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多区域测序分析肺腺癌的瘤内异质性
导语 GUIDE ╲ 瘤内异质性（intratumor heterogeneity，ITH）是指同一恶性肿瘤在同一患者的不同肿瘤部位的细胞之间，在基因型和表型上存在差异。 4.中位随访 术后中位随访21个月，3例患者病情复发。 S4A）。使用ABSOLUTE算法评估每个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，至少29（共48）个肿瘤区域存在区域内亚克隆细胞群。 在同一肿瘤的不同采样区域，部分患者的克隆和亚克隆突变分布存在差异 （Fig.S4B），这表明，单次活检分析不足以完全解释这些肿瘤中的ITH。 ABSOLUTE算法评估48个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，发现存在区域内亚克隆细胞群，且患者的克隆和亚克隆突变分布存在差异。
83221编辑于 2022-03-29 缺氧协调胶质母细胞瘤内髓系细胞的空间分布
髓系细胞在胶质母细胞瘤(GBM)中非常普遍，存在于表型和激活状态的频谱中。现在对影响GBM中不同髓系细胞群定位和功能的肿瘤微环境(TME)决定因素的了解有限。 结果4、小胶质细胞和巨噬细胞在GBM中表现出保守的区隔化模式 在肿瘤的同一区域内存在多个不同的髓细胞群。 为了了解髓系细胞定位的潜在驱动因素，将髓系细胞群的丰度与每个SPOT内生物过程的基因特征联系起来。 特定细胞因子信号通路的基因特征也与spot内髓系细胞丰度相关。对趋化因子基因重复这一分析表明，髓系细胞的特定亚群的定位也由不同的趋化因子组控制。 对缺氧反应的髓系细胞群(TAM-Mac- supp和Mono)与CXCL8、CXCL2、CCL20和CXCL3相关，而TAM-Mg和TAM-Mac群体与CCL4、CCL4、CCL3L1和CCL4L2
36300编辑于 2024-05-24- 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序在肿瘤研究中的新进展，文献集锦
肿瘤是指机体在各种致瘤因子作用下，局部组织细胞增生所形成的赘生物，肿瘤细胞会出现不同于正常细胞的代谢变化，并形成不同的谱系，导致肿瘤内异质性。 作者在研究中使用细针抽吸(FNAs)在原发皮肤B细胞淋巴瘤(pCBCL)中注射和对非注射病变的临床、组织学、单细胞转录组和免疫库水平进行了研究。 13名患者接受病灶内T-VEC治疗，其中11名患者在病灶注射处显示肿瘤反应。作者利用FNAs的单细胞测序，在恶性肿瘤人群中分离并鉴定出三种pCBCL亚型。 注射后24小时，检测到HSV-1T-VEC转录体存在于注射病灶的恶性和非恶性细胞中，但在非注射病灶中没有检测到。溶瘤病毒疗法能迅速消灭恶性细胞。 在这里，作者应用单细胞RNA测序分析室管膜瘤的分子群和解剖位置，以调查其瘤内异质性和发育起源。室管膜瘤是由未分化的细胞群组成的细胞层次结构，这些细胞向三种神经-胶质命运谱系分化受损。
1.5K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏DrugOne
Nat. Commun. | 病毒3C蛋白酶mRNA疗法实现多癌种广谱治疗
研究内容 研究团队创新性地将编码病毒3C蛋白酶的mRNA装载进脂质纳米颗粒 (3C-LNPs)，通过多种给药途径（颅内、皮下和静脉注射）在多种实体瘤模型中展开研究，包括胶质母细胞瘤、乳腺癌和肝细胞癌模型 在胶质母细胞瘤模型中，与对照组相比，接受 3C-LNPs 治疗的小鼠肿瘤生长显著受到抑制，生存率得到显著提高（图1）；在乳腺癌模型中，皮下注射 3C-LNPs 可减少肿瘤体积，抑制肿瘤血管生成（图2）； 3C-LNPs的抗肿瘤效果是不依赖免疫系统（图4）。 图4 3C-LNPs的抗肿瘤活性不依赖于肿瘤免疫反应[1] 通过质谱分析和切割位点预测实验，研究人员发现异质性核糖核蛋白 A1 (hnRNP A1) 是 3C 蛋白酶的主要降解靶点。 颅内原位给药、皮下给药以及尾静脉给药三种给药途径在不同的小鼠肿瘤模型中均显示出较高的体内疗效。
42010编辑于 2025-05-17 - 来自专栏生信宝典
癌中之王：基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell
肿瘤腺体分型提供了更为详细的肿瘤内异质性分型，且该分型与基质丰度和临床结果的差异有关。这证明了基质通过改变人PDAC中肿瘤腺体的固有模式来改变肿瘤结构的影响。 条件培养基（CAF-CM）（其实就是CAF分泌的因子）对不同的PDAC细胞系的PRO和EMT表型的影响;作者发现在三种不同的CAF-CM中均发现了相对较高的PRO和EMT表型的细胞，并且作者在免疫缺陷小鼠中注射入不同比例 PDAC-3和CAF细胞组成的胰腺原位肿瘤，并使用体内荧光素酶成像进行体内观察，发现10:90 PDAC：CAF肿瘤中原发肿瘤生长明显更快（4周时与对照组相比大7.9 3），但在30:70 PDAC：CAF (4)CAF分泌的转化生长因子b（TGF-β）驱动PDAC细胞系中的DP表型;作者对无血清CAF-CM和无血清PDAC-CM进行了质谱分析并比较了CAF和PDAC分泌蛋白组学，发现TGF-β1是PDAC
2.2K20发布于 2019-06-17 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭露小细胞肺癌化疗后瘤内异质性
tumor cell ,CTC），以此构建CDX模型 (CTC-derived xenograft, CDX)，然后通过对患者CTC，以及化疗耐药和化疗敏感患者CDX模型进行单细胞测序，以阐释SCLC瘤内异质性 样本处理 1 样本选择 化疗敏感性 MDA-SC39, MDA-SC68 , HCI-008, MDA-SC4化疗敏感； MDA-SC16,MDA-SC49,MDA-SC55,MDA-SC75化疗不敏感 一共构建了8个CDX模型 其中MDA-SC4、MDA-SC68 又构建了CDX耐药模型 ? genes) Elbowplot选dims 降维-RUNTSNE(default perplexity value of 30) 数据分析思路 1 CDX数据样本聚类及常见肿瘤相关marker展示 同一样本内肿瘤 marker表达不一致如MDA-SC49r里MYC、EMTscores表达不一致，体现了瘤内异质性的存在。
2.3K41发布于 2020-04-27 - 来自专栏纳米药物前沿
【汇总】上海药物所李亚平老师在肿瘤免疫治疗领域的研究成果
到达肿瘤后，抗体纳米粒在肿瘤微环境基质金属蛋白酶作用下特异性切除聚乙二醇外壳，实现αPD-L1的瘤内缓慢释放。 在808 纳米波长近红外光照射下，ICG光敏剂可发挥光动力效应，生成活性氧诱导肿瘤部位炎症反应，提高肿瘤免疫原性，促进细胞毒性T淋巴细胞瘤内浸润。 2. 该课题从荷瘤小鼠的移植瘤中分离出单个肿瘤细胞，将免疫抑制调节分子JQ1（BRD4抑制剂）和光热分子ICG共装载到灭活肿瘤细胞中。 4. Advanced Materials：肿瘤微环境活化前药囊泡用于化学免疫治疗 ? 奥沙利铂可刺激肿瘤细胞发生免疫性细胞死亡，提高肿瘤组织免疫原性，诱导机体对肿瘤细胞的特异性免疫反应，增加肿瘤组织内CTL的浸润，促使“冷瘤”转变为“热瘤”。
1K20发布于 2021-02-04 纳米快递员已上线! LNP 精准投递_MedChemExpress(MCE 中国)
(目标器官肝脏/脾脏)-效果和专业包封设备等效 (Balb/c 小鼠，静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 肌肉注射 -实现注射部位、肝脏、脾脏等部位高效递送 (Balb/c 小鼠，肌肉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 腹腔注射-实现注射部位 OptiLNP RNA Transfection Reagent (Local Effect)• 瘤内注射-实现 RNA 在肿瘤组织的高效表达 (Balb/c 小鼠，瘤内注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.35 mpk (7 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 肌肉注射-长链 mRNA 和短链 siRNA 均可实现在注射部位的高效表达HY-K2024 In vivo OptiLNP RNA Transfection Reagent (Liver-targeted)• 静脉注射-实现肝脏靶向递送，靶向率高于 90% (Balb/c 小鼠，尾静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物
77010编辑于 2025-06-25AbMole丨Oxidopamine：经典神经毒素及其在帕金森病研究中的应用
在科研应用中，6-OHDA常通过颅内注射（如大鼠纹状体或黑质部位）建立帕金森病动物模型。 Phox2b表达，导致呼吸频率异常[4]。 在细胞模型中，6-OHDA常用于构建细胞损伤模型，例如Oxidopamine hydrochloride（6-羟基多巴胺盐酸盐）可用于人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系或大鼠嗜铬细胞瘤PC-12细胞系， 通过诱导氧化应激和凋亡来评估化合物的神经保护作用[4]。 Pharmacology, biochemistry, and behavior 2010, 96 (4), 423-428.[4] Batista, L. A.; Cabral, L.
24710编辑于 2025-12-25AbMole 抑制剂篇丨 Pevonedistat（MLN4924）：NEDD8 激活酶抑制剂，在蛋白质稳态研究中的应用
Neddylation 修饰通过激活 Cullin-RING E3 泛素连接酶（CRL）主导细胞内约两成蛋白质的泛素化降解，调控细胞周期、DNA 复制与氧化应激等核心进程。 或 60 mg/kg 每周两次静脉注射给药Pevonedistat，结果证实肿瘤生长被显著抑制，连续 3 周后肿瘤体积较对照组缩小约 70%，并且瘤组织内 cullin neddylation 修饰几乎完全消失并伴随 p21 等底物累积；Pevonedistat在HL-60 急性髓系白血病移植瘤模型中同样表现出显著敏感性。 动物模型：BALB/c 裸鼠 HCT-116 皮下异种移植瘤模型给药配制：静脉注射，溶于适宜溶媒给药剂量：30、60 mg/kg，每周 2 次静脉注射，连续 3 周给药方案：肿瘤体积约 100~200 Blood, 2010, 115(18): 3796-3800.[4] Milhollen M A, et al.
9010编辑于 2026-09-21- 来自专栏单细胞天地
scRNA-seq揭示胰腺导管腺癌的瘤内异质性和恶性进展
总 · 览 胰腺导管腺癌（PDAC）是最常见的胰腺癌类型，具有明显的肿瘤内异质性和不良预后的特点。 总之，该研究结果为破译PDAC中的肿瘤内异质性提供了宝贵的资源。 ? 相反，亚组1,2,4,5和6仅在一些患者中观察到，这反映了个体患者的肿瘤异质性。此外，作者还注意到第7组细胞在导管2恶性细胞中的比例较低。 相反，细胞群4中的患者显示出这些导管标记物的表达水平有限。 ? 总结 PDAC的特征在于高度的肿瘤内异质性，这是有效治疗PDAC的主要障碍。因此，非常需要探索肿瘤内异质性和对PDAC预后改善至关重要的潜在机制。
1.5K31发布于 2020-03-30 - 来自专栏云云众生s
平台工程4周内死亡
译自 Platform Engineering Dies in 4 Weeks，作者 Kaspar Von Grunberg 是平台工程的早期先驱。 在 4 周内使用 MVP 开始 通过使用快速移动的先锋团队构建一个代表性用例，您可以迅速向关键利益相关者证明 IDP 的价值。这还可以建立一个清晰的路线图，以便对平台进行迭代和扩展。 您可以将此 MVP 作为全面的 IDP 的基础，并通过基于真实用户反馈和用例构建它，您可以在几周内为您的组织和使用它的人提供价值，而不是几个月或几年。 准备好开始了吗？ 通过联系我们的平台架构师了解更多信息，在四周内开始构建您的 MVP。
32810编辑于 2024-03-28 - 来自专栏最新医学影像技术
BraTS2023-MEN——BraTS2023颅内脑膜瘤分割挑战赛
一、BraTS2023-MEN介绍 脑膜瘤是成人最常见的原发性颅内肿瘤，可导致患者显着的发病率和死亡率。 此外，与其他颅内肿瘤不同，脑膜瘤通常仅通过影像学诊断，这增加了 MRI 对治疗计划的重要性。 此外，该算法将为未来的研究提供一个起点，重点是仅根据 MRI 结果确定脑膜瘤分级、评估侵袭性和预测复发风险。 二、BraTS2023-MEN任务 颅内脑膜瘤的多室分割。 包含任何放射学或病理学上与脑膜瘤不相符的颅内肿瘤的 MRI 研究被排除在外。 4、搭建VNet3d网络，使用AdamW优化器，学习率是0.001，batchsize是3，epoch是200，损失函数采用多分类的dice和交叉熵。
1.3K10编辑于 2023-11-24 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | Nature | 更新一下关于 2 型免疫的认知
相反，将Il4r+/+成纤维细胞与分泌IL-4的浆细胞瘤J558L细胞共同注射，但不是Il4r−/−成纤维细胞，在Il4r−/−小鼠中有效地导致了肿瘤的排斥。 相反，缺乏IL-5的小鼠在接受静脉注射黑色素瘤细胞后表现出肺部转移增加，并伴有嗜酸性粒细胞数量减少。 IL-13在预防癌症中的作用也得到了表征。 Para_05 ILC2s 已被确认通过产生 IL-5 来抑制静脉注射的 B16F10 小鼠黑色素瘤细胞的肺转移扩散。这与嗜酸性粒细胞的募集和激活有关。 在一项研究中，PD1抑制上调了ILC2s产生的TNF，直接抑制了静脉注射B16F10黑色素瘤细胞的转移。 值得注意的是，与野生型对照小鼠相比，将黑色素瘤细胞静脉注射到缺乏嗜酸性粒细胞的ΔdblGATA小鼠体内时，观察到其肺部定植能力增强。
1.1K00编辑于 2025-02-03 - 来自专栏纳米药物前沿
姜新义Nat Nanotechnol：免疫刺激水凝胶抑制恶性胶质瘤术后复发
免疫疗法已彻底改变了许多原发性癌症的治疗策略，但并未改善多形性胶质母细胞瘤（GBM）的疗效，其仍是最具致死性的恶性脑肿瘤之一。 在此，山东大学药学院姜新义教授开发了一种可注射的水凝胶系统，该系统可在GBM手术切除后刺激肿瘤免疫，从而减轻其复发。 由于神经胶质瘤的浸润性质及其与正常组织的接近性，即使在显微镜下进行手术切除也无法完全清除脑实质中弥散的肿瘤细胞。显微镜下的赘生性外围组织通常被遗忘，导致肿瘤的复发。 腔内给药提供了一种便捷有效的治疗方法，可以与临床外科手术无缝整合，而无需进行其他手术。 本文报道的腔注射水凝胶系统在体内具有出色的可降解性，并具有持续的药物释放特性，可显著减轻肿瘤复发并延长术后颅内肿瘤小鼠的生存期。
1.2K30发布于 2021-02-04 - 来自专栏纳米药物前沿
山东大学姜新义教授和威斯康辛大学胡全银教授团队在Sci Transl Med上发表CAR-巨噬细胞在体编辑新策略
近日，山东大学药学院姜新义教授团队与美国威斯康辛大学-麦迪逊分校药学院胡全银教授团队、山东大学齐鲁医院等多家单位合作构建了一种可注射的基因纳米载体-水凝胶超结构递药系统，并成功应用于恶性脑胶质瘤动物模型的术后免疫治疗 多形性胶质母细胞瘤（GBM）是恶性程度最高的中枢神经系统肿瘤。 外科手术切除是GBM病人临床治疗最基础的干预手段，手术所致物理创伤会在术后瘤腔周围“局部”加剧炎症因子释放，使得在术后瘤腔“局部”富集大量小胶质/巨噬细胞。 我们利用课题组开发的可注射水凝胶“药物贮库”系统，在GBM术后瘤腔内以“填充形式”共递送MΦ靶向编辑纳米载体（pCAR-NPs）和CD47抗体，对术后瘤腔周围“局部”MΦ进行原位编辑，在瘤腔周围生成可靶向清除 同时，在瘤腔“一次性”给予水凝胶共载药贮库，通过水凝胶系统的缓释作用可实现术后瘤腔周围残余脑肿瘤干细胞的持久抑制；（3）利用水凝胶在术后瘤腔内共递送CD47抗体，避免了CD47抗体临床试验中系统给药对红细胞的副作用
1.4K40编辑于 2022-08-15 - 来自专栏生信技能树
转录组讲师带你读文献(6)-多发性骨髓瘤微环境
CD138（Syndecan-1）是syndecan（多聚体蛋白多糖）家族中的4个跨膜糖蛋白之一，能够结合硫酸乙酰肝素和硫酸软骨素分子。 使用可移植骨髓瘤细胞系测试抗骨髓瘤药物的疗效：注射the Vk*MYC-derived MM cell line, Vk12653 MM到wild-type (WT), Il1r-/-, and Il18 为了评估NLRP3和接头蛋白ASC的参与，我们使用hVk12653 MM 细胞注射到WT, Nlrp3-/-, and Asc-/-小鼠中。 我们将Vk12653 MM cells注射进缺乏三种NLRP1 (Nlrp1a-/-，Nlrp1b-/-，Nlrp1c-/-)异构体的小鼠。 为此，我们利用我们的全转录组分析MM的微环境,在MM患者BM内确定了308个基因与IL18基因表达密切相关(相关系数> 0.70,p < 10e-8 )，如下图： GSEA分析结果显示（Reactome
1.3K20发布于 2021-05-27 - 来自专栏DrugAI
Nat. Rev. Immunol. | 单抗五十年：抗体治疗的过去、现在与未来
与此同时，皮下注射等递送方式的创新，极大提升了患者的便利性与治疗获益。 1975年，研究人员首次提出了杂交瘤技术：通过将免疫小鼠的B细胞与骨髓瘤细胞融合，获得了能够无限增殖并持续分泌特定抗体的“杂交瘤细胞”。 更广谱的靶点（如CD19、CD22、BCMA）为淋巴瘤、白血病及多发性骨髓瘤患者提供了新的选择。 HER2靶向治疗 HER2过表达约占20%的乳腺癌病例，是推动抗体精准治疗的典范。 抗体给药的现状与未来趋势 当前，约63%的抗体药物通过静脉输注，25%通过皮下注射，少数通过眼内或肌肉注射。皮下注射因其便捷性而被越来越多地采用。 从杂交瘤到人源化，从单一IgG到ADC与双特异性，从静脉输注到皮下注射，每一次技术革新都显著提升了临床价值。 未来，随着人工智能、工程化设计与递送创新的加入，抗体治疗将继续突破边界，攻克更多复杂疾病。
47720编辑于 2026-01-06 - 来自专栏科研菌
看腻的纯生信？这篇基于生信的湿实验换个口味
图3.WB结合IHC验证G9a经由激活Notch1上调PI3K/AKT通路 4、G9a抑制剂UNC0642对Notch1的影响 图4.A：用不同浓度的UNC0642培养A375细胞株，并绘制了存活细胞数量随 图4.B-F：对加入了UNC0642的M14细胞株进行WB检测，发现UNC0642组细胞的Notch1和Hes1蛋白水平明显降低。 图4.G-H：利用CCK8试剂盒检测UNC0642处理的M14和A375细胞的增殖水平，两图结果显示UNC0642可以明显抑制SKCM细胞的增殖 ? 最后，作者在图7.I、J中进行了in vivo水平的实验，对裸鼠进行A375细胞的皮下注射，一周后开始每隔一天对实验组注射一次UNC0642，共注射10天后测量肿瘤体积，发现注射了UNC0642的小鼠的肿瘤体积比对照组更小 ，证明了G9a通过激活Notch1通路促进黑色素瘤的癌症进展，进而说明针对G9a靶点的抑制剂UNC0642可以作为黑色素瘤患者的潜在治疗方案。
1.5K40发布于 2020-07-28 小鼠Ly6G单克隆抗体如何揭示骨髓基质细胞抑制肿瘤的新机制？
为探究成纤维细胞的异质性功能，研究以骨髓基质细胞为模型，与黑色素瘤或乳腺癌细胞按特定比例共注射至小鼠体内。结果发现，当基质细胞与肿瘤细胞比例为1:0.1时，能显著抑制肿瘤生长。 临床数据分析也支持这一发现，在黑色素瘤患者中，肿瘤组织低表达CD105与更长的生存期显著相关。三、小鼠Ly6G单克隆抗体在机制解析中有何关键应用？ 分析发现，在共注射了抑制性骨髓基质细胞的小鼠肿瘤内，Ly6G阳性中性粒细胞的比例显著升高，且其丰度与肿瘤重量呈负相关，提示其可能参与介导了肿瘤抑制。 CS1通过同时激活基质细胞表面的整合素α5β1和Toll样受体4，启动下游信号。其中，TLR4的激活至关重要，它进而活化核因子κB信号通路，诱导基质细胞大量表达并分泌趋化因子CXCL1和CXCL2。 再者，CD105作为基质细胞的一个表面标志物，其表达水平被证明与黑色素瘤患者预后相关，这为患者分层提供了潜在的生物标志物。
28410编辑于 2026-02-11
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