以TP53为例，示意如下 ? 检索结果包含以下几个部分 1. Distribution by Lineage 该部分用于比较基因对应的组学数据在不同细胞系间的分布，包含了以下几种 Achilles shRNA knockdown Copy Number DNA methylation 5. Cpg Methylation Viewer 这部分展示基因上的甲基化位点信息，结果示意如下 ?
3.2K31发布于 2019-12-19 - 来自专栏百味科研芝士
肿瘤细胞系还有在线数据库？
肿瘤细胞系在肿瘤发生机制的阐明，药物敏感性的检测，肿瘤标志物的发现等研究内容中发挥重要的作用。肿瘤细胞系的数据显得尤为重要。 据统计数据库中共包含40种癌型（包含未知的癌型），1457个肿瘤细胞系的数据，可以说CCLE数据库和COSMIC都是研究肿瘤细胞系的利器。 据统计CCLE数据包含了细胞系的突变、基因融合、miRNA、蛋白质表达谱、基因表达谱、甲基化谱、拷贝数、代谢谱、药物处理细胞系的IC50值和AUC值等。 CCLE提供便利的可视化工具，可通过检索获得基因在各种癌型的细胞系中表达情况，便捷传达了基因在哪些癌型细胞系高表达，哪些癌型细胞系低表达。此外，能直接下载感兴趣的基因在细胞系中的表达谱数据。 第二种：研究对象为细胞系所有的基因 若需要细胞系的全部基因，那么上面的方法就不是便捷的方法了。
3.9K21发布于 2020-08-24 【辰辉创聚生物】稳定细胞系构建 | 稳定株开发服务 | 高表达克隆筛选
稳定细胞系构建是细胞生物学、分子生物学和蛋白质工程等众多科研领域中广泛采用的一项基础技术。 所谓稳定细胞系，是指通过遗传整合外源基因的方式，使细胞在长期传代过程中持续稳定表达目标蛋白（或其它功能元件）的细胞系。 这类细胞系是进行蛋白功能研究、信号通路分析、生物药物研发及大规模表达等实验的核心工具。构建稳定细胞系的核心环节包括外源基因载体构建、有效转染、筛选与克隆扩增、表达持续性验证等步骤。1. 表达稳定性与验证稳定细胞系的构建完成后，还需对外源基因的表达进行验证，并确认其长期稳定性。 5. 细胞培养环境与支持试剂稳定细胞系的建立与维护还依赖于良好的细胞培养环境。关键包括：基础培养基：如 DMEM、RPMI 1640 等，是维持细胞生命活动的基础。
12700编辑于 2026-01-26- 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
单细胞系列教程：什么是单细胞（一）
从本文开始，将带领还未分析过单细胞(scRNA-seq)数据的读者，从如何构建环境，什么是单细胞，单细胞的完整分析流程各方面开展学习，由于内容较多，将会分章节展开，后续会整理成完整PDF教程，请持续关注。
80511编辑于 2023-01-25 【辰辉创聚生物】基因过表达细胞系 | 稳定过表达开发 | 高表达克隆筛选
基因过表达细胞系是分子生物学与细胞生物学研究中广泛使用的一类标准实验模型，指在宿主细胞内引入外源基因或增强内源基因表达，使目标基因在细胞中持续、高于基础水平地表达。 该类细胞系在蛋白表达分析、信号通路研究、细胞表型观察等基础研究场景中具有重要应用，是多种体外实验体系的重要组成部分。 在这些技术中，转染试剂的选择和使用对转染效率、细胞状态以及后续筛选效果具有直接影响，是过表达细胞系构建中不可忽视的技术环节。3. 为了获得可长期传代、表达一致的细胞模型，科研中通常构建稳定过表达细胞系。稳定表达的实现，通常依赖外源基因整合入细胞基因组，并通过抗生素筛选进行富集。 5. 过表达水平的检测与验证基因过表达细胞系建立完成后，需对目标基因的表达进行系统验证。
11810编辑于 2026-02-03- 来自专栏学习/读书笔记
HTML5 Canvas开发详解(5) -- 动画
5.2.1 三角函数 常见的三角函数有三种： 语法： 在Canvas中，凡是涉及角度都是用“弧度”表示，在实际开发中，推荐写法为： 度数 * Math.PI / 180 在三角函数中，我们可以使用反正切函数 ball.draw(cxt, 'fill'); angle += 0.05; })() } } 由于sin函数的值是在[-1, 1]之间，在实际开发中我们需要一个较大值的振幅 在实际开发的过程中，任何复杂的效果，都可以采用类似“分而治之”的方法来思考，再复杂的Canvas物理动画，我们从x轴和y轴两个方向来考虑，实现的思路就非常清晰了。
2.4K30编辑于 2022-04-07 - 来自专栏医学数据库百科
肿瘤细胞系综合性分析数据库
DepMap DepMap分析了数百个癌细胞系模型，以获取各个细胞系基因组信息以及对遗传和小分子扰动的敏感性。 不过在数据分析之前，可以选择一下自己的目标细胞系。 细胞系选择 虽然在 DepMap 当中我们可以对所有的细胞系进行分析，但总是有一些自己的目标细胞系的。 在这里定义好之后，后续的分析都可以对目标细胞系进行特殊的可视化 在细胞系选择界面，如果有目标的细胞系可以直接上传自己的细胞系即可。 就可以添加一个细胞系的 MSI 特征的列。 然后通过筛选功能，就可以得到 MSI 的细胞系是哪些了。 这里由于我们之前筛选出了 MSI 的细胞系，所以可以看到具体在图形当中标注✨ 的就是 MSI 的细胞系。
5.5K30发布于 2021-09-15 - 来自专栏性能与架构
Spring 5 响应式开发
什么是响应式开发？ Spring 5 大力支持了 Reactive Programming（响应式开发），server 和 client 都可以使用这种开发模式，Spring 5 是基于 Reactor项目实现的。 Reactor 项目的核心概念 Spring 5 是基于 Reactor 项目实现的响应式开发，Reactor 中有两个核心类型 - Mono 和 Flux。 5. 小结 Reactive Programming 是非常好的开发方法，可维护性和可扩展性都非常好，相对于阻塞式开发，相同资源下性能会得到明显提升。 翻译整理自： https://stackify.com/reactive-spring-5/ 之后会分享 Spring Boot 2.0 响应式开发的内容。
1.2K40发布于 2018-06-04
腾讯云开发者
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