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科研文献绘图
system.time()函数计时 y <- segmentCN(strwords = x,analyzer = "hmm",returnType = "vector") #查看数据是否乱码 y[1:3] - y[nchar(y)>=2] #统计频数 table(y) #排序获得前50个关键字 top50 <- sort(table(y),decreasing = TRUE)[1:50] top50 #绘图 在 R 中，可以利用 qqman 包来绘制 Manhattan 图，Plink 软件的输出结果可以直接作为输入数据进行绘图。 = 3) manhattan(gwasResults,col=brewer.pal(3,'Blues'),genomewideline=6,suggestiveline = 3, (circlize) library(RColorBrewer) help(package="circlize") set.seed(999) mat<-matrix(sample(18, 18), 3,
1.4K10编辑于 2022-10-25 - 来自专栏二猫の家
科研绘图配色
04 参考顶刊论文配色 对于科研绘图，一个很好的学习途径是从top论文中观摩学习。多总结好的论文配图的共性，比如展示某类数据时，通常采用哪种图表，哪些色系。 基于操作简便和美观的两个原则，小编从中选取了最适合绘图的五个网址进行详细介绍，做科研收藏这五个网址足够啦。其余配色网站只进行了简单汇总，大家有时间也可以点开试试。
5.9K10编辑于 2023-11-30 - 来自专栏庄闪闪的R语言手册
基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（3）
前两幅图的详细代码介绍可见：基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（2），基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（1）。 绘图 加载包 首先加载一些需要使用到的包。 具体可以参考：《R语言教程》[3]和R 数据科学[4]，或者公众号相应的数据科学系列文章。 dev_stage trachea_length # 1 wildtype E8.5 48.60862 # 2 wildtype E8.5 59.44292 # 3 绘图步骤详解 这幅图的绘图代码比较传统，但是还是有些细节需要和大家分享下。
87330编辑于 2022-05-24 科研绘图系列：tidyplots取代ggplot2的科研绘图利器
介绍tidyplots----取代ggplot2的科研绘图利器。tidyplots的目标是简化为科学论文准备出版的情节的创建。它允许使用一致和直观的语法逐渐添加，删除和调整情节组件。 add_test_pvalue(ref.group = 1)gene_expression |> dplyr::filter(external_gene_name %in% c("Apol6", "Col5a3"
35810编辑于 2025-02-27- 来自专栏聊点学术
科研绘图系列 ：① 小老鼠
科研绘图是一个非常有趣的内容。 在论文体量较大且逻辑复杂时，漂亮的示意图能够锦上添花。既直观呈现研究内容，也能增强论文的可读性。 学习方法：首先要从模仿开始，操作熟练后再自我创作。 （3）选中圆形，点击上方菜单效果-变形-下弧形，调出参数框。 ? （4）调整参数框中的弯曲和垂直参数（水平参数别动），直到圆形变成鼠标轮廓，点击确定。 ? （3）选中剩余圆形，调整好耳朵的方向，然后复制粘贴一个同样的圆形。选中复制的这个圆形，再选择上方菜单中的对称，参数不动，点击确定。 ? （4）通过键盘方向键，将两只小耳朵移动到身体上。 3.画出小老鼠的眼睛和鼻子 （1）画出眼睛。这一步很简单，采用椭圆工具画一个竖着的椭圆形，然后再复制一个椭圆形。通过左上方填色工具，填充黑色。 4.画出小老鼠的胡须和尾巴 （1）选择左侧弧形工具，画出3条像胡须的线条，磅数为5磅。拉个框将三条弧线圈住后，右键-编组，使之成为一个整体。 ?
2.6K10发布于 2020-08-04 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】高级科研做图 – AI入门
当然，有些工作做得特别出色的，杂志编辑会推荐科研做图润色。 创建绘图文件 AI的版本有很多，目前应用最广的是Adobe CC系列的，飞飞老师用的版本是Adobe Illustrator CC 2018版本。打开AI，将出现如下界面。 对其操作在我们科研绘图中是非常常用的，可能很多人都停留在手动对齐以及目测对齐的水平上，其实是很不规范的操作！ AI中的对齐工具非常简单，选择这两个对象，然后选择垂直对齐即可。 小结 好了，一个简单的绘图操作就完成了，从“创建绘图文件-绘制图形-对齐操作-图形输出，一整套操作基本涵盖了AI绘图的主要操作。 当然了，科研做图，绝非一朝一夕之事，各位一定要勤加练习，多阅读高质量的文献，才能做出一眼让人看到就觉得非常惊艳的图。科研是一条漫长的图，一篇优秀的文章，既是科学的积淀，也是艺术的结晶。
2.8K51发布于 2019-10-08 - 来自专栏科研猫
Hiplot Pro，凤凰涅槃，全新上线，更懂你的科研绘图平台
2020年7月，科研猫发起Hiplot项目，而后与来自多方高校及研究所的科研人员共建了学术版Hiplot/Hiplot academic。 01 新的起点，新的目标2021年05月起，为解决Hiplot学术版用户反复反馈的痛点问题，深度优化用户体验，扩展平台功能，简化开发者部署流程，科研猫开发团队从底层完全重构后台框架及UI设计，历时18 为了提升绘图速度，避免单一参数修改后要需要重新提交任务的耗时耗力操作，Hiplot Pro中所有的原生应用均使用了全新的自研加速框架，参数改修不再需要重头计算，使得图形修改速度极大提升，实现极速响应。 入驻Hiplot平台，拥有自己的workbench，随心所欲地发布自己专属的分析工具，然后通过Hiplot平台部署开放给全世界的用户使用。 此外，为了那些有特殊绘图分析需求，却苦于找不到解决方案的人，用户还可以登录需求市场，只要说出您的需求，即可招募全网开发者前来揭榜。
1.2K30编辑于 2022-11-04 - 来自专栏科研菌
绘图教程：科研插图复现(1)
- 网址：https://biorender.com/ - 又见面了~不知不觉就来到BioRender专辑的第3篇推送了，小编今天如期地来和大家一起用BioRender复现科研插图啦！ 今天要复现的这幅插图主要是关于染色体、RNA和siRNA的，原综述里面是一幅占了整个版面的大图，那小编在这里的话就只取其中的一个子图来进行复现，后面类似的绘图操作相信大家一定都能做下来。 总结：BioRender里面的模板图标很齐全，容易上手，操作简单，在绘图过程里面可以省下不少构建模型的时间，出来的图片还原度和清晰度都蛮不错的。
2.1K30发布于 2021-02-19 - 来自专栏科研猫
【科研猫·高级绘图】 tSNE 分析
t-分布领域嵌入算法（t-distributed stochastic neighbor embedding，tSNE），是一种常用的非线性降维方法，非常适用于高维数据降维到2维或者3维，从而进行可视化 比如我们在进行转录组数据分析的时候，每一个样本可以检测到3万个基因，如果有10个这样的样本，我们如何判断哪些样本之间的相似性能高。当然，通过层次聚类等方法，可以显示样本与样本之间的关系。 我们建立一个data.frame，将绘图需要用到的数据都存入进来。 ? 然后，便是绘图的时刻了~ 3. 基础作图 ggpubr提供了非常多的作图函数，可以方便大家绘制更美观的科研做图。 另外，我们也可以修改图的样式和颜色，来对绘图结果进行提升。 ? ? 5. 高级美化 当然，我们还不能仅仅满足于现有的成果，作图是一个细致的过程，我们需要精雕细琢。
8.1K20发布于 2019-11-23 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
R科研绘图调色板—ggsci
里面包括了一些知名杂志期刊或者软件（甚至是知名科幻电影、动画等）的经典配色风格，对于科研绘图是相当有帮助的。
2K10发布于 2020-04-01 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】世界地图绘制
这些图频繁出现在Lancet或者NEJM、CNS等顶级杂志中，不过对于很多科研人员来说，地图的绘制由于没有现成软件可以直接操作，一直以来都是一大难题。 ? 前面一期的教程中，我们给大家讲解了中国地图的绘制方法【科研猫·绘图】中国地图绘制：R语言版，在我们发布这篇教程后，马上有同学反映想要学习世界地图的绘制，作为实力宠粉的科研猫团队，粉丝的要求岂能不去满足。 # this lets us use the contry name vs 3-letter ISO wrld_simpl@data$id <- wrld_simpl@data$NAME wrld <- LEVEL 3 流行病学中绘制地图主要的目的是为了描述发病率一类的信息，然后用不同的颜色将其Highlight出来。 不过，作为力臻完美的科研猫技术宅，有没有可能更进一步呢？试着把NEJM当中的配色或者Lancet当中的配色直接用到图中去。
5.2K21发布于 2020-03-26 R语言生存分析和科研绘图
future.globals.maxSize = 1000 * 1024^2)# group & colorsex_grp <- c("Male", "Female")sex_col <- c("#F28880", "#60C4D3"
45300编辑于 2024-06-12- 来自专栏寒树Office与RPA
杨臻：《PPT 3D科研绘图》课程连载两节
—— 《PPT 3D科研绘图》学员评价 上周开始内测的《PPT 3D科研绘图》课程，我们昨天进行了第一次连载更新。 我们带来了2个非常重要的新章节，更新时长33分钟。 ? 这节课从剖面形状和光影关系两个基本原理出发，讲解了如何用PPT绘制几何体的剖面，得到球的双剖面、球的三剖面、核壳结构、多层核壳结构、空心球体、多孔空心球体、剖面晶体等科研绘图中高频使用的图形。 本节的技巧对于使用PPT进行矢量绘图非常重要。比如在绘制一些细胞组织结构图时，我们将高频使用本节介绍的技巧。因此推荐生物与医学专业的学员仔细学习本节。 ?
1.7K10发布于 2019-11-28 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
科研绘制还能3D展示？！这个绘图工具太赞了~~
今天小编继续给大家推出Python绘制炫酷3D可视化的工具，今天的这个不仅包括科研统计绘图还包括一些常用图标可视化，就让小编给大家介绍今天的主角-Python-vedo库，一款超强的科学计算和3D可视化展示工具包 具体内容如下： Python-vedo库介绍 Python-vedo库案例展示 Python-vedo库介绍 Python-vedo库是一个用于绘制出版级科研图表和对3D对象进行科学分析和可视化展示的一个 绘图 下面就通过每种类型对vedo库的可视化能力进行展示。 , interactive=True, resetcam=False).close() Modify a spline interactively 更多关于Vedo的基础3D绘图可参考：Vedo基础绘图样例 Python-vedo库，特别在科学出版绘图上的3D展示非常亮眼，计划3D绘图用直播或者视频形式展示，希望可以给到小伙伴们帮助，喜欢该库的同学也可自行探索哈~~ 参考资料 [1] Vedo基础绘图样例:
2.2K30编辑于 2022-05-24 - 来自专栏生信小驿站
科研绘图系列：（3）使用PPT绘制免疫系统细胞（二维）
前期目录 科研绘图系列：（1）使用PPT绘制各类细胞 科研绘图系列：（2）使用PPT绘制菌落和培养皿 目标结果如下所示： ? 根据来源 从网上下载免疫细胞形态如下所示： ? image.png ? 设置形状大小为高度3cm，宽度4cm； 4.右键，去掉形状边框，填充颜色选择取色器，取色器对准参照图片颜色； 5.右键，选择填充，设定为渐变； 6.新插入一个较小的圆形，选择颜色，摆正位置，最后组合图片 绘制嗜酸性细胞 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形右侧上下各新增一个顶点，调整形状与示例相似即可； ? 绘制肥大细胞mast cell 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形四个角度各新增一个顶点，调整形状与示例相似即可； ? 绘制肥树突状细胞 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形各处新增多个顶点，调整形状与示例相似即可； ?
3K20发布于 2020-05-18 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
Python科研绘图保姆级教程！
绘图代码全面更新原因： 一些绘图工具包的更新，导致学员在使用过程中，安装了较为新的版本，某些绘图函数无法使用； 一些作者自定义的颜色系函数，在对初学者而言，引用起来较为繁琐，造成不好的学习体验； 在使用一些特定绘图工具包时 ； 绘图代码常规的定期更新(这点我们承诺长期更新且定期调整) 调整和新增 对每个绘图工具包的使用给出了详细的官网介绍和安装语句、使用版本等重要信息，学员可直接通过点击给出的链接，直接学习该工具的使用； 新增后的绘图案例 我们以最为复杂的泰勒图绘制为例： 使用前工具包介绍情况 使用SkillMetrics工具包进行绘制，在使用之初，贴心的给出这个包的介绍，如下图所示： 自定义修改绘图函数后的操作 SkillMetrics 工具包默认的绘图函数，在绘图一些较为繁琐或者需求较高的图形时，还是不能较好地完成。 所以，作者对其源码进行了修改，同时也给出了相关介绍，如下： 修改后绘图结果 针对使用修改后的SkillMetrics工具包绘图，我们也给出了绘图结果，如下：
52610编辑于 2024-07-05 - 来自专栏巴山学长
matlab科研绘图模板，直接奉上源代码！
同时也希望大家多多用matlab作科研绘图，绝大部分科研图表都有能用matlab来做(论文级的那种)，咱对matlab用于各种科研图表都有研究，欢迎大家留言交流，还可特殊定制哦！ 模板的实现原理很简单，就是通过修改matlab的相关默认设置即可完成，完整步骤如下： 1、新建一个名为startup.m的matlab脚本文件，在该文件中添加所有与matlab科研绘图属性设置相关的命令 使用matlab科研绘图模板的优点： 1、不用再死记各种绘图属性设置； 2、全自动加载，打开matlab即可使用，无需多余设置、方便快捷； 3、本代码完全开源免费，可根据自行需求实现完全个人化设置； 4、让科研者更专注于科研本身而无需考虑matlab绘图设置。 如有疑问请看视频讲解 视频中所用到的代码如下： % matlab科研绘图模板测试 % 作者：bashan (巴山) % 欢迎关注：matlab爱好者 clc;clear;close all; % 定义自变量
1.9K30编辑于 2023-03-15 - 来自专栏R语言交流中心
R语言中科研绘图神器ggpubr
在整理图像的时候会让人觉得苦恼的就是怎么让绘图风格统一、画风高级。今天就跟大家介绍一个画图的神器，据说可以直接赢得主编的好感。此包就是ggpubr，一个联合ggplot2包进行绘图工具包。 dose=c("D0.5", "D1", "D2"), len=c(4.2, 10, 29.5)) df2 <- data.frame(supp=rep(c("VC", "OJ"), each=3) , dose=rep(c("D0.5", "D1", "D2"),2), len=c(6.8, 15, 33, 4.2, 10, 29.5)) df3 <- ToothGrowth ###基础绘制 "supp", palette = "Paired", label = TRUE, position = position_dodge(0.7)) ###添加误差线 ggbarplot(df3, "mean_se", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"), position = position_dodge()) ###添加误差线的折线图 ggline(df3,
2.2K20编辑于 2022-11-21 - 来自专栏优雅R
好用的免费科研绘图神器，推荐试试
想必很多科研和临床的同道，都会感叹科研的苦和累。既要处理众多的临床病人、收集样本，又要忙实验、分析数据，同时还要紧跟科研前沿文献和撰写文章。 涉及到文章的门面，科研绘图，很多伙伴又需要在纷繁的软件大海、眼花缭乱的公司之间进行选择。Hiplot的出现为大家解决了这些问题。 免费的科研绘图神器—Hiplot，是2020年7月推出的全网首个开源绘图平台，目前提供基于R语言的70余种基础可视化和60余种进阶绘图的功能，同时还部署了多个 openbiox社区项目（如bget下载文献附录 Hiplot简介 Hiplot 致力于建立一个快速迭代、支持中英文环境的科研数据可视化平台。 目前该平台建设已初具规模，已提供基于 R 语言的 70 余种基础可视化的功能： area，面积图 barplot，柱状图 barplot-3d，三维柱状图 beeswarm，蜜蜂群图 boxplot，箱线图
3.6K40发布于 2021-04-25 - 来自专栏生信小驿站
科研绘图系列：（1）使用PPT绘制各类细胞
设置椭圆大小（右键，大小和位置，将椭圆高度设置为3厘米，宽度设置为4cm） 右键，填充，选择渐变。 ? 可以根据提供的选项设置自己想要的类型。 （3）绘制神经元 右键，编辑顶点，在椭圆的任意两个顶点种，大约等距离新增三个顶点（同时按住ctrl键）。 右键，编辑顶点，可以看到新增加的顶点。挪动顶点，即可改变细胞形态。 ? ?
3.4K40发布于 2020-05-18
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