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生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cd test2-bash: cd: test2: No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 .txt': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cat test2cat: test2: No such file or
46000编辑于 2024-01-19- 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信课程note-2
seq(from = 2,to = 15,by = 2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 # 2.生成向量，内容为："student2" "student4" "student6 seq(2,100,2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 "AC104581.1" "MPP2" "ATP2A2" "SNRPE" ## [19] "PRSS8" "ZNF461" "CECR5" "LCP1" ## [43] "OR2D3" "LIPE" "LIPE" "CANX" "ATP6V1B2" "MARC2" z = rnorm(n=10,mean=0,sd=18) z[z<(-2)] ## [1] -4.657298 -8.565170 -18.576409 -2.250447 引自生信技能树 This
52120编辑于 2023-02-06 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 2 —— 橙子🍊
① 服务于supercomputer的OS② 开源，能方便运行大量数据2、常用linux代码pwd #显示当前路径mkdir … #创建空目录ls #显示列表rm … #删除文件rmdir head … #显示前10行tail … #显示后10行head -n3 … #显示前3行|3可替换tail -n3 … #显示后3行cp file1 file2 #复制file1，命名file2mv #移动或重命名图片生信星球学习小组
25380编辑于 2023-10-22 - 来自专栏生信学习小组
生信学习day2
图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 3.怎样召唤linux--阿里云服务器（1）单纯linux，用U盘安装一下纯linux系统，推荐CentOS或者Ubuntu整个过程大概只需要20分钟；（2）Windows10上的linux（3）本地服务器上的 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
33510编辑于 2024-01-17 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信技能树-R作业-2
title=sample$Titletitle## [1] "SS2_15_0048_A1" "SS2_15_0048_A2" "SS2_15_0048_A3" "SS2_15_0048_A4 25] "SS2_15_0048_B1" "SS2_15_0048_B2" "SS2_15_0048_B3" "SS2_15_0048_B4" ## [29] "SS2_15_0048_B5" "SS2_15_0048_B6" "SS2_15_0048_B7" "SS2_15_0048_B8" ## [33] "SS2_15_0048_B9" "SS2_15_0048_B10" "SS2 _0048_C2" "SS2_15_0048_C3" "SS2_15_0048_C4" ## [53] "SS2_15_0048_C5" "SS2_15_0048_C6" "SS2_15_0048 SS2_15_0048_N23" "SS2_15_0048_N24"## [337] "SS2_15_0048_O1" "SS2_15_0048_O2" "SS2_15_0048_O3" "SS2
72750编辑于 2023-05-19 - 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY2—分野
: 复制 cp 原文件名字+新命名文件名 cp hi.txt hihi.txt 图片 mv: 给文件重命名或者移动文件路径 mv hi.txt 路径 意思是移动hi文件到某路径下 mv hi1 hi2 意思是给hi1重命名为hi2 图片
40570编辑于 2023-09-21 - 来自专栏笔记生信
生信提升day2-婷
而不像微软的电脑用windows，苹果用mac，所以Linux需要一个服务器来载起它，不需要专门的电脑和它匹配，这个服务器就像配备精良的高端电脑 登录 登录成功了，但是没有理解1-9的练习内容 代码引用生信星球 就是从第四以后就感觉很奇怪，老师说的和我有运行的是两个东西 练习后的截图，有不对的请指正 1.print working directory(pwd)，显示当前路径 /home/bio07 是我的当前路径 2. 而不需要每次都用ls查看 6.7芜湖~有趣 8：使用：cp file1 file2 ，复制file1，命名为file2的意思。 9.每个命令中间都要打空格吗，不打是不是就报错？
34820编辑于 2023-11-15 生信入门——Day1-2
Day1引自生信技能树一、R与Rstudio1、什么是R编程语言；环境2、什么是Rstuio集成开发环境3、如何在Rstuio中新建项目project引自生信技能树4、新建脚本script引自生信技能树 5、Rstuio介绍引自生信技能树6、面板显示和字号设置引自生信技能树引自生信技能树7、与R语言交互（1）控制台窗口（2）脚本编辑器（逐行运行ctrl+enter；选中运行ctrl+A）（3）使用“#” ，忽略# 练习2-2# 1.生成1到15之间所有偶数，并用代码查看a的内容a = seq(from = __,to = __,by =__)a#答案：2，14，2# 2.生成向量，内容为："student2 （2）数学计算（3）连接（4）交集、并集、差集引自生信技能树引自生信技能树老师提问：若两边的y各增加一个元素2，那么两边产生的逻辑值的个数分别为5和4。 4、向量取子集（1）按照逻辑值取（2）按照位置取引自生信技能树#####2.4.向量筛选(取子集)--看ppt#####x <- 8:12#根据逻辑值取子集x[x == 10]x[x < 12]x[x
52610编辑于 2025-05-11- 来自专栏优雅R
生信爱好者周刊（第 2 期）：生信的境界与道路
这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。 本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly[1]），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。 封面图 本周话题：生信的境界与道路[5] 华中科技大学教授薛宇翻译生物信息学研究的5个层次水平并加入自己的理解： 0级（Level 0）：为建模、而建模（modeling for modeling’ 希望每一位生信学习者都能从渣打到神级。 如果读者对本期话题感兴趣，欢迎到讨论区评论交流。 生信科技动态 1、第十届全国生物信息学与系统生物学学术大会 全国生物信息学与系统生物学学术大会自1998年首届召开以来，已成功举办九届，是中国生物信息学研究领域学术水平最高、影响最大的全国盛会。 /issues/4 [4] via: https://www.alifeoverseas.com/what-in-the-world-to-do-with-newbies/ [5] 生信的境界与道路:
1.7K20发布于 2021-09-24 - 来自专栏技能板块
生信技能树学习笔记 Day 2
ggplot2参数设定① 形状(shape)标识选择图片② color & fill 区分：color指边框颜色，fill指内容物颜色，如果二者颜色不一致，color和fill都要写③ 分面：指按照数据的某一列把数据分成几张子图
52020编辑于 2023-02-07 - 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day2：linux入门
显示列表图片创建空目录mkdir #创建空目录图片删空目录图片删文件rm rmdir 删空目录 rm-r 删非空目录图片vi 创建文本 cat 查看文本图片查看前/后十行图片查看前几行图片移动 重命名图片引用生信星球
21800编辑于 2023-06-27 - 来自专栏生信马拉松
生信马拉松 Day2
（4）通过组合，产生更为复杂的向量paste0(rep('x',times=3),1:3) #[1] "x1" "x2" "x3"2. )#[1] 1 2 5x=c(1,2,5);x#[1] 1 2 5#其中 “;” 使R中两句或多句代码可以写在同一行上，否则会报错！！ ',times=7),seq(from=2,to=15,by=2)) #利用循环补齐简化如下paste0('student',seq(2,15,2))（4）集合运算（不是等位运算）intersect( ) #交union() #并setdiff(x,y) #补,注意有先后顺序x=c(1,2,3,4)y=c(2,2,3,4)setdiff(x,y)#[1] 1setdiff(y,x)#numeric d'),each=3);k2boxplot(k1~k2) #以k1为纵坐标，k2为横坐标画图小TIPS：关于rep()的作用rep('x',times=3)#[1] "x" "x" "x"rep(c(
58210编辑于 2024-01-09 - 来自专栏金金生信幼儿园
生信星球day2-linux系统
kan一下昨天的知识 day2复习一下markdown linux系统参考文献：生信星球pwdvi wcs.txt要记得用回车键分隔开，不然会沿用上个指令。 day2新的平台/工具1.xshell软件：就是远端控制云服务器的模拟器？是桥梁？衔接电脑和服务器的？ cp file1 file2 复制第二份文件mv move? mv file1 file2 却是重命名的意思对负基础来说，下载，登录，看教程，操作，做笔记，2h不够，看人真准肝思维导图，冲。
25440编辑于 2023-11-15 - 来自专栏生信入门笔记
Day2 生信入门——linux入门
登陆mac（终端terminal）win（下载xshell）ssh 用户名@ip地址图片常用的linux指令1. pwd （print working directory 显示当前路径）2. mkdir (make directory 创建空目录)3. ls（显示列表 文件or目录都可）4. rm1）删除文件——rm2) 删除空目录--rmdir3) 删除非空目录--rm -rTIP:图片5. cd接一个目录名称 图片9. mv （移动or重命名）mv file 路径是移动file到某路径下图片mv file1 file2是将file1重命名为file2图片
40640编辑于 2023-10-04 - 来自专栏生信宝典
生信分析Python实战练习 2 | 视频20
开源生信 Python教程 生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python 一些练习题 给定 FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa)，写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕 (2分) open(file) for .. in loop print() strip ......TCCGCTG......GCGTTCACC......CGGGGTCCGGAG 写程序 formatFasta-2.py, 读入test2.fa，把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 (2分) sort dict aDict[key] = [] aDict[key].append(value) 用到的知识点 提取给定名字的序列 (2分) 用到的知识点 print >>fh, or fh.write() 取模运算，4 % 2 == 0 写程序 grepFasta.py, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。
20620编辑于 2023-08-30 生信星球--生信入门DAY1
R 语言与 C 语言都是贝尔实验室的研究成果，但两者有不同的侧重领域，R 语言是一种解释型的面向数学理论研究工作者的语言，而 C 语言是为计算机软件工程师设计的。
36410编辑于 2024-01-17- 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 2——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年11月28日一、Linux相关知识参考生信星球公众号文章生信小白第一天-0成本召唤linux★重点：了解windows安装子系统，实现在win上运行linux二、服务器运行 Linux软件通过Xshell 访问服务器（从官网下载安装）Xshell使用方法1.输入命令：ssh 用户名@ip进入密码输入界面；2.输入密码进行连接3.成功连接三、常用命令学习pwd显示当前路径mkdir mv移动文件，mv 456.txt 2tmp将456.txt移动到2tmp；并且，mv 123.txt 789.txt可以实现重命名。
29000编辑于 2023-11-28 - 来自专栏生信宝典
生信分析Python实战练习 2 | 视频19
开源生信 Python教程 生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python 一些练习题 给定 FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa)，写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕 (2分) open(file) for .. in loop print() strip ......TCCGCTG......GCGTTCACC......CGGGGTCCGGAG 写程序 formatFasta-2.py, 读入test2.fa，把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 (2分) sort dict aDict[key] = [] aDict[key].append(value) 用到的知识点 提取给定名字的序列 (2分) 用到的知识点 print >>fh, or fh.write() 取模运算，4 % 2 == 0 写程序 grepFasta.py, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。
25340编辑于 2023-08-30 - 来自专栏Jely’s生信笔记
Jelys Note之生信入门class2
引用自生信技能树 【小贴士】 1.课前运行中遇到了问题，关注重点信息就好 2.脚本是乱码，可以这么解决【如图】 图片 图片 点UTF-8点ok就完成啦！ x = c(1,3,5,6,2)---谁长就站着当标准，决定返回几个结果 y = c(3,2,5)3，2---循环补齐 x == y # 啊！ " "x3" paste0("x",1:3)将x看成为1的向量 1 "x1" "x2" "x3" paste0("student",seq(2,15,2)) 3.取交集、并集、差集对两个向量的操作： x = c(1,3,5,1)；y = c(3,2,5,6) intersect(x,y) 1 3 5 2 union(x,y) 1 1 3 5 6 2 setdiff(x,y) 1 1 6 setdiff 9 x-2 8 10 取反是”！
81410编辑于 2023-05-17 - 来自专栏生信入门
生信星球Day2 R语言基础
ba670d5a7ca081b044384f15866b88ef 页面设置 Tool-Appearance 图片 用Rproject管理工作目录 教程：https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA 产生服从正态分布的随机数 plot() 基于变量作图 boxplot() 箱线图 iris 基于莺尾花数据集 图一 x<- runif(50) y<- runif(50) plot(x,y) 图片 图二 来源：生信星球
28030编辑于 2023-07-19
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