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科研绘图系列：tidyplots取代ggplot2的科研绘图利器
介绍tidyplots----取代ggplot2的科研绘图利器。tidyplots的目标是简化为科学论文准备出版的情节的创建。它允许使用一致和直观的语法逐渐添加，删除和调整情节组件。
35710编辑于 2025-02-27- 来自专栏生信喵实验柴
科研文献绘图
一、文字云图 library(Rwordseg) library(wordcloud2) #读入文件 x <- readLines("zfgz.txt",encoding = 'UTF-8',) = TRUE)[1:50] top50 #绘图 wordcloud2(top50) #修改形状和配色 wordcloud2(top50,shape = "star",color = rep_len(c ("red","darkred"),length(top50))) wordcloud2(top50,shape = "circle") wordcloud2(top50,shape = "circos ") wordcloud2(top50,shape = "R") 文字云图 二、相关性图 library(corrplot) corrplot(as.matrix(mtcars),is.corr 在 R 中，可以利用 qqman 包来绘制 Manhattan 图，Plink 软件的输出结果可以直接作为输入数据进行绘图。
1.4K10编辑于 2022-10-25 - 来自专栏二猫の家
科研绘图配色
04 参考顶刊论文配色 对于科研绘图，一个很好的学习途径是从top论文中观摩学习。多总结好的论文配图的共性，比如展示某类数据时，通常采用哪种图表，哪些色系。 基于操作简便和美观的两个原则，小编从中选取了最适合绘图的五个网址进行详细介绍，做科研收藏这五个网址足够啦。其余配色网站只进行了简单汇总，大家有时间也可以点开试试。 【ColorBrewer】 官网：http://colorbrewer2.org/ 优点：高颜值相邻颜色 简介：根据不同的数据性质和要求，选择不同的色彩搭配方案，浓颜系淡颜系都有，满足各种审美。
5.9K10编辑于 2023-11-30 - 来自专栏庄闪闪的R语言手册
基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（2）
第一幅图的介绍可见：基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（1）。后面几幅图会一一介绍，读者在学习过程中，可以将内部学到的知识点应用到自己的图形绘制中。 绘图 加载包 首先加载一些需要使用到的包。 quality bitmap library(ggforce) # Collection of additional ggplot stats + geoms 设置主题 接下来，为了方便起见，作者在绘图前设置好了主题 sigma = 0.14 n = seq(3,10,1) logn_dist <- function(n) exp(-(log(n)-log(6))^2/(2*sigma^2))/(sqrt(2*pi) 绘图步骤详解 由于代码复杂，知识点较多，为了读者更好理解代码逻辑和含义，小编将其分布讲解。最后再将完整代码放到本节末。
1.3K20编辑于 2022-05-24 - 来自专栏聊点学术
科研绘图系列 ：① 小老鼠
科研绘图是一个非常有趣的内容。 在论文体量较大且逻辑复杂时，漂亮的示意图能够锦上添花。既直观呈现研究内容，也能增强论文的可读性。 学习方法：首先要从模仿开始，操作熟练后再自我创作。 （注：如果觉得老鼠身体太胖，可以再次用第4步调整，把身体画的稍微瘦一点） 2.画出老鼠的耳朵 （1）采用椭圆工具画出一个合适的标准圆形，圆形描边磅数调整为6磅 ? （2）选中圆形后，再选择剪刀工具，将圆形剪成下面的形状，并删除多余部分。 ? （3）选中剩余圆形，调整好耳朵的方向，然后复制粘贴一个同样的圆形。 （2）画出鼻子。还是用椭圆工具画一个小小的圆形，填充黑色，移动到嘴巴处。 ? 4.画出小老鼠的胡须和尾巴 （1）选择左侧弧形工具，画出3条像胡须的线条，磅数为5磅。 （2）复制一个，做对称变换。随后将两个半弧形移动到耳朵的耳廓内合适位置，可调整大小和旋转角度。 ? （3）美化图像。个人觉得图像颜色太鲜艳会有一种不真实感。
2.6K10发布于 2020-08-04 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】高级科研做图 – AI入门
当然，有些工作做得特别出色的，杂志编辑会推荐科研做图润色。 创建绘图文件 AI的版本有很多，目前应用最广的是Adobe CC系列的，飞飞老师用的版本是Adobe Illustrator CC 2018版本。打开AI，将出现如下界面。 对其操作在我们科研绘图中是非常常用的，可能很多人都停留在手动对齐以及目测对齐的水平上，其实是很不规范的操作！ AI中的对齐工具非常简单，选择这两个对象，然后选择垂直对齐即可。 小结 好了，一个简单的绘图操作就完成了，从“创建绘图文件-绘制图形-对齐操作-图形输出，一整套操作基本涵盖了AI绘图的主要操作。 当然了，科研做图，绝非一朝一夕之事，各位一定要勤加练习，多阅读高质量的文献，才能做出一眼让人看到就觉得非常惊艳的图。科研是一条漫长的图，一篇优秀的文章，既是科学的积淀，也是艺术的结晶。
2.8K51发布于 2019-10-08 GPT-Image-2 做科研绘图，提示词怎么写？
科研绘图和普通 AI 绘图最大的不同在于： 它不是单纯追求“好看”，而是要把科学逻辑、机制路径和视觉层级表达清楚。 一条真正好用的科研绘图提示词，通常要解决几个问题： 这张图是什么类型？ 下面整理几类科研绘图中非常常见、也比较容易复用的提示词模板。你可以直接替换研究对象、机制过程和配色方案来使用。 效果图展示 中文提示词 请生成一张用于论文的抗菌治疗科研机制图。 图中展示一种抗菌纳米材料或功能平台与细菌接触后，通过破坏细胞膜、诱导活性氧生成、抑制生物膜形成或增强局部热效应，实现高效杀菌。 10 一个可以直接套用的科研绘图总模板 如果你不想每次都从零写，可以直接套下面这个母版。你只需要替换掉中括号里的内容。 中文总模板 请生成一张用于论文的【图的类型】，主题是【研究主题】。 提示词规律小总结 真正通用的科研绘图提示词，核心结构其实很稳定：图的类型 + 主体对象 + 机制链条 + 构图方式 + 风格约束 + 负面限制。
49510编辑于 2026-05-08- 来自专栏科研猫
Hiplot Pro，凤凰涅槃，全新上线，更懂你的科研绘图平台
2020年7月，科研猫发起Hiplot项目，而后与来自多方高校及研究所的科研人员共建了学术版Hiplot/Hiplot academic。 01 新的起点，新的目标2021年05月起，为解决Hiplot学术版用户反复反馈的痛点问题，深度优化用户体验，扩展平台功能，简化开发者部署流程，科研猫开发团队从底层完全重构后台框架及UI设计，历时18 个月潜心研发，于2022年11月2日正式更新上线Hiplot Pro平台。 03 全新C2C理念，支持工具更快更好迭代我们要做的不只是为了提供更好用的生物医学可视化和数据分析工具，更重要的，是为开发者提供一个交互式平台。 此外，为了那些有特殊绘图分析需求，却苦于找不到解决方案的人，用户还可以登录需求市场，只要说出您的需求，即可招募全网开发者前来揭榜。
1.2K30编辑于 2022-11-04 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
科研绘图你值得注意的14个点 (2)
网络图在科学出版物中十分常见，它们在呈现关系数据时极为有用。然而，网络图的外观（非拓扑结构）对于判断网络图是否有效有着极大的影响。
1.7K10编辑于 2024-12-30 - 来自专栏科研菌
绘图教程：科研插图复现(1)
- 网址：https://biorender.com/ - 又见面了~不知不觉就来到BioRender专辑的第3篇推送了，小编今天如期地来和大家一起用BioRender复现科研插图啦！ 今天要复现的这幅插图主要是关于染色体、RNA和siRNA的，原综述里面是一幅占了整个版面的大图，那小编在这里的话就只取其中的一个子图来进行复现，后面类似的绘图操作相信大家一定都能做下来。 总结：BioRender里面的模板图标很齐全，容易上手，操作简单，在绘图过程里面可以省下不少构建模型的时间，出来的图片还原度和清晰度都蛮不错的。
2.1K30发布于 2021-02-19 - 来自专栏科研猫
【科研猫·高级绘图】 tSNE 分析
t-分布领域嵌入算法（t-distributed stochastic neighbor embedding，tSNE），是一种常用的非线性降维方法，非常适用于高维数据降维到2维或者3维，从而进行可视化 2. tSNE计算 使用Rtsne包中的Rtsne函数计算tSNE。通过计算结果前六行，可以看出最终的结算结果为一个矩阵，一共有2列10行，每一行为一个样本，两列分别为tSNE_1和tSNE_2。 我们建立一个data.frame，将绘图需要用到的数据都存入进来。 ? 然后，便是绘图的时刻了~ 3. 基础作图 ggpubr提供了非常多的作图函数，可以方便大家绘制更美观的科研做图。 这里我们使用ggscatter这个函数，x轴为tSNE_1，y轴为tSNE_2。 ? ? 这样，我们一张tSNE图就做完啦~ 4. 另外，我们也可以修改图的样式和颜色，来对绘图结果进行提升。 ? ? 5. 高级美化 当然，我们还不能仅仅满足于现有的成果，作图是一个细致的过程，我们需要精雕细琢。
8.1K20发布于 2019-11-23 - 来自专栏生信小驿站
科研绘图系列：（2）使用PPT绘制菌落和培养皿
科研绘图系列：（1）使用PPT绘制各类细胞 成果展示： ? 1、打开PPT，新建一页新的ppt。 2、选项“插入”，选择“形状”，找到基本形状里面的同心圆（圆，空心）。 8、将三维格式里面棱台宽度、高度以及深度都改为2磅、光源为柔和、将材料设置为暖性粗糙。 ? 9、将用作培养皿底部的圆设置为底层（右键），将两者合并。 ?
2.3K20发布于 2020-05-18 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
R科研绘图调色板—ggsci
ggsci是R中的一个包，提供了一系列颜色给ggplot2调色。里面包括了一些知名杂志期刊或者软件（甚至是知名科幻电影、动画等）的经典配色风格，对于科研绘图是相当有帮助的。 devtools::install_github("nanxstats/ggsci") 下载下来后，可以用diamonds数据集来看配色效果： library(ggsci) library(ggplot2) alpha = 0.7) + geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) + theme_bw() p1 # 箱线图 p2 carat > 2.2), aes(x = color, y = price, fill = color)) + geom_boxplot(color = 'black') + theme_bw() p2
2K10发布于 2020-04-01 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】世界地图绘制
这些图频繁出现在Lancet或者NEJM、CNS等顶级杂志中，不过对于很多科研人员来说，地图的绘制由于没有现成软件可以直接操作，一直以来都是一大难题。 ? 前面一期的教程中，我们给大家讲解了中国地图的绘制方法【科研猫·绘图】中国地图绘制：R语言版，在我们发布这篇教程后，马上有同学反映想要学习世界地图的绘制，作为实力宠粉的科研猫团队，粉丝的要求岂能不去满足。 或者，有没有可能我们自己定义图中的颜色，而不要采用ggplot2已经预定义好的颜色呢？当然也可以喽。 这么漂亮的图，画起来不过1-2分钟的时间，简单又实惠哦。 LEVEL 5 那么，经历过这么多次的华丽转变，我们的世界地图已经非常完美了，完全可以用来放到杂志中发表。 不过，作为力臻完美的科研猫技术宅，有没有可能更进一步呢？试着把NEJM当中的配色或者Lancet当中的配色直接用到图中去。
5.2K21发布于 2020-03-26 R语言生存分析和科研绘图
欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍生存分析的目的是分析某个时间点的“生存概率”是多少。 gtsummary)# rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)options(future.globals.maxSize = 1000 * 1024^2) 是时间到事件的数据；需要生存分析技术来解释删失的数据；survival R包提供了生存分析工具，包括Surv和surfit函数；survminer R包提供了ggsurvplot函数允许基于ggplot2定制
45300编辑于 2024-06-12- 来自专栏数据 学术 商业 新闻
Python科研绘图保姆级教程！
绘图代码全面更新原因： 一些绘图工具包的更新，导致学员在使用过程中，安装了较为新的版本，某些绘图函数无法使用； 一些作者自定义的颜色系函数，在对初学者而言，引用起来较为繁琐，造成不好的学习体验； 在使用一些特定绘图工具包时 ； 绘图代码常规的定期更新(这点我们承诺长期更新且定期调整) 调整和新增 对每个绘图工具包的使用给出了详细的官网介绍和安装语句、使用版本等重要信息，学员可直接通过点击给出的链接，直接学习该工具的使用； 新增后的绘图案例 我们以最为复杂的泰勒图绘制为例： 使用前工具包介绍情况 使用SkillMetrics工具包进行绘制，在使用之初，贴心的给出这个包的介绍，如下图所示： 自定义修改绘图函数后的操作 SkillMetrics 工具包默认的绘图函数，在绘图一些较为繁琐或者需求较高的图形时，还是不能较好地完成。 所以，作者对其源码进行了修改，同时也给出了相关介绍，如下： 修改后绘图结果 针对使用修改后的SkillMetrics工具包绘图，我们也给出了绘图结果，如下：
52610编辑于 2024-07-05 - 来自专栏巴山学长
matlab科研绘图模板，直接奉上源代码！
同时也希望大家多多用matlab作科研绘图，绝大部分科研图表都有能用matlab来做(论文级的那种)，咱对matlab用于各种科研图表都有研究，欢迎大家留言交流，还可特殊定制哦！ 模板的实现原理很简单，就是通过修改matlab的相关默认设置即可完成，完整步骤如下： 1、新建一个名为startup.m的matlab脚本文件，在该文件中添加所有与matlab科研绘图属性设置相关的命令 使用matlab科研绘图模板的优点： 1、不用再死记各种绘图属性设置； 2、全自动加载，打开matlab即可使用，无需多余设置、方便快捷； 3、本代码完全开源免费，可根据自行需求实现完全个人化设置； 4、让科研者更专注于科研本身而无需考虑matlab绘图设置。 如有疑问请看视频讲解 视频中所用到的代码如下： % matlab科研绘图模板测试 % 作者：bashan (巴山) % 欢迎关注：matlab爱好者 clc;clear;close all; % 定义自变量
1.9K30编辑于 2023-03-15 - 来自专栏漫漫深度学习路
python绘图：matplotlib绘图（2）
matplotlib绘图（2） plt.bar colors=["#348ABD","#A60628"] plt.bar([0,.7], prior, alpha=0.70, width=0.25, color
2.1K50发布于 2018-01-02 - 来自专栏R语言交流中心
R语言中科研绘图神器ggpubr
在整理图像的时候会让人觉得苦恼的就是怎么让绘图风格统一、画风高级。今天就跟大家介绍一个画图的神器，据说可以直接赢得主编的好感。此包就是ggpubr，一个联合ggplot2包进行绘图工具包。 柱状图 ####载入数据 df <- data.frame(dose=c("D0.5", "D1", "D2"), len=c(4.2, 10, 29.5)) df2 <- data.frame( supp=rep(c("VC", "OJ"), each=3), dose=rep(c("D0.5", "D1", "D2"),2), len=c(6.8, 15, 33, 4.2, 10, (supp=rep(c("VC", "OJ"), each=3), dose=rep(c("D0.5", "D1", "D2"),2), ggplot2::theme_minimal(), top = 0, label.select = c("BUB1", "CD83") ) 9.
2.2K20编辑于 2022-11-21 - 来自专栏优雅R
好用的免费科研绘图神器，推荐试试
想必很多科研和临床的同道，都会感叹科研的苦和累。既要处理众多的临床病人、收集样本，又要忙实验、分析数据，同时还要紧跟科研前沿文献和撰写文章。 涉及到文章的门面，科研绘图，很多伙伴又需要在纷繁的软件大海、眼花缭乱的公司之间进行选择。Hiplot的出现为大家解决了这些问题。 免费的科研绘图神器—Hiplot，是2020年7月推出的全网首个开源绘图平台，目前提供基于R语言的70余种基础可视化和60余种进阶绘图的功能，同时还部署了多个 openbiox社区项目（如bget下载文献附录 Hiplot简介 Hiplot 致力于建立一个快速迭代、支持中英文环境的科研数据可视化平台。 目前该平台建设已初具规模，已提供基于 R 语言的 70 余种基础可视化的功能： area，面积图 barplot，柱状图 barplot-3d，三维柱状图 beeswarm，蜜蜂群图 boxplot，箱线图
3.6K40发布于 2021-04-25
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