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多区域测序分析肺腺癌的瘤内异质性
导语 GUIDE ╲ 瘤内异质性（intratumor heterogeneity，ITH）是指同一恶性肿瘤在同一患者的不同肿瘤部位的细胞之间，在基因型和表型上存在差异。 3.评估相对于ITH的拷贝数变化 大规模染色体畸变没有观察到实质性差异（Fig.S2A），同一肿瘤内不同区域的log2比值分布相似（Fig. S2B）。 Fig.3 6.分析肿瘤内突变的动态变化 另外在6个肿瘤中观察到突变谱的显著差异（Fig.3B和C），表明在这些肿瘤的发展过程中，可能在不同的时间发生了特定的突变。 使用ABSOLUTE算法评估每个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，至少29（共48）个肿瘤区域存在区域内亚克隆细胞群。 ABSOLUTE算法评估48个肿瘤区域内的亚克隆部位异质性，发现存在区域内亚克隆细胞群，且患者的克隆和亚克隆突变分布存在差异。
80621编辑于 2022-03-29 - 来自专栏DrugOne
. | 病毒3C蛋白酶mRNA疗法实现多癌种广谱治疗
研究内容 研究团队创新性地将编码病毒3C蛋白酶的mRNA装载进脂质纳米颗粒 (3C-LNPs)，通过多种给药途径（颅内、皮下和静脉注射）在多种实体瘤模型中展开研究，包括胶质母细胞瘤、乳腺癌和肝细胞癌模型 在胶质母细胞瘤模型中，与对照组相比，接受 3C-LNPs 治疗的小鼠肿瘤生长显著受到抑制，生存率得到显著提高（图1）；在乳腺癌模型中，皮下注射 3C-LNPs 可减少肿瘤体积，抑制肿瘤血管生成（图2）； 而在肝细胞癌模型中，静脉注射 3C-LNPs 不仅抑制了肿瘤生长和血管生成，还延长了小鼠的生存时间（图3）。 同时，研究采取多种体内模型证实，将3C-LNP以上述多种给药途径注射入正常小鼠体内具有良好的安全性。 颅内原位给药、皮下给药以及尾静脉给药三种给药途径在不同的小鼠肿瘤模型中均显示出较高的体内疗效。
37710编辑于 2025-05-17 缺氧协调胶质母细胞瘤内髓系细胞的空间分布
髓系细胞在胶质母细胞瘤(GBM)中非常普遍，存在于表型和激活状态的频谱中。现在对影响GBM中不同髓系细胞群定位和功能的肿瘤微环境(TME)决定因素的了解有限。 3、Myeloid populations exist on a spectrum of differentiation and activation states in GBM 空间数据联合单细胞数据发现髓样细胞在 为了了解髓系细胞定位的潜在驱动因素，将髓系细胞群的丰度与每个SPOT内生物过程的基因特征联系起来。 特定细胞因子信号通路的基因特征也与spot内髓系细胞丰度相关。对趋化因子基因重复这一分析表明，髓系细胞的特定亚群的定位也由不同的趋化因子组控制。 对缺氧反应的髓系细胞群(TAM-Mac- supp和Mono)与CXCL8、CXCL2、CCL20和CXCL3相关，而TAM-Mg和TAM-Mac群体与CCL4、CCL4、CCL3L1和CCL4L2
33400编辑于 2024-05-24- 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序在肿瘤研究中的新进展，文献集锦
作者在研究中使用细针抽吸(FNAs)在原发皮肤B细胞淋巴瘤(pCBCL)中注射和对非注射病变的临床、组织学、单细胞转录组和免疫库水平进行了研究。 13名患者接受病灶内T-VEC治疗，其中11名患者在病灶注射处显示肿瘤反应。作者利用FNAs的单细胞测序，在恶性肿瘤人群中分离并鉴定出三种pCBCL亚型。 注射后24小时，检测到HSV-1T-VEC转录体存在于注射病灶的恶性和非恶性细胞中，但在非注射病灶中没有检测到。溶瘤病毒疗法能迅速消灭恶性细胞。 在这里，作者应用单细胞RNA测序分析室管膜瘤的分子群和解剖位置，以调查其瘤内异质性和发育起源。室管膜瘤是由未分化的细胞群组成的细胞层次结构，这些细胞向三种神经-胶质命运谱系分化受损。 重要的是，TIGIT阻断增强了CD3+T细胞和高比例TIGIT+细胞对骨肉瘤的细胞毒性作用。作者的这些研究结果提供了单细胞图谱，探索了肿瘤内的异质性，并为骨肉瘤治疗提供了潜在的治疗靶点。
1.5K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏CNNer
开源 | CVPR2020 开放的3D颅内动脉瘤数据集IntrA的评估和分析
论文地址：http://arxiv.org/pdf/2003.02920v1.pdf 代码：https://github.com/intra3d2019/intra. 来源：日本东京大学 论文名称：IntrA: 3D Intracranial Aneurysm Dataset for Deep Learning 原文作者：Xi Yang 医学是深度学习模型的重要应用领域 在这篇文章中，我们介绍了一个开放的3D颅内动脉瘤数据集IntrA，替代以往的2D医学图像，这使得基于点和网格的分类和分割模型的应用成为可能。 该数据集可用于诊断颅内动脉瘤和提取夹闭手术的neck和其他深度学习领域，如正态估计和曲面重建。
2.5K50发布于 2020-06-19 - 来自专栏生信宝典
癌中之王：基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell
(STAT3) signaling. （STAT3）信号通路有关。 肿瘤腺体分型提供了更为详细的肿瘤内异质性分型，且该分型与基质丰度和临床结果的差异有关。这证明了基质通过改变人PDAC中肿瘤腺体的固有模式来改变肿瘤结构的影响。 条件培养基（CAF-CM）（其实就是CAF分泌的因子）对不同的PDAC细胞系的PRO和EMT表型的影响;作者发现在三种不同的CAF-CM中均发现了相对较高的PRO和EMT表型的细胞，并且作者在免疫缺陷小鼠中注射入不同比例 (3) CAF-CM激活不同PDAC细胞系的DP细胞中丝裂原活化蛋白激酶（MAPK），并激活信号转导子和转录激活子3 （STAT3）信号通路;鉴于在CAF-CM存在下PDAC细胞向EMT和PRO表型转变
2.1K20发布于 2019-06-17 纳米快递员已上线! LNP 精准投递_MedChemExpress(MCE 中国)
Transfection Reagent• mRNA 转染-转染性能更优异 (24 孔板, 0.5 μg eGFP mRNA 转染 24 h 后荧光拍摄)• siRNA 转染-基因沉默效率更优异 (30 nM CY3 /脾脏)-效果和专业包封设备等效 (Balb/c 小鼠，静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 肌肉注射-实现注射部位 、肝脏、脾脏等部位高效递送 (Balb/c 小鼠，肌肉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 6 h 组织分布)• 腹腔注射-实现注射部位、肝脏 RNA Transfection Reagent (Local Effect)• 瘤内注射-实现 RNA 在肿瘤组织的高效表达 (Balb/c 小鼠，瘤内注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 ，靶向率高于95% (Balb/c 小鼠，尾静脉注射 Fluc mRNA-LNP 复合物，单次给药剂量 0.5 mpk (10 μg/只)，给药后 3 h 组织分布)随着纳米技术的不断发展，LNP 技术的应用场景也将继续拓展
72710编辑于 2025-06-25- 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭露小细胞肺癌化疗后瘤内异质性
tumor cell ,CTC），以此构建CDX模型 (CTC-derived xenograft, CDX)，然后通过对患者CTC，以及化疗耐药和化疗敏感患者CDX模型进行单细胞测序，以阐释SCLC瘤内异质性 : P2; MDA-SC75r: P1; HCI-008: P3. genes) Elbowplot选dims 降维-RUNTSNE(default perplexity value of 30) 数据分析思路 1 CDX数据样本聚类及常见肿瘤相关marker展示 同一样本内肿瘤 marker表达不一致如MDA-SC49r里MYC、EMTscores表达不一致，体现了瘤内异质性的存在。 cluster3 EMT score升高, DLL3特异性降低。提示在MDA-SC68s中，经过铂处理后，间充质细胞取代了对铂相对敏感的ASCL1阳性细胞。 ?
2.3K41发布于 2020-04-27 - 来自专栏纳米药物前沿
【汇总】上海药物所李亚平老师在肿瘤免疫治疗领域的研究成果
到达肿瘤后，抗体纳米粒在肿瘤微环境基质金属蛋白酶作用下特异性切除聚乙二醇外壳，实现αPD-L1的瘤内缓慢释放。 在808 纳米波长近红外光照射下，ICG光敏剂可发挥光动力效应，生成活性氧诱导肿瘤部位炎症反应，提高肿瘤免疫原性，促进细胞毒性T淋巴细胞瘤内浸润。 2. 同时利用渗透性多肽制备温敏水凝胶，包载载药肿瘤细胞，从而制备成个性化肿瘤疫苗PVAX，PVAX可在肿瘤手术切除的创口注射给药。 3. Nano Letters：合成的高密度脂蛋白用于抑制肝癌生长并增强PD-1阻断治疗 ? 成像引导的肿瘤消融和纳米疫苗接种是实现持久的疾病控制和长期的无进展生存期（PFS）的一种有前途的方法。 奥沙利铂可刺激肿瘤细胞发生免疫性细胞死亡，提高肿瘤组织免疫原性，诱导机体对肿瘤细胞的特异性免疫反应，增加肿瘤组织内CTL的浸润，促使“冷瘤”转变为“热瘤”。
1K20发布于 2021-02-04 - 来自专栏纳米药物前沿
姜新义Nat Nanotechnol：免疫刺激水凝胶抑制恶性胶质瘤术后复发
免疫疗法已彻底改变了许多原发性癌症的治疗策略，但并未改善多形性胶质母细胞瘤（GBM）的疗效，其仍是最具致死性的恶性脑肿瘤之一。 在此，山东大学药学院姜新义教授开发了一种可注射的水凝胶系统，该系统可在GBM手术切除后刺激肿瘤免疫，从而减轻其复发。 该水凝胶包含肿瘤归巢免疫纳米调节剂，其诱导免疫原性细胞死亡并抑制吲哚胺2, 3-双加氧酶-1和趋化性CXC趋化因子配体10，以实现持续的T细胞浸润。 腔内给药提供了一种便捷有效的治疗方法，可以与临床外科手术无缝整合，而无需进行其他手术。 本文报道的腔注射水凝胶系统在体内具有出色的可降解性，并具有持续的药物释放特性，可显著减轻肿瘤复发并延长术后颅内肿瘤小鼠的生存期。
1.2K30发布于 2021-02-04 AbMole丨Oxidopamine：经典神经毒素及其在帕金森病研究中的应用
此外，6-OHDA还能显著降低神经元线粒体膜电位，激活Caspase-3等凋亡相关通路，进一步加剧细胞损伤[2]。 在科研应用中，6-OHDA常通过颅内注射（如大鼠纹状体或黑质部位）建立帕金森病动物模型。 例如，单侧纹状体注射6-OHDA可导致黑质多巴胺能神经元退化，并伴随运动行为异常[3]，这种模型被用于研究神经保护策略的潜在效果。 在细胞模型中，6-OHDA常用于构建细胞损伤模型，例如Oxidopamine hydrochloride（6-羟基多巴胺盐酸盐）可用于人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系或大鼠嗜铬细胞瘤PC-12细胞系， Marine drugs 2019, 17 (2).[3] Bethel-Brown, C. S.; Zhang, H.; Fowler, S. C.; et al.
23110编辑于 2025-12-25- 来自专栏单细胞天地
scRNA-seq揭示胰腺导管腺癌的瘤内异质性和恶性进展
总 · 览 胰腺导管腺癌（PDAC）是最常见的胰腺癌类型，具有明显的肿瘤内异质性和不良预后的特点。 总之，该研究结果为破译PDAC中的肿瘤内异质性提供了宝贵的资源。 ? 样本 24个原发性PDAC肿瘤病人样本及11个对照胰腺样本（3例非胰腺肿瘤患者和8例非恶性胰腺肿瘤患者样本） 建库及测序 10x Genomics 3’单细胞转录组测序试剂盒(V2 chemistry 结果表明，基于这些标质物，可以将所有样品分配至三个PDAC组（细胞群1-3）和一个非PDAC组（细胞群4）。作者注意到增殖性导管标记物与其他标记物明显分开。增殖性导管标记物在细胞群2和3中是丰富的。 总结 PDAC的特征在于高度的肿瘤内异质性，这是有效治疗PDAC的主要障碍。因此，非常需要探索肿瘤内异质性和对PDAC预后改善至关重要的潜在机制。
1.5K31发布于 2020-03-30 - 来自专栏纳米药物前沿
山东大学姜新义教授和威斯康辛大学胡全银教授团队在Sci Transl Med上发表CAR-巨噬细胞在体编辑新策略
近日，山东大学药学院姜新义教授团队与美国威斯康辛大学-麦迪逊分校药学院胡全银教授团队、山东大学齐鲁医院等多家单位合作构建了一种可注射的基因纳米载体-水凝胶超结构递药系统，并成功应用于恶性脑胶质瘤动物模型的术后免疫治疗 多形性胶质母细胞瘤（GBM）是恶性程度最高的中枢神经系统肿瘤。 外科手术切除是GBM病人临床治疗最基础的干预手段，手术所致物理创伤会在术后瘤腔周围“局部”加剧炎症因子释放，使得在术后瘤腔“局部”富集大量小胶质/巨噬细胞。 我们利用课题组开发的可注射水凝胶“药物贮库”系统，在GBM术后瘤腔内以“填充形式”共递送MΦ靶向编辑纳米载体（pCAR-NPs）和CD47抗体，对术后瘤腔周围“局部”MΦ进行原位编辑，在瘤腔周围生成可靶向清除 同时，在瘤腔“一次性”给予水凝胶共载药贮库，通过水凝胶系统的缓释作用可实现术后瘤腔周围残余脑肿瘤干细胞的持久抑制；（3）利用水凝胶在术后瘤腔内共递送CD47抗体，避免了CD47抗体临床试验中系统给药对红细胞的副作用
1.3K40编辑于 2022-08-15 - 来自专栏最新医学影像技术
BraTS2023-MEN——BraTS2023颅内脑膜瘤分割挑战赛
一、BraTS2023-MEN介绍 脑膜瘤是成人最常见的原发性颅内肿瘤，可导致患者显着的发病率和死亡率。 然而，较高级别的脑膜瘤（WHO 2 级和 3 级）与显着较高的发病率和死亡率相关，并且尽管采取了最佳管理，但仍经常复发。目前还没有可靠的非侵入性方法来识别脑膜瘤分级、评估侵袭性或预测复发和生存率。 此外，与其他颅内肿瘤不同，脑膜瘤通常仅通过影像学诊断，这增加了 MRI 对治疗计划的重要性。 包含任何放射学或病理学上与脑膜瘤不相符的颅内肿瘤的 MRI 研究被排除在外。 对于 BraTS 2023 脑膜瘤，目标是使用 3 标签系统自动分割颅内脑膜瘤——增强肿瘤（蓝色）：这是最直接的标签。这包括对比后图像上相对于对比前图像 T1 信号显着增加的所有肿瘤部分。
1.3K10编辑于 2023-11-24 - 来自专栏DrugAI
Nat. Rev. Immunol. | 单抗五十年：抗体治疗的过去、现在与未来
与此同时，皮下注射等递送方式的创新，极大提升了患者的便利性与治疗获益。 1975年，研究人员首次提出了杂交瘤技术：通过将免疫小鼠的B细胞与骨髓瘤细胞融合，获得了能够无限增殖并持续分泌特定抗体的“杂交瘤细胞”。 从1975年杂交瘤诞生，到1986年首个单抗药物Muromonab-CD3获批，经历了长达11年的等待。 抗体给药的现状与未来趋势 当前，约63%的抗体药物通过静脉输注，25%通过皮下注射，少数通过眼内或肌肉注射。皮下注射因其便捷性而被越来越多地采用。 从杂交瘤到人源化，从单一IgG到ADC与双特异性，从静脉输注到皮下注射，每一次技术革新都显著提升了临床价值。 未来，随着人工智能、工程化设计与递送创新的加入，抗体治疗将继续突破边界，攻克更多复杂疾病。
41020编辑于 2026-01-06 - 来自专栏生信技能树
转录组讲师带你读文献(6)-多发性骨髓瘤微环境
使用可移植骨髓瘤细胞系测试抗骨髓瘤药物的疗效：注射the Vk*MYC-derived MM cell line, Vk12653 MM到wild-type (WT), Il1r-/-, and Il18 2 NLRP1是多发性骨髓瘤(MM)进展的关键 IL-1b和IL-18的分泌主要受到炎症小体的转录后调控。特别是NLRP3炎性小体与包括癌症在内的多种炎性疾病有关。 为了评估NLRP3和接头蛋白ASC的参与，我们使用hVk12653 MM 细胞注射到WT, Nlrp3-/-, and Asc-/-小鼠中。 与WT小鼠相比，我们发现两个Nlrp3- /-和Asc-/-老鼠的paraproteinemia和BM骨髓瘤负担水平降低。 为此，我们利用我们的全转录组分析MM的微环境,在MM患者BM内确定了308个基因与IL18基因表达密切相关(相关系数> 0.70,p < 10e-8 )，如下图： GSEA分析结果显示（Reactome
1.3K20发布于 2021-05-27 - 来自专栏纳米药物前沿
Nat Commun：靶向STING的工程菌免疫疗法
利用四环素诱导启动子(PTET)在ECN中表达了由编码dncv的霍乱弧菌、编码CDA的枯草芽孢杆菌和编码DACA的单核细胞增生性李斯特菌表达的3种CDA产生酶，并对其体外表达水平进行了评价。 在B16.F10黑色素瘤荷瘤小鼠腹腔注射(i.p.)无水四环素(ATC)后将SYN-Ptet-DACA或非工程ECN瘤内注射。
81940发布于 2021-02-04 - 来自专栏科研菌
看腻的纯生信？这篇基于生信的湿实验换个口味
图1.G9a与黑色素瘤细胞增殖、侵袭、转移表型有关 2、G9a与PI3K/AKT通路和EMT相关通路的关系 图2是Western Blot的结果，从B、C、D三幅柱状图可以看出，在siG9a组中E-cad 图2.WB检测PI3K/AKT和EMT通路明星分子受G9a的影响 3、证明G9a对Notch1的表达上调 先前已经有研究证明Notch1通路是黑色素瘤细胞中的关键信号传导过程，因此作者希望将G9a与Notch1 图3.A-B：利用GEPIA数据库对G9a和Notch1的表达进行相关性分析，图中结果显示二者呈现中度相关（R=0.6），这一结果提示了G9a与Notch1在黑色素瘤发展过程中可能存在相互作用 图3.C-E 最后，作者在图7.I、J中进行了in vivo水平的实验，对裸鼠进行A375细胞的皮下注射，一周后开始每隔一天对实验组注射一次UNC0642，共注射10天后测量肿瘤体积，发现注射了UNC0642的小鼠的肿瘤体积比对照组更小 ，证明了G9a通过激活Notch1通路促进黑色素瘤的癌症进展，进而说明针对G9a靶点的抑制剂UNC0642可以作为黑色素瘤患者的潜在治疗方案。
1.5K40发布于 2020-07-28 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | Nature | 更新一下关于 2 型免疫的认知
相反，将Il4r+/+成纤维细胞与分泌IL-4的浆细胞瘤J558L细胞共同注射，但不是Il4r−/−成纤维细胞，在Il4r−/−小鼠中有效地导致了肿瘤的排斥。 相反，缺乏IL-5的小鼠在接受静脉注射黑色素瘤细胞后表现出肺部转移增加，并伴有嗜酸性粒细胞数量减少。 IL-13在预防癌症中的作用也得到了表征。 Para_05 ILC2s 已被确认通过产生 IL-5 来抑制静脉注射的 B16F10 小鼠黑色素瘤细胞的肺转移扩散。这与嗜酸性粒细胞的募集和激活有关。 在一项研究中，PD1抑制上调了ILC2s产生的TNF，直接抑制了静脉注射B16F10黑色素瘤细胞的转移。 值得注意的是，与野生型对照小鼠相比，将黑色素瘤细胞静脉注射到缺乏嗜酸性粒细胞的ΔdblGATA小鼠体内时，观察到其肺部定植能力增强。
1.1K00编辑于 2025-02-03 - 来自专栏生物信息云
医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
作者发现，在人黑色素瘤中，SDC的丰度与细胞因子FLT3LG基因的瘤内表达有关。FLT3LG主要由淋巴细胞产生，尤其是小鼠和人类肿瘤中的自然杀伤(NK)细胞。 Flt3l-纯合报告小鼠注射异常的B16F10肿瘤，在肿瘤移植后2周，TFP作为Flt3l表达的读数，仅在淋巴细胞内检测到(Fig. 2b,c)。 对缺乏T细胞和NK细胞的IL2RG-/-小鼠(补充图5a)注射异常的B16F10黑色素瘤，分析肿瘤中髓系细胞和淋巴系细胞的水平。 为了探讨NK细胞的作用，小鼠在B16F10肿瘤注射前3天开始每3天用抗NK1.1抗体治疗一次，结果导致了NK细胞的大量丧失，但淋巴细胞的其他变化和肿瘤生长受限(补充图5e)。 用NK细胞基因标记对TCGA黑色素瘤样本中NK细胞丰度的估计，我们发现肿瘤中NK细胞的水平与FLT3LG的表达(图5b)有明显的相关性，这与肿瘤内NK细胞是FLT3LG的来源是一致的。
93630发布于 2019-08-07
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