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多区域测序分析肺腺癌的瘤内异质性
导语 GUIDE ╲ 瘤内异质性（intratumor heterogeneity，ITH）是指同一恶性肿瘤在同一患者的不同肿瘤部位的细胞之间，在基因型和表型上存在差异。 数据介绍 从11例手术治疗切除的肺腺癌样本中获得48个肿瘤区域：8个stage I,2个stage II,1个stage III；肿瘤大小2~4.6 cm（Fig.1和table S1）。 3.评估相对于ITH的拷贝数变化 大规模染色体畸变没有观察到实质性差异（Fig.S2A），同一肿瘤内不同区域的log2比值分布相似（Fig. S2B）。 使用ABSOLUTE算法评估每个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，至少29（共48）个肿瘤区域存在区域内亚克隆细胞群。 ABSOLUTE算法评估48个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，发现存在区域内亚克隆细胞群，且患者的克隆和亚克隆突变分布存在差异。
80621编辑于 2022-03-29 - 来自专栏DrugOne
Nat. Commun. | 病毒3C蛋白酶mRNA疗法实现多癌种广谱治疗
2025年5月8日，一项发表于《Nature Communications》的研究成果为我们带来了新的希望。 研究内容 研究团队创新性地将编码病毒3C蛋白酶的mRNA装载进脂质纳米颗粒 (3C-LNPs)，通过多种给药途径（颅内、皮下和静脉注射）在多种实体瘤模型中展开研究，包括胶质母细胞瘤、乳腺癌和肝细胞癌模型 在胶质母细胞瘤模型中，与对照组相比，接受 3C-LNPs 治疗的小鼠肿瘤生长显著受到抑制，生存率得到显著提高（图1）；在乳腺癌模型中，皮下注射 3C-LNPs 可减少肿瘤体积，抑制肿瘤血管生成（图2）； 同时，研究采取多种体内模型证实，将3C-LNP以上述多种给药途径注射入正常小鼠体内具有良好的安全性。 颅内原位给药、皮下给药以及尾静脉给药三种给药途径在不同的小鼠肿瘤模型中均显示出较高的体内疗效。
37710编辑于 2025-05-17 缺氧协调胶质母细胞瘤内髓系细胞的空间分布
髓系细胞在胶质母细胞瘤(GBM)中非常普遍，存在于表型和激活状态的频谱中。现在对影响GBM中不同髓系细胞群定位和功能的肿瘤微环境(TME)决定因素的了解有限。 为了了解髓系细胞定位的潜在驱动因素，将髓系细胞群的丰度与每个SPOT内生物过程的基因特征联系起来。 特定细胞因子信号通路的基因特征也与spot内髓系细胞丰度相关。对趋化因子基因重复这一分析表明，髓系细胞的特定亚群的定位也由不同的趋化因子组控制。 对缺氧反应的髓系细胞群(TAM-Mac- supp和Mono)与CXCL8、CXCL2、CCL20和CXCL3相关，而TAM-Mg和TAM-Mac群体与CCL4、CCL4、CCL3L1和CCL4L2 结果8、髓系细胞环境由ST spot内髓细胞群的不同模式定义 GBM TME中存在特定的髓细胞生态位，其特征是共同的生物学过程(例如缺氧)，并且由具有相似表型的髓细胞群体占据。
33400编辑于 2024-05-24- 来自专栏纳米药物前沿
【汇总】上海药物所李亚平老师在肿瘤免疫治疗领域的研究成果
到达肿瘤后，抗体纳米粒在肿瘤微环境基质金属蛋白酶作用下特异性切除聚乙二醇外壳，实现αPD-L1的瘤内缓慢释放。 在808 纳米波长近红外光照射下，ICG光敏剂可发挥光动力效应，生成活性氧诱导肿瘤部位炎症反应，提高肿瘤免疫原性，促进细胞毒性T淋巴细胞瘤内浸润。 2. 同时利用渗透性多肽制备温敏水凝胶，包载载药肿瘤细胞，从而制备成个性化肿瘤疫苗PVAX，PVAX可在肿瘤手术切除的创口注射给药。 通过单次注射，sHDLs减轻了肿瘤负担，触发了免疫原性细胞死亡（ICD），促进了树突状细胞（DC）的成熟，并增加了CD8 + T细胞的浸润使肿瘤对PD-1阻断敏感。 奥沙利铂可刺激肿瘤细胞发生免疫性细胞死亡，提高肿瘤组织免疫原性，诱导机体对肿瘤细胞的特异性免疫反应，增加肿瘤组织内CTL的浸润，促使“冷瘤”转变为“热瘤”。
1K20发布于 2021-02-04 - 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序在肿瘤研究中的新进展，文献集锦
肿瘤是指机体在各种致瘤因子作用下，局部组织细胞增生所形成的赘生物，肿瘤细胞会出现不同于正常细胞的代谢变化，并形成不同的谱系，导致肿瘤内异质性。 作者在研究中使用细针抽吸(FNAs)在原发皮肤B细胞淋巴瘤(pCBCL)中注射和对非注射病变的临床、组织学、单细胞转录组和免疫库水平进行了研究。 13名患者接受病灶内T-VEC治疗，其中11名患者在病灶注射处显示肿瘤反应。作者利用FNAs的单细胞测序，在恶性肿瘤人群中分离并鉴定出三种pCBCL亚型。 注射后24小时，检测到HSV-1T-VEC转录体存在于注射病灶的恶性和非恶性细胞中，但在非注射病灶中没有检测到。溶瘤病毒疗法能迅速消灭恶性细胞。 在这里，作者应用单细胞RNA测序分析室管膜瘤的分子群和解剖位置，以调查其瘤内异质性和发育起源。室管膜瘤是由未分化的细胞群组成的细胞层次结构，这些细胞向三种神经-胶质命运谱系分化受损。
1.5K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信宝典
癌中之王：基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell
肿瘤腺体分型提供了更为详细的肿瘤内异质性分型，且该分型与基质丰度和临床结果的差异有关。这证明了基质通过改变人PDAC中肿瘤腺体的固有模式来改变肿瘤结构的影响。 条件培养基（CAF-CM）（其实就是CAF分泌的因子）对不同的PDAC细胞系的PRO和EMT表型的影响;作者发现在三种不同的CAF-CM中均发现了相对较高的PRO和EMT表型的细胞，并且作者在免疫缺陷小鼠中注射入不同比例 作者根据其肿瘤腺体细胞组成定义了8种不同类型的肿瘤腺体并且发现人类PDAC肿瘤中基质含量与腺体异质性确实存在相关性。
2.1K20发布于 2019-06-17 - 来自专栏作图丫
8+！胶质母细胞瘤中铁死亡相关模型构建~
导语 胶质瘤是中枢神经系统的侵袭性肿瘤，胶质母细胞瘤是最恶性的类型。铁死亡是一种程序性细胞死亡，可以调节肿瘤对治疗的抵抗力和肿瘤微环境的成分。 背景介绍 铁死亡相关研究是个经久不衰的热点，今天小编为大家带来的这篇文章，作者根据铁死亡相关基因表达构建评分系统，并探索了胶质母细胞瘤细胞和免疫细胞之间的串扰。 此外，FeAS 模型的 AUC 值也高于聚类模型和胶质瘤病理分级（图 1H）。 03 高FeAS的胶质母细胞瘤比低FeAS的胶质母细胞瘤更具侵袭性 接下来，本研究对 FeAS 和 Verhaak GBM 亚型之间的关系进行了研究，结果发现高 FeAS GBM 在训练和验证队列中更有可能被定义为间充质或经典 04 转录因子在高、低FeAS胶质母细胞瘤中的差异激活 接下来， 本研究对高和低 FeAS GBM 细胞中转录因子的激活进行了研究（图 3A）。
77420编辑于 2022-12-14 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭露小细胞肺癌化疗后瘤内异质性
tumor cell ,CTC），以此构建CDX模型 (CTC-derived xenograft, CDX)，然后通过对患者CTC，以及化疗耐药和化疗敏感患者CDX模型进行单细胞测序，以阐释SCLC瘤内异质性 一共构建了8个CDX模型 其中MDA-SC4、MDA-SC68 又构建了CDX耐药模型 ? The total numbers of cells in each model after filtering were as follows: MDA-SC4s: 8,998; MDA-SC16r: genes) Elbowplot选dims 降维-RUNTSNE(default perplexity value of 30) 数据分析思路 1 CDX数据样本聚类及常见肿瘤相关marker展示 同一样本内肿瘤 marker表达不一致如MDA-SC49r里MYC、EMTscores表达不一致，体现了瘤内异质性的存在。
2.3K41发布于 2020-04-27 纳米快递员已上线! LNP 精准投递_MedChemExpress(MCE 中国)
(目标器官肝脏/脾脏)-效果和专业包封设备等效 (Balb/c 小鼠，静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 肌肉注射 -实现注射部位、肝脏、脾脏等部位高效递送 (Balb/c 小鼠，肌肉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 腹腔注射-实现注射部位 OptiLNP RNA Transfection Reagent (Local Effect)• 瘤内注射-实现 RNA 在肿瘤组织的高效表达 (Balb/c 小鼠，瘤内注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.35 mpk (7 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 肌肉注射-长链 mRNA 和短链 siRNA 均可实现在注射部位的高效表达HY-K2024 In vivo OptiLNP RNA Transfection Reagent (Liver-targeted)• 静脉注射-实现肝脏靶向递送，靶向率高于 90% (Balb/c 小鼠，尾静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物
72710编辑于 2025-06-25- 来自专栏生信技能树
转录组讲师带你读文献(6)-多发性骨髓瘤微环境
使用可移植骨髓瘤细胞系测试抗骨髓瘤药物的疗效：注射the Vk*MYC-derived MM cell line, Vk12653 MM到wild-type (WT), Il1r-/-, and Il18 为了评估NLRP3和接头蛋白ASC的参与，我们使用hVk12653 MM 细胞注射到WT, Nlrp3-/-, and Asc-/-小鼠中。 我们将Vk12653 MM cells注射进缺乏三种NLRP1 (Nlrp1a-/-，Nlrp1b-/-，Nlrp1c-/-)异构体的小鼠。 3 在Nlrp1-/-和Il18-/-小鼠中多发性骨髓瘤(MM)依赖CD8+ T细胞控制 一般来说，肿瘤相关炎症通过向恶性细胞提供促生存和增殖信号和/或产生免疫抑制微环境来刺激肿瘤生长，使恶性细胞逃避免疫识别和破坏 为此，我们利用我们的全转录组分析MM的微环境,在MM患者BM内确定了308个基因与IL18基因表达密切相关(相关系数> 0.70,p < 10e-8 )，如下图： GSEA分析结果显示（Reactome
1.3K20发布于 2021-05-27 - 来自专栏纳米药物前沿
Nat Commun：靶向STING的工程菌免疫疗法
在B16.F10黑色素瘤荷瘤小鼠腹腔注射(i.p.)无水四环素(ATC)后将SYN-Ptet-DACA或非工程ECN瘤内注射。 此外，SYN-PTET-DACA治疗在治疗开始后8天显著降低了肿瘤生长。 虽然用工程和非工程ECN治疗均导致先天免疫相关的细胞因子(如肿瘤坏死因子α、GM-CSF、IL-6、IL-1β和CCl-2)在治疗24小时后增加，但仅SYN-PTET-DACA治疗在治疗8天后引起T细胞相关细胞因子
81940发布于 2021-02-04 - 来自专栏纳米药物前沿
蔡开勇Biomaterials：咪喹莫特介孔多巴胺纳米载体介导的淋巴结靶向免疫激活
因此，如何将其作用半径限制在淋巴组织内，对于提高其疗效同时减轻副作用具有重要意义。重庆大学生物工程学院蔡开勇教授团队将TLR7激动剂咪喹莫特(R837)高效负载到介孔多巴胺(MPDA)纳米载体中。 在LNS中释放的R837观察到了有效的DC激活和CD8+T细胞反应。基于MPDA的光热效应诱导的肿瘤凋亡释放内源性抗原进一步增强了这种作用，从而导致皮下B16黑色素瘤的生长受到抑制。 皮下注射途径促进所设计的PVP-MPDA@R837引流至近端淋巴结，从而诱导免疫激活。前哨淋巴结和脾细胞中淋巴细胞的DC成熟和CD8+T细胞反应分别证实了这一点。 在B16黑色素瘤模型中，通过热消融肿瘤细胞凋亡和细胞毒性T淋巴细胞的产生，有效地抑制了肿瘤的生长。 总体而言，基于PVP-MPDA@R837纳米平台的光热疗法和免疫疗法的结合在治疗黑色素瘤方面具有巨大的潜力。
1.5K20发布于 2021-02-04 - 来自专栏单细胞天地
scRNA-seq揭示胰腺导管腺癌的瘤内异质性和恶性进展
总 · 览 胰腺导管腺癌（PDAC）是最常见的胰腺癌类型，具有明显的肿瘤内异质性和不良预后的特点。 总之，该研究结果为破译PDAC中的肿瘤内异质性提供了宝贵的资源。 ? 样本 24个原发性PDAC肿瘤病人样本及11个对照胰腺样本（3例非胰腺肿瘤患者和8例非恶性胰腺肿瘤患者样本） 建库及测序 10x Genomics 3’单细胞转录组测序试剂盒(V2 chemistry 具有高丰度增殖性导管标志物的PDAC患者中T细胞失活 作者使用TCGA数据分析了PDAC基质内的T细胞活化状态，观察到增殖性导管标志物表达量高时T细胞标志物表达量低。 总结 PDAC的特征在于高度的肿瘤内异质性，这是有效治疗PDAC的主要障碍。因此，非常需要探索肿瘤内异质性和对PDAC预后改善至关重要的潜在机制。
1.5K31发布于 2020-03-30 - 来自专栏科研菌
看腻的纯生信？这篇基于生信的湿实验换个口味
cancer progression via upregulation of the Notch1 signaling pathway”，作者利用GEPIA数据库分析、transwell检测、CCK8试剂盒检测 、以及免疫组化等多种方法，配合rescue实验，清晰地证明了G9a过表达上调Notch1进而导致黑色素瘤病情加重，同时验证了G9a抑制剂作为黑色素瘤患者治疗方案的可行性。 图4.G-H：利用CCK8试剂盒检测UNC0642处理的M14和A375细胞的增殖水平，两图结果显示UNC0642可以明显抑制SKCM细胞的增殖 ? 最后，作者在图7.I、J中进行了in vivo水平的实验，对裸鼠进行A375细胞的皮下注射，一周后开始每隔一天对实验组注射一次UNC0642，共注射10天后测量肿瘤体积，发现注射了UNC0642的小鼠的肿瘤体积比对照组更小 ，证明了G9a通过激活Notch1通路促进黑色素瘤的癌症进展，进而说明针对G9a靶点的抑制剂UNC0642可以作为黑色素瘤患者的潜在治疗方案。
1.5K40发布于 2020-07-28 - 来自专栏纳米药物前沿
姜新义Nat Nanotechnol：免疫刺激水凝胶抑制恶性胶质瘤术后复发
免疫疗法已彻底改变了许多原发性癌症的治疗策略，但并未改善多形性胶质母细胞瘤（GBM）的疗效，其仍是最具致死性的恶性脑肿瘤之一。 在此，山东大学药学院姜新义教授开发了一种可注射的水凝胶系统，该系统可在GBM手术切除后刺激肿瘤免疫，从而减轻其复发。 由于神经胶质瘤的浸润性质及其与正常组织的接近性，即使在显微镜下进行手术切除也无法完全清除脑实质中弥散的肿瘤细胞。显微镜下的赘生性外围组织通常被遗忘，导致肿瘤的复发。 腔内给药提供了一种便捷有效的治疗方法，可以与临床外科手术无缝整合，而无需进行其他手术。 本文报道的腔注射水凝胶系统在体内具有出色的可降解性，并具有持续的药物释放特性，可显著减轻肿瘤复发并延长术后颅内肿瘤小鼠的生存期。
1.2K30发布于 2021-02-04 - 来自专栏最新医学影像技术
BraTS2023-MEN——BraTS2023颅内脑膜瘤分割挑战赛
一、BraTS2023-MEN介绍 脑膜瘤是成人最常见的原发性颅内肿瘤，可导致患者显着的发病率和死亡率。 此外，与其他颅内肿瘤不同，脑膜瘤通常仅通过影像学诊断，这增加了 MRI 对治疗计划的重要性。 脑肿瘤分割 (BraTS) 2023 脑膜瘤挑战赛的目的是开发一种针对颅内脑膜瘤的自动多室脑 MRI 分割算法。该算法如果成功，将为客观评估肿瘤体积以制定手术和放疗计划提供重要工具。 此外，该算法将为未来的研究提供一个起点，重点是仅根据 MRI 结果确定脑膜瘤分级、评估侵袭性和预测复发风险。 二、BraTS2023-MEN任务 颅内脑膜瘤的多室分割。 包含任何放射学或病理学上与脑膜瘤不相符的颅内肿瘤的 MRI 研究被排除在外。
1.3K10编辑于 2023-11-24 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | Nature | 更新一下关于 2 型免疫的认知
相反，缺乏IL-5的小鼠在接受静脉注射黑色素瘤细胞后表现出肺部转移增加，并伴有嗜酸性粒细胞数量减少。 IL-13在预防癌症中的作用也得到了表征。 在一项研究中，PD1抑制上调了ILC2s产生的TNF，直接抑制了静脉注射B16F10黑色素瘤细胞的转移。 因此，DRD1缺乏通过ILC2介导的嗜酸性粒细胞积累和CD8 CTLs的激活限制了黑色素瘤的生长。 值得注意的是，与野生型对照小鼠相比，将黑色素瘤细胞静脉注射到缺乏嗜酸性粒细胞的ΔdblGATA小鼠体内时，观察到其肺部定植能力增强。 此外，在黑色素瘤患者中发现了白细胞介素33（IL33）表达和嗜酸性粒细胞标志物SIGLEC8与总体生存率之间的正相关关系。
1.1K00编辑于 2025-02-03 AbMole丨Oxidopamine：经典神经毒素及其在帕金森病研究中的应用
在科研应用中，6-OHDA常通过颅内注射（如大鼠纹状体或黑质部位）建立帕金森病动物模型。 例如，单侧纹状体注射6-OHDA可导致黑质多巴胺能神经元退化，并伴随运动行为异常[3]，这种模型被用于研究神经保护策略的潜在效果。 此外，6-OHDA（6-OHDA，6-Hydroxydopamine，AbMole，M7832）hydrochloride还被用于模拟非运动症状（如焦虑和呼吸异常），例如大鼠模型中发现6-OHDA注射可降低延髓后疑核区 在细胞模型中，6-OHDA常用于构建细胞损伤模型，例如Oxidopamine hydrochloride（6-羟基多巴胺盐酸盐）可用于人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系或大鼠嗜铬细胞瘤PC-12细胞系，
23110编辑于 2025-12-25- 来自专栏纳米药物前沿
山东大学姜新义教授和威斯康辛大学胡全银教授团队在Sci Transl Med上发表CAR-巨噬细胞在体编辑新策略
近日，山东大学药学院姜新义教授团队与美国威斯康辛大学-麦迪逊分校药学院胡全银教授团队、山东大学齐鲁医院等多家单位合作构建了一种可注射的基因纳米载体-水凝胶超结构递药系统，并成功应用于恶性脑胶质瘤动物模型的术后免疫治疗 多形性胶质母细胞瘤（GBM）是恶性程度最高的中枢神经系统肿瘤。 外科手术切除是GBM病人临床治疗最基础的干预手段，手术所致物理创伤会在术后瘤腔周围“局部”加剧炎症因子释放，使得在术后瘤腔“局部”富集大量小胶质/巨噬细胞。 我们利用课题组开发的可注射水凝胶“药物贮库”系统，在GBM术后瘤腔内以“填充形式”共递送MΦ靶向编辑纳米载体（pCAR-NPs）和CD47抗体，对术后瘤腔周围“局部”MΦ进行原位编辑，在瘤腔周围生成可靶向清除 同时，在瘤腔“一次性”给予水凝胶共载药贮库，通过水凝胶系统的缓释作用可实现术后瘤腔周围残余脑肿瘤干细胞的持久抑制；（3）利用水凝胶在术后瘤腔内共递送CD47抗体，避免了CD47抗体临床试验中系统给药对红细胞的副作用
1.3K40编辑于 2022-08-15 - 来自专栏生物信息云
医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
作者发现，在人黑色素瘤中，SDC的丰度与细胞因子FLT3LG基因的瘤内表达有关。FLT3LG主要由淋巴细胞产生，尤其是小鼠和人类肿瘤中的自然杀伤(NK)细胞。 作者进一步证明，人黑色素瘤中的SDC与肿瘤内NK细胞的水平有关，并且这两种固有免疫细胞类型与抗PD-1免疫治疗的反应性相关。 1、人黑色素瘤中BDCA-3+ SDC水平与整体存活率的提高相关。 我们之前的工作发现了8个基因的“SDC标签”，它来源于SDC与小鼠肿瘤内所有其他髓系群体的直接比较(图1A)。 Flt3l-纯合报告小鼠注射异常的B16F10肿瘤，在肿瘤移植后2周，TFP作为Flt3l表达的读数，仅在淋巴细胞内检测到(Fig. 2b,c)。 对缺乏T细胞和NK细胞的IL2RG-/-小鼠(补充图5a)注射异常的B16F10黑色素瘤，分析肿瘤中髓系细胞和淋巴系细胞的水平。
93630发布于 2019-08-07
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