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科研文献绘图
system.time()函数计时 y <- segmentCN(strwords = x,analyzer = "hmm",returnType = "vector") #查看数据是否乱码 y[1:3] - y[nchar(y)>=2] #统计频数 table(y) #排序获得前50个关键字 top50 <- sort(table(y),decreasing = TRUE)[1:50] top50 #绘图 在 R 中，可以利用 qqman 包来绘制 Manhattan 图，Plink 软件的输出结果可以直接作为输入数据进行绘图。 = 3) manhattan(gwasResults,col=brewer.pal(3,'Blues'),genomewideline=6,suggestiveline = 3, (circlize) library(RColorBrewer) help(package="circlize") set.seed(999) mat<-matrix(sample(18, 18), 3,
1.4K10编辑于 2022-10-25 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
科研绘制还能3D展示？！这个绘图工具太赞了~~
今天小编继续给大家推出Python绘制炫酷3D可视化的工具，今天的这个不仅包括科研统计绘图还包括一些常用图标可视化，就让小编给大家介绍今天的主角-Python-vedo库，一款超强的科学计算和3D可视化展示工具包 具体内容如下： Python-vedo库介绍 Python-vedo库案例展示 Python-vedo库介绍 Python-vedo库是一个用于绘制出版级科研图表和对3D对象进行科学分析和可视化展示的一个 绘图 下面就通过每种类型对vedo库的可视化能力进行展示。 , interactive=True, resetcam=False).close() Modify a spline interactively 更多关于Vedo的基础3D绘图可参考：Vedo基础绘图样例 Python-vedo库，特别在科学出版绘图上的3D展示非常亮眼，计划3D绘图用直播或者视频形式展示，希望可以给到小伙伴们帮助，喜欢该库的同学也可自行探索哈~~ 参考资料 [1] Vedo基础绘图样例:
2.2K30编辑于 2022-05-24 - 来自专栏二猫の家
科研绘图配色
03 配色实用工具推荐 【RGB颜色轮】 色轮用于帮助理解颜色之间的关系，并有助于指导调色板的选择。下图描述了一个简化的12色RGB色轮和每种颜色的RGB表示法。 04 参考顶刊论文配色 对于科研绘图，一个很好的学习途径是从top论文中观摩学习。多总结好的论文配图的共性，比如展示某类数据时，通常采用哪种图表，哪些色系。 基于操作简便和美观的两个原则，小编从中选取了最适合绘图的五个网址进行详细介绍，做科研收藏这五个网址足够啦。其余配色网站只进行了简单汇总，大家有时间也可以点开试试。 【ColorSpace】 官网：https://mycolor.space/ 优点：一键生成配色方案 简介：在线调色板生成工具，只需要我们输入主色调颜色号，一键就可以生成想要的配色方案。
6K10编辑于 2023-11-30 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
科研绘图篇 | 火山图超简单工具推荐~~
今天给大家介绍一个快速绘制火山图(volcano map) 拓展工具包-ggVolcano，绘图结果为ggplot2对象，也就可以灵活进行相关主题的设置。 详细介绍如下： 安装方法 由于ggVolcano包属于单独开发的只用于绘制火山图的拓展工具，这里使用devtools工具进行安装，安装代码如下： # install.packages("devtools #由于绘图结果为ggplot2对象，可以直接使用patchwork进行拼接 library(patchwork) p1|p2 ggVolcano包修改填充和颜色的火山图绘制样例 「案例三：使用gradual_volcano "row", label_number = 10, output = FALSE) ggVolcano包绘制修改颜色的go term 火山图样例 总结 今天给大加介绍了一个绘制火山图超简单的拓展工具包
2.6K21编辑于 2023-08-23 - 来自专栏庄闪闪的R语言手册
基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（3）
前两幅图的详细代码介绍可见：基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（2），基于 R 语言的科研论文绘图技巧详解（1）。 绘图 加载包 首先加载一些需要使用到的包。 具体可以参考：《R语言教程》[3]和R 数据科学[4]，或者公众号相应的数据科学系列文章。 dev_stage trachea_length # 1 wildtype E8.5 48.60862 # 2 wildtype E8.5 59.44292 # 3 绘图步骤详解 这幅图的绘图代码比较传统，但是还是有些细节需要和大家分享下。
90930编辑于 2022-05-24 科研绘图系列：tidyplots取代ggplot2的科研绘图利器
介绍tidyplots----取代ggplot2的科研绘图利器。tidyplots的目标是简化为科学论文准备出版的情节的创建。它允许使用一致和直观的语法逐渐添加，删除和调整情节组件。 add_test_pvalue(ref.group = 1)gene_expression |> dplyr::filter(external_gene_name %in% c("Apol6", "Col5a3"
37010编辑于 2025-02-27- 来自专栏气象杂货铺
工具推荐｜一款优秀的MATLAB科研绘图工具箱
文末可获取工具手册和安装包链接。 中执行以下命令： addpath('D:/MATLAB/PlotPub-2.0'); 用法 以下是 PlotPub 绘制图形和图形美化的示例，使用非常简单： clear all; %% lets plot 3 AC voltage f = 50; % frequency Vm = 10; % peak phi = 0; % phase % generate the signal t = [0:0.0001:3/ f]; th = 2*pi*f*t; v = Vm*sin(th+phi); % plot it figure; plot(t*1E3, v); MATLAB默认绘图设置 然后添加标签和标题，并利用
2.2K20编辑于 2022-08-24 - 来自专栏聊点学术
科研绘图系列 ：① 小老鼠
科研绘图是一个非常有趣的内容。 在论文体量较大且逻辑复杂时，漂亮的示意图能够锦上添花。既直观呈现研究内容，也能增强论文的可读性。 学习方法：首先要从模仿开始，操作熟练后再自我创作。 （2）选中圆形后，再选择剪刀工具，将圆形剪成下面的形状，并删除多余部分。 ? （3）选中剩余圆形，调整好耳朵的方向，然后复制粘贴一个同样的圆形。 3.画出小老鼠的眼睛和鼻子 （1）画出眼睛。这一步很简单，采用椭圆工具画一个竖着的椭圆形，然后再复制一个椭圆形。通过左上方填色工具，填充黑色。 4.画出小老鼠的胡须和尾巴 （1）选择左侧弧形工具，画出3条像胡须的线条，磅数为5磅。拉个框将三条弧线圈住后，右键-编组，使之成为一个整体。 ? （3）圈选胡须，选择上面菜单中的如下选项。这一步可以将线条变成真正的胡须。随后移动胡须至嘴巴的位置。 ? （4）画出尾巴。还是左侧弧形工具，然后画出一条适当长度的弧线，磅数调整为9。
2.7K10发布于 2020-08-04 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】高级科研做图 – AI入门
当然，有些工作做得特别出色的，杂志编辑会推荐科研做图润色。 打开后是一个空白文档界面，一般我们常用的就是工具箱，菜单和文档。 图形绘制 选择矩形工具，新建一个矩形，然后使用移动工具移动这个矩形。 我们把这个图形放大，可以看到这个矩形是由路径组成。 对齐工具 接下来，就是最最重要的时刻了，我们将使用一个工具，名为对齐。对其操作在我们科研绘图中是非常常用的，可能很多人都停留在手动对齐以及目测对齐的水平上，其实是很不规范的操作！ 小结 好了，一个简单的绘图操作就完成了，从“创建绘图文件-绘制图形-对齐操作-图形输出，一整套操作基本涵盖了AI绘图的主要操作。 当然了，科研做图，绝非一朝一夕之事，各位一定要勤加练习，多阅读高质量的文献，才能做出一眼让人看到就觉得非常惊艳的图。科研是一条漫长的图，一篇优秀的文章，既是科学的积淀，也是艺术的结晶。
2.8K51发布于 2019-10-08 - 来自专栏科研菌
绘图教程：科研插图复现(1)
- 网址：https://biorender.com/ - 又见面了~不知不觉就来到BioRender专辑的第3篇推送了，小编今天如期地来和大家一起用BioRender复现科研插图啦！ 今天要复现的这幅插图主要是关于染色体、RNA和siRNA的，原综述里面是一幅占了整个版面的大图，那小编在这里的话就只取其中的一个子图来进行复现，后面类似的绘图操作相信大家一定都能做下来。 总结：BioRender里面的模板图标很齐全，容易上手，操作简单，在绘图过程里面可以省下不少构建模型的时间，出来的图片还原度和清晰度都蛮不错的。
2.1K30发布于 2021-02-19 - 来自专栏科研猫
【科研猫·高级绘图】 tSNE 分析
t-分布领域嵌入算法（t-distributed stochastic neighbor embedding，tSNE），是一种常用的非线性降维方法，非常适用于高维数据降维到2维或者3维，从而进行可视化 比如我们在进行转录组数据分析的时候，每一个样本可以检测到3万个基因，如果有10个这样的样本，我们如何判断哪些样本之间的相似性能高。当然，通过层次聚类等方法，可以显示样本与样本之间的关系。 我们建立一个data.frame，将绘图需要用到的数据都存入进来。 ? 然后，便是绘图的时刻了~ 3. 基础作图 ggpubr提供了非常多的作图函数，可以方便大家绘制更美观的科研做图。 另外，我们也可以修改图的样式和颜色，来对绘图结果进行提升。 ? ? 5. 高级美化 当然，我们还不能仅仅满足于现有的成果，作图是一个细致的过程，我们需要精雕细琢。
8.1K20发布于 2019-11-23 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
学术科研绘图宝藏工具，推荐收藏~~
推文的主要内如下： SciencePlots 库介绍 SciencePlots 实例演示 SciencePlots 库介绍 使用Python-matplotlib绘制科研图表，其默认的颜色和格式并不能满足一般的期刊要求 而SciencePlots就是为解决科研图表繁琐设置而定制的一系列科研绘图样式库，可以绘制很合适科研发表的图表。 dpi=600) 结果如下： 更多的例子，大家可以直接去官网进行测试，接下来，我们将主题应用到我们之前绘制过的科学图表绘图代码上。 ,y2,marker='s',ls='--',lw=.5,label='D2') scatter_03 = ax.plot(x,y3,marker='o',lw=.8,ls=':',label='D3' bbox_inches='tight') plt.show() 结果如下： 当然我们也可以在相关性散点图绘制方法中采用此主题，可视化结果如下： 总结 本期推文我们介绍了matplotlib非常优秀的科学图表绘图库
1.4K30编辑于 2022-02-17 - 来自专栏AI算法与图像处理
学习&科研必备的几个实用工具推荐（排版、绘图、查错）
得到了很多伙伴的认可，为此专门写了一篇AI领域论文写作中使用的工具总结，这是我自己在写作过程中用的比较顺手的工具，分享给大家： Part 1 写作排版工具 大多数人在论文写作过程中都离不开word工具， Part 2 绘图工具 ? 前言：在期刊论文中，一般都是用矢量图，所以推荐使用以下工具。很多人说word，ppt，Visio画图就足够了，没错水平高了草木皆为兵器，但为啥还推荐CoreDraw呢？ http://www.xitongtiandi.net/soft_tx/4276.html Origin Origin是由OriginLab公司开发的一个科学绘图、数据分析软件，支持在Microsoft Origin支持各种各样的2D/3D图形。Origin中的数据分析功能包括统计，信号处理，曲线拟合以及峰值分析。 下载地址(教育邮箱可以免费使用半年，破解方式同Coredraw)： http://www.3322.cc/soft/48978.html Part 3 查错工具 ? ? ? ?
3.9K31发布于 2019-11-07 - 来自专栏数据 学术 商业 新闻
放弃Origin，试试Veusz吧：免费强大的科研数据绘图工具吧~~
前段时间在谈论群里看到关于有哪些集成式科研绘图软件，看到有谈论origin、QtiPlot、SciDavis还有Graphpad prism等，小编其实最想说的比较方便灵活的集成式绘图软件-Excel, 虽然对一些复杂的科研图表绘制可能还存在一些不足。 今天小编就给大家介绍一个免费(上面介绍的软件有的是要付费的)的科研图表绘制软件-Veusz，主要内容如下： Veusz软件简单介绍 Veusz软件样例介绍 Veusz软件简单介绍 Veusz是一个具有用户界面的科研绘图集成软件 ，能够绘制符合出版要求的2D和3D可视化图表。 Veusz支持从文本、CSV、HDF5和FITS文件格式中导入数据，更多关于Veusz的介绍可参考：Veusz官网介绍[1]，以下为Veusz操作界面： 接下来小编就列举几个可视化样例，让大家感受下集成式科研绘图软件的魅力
2.7K31编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
R科研绘图调色板—ggsci
里面包括了一些知名杂志期刊或者软件（甚至是知名科幻电影、动画等）的经典配色风格，对于科研绘图是相当有帮助的。
2K10发布于 2020-04-01 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】世界地图绘制
这些图频繁出现在Lancet或者NEJM、CNS等顶级杂志中，不过对于很多科研人员来说，地图的绘制由于没有现成软件可以直接操作，一直以来都是一大难题。 ? 前面一期的教程中，我们给大家讲解了中国地图的绘制方法【科研猫·绘图】中国地图绘制：R语言版，在我们发布这篇教程后，马上有同学反映想要学习世界地图的绘制，作为实力宠粉的科研猫团队，粉丝的要求岂能不去满足。 # this lets us use the contry name vs 3-letter ISO wrld_simpl@data$id <- wrld_simpl@data$NAME wrld <- LEVEL 3 流行病学中绘制地图主要的目的是为了描述发病率一类的信息，然后用不同的颜色将其Highlight出来。 不过，作为力臻完美的科研猫技术宅，有没有可能更进一步呢？试着把NEJM当中的配色或者Lancet当中的配色直接用到图中去。
5.3K21发布于 2020-03-26 R语言生存分析和科研绘图
future.globals.maxSize = 1000 * 1024^2)# group & colorsex_grp <- c("Male", "Female")sex_col <- c("#F28880", "#60C4D3" )总结生存数据很常见，是时间到事件的数据；需要生存分析技术来解释删失的数据；survival R包提供了生存分析工具，包括Surv和surfit函数；survminer R包提供了ggsurvplot函数允许基于
46600编辑于 2024-06-12- 来自专栏寒树Office与RPA
杨臻：《PPT 3D科研绘图》课程连载两节
—— 《PPT 3D科研绘图》学员评价 上周开始内测的《PPT 3D科研绘图》课程，我们昨天进行了第一次连载更新。 我们带来了2个非常重要的新章节，更新时长33分钟。 ? 这节课从剖面形状和光影关系两个基本原理出发，讲解了如何用PPT绘制几何体的剖面，得到球的双剖面、球的三剖面、核壳结构、多层核壳结构、空心球体、多孔空心球体、剖面晶体等科研绘图中高频使用的图形。 这节课详细解释了渐变内中心和渐变外中心两个概念，并讲解了如何通过Lvyhtools的“渐变中心工具”以及口袋动画插件“超级/蒙版样式”修改渐变的内中心和外中心，并展示了如何通过渐变中心技术制作这样以假乱真的泡孔电镜图 本节的技巧对于使用PPT进行矢量绘图非常重要。比如在绘制一些细胞组织结构图时，我们将高频使用本节介绍的技巧。因此推荐生物与医学专业的学员仔细学习本节。 ?
1.7K10发布于 2019-11-28 - 来自专栏巴山学长
一款让你欲罢不能的科研绘图工具箱
其实matlab是可以绘制高质量图像的，不少小伙可能绘图的时候直接调用的绘图命令，没有对作图细节进行设置。 PlotPub是K. M. Masum Habib开发的一款高质量绘图工具箱，作者将绘图相关的设置全部封装在了一个名为“Plot”的类中，只需要简单的设置即可绘制一幅漂亮的图像。 该工具箱支持EPS, PDF, PNG, JPEG,TIFF和SVG等格式文件的输出，接下来就一起来看看作者的漂亮示例吧： 示例一、多曲线制图 % Multiple plots using plotPub plot and settings plt = Plot(t*1E3, v1, t*1E3, v2, t*1E3, v3); % 坐标轴设置 plt.XLabel = 'Time, t (ms)'; 1E3]; % [min, max] plt.YTick = [1E-3, 1E-1, 1E1, 1E3]; %[tick1, tick2, .. ] plt.YGrid = 'on'; % 'on'
2.1K10发布于 2019-10-29 - 来自专栏生信小驿站
科研绘图系列：（3）使用PPT绘制免疫系统细胞（二维）
前期目录 科研绘图系列：（1）使用PPT绘制各类细胞 科研绘图系列：（2）使用PPT绘制菌落和培养皿 目标结果如下所示： ? 根据来源 从网上下载免疫细胞形态如下所示： ? image.png ? 设置形状大小为高度3cm，宽度4cm； 4.右键，去掉形状边框，填充颜色选择取色器，取色器对准参照图片颜色； 5.右键，选择填充，设定为渐变； 6.新插入一个较小的圆形，选择颜色，摆正位置，最后组合图片 绘制嗜酸性细胞 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形右侧上下各新增一个顶点，调整形状与示例相似即可； ? 绘制肥大细胞mast cell 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形四个角度各新增一个顶点，调整形状与示例相似即可； ? 绘制肥树突状细胞 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形各处新增多个顶点，调整形状与示例相似即可； ?
3K20发布于 2020-05-18
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