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多区域测序分析肺腺癌的瘤内异质性
导语 GUIDE ╲ 瘤内异质性（intratumor heterogeneity，ITH）是指同一恶性肿瘤在同一患者的不同肿瘤部位的细胞之间，在基因型和表型上存在差异。 有7病例的非主干突变比主干突变的APOBEC突变特征富集更明显，但只对病例330有统计学意义（Fig. 3D）。 7.ABSOLUTE算法评估ITH 我们观察到每个肿瘤区域的体细胞突变的等位基因频率都有很大的变化 （Fig. S4A）。 使用ABSOLUTE算法评估每个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，至少29（共48）个肿瘤区域存在区域内亚克隆细胞群。 ABSOLUTE算法评估48个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，发现存在区域内亚克隆细胞群，且患者的克隆和亚克隆突变分布存在差异。
80621编辑于 2022-03-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序在肿瘤研究中的新进展，文献集锦
肿瘤是指机体在各种致瘤因子作用下，局部组织细胞增生所形成的赘生物，肿瘤细胞会出现不同于正常细胞的代谢变化，并形成不同的谱系，导致肿瘤内异质性。 作者在研究中使用细针抽吸(FNAs)在原发皮肤B细胞淋巴瘤(pCBCL)中注射和对非注射病变的临床、组织学、单细胞转录组和免疫库水平进行了研究。 13名患者接受病灶内T-VEC治疗，其中11名患者在病灶注射处显示肿瘤反应。作者利用FNAs的单细胞测序，在恶性肿瘤人群中分离并鉴定出三种pCBCL亚型。 注射后24小时，检测到HSV-1T-VEC转录体存在于注射病灶的恶性和非恶性细胞中，但在非注射病灶中没有检测到。溶瘤病毒疗法能迅速消灭恶性细胞。 在这里，作者应用单细胞RNA测序分析室管膜瘤的分子群和解剖位置，以调查其瘤内异质性和发育起源。室管膜瘤是由未分化的细胞群组成的细胞层次结构，这些细胞向三种神经-胶质命运谱系分化受损。
1.5K20编辑于 2022-09-21 缺氧协调胶质母细胞瘤内髓系细胞的空间分布
髓系细胞在胶质母细胞瘤(GBM)中非常普遍，存在于表型和激活状态的频谱中。现在对影响GBM中不同髓系细胞群定位和功能的肿瘤微环境(TME)决定因素的了解有限。 结果7、通过IMC在GBM中鉴定的髓系群体与通过单细胞RNA测序确定的髓系群体一致 验证髓系细胞在GBM TME中定位的环境驱动因素。 为了了解髓系细胞定位的潜在驱动因素，将髓系细胞群的丰度与每个SPOT内生物过程的基因特征联系起来。 特定细胞因子信号通路的基因特征也与spot内髓系细胞丰度相关。对趋化因子基因重复这一分析表明，髓系细胞的特定亚群的定位也由不同的趋化因子组控制。 评估这些环境在TME内的分布发现，它们组织成跨越几个相互连接的spot的更大区域，因此spot之间的连接比例由相同环境的spot之间的连接所主导。
33400编辑于 2024-05-24纳米快递员已上线! LNP 精准投递_MedChemExpress(MCE 中国)
(目标器官肝脏/脾脏)-效果和专业包封设备等效 (Balb/c 小鼠，静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 肌肉注射 -实现注射部位、肝脏、脾脏等部位高效递送 (Balb/c 小鼠，肌肉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 腹腔注射-实现注射部位 OptiLNP RNA Transfection Reagent (Local Effect)• 瘤内注射-实现 RNA 在肿瘤组织的高效表达 (Balb/c 小鼠，瘤内注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.35 mpk (7 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 肌肉注射-长链 mRNA 和短链 siRNA 均可实现在注射部位的高效表达HY-K2024 In vivo OptiLNP RNA Transfection Reagent (Liver-targeted)• 静脉注射-实现肝脏靶向递送，靶向率高于 90% (Balb/c 小鼠，尾静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物
72710编辑于 2025-06-25- 来自专栏生信宝典
癌中之王：基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell
肿瘤腺体分型提供了更为详细的肿瘤内异质性分型，且该分型与基质丰度和临床结果的差异有关。这证明了基质通过改变人PDAC中肿瘤腺体的固有模式来改变肿瘤结构的影响。 条件培养基（CAF-CM）（其实就是CAF分泌的因子）对不同的PDAC细胞系的PRO和EMT表型的影响;作者发现在三种不同的CAF-CM中均发现了相对较高的PRO和EMT表型的细胞，并且作者在免疫缺陷小鼠中注射入不同比例
2.1K20发布于 2019-06-17 - 来自专栏DrugOne
Nat. Commun. | 病毒3C蛋白酶mRNA疗法实现多癌种广谱治疗
研究内容 研究团队创新性地将编码病毒3C蛋白酶的mRNA装载进脂质纳米颗粒 (3C-LNPs)，通过多种给药途径（颅内、皮下和静脉注射）在多种实体瘤模型中展开研究，包括胶质母细胞瘤、乳腺癌和肝细胞癌模型 在胶质母细胞瘤模型中，与对照组相比，接受 3C-LNPs 治疗的小鼠肿瘤生长显著受到抑制，生存率得到显著提高（图1）；在乳腺癌模型中，皮下注射 3C-LNPs 可减少肿瘤体积，抑制肿瘤血管生成（图2）； 而在肝细胞癌模型中，静脉注射 3C-LNPs 不仅抑制了肿瘤生长和血管生成，还延长了小鼠的生存时间（图3）。 同时，研究采取多种体内模型证实，将3C-LNP以上述多种给药途径注射入正常小鼠体内具有良好的安全性。 颅内原位给药、皮下给药以及尾静脉给药三种给药途径在不同的小鼠肿瘤模型中均显示出较高的体内疗效。
37710编辑于 2025-05-17 - 来自专栏纳米药物前沿
【汇总】上海药物所李亚平老师在肿瘤免疫治疗领域的研究成果
到达肿瘤后，抗体纳米粒在肿瘤微环境基质金属蛋白酶作用下特异性切除聚乙二醇外壳，实现αPD-L1的瘤内缓慢释放。 在808 纳米波长近红外光照射下，ICG光敏剂可发挥光动力效应，生成活性氧诱导肿瘤部位炎症反应，提高肿瘤免疫原性，促进细胞毒性T淋巴细胞瘤内浸润。 2. 同时利用渗透性多肽制备温敏水凝胶，包载载药肿瘤细胞，从而制备成个性化肿瘤疫苗PVAX，PVAX可在肿瘤手术切除的创口注射给药。 奥沙利铂可刺激肿瘤细胞发生免疫性细胞死亡，提高肿瘤组织免疫原性，诱导机体对肿瘤细胞的特异性免疫反应，增加肿瘤组织内CTL的浸润，促使“冷瘤”转变为“热瘤”。 7. Advanced Materials：鸡尾酒递药策略助力乳腺癌治疗 ?
1K20发布于 2021-02-04 - 来自专栏纳米药物前沿
姜新义Nat Nanotechnol：免疫刺激水凝胶抑制恶性胶质瘤术后复发
免疫疗法已彻底改变了许多原发性癌症的治疗策略，但并未改善多形性胶质母细胞瘤（GBM）的疗效，其仍是最具致死性的恶性脑肿瘤之一。 在此，山东大学药学院姜新义教授开发了一种可注射的水凝胶系统，该系统可在GBM手术切除后刺激肿瘤免疫，从而减轻其复发。 腔内给药提供了一种便捷有效的治疗方法，可以与临床外科手术无缝整合，而无需进行其他手术。 本文报道的腔注射水凝胶系统在体内具有出色的可降解性，并具有持续的药物释放特性，可显著减轻肿瘤复发并延长术后颅内肿瘤小鼠的生存期。 原文链接： https://doi.org/10.1038/s41565-020-00843-7
1.2K30发布于 2021-02-04 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭露小细胞肺癌化疗后瘤内异质性
tumor cell ,CTC），以此构建CDX模型 (CTC-derived xenograft, CDX)，然后通过对患者CTC，以及化疗耐药和化疗敏感患者CDX模型进行单细胞测序，以阐释SCLC瘤内异质性 The total numbers of cells in each model after filtering were as follows: MDA-SC4s: 8,998; MDA-SC16r: 7,173 genes) Elbowplot选dims 降维-RUNTSNE(default perplexity value of 30) 数据分析思路 1 CDX数据样本聚类及常见肿瘤相关marker展示 同一样本内肿瘤 marker表达不一致如MDA-SC49r里MYC、EMTscores表达不一致，体现了瘤内异质性的存在。
2.3K41发布于 2020-04-27 AbMole丨Oxidopamine：经典神经毒素及其在帕金森病研究中的应用
.：28094-15-7）的作用机制主要涉及氧化应激和线粒体功能损伤：6-OHDA通过多巴胺转运体（DAT）进入神经元后，发生非酶促自氧化，产生活性氧（ROS），导致线粒体呼吸链功能障碍，进而引发神经元损伤和死亡 在科研应用中，6-OHDA常通过颅内注射（如大鼠纹状体或黑质部位）建立帕金森病动物模型。 例如，单侧纹状体注射6-OHDA可导致黑质多巴胺能神经元退化，并伴随运动行为异常[3]，这种模型被用于研究神经保护策略的潜在效果。 此外，6-OHDA（6-OHDA，6-Hydroxydopamine，AbMole，M7832）hydrochloride还被用于模拟非运动症状（如焦虑和呼吸异常），例如大鼠模型中发现6-OHDA注射可降低延髓后疑核区 在细胞模型中，6-OHDA常用于构建细胞损伤模型，例如Oxidopamine hydrochloride（6-羟基多巴胺盐酸盐）可用于人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系或大鼠嗜铬细胞瘤PC-12细胞系，
23110编辑于 2025-12-25- 来自专栏生信技能树
转录组讲师带你读文献(6)-多发性骨髓瘤微环境
，CD19+，CD45+，CD56-/CD38++，CD19-，CD45-/+，CD56+/-是用于区分良恶性浆细胞的主要免疫分子表型 参考：https://wenku.baidu.com/view/7e7e1fad4b7302768e9951e79b89680202d86b78 使用可移植骨髓瘤细胞系测试抗骨髓瘤药物的疗效：注射the Vk*MYC-derived MM cell line, Vk12653 MM到wild-type (WT), Il1r-/-, and Il18 为了评估NLRP3和接头蛋白ASC的参与，我们使用hVk12653 MM 细胞注射到WT, Nlrp3-/-, and Asc-/-小鼠中。 为此，我们利用我们的全转录组分析MM的微环境,在MM患者BM内确定了308个基因与IL18基因表达密切相关(相关系数> 0.70,p < 10e-8 )，如下图： GSEA分析结果显示（Reactome 如下相关性热图： 7 高水平的BM血浆IL-18预测MM患者预后不良 根据IL-18的表达水平的中值，将病人分为高低组，发现高表达水平组生存时间更短。
1.3K20发布于 2021-05-27 - 来自专栏纳米药物前沿
蔡开勇Biomaterials：咪喹莫特介孔多巴胺纳米载体介导的淋巴结靶向免疫激活
因此，如何将其作用半径限制在淋巴组织内，对于提高其疗效同时减轻副作用具有重要意义。重庆大学生物工程学院蔡开勇教授团队将TLR7激动剂咪喹莫特(R837)高效负载到介孔多巴胺(MPDA)纳米载体中。 基于MPDA的光热效应诱导的肿瘤凋亡释放内源性抗原进一步增强了这种作用，从而导致皮下B16黑色素瘤的生长受到抑制。 皮下注射途径促进所设计的PVP-MPDA@R837引流至近端淋巴结，从而诱导免疫激活。前哨淋巴结和脾细胞中淋巴细胞的DC成熟和CD8+T细胞反应分别证实了这一点。 在B16黑色素瘤模型中，通过热消融肿瘤细胞凋亡和细胞毒性T淋巴细胞的产生，有效地抑制了肿瘤的生长。 总体而言，基于PVP-MPDA@R837纳米平台的光热疗法和免疫疗法的结合在治疗黑色素瘤方面具有巨大的潜力。
1.5K20发布于 2021-02-04 简报 | ADC迎来总生存兑现，AI制药闯入III期，细胞疗法开始赚钱
Ris-Rez 由全人源抗 B7-H3 单抗与拓扑异构酶抑制剂 payload 偶联而成。B7-H3 在多种实体瘤中高表达，但正常组织表达相对有限，因此成为近年来 ADC 研发的热门靶点。 02 FDA 批准可穿戴注射器版 Sarclisa：生物药竞争从分子疗效延伸到给药流程 FDA 7 月 10 日批准 Sanofi 的皮下制剂 Sarclisa Escena，isatuximab-irfc ，可通过 CirCLIQ 可穿戴式注射器给药，适用范围覆盖 Sarclisa 静脉制剂当前在多发性骨髓瘤中的全部美国获批适应症。 04 Nature Medicine：LAG-3 联合 PD-1 在复发胶质母细胞瘤中出现免疫学信号 Nature Medicine 7 月 10 日发表一项多中心、开放标签 I 期研究，评估抗 LAG 术前新辅助给药后，两组肿瘤内 CD8⁺ T 细胞浸润均有所增加。探索性分析提示，基线干扰素信号较高、T 细胞克隆性较强的肿瘤，可能更容易从联合治疗中获得持久获益。
15910编辑于 2026-07-13- 来自专栏科研菌
看腻的纯生信？这篇基于生信的湿实验换个口味
，同时验证了G9a抑制剂作为黑色素瘤患者治疗方案的可行性。 图6.CCK8检测和transwell实验结果（si-G9a处理） 6、UNC0642经由Notch1介导细胞凋亡 图7.A-B：作者利用流式细胞术分析观察到UNC0642处理的细胞出现凋亡比率增加，而 图7.E-H：将UNC0642处理更换为用siRNA敲除G9a重复上述的流式细胞术和WB检测，得到相同的结论，共同证明了UNC0642是通过抑制G9a，间接下调了Notch1，最终介导了SKCM细胞凋亡 最后，作者在图7.I、J中进行了in vivo水平的实验，对裸鼠进行A375细胞的皮下注射，一周后开始每隔一天对实验组注射一次UNC0642，共注射10天后测量肿瘤体积，发现注射了UNC0642的小鼠的肿瘤体积比对照组更小 SKCM细胞注射的动物实验验证，证明了G9a通过激活Notch1通路促进黑色素瘤的癌症进展，进而说明针对G9a靶点的抑制剂UNC0642可以作为黑色素瘤患者的潜在治疗方案。
1.5K40发布于 2020-07-28 - 来自专栏最新医学影像技术
BraTS2023-MEN——BraTS2023颅内脑膜瘤分割挑战赛
一、BraTS2023-MEN介绍 脑膜瘤是成人最常见的原发性颅内肿瘤，可导致患者显着的发病率和死亡率。 此外，与其他颅内肿瘤不同，脑膜瘤通常仅通过影像学诊断，这增加了 MRI 对治疗计划的重要性。 此外，该算法将为未来的研究提供一个起点，重点是仅根据 MRI 结果确定脑膜瘤分级、评估侵袭性和预测复发风险。 二、BraTS2023-MEN任务 颅内脑膜瘤的多室分割。 包含任何放射学或病理学上与脑膜瘤不相符的颅内肿瘤的 MRI 研究被排除在外。 7、测试集分割结果 如果大家觉得这个项目还不错，希望大家给个Star并Fork，可以让更多的人学习。如果有任何问题，随时给我留言我会及时回复的。
1.3K10编辑于 2023-11-24 - 来自专栏单细胞天地
scRNA-seq揭示胰腺导管腺癌的瘤内异质性和恶性进展
总 · 览 胰腺导管腺癌（PDAC）是最常见的胰腺癌类型，具有明显的肿瘤内异质性和不良预后的特点。 总之，该研究结果为破译PDAC中的肿瘤内异质性提供了宝贵的资源。 ? 恶性导管细胞中的不同亚群 基于t-SNE分析，作者将2型导管细胞进一步分成7个亚群。作者发现亚群3是在PDAC患者中共有。 此外，作者还注意到第7组细胞在导管2恶性细胞中的比例较低。由于发现增殖是PDAC的主要特征，作者对每个亚组进行功能富集分析，发现第7组的独特功能与细胞周期和细胞增殖有关。 ? 总结 PDAC的特征在于高度的肿瘤内异质性，这是有效治疗PDAC的主要障碍。因此，非常需要探索肿瘤内异质性和对PDAC预后改善至关重要的潜在机制。
1.5K31发布于 2020-03-30 - 来自专栏生命科学
Science & Nature 双开花：改善过继性免疫细胞疗法的新手段 - MedChemExpress
临床结果表明，ACT 疗法在血液瘤已经表现出优秀的成绩[2]；但实体瘤异质性大，很少只表达一种肿瘤特异性抗原[7]，并且瘤内免疫抑制检查点的信号的限制，ACT 疗法在实体瘤治疗中的使用还是有很大局限。 在该模型中，注射野生型 IL-2 和 orthoIL-2 突变体后，IFNγ+ T 细胞均会增多，细胞杀伤力增强。 此外，在黑色素瘤的动物模型中，过继转移 orthoIL-2Rβ Pmel-1 改造的 T 细胞和注射 orthoIL-2 突变体的小鼠肿瘤生长速度更慢，生存情况也得到了改善 (Fig. 3c-d)。 此外，MSA-IL-2的毒性作用在注射后 5 天后就可以观察到，而 MSA-oIL-2 没有明显毒性作用，荷瘤鼠存活率明显升高。 (Fig. 7b)。
67620编辑于 2022-12-28 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | Nature | 更新一下关于 2 型免疫的认知
相反，缺乏IL-5的小鼠在接受静脉注射黑色素瘤细胞后表现出肺部转移增加，并伴有嗜酸性粒细胞数量减少。 IL-13在预防癌症中的作用也得到了表征。 在对轻微局部刺激或暴露于如12-O-十四烷酰佛波醇-13-乙酸酯或致癌物如7,12-二甲基苯[a]蒽等化学物质的反应中，上皮内淋巴细胞（IELs）通过产生IL-13与上皮细胞进行通讯。 Para_05 ILC2s 已被确认通过产生 IL-5 来抑制静脉注射的 B16F10 小鼠黑色素瘤细胞的肺转移扩散。这与嗜酸性粒细胞的募集和激活有关。 在一项研究中，PD1抑制上调了ILC2s产生的TNF，直接抑制了静脉注射B16F10黑色素瘤细胞的转移。 值得注意的是，与野生型对照小鼠相比，将黑色素瘤细胞静脉注射到缺乏嗜酸性粒细胞的ΔdblGATA小鼠体内时，观察到其肺部定植能力增强。
1.1K00编辑于 2025-02-03 - 来自专栏最新医学影像技术
SMILE-UHURA Challenge 2023——超高分辨率 7T 磁共振血管造影血管分割
一、SMILE-UHURA Challenge 2023介绍 颅内动脉瘤、动静脉畸形和缺血性卒中的诊断和治疗通常依赖于脑血管系统的高分辨率 3D 图像。 随着 7T MRI 系统的进步，可以达到更高的空间图像分辨率，从而可以在大脑中可视化此类血管。 通过结合自动预分割和大量手动调整，生成了使用 7T MRI 获取的飞行时间 （ToF） 血管造影的注释数据集。 数据集 该数据由具有 16 位表示的 NIfTI 卷组成，图像分辨率为 0.227x0.227x0.227mm，由介入神经放射科医生使用 GE INNOVA 3D（通用电气公司，美国马萨诸塞州波士顿）从颅内动脉瘤患者中获取 这些图像捕获了患者的大部分头部;通过在图像采集过程中进行的不透射线的造影剂注射，相关的血管结构变得可见，并且颅骨也存在（未对图像应用减法方案）。
63310编辑于 2024-04-02 - 来自专栏纳米药物前沿
山东大学姜新义教授和威斯康辛大学胡全银教授团队在Sci Transl Med上发表CAR-巨噬细胞在体编辑新策略
近日，山东大学药学院姜新义教授团队与美国威斯康辛大学-麦迪逊分校药学院胡全银教授团队、山东大学齐鲁医院等多家单位合作构建了一种可注射的基因纳米载体-水凝胶超结构递药系统，并成功应用于恶性脑胶质瘤动物模型的术后免疫治疗 多形性胶质母细胞瘤（GBM）是恶性程度最高的中枢神经系统肿瘤。 外科手术切除是GBM病人临床治疗最基础的干预手段，手术所致物理创伤会在术后瘤腔周围“局部”加剧炎症因子释放，使得在术后瘤腔“局部”富集大量小胶质/巨噬细胞。 我们利用课题组开发的可注射水凝胶“药物贮库”系统，在GBM术后瘤腔内以“填充形式”共递送MΦ靶向编辑纳米载体（pCAR-NPs）和CD47抗体，对术后瘤腔周围“局部”MΦ进行原位编辑，在瘤腔周围生成可靶向清除 同时，在瘤腔“一次性”给予水凝胶共载药贮库，通过水凝胶系统的缓释作用可实现术后瘤腔周围残余脑肿瘤干细胞的持久抑制；（3）利用水凝胶在术后瘤腔内共递送CD47抗体，避免了CD47抗体临床试验中系统给药对红细胞的副作用
1.3K40编辑于 2022-08-15
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