第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球

（4）显示工作路径 getwd()（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。（6）表格在R语言中称为数据框^_^（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。 这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5) ] #第1个和第5个元素（2）根据值x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素Part2：数据框将示例数据放在你的工作目录下（！ "bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量save(a,file="test.RData")#保存其中一个变量load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令（5）

生信技能树笔记day5

---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、文件读写1. V1## 1 id## 2 66e33592-2e6e-4e50-8a5b /ex1.txt",header = T)ex1[1:3,1:3]## id## 1 66e33592-2e6e-4e50-8a5b ## 2 nationwidechildrens.org_clinical.TCGA-W5-AA2O.xml b83ddabb84f4a71ad3fa95cae64d0b10## 3 nationwidechildrens.org_clinical.TCGA-W5 实战项目的组织方式之一图片5. 实战项目的组织方式之二图片6.

生信星球学习小组笔记 Day 5——LIU

生信星球学习小组笔记 2023年12月1日今天对R语言数据结构进行学习，★划重点：向量和数据框一、向量新知初印象：变量、一串数字、一串字符、不止一个、数据分析的直接对象。 x <- rnorm(5) #利用正态分布函数生成5个符合正态分布的数字> x[1] 0.4565827 0.0398871 0.9193298 1.0669231 -1.2529013TIPS 二、从一串向量取出需要的值通过上面的结果，我们得到了有5个数值的向量。 #第4至5个x[c(1,2,5)] #第1，2，5个获得结果> x[1][1] 0.4565827> x[-1][1] 0.0398871 0.9193298 1.0669231 -1.2529013 > x[4:5][1] 1.066923 -1.252901> x[c(1,2,5)][1] 0.4565827 0.0398871 -1.2529013三、数据框（data frame）*英文名字很重要

生信学习笔记

生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。

生信学习笔记

生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda

生信学习笔记

生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x [4]x[-4]x[2:4]x[-(2:4)]x[c(1,5)]数据框重点：一定要将示例数据保存在工作目录下！！！

生信学习笔记

生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成

生信学习笔记

DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2

2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记

下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 上一期答疑笔记是：2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 整理人：汪哲 整理时间：2022年5月 联系方式：zhewang@webmail.hzau.edu.cn 本次开课时间：2022年4月25日——5月21日 课前答疑 运行完最后的library（）那几行代码没有出现报错就是安装完毕对么？ 我在写笔记的时候用了markdown语法，也没有生成代码框呢，请问以下你们语雀笔记里的代码框是怎么弄的呀？ ID是数字没关系，能对应就好，它公司出产芯片自己的规定 我分组用治疗前、后样本，不管c3和c5，然后就有个报错，老师帮我看下 x里头是字符串，y里头是数值，所以没法inner_join。 () subread 安装后 command not found subread包含其它软件，但不包含一个叫subread的软件，比如你下了一个软件叫腾讯，它里面没有一个真的软件叫腾讯，他是腾讯的微信或者

生信星球——生信入门DAY5:数据结构

)表示1-10之间每0.5取一个数从向量中提取元素x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5) ] #第1个和第5个元素x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素数据框read.table(file="",sep="",header

生信学习小组Day5笔记—Chocolate Ice

c(1:10) #x是一个由数字1到10组成的向量x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5) ] #第1个和第5个元素（2）根据值x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素数据框概念解释：数据框：相当于excel表格，由行和列组成

生信星球 day 5 ——橙子🍊

生信星球数据结构 向量vector 标量：1个元素 向量：多个元素 从向量中提取元素 x[4] x[x==10] 位置、逻辑值 数据框 a <- read.table(file='huahua.txt'

生信技巧第5课-生信人必须安装的软件

长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。 生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错 系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾

第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球

share_source=copy_web&vd_source=ba670d5a7ca081b044384f15866b88ef 注意：只看R和Rstudio的下载部分，剩下的非学习范围（不需要装R包） 百度网盘里的软件下载链接： 链接：https://pan.baidu.com/s/1YVf9lvI5jiK_7pPcdAQtvA  提取码：glgk 一.认识R和Rstudio R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c)   rm(list = ls())#清空所有变量 代码可以复制，更推荐的方式是用键盘上q前面的那个tab

第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球

R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 五个基础函数 1.mutate(),新增列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)(1)按列号筛选select(test,1)select(test,c(1,5) vars)) 3.filter()筛选行filter(test, Species == "setosa")filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5  "C",'D'))test1test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'),                     y = c(1,2,3,4,5,6 函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x = c(5,6

生信入门DAY5-6

DAY5 本篇内容引自生信技能树 六、R语言作图 1、作图分三类 #作图分三类 #1.基础包 略显陈旧 了解一下 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length), size = 5, Petal.Length, color = Species))+ scale_color_manual(values = c("#2874C5" 5、画图扩展部分 （1）STHDA网站 （2）工作目录里有扩展学习的代码 （3）小洁老师语雀画图合集 DAY6 七、R语言的综合运用 引自生信技能树 1、玩转字符串 引自生信技能树 rm(list = ### 3.按位置提取字符串 str_sub(x,5,9) ### 4.字符检测 str_detect(x2,"h")#这串逻辑值的特点是：长度与向量x2一一对应，且长度相等。

生信星球Day5 Linux

生信技能树数据挖掘笔记

[]中括号里面的可以是逻辑值判断，可以是具体的值（即下标），可以是函数，可以是向量

生信技能树学习笔记1

数据结构向量（一串数据，数据框中单独拿出一列是向量，视为一个整体，一个向量只能有一种数据类型，可以有重复值）数据框（约等于表格，一列只能有一种数据类型）矩阵列表4.1 向量的生成c(2,3,15,5,7 )## [1] 2 3 15 5 7c(1:9)## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9rep("x",times=3)## [1] "x" "x" "x"##有重复的用rep()，有规律的序列用 4.2 对单个向量进行操作#简单计算x<-c(1,3,5,6)log(x)## [1] 0.000000 1.098612 1.609438 1.791759sort(x,decreasing=T)## [1] 6 5 3 1##默认从小到大，T会变成从大到小常用函数：x<-c(1,3,5,6)var(x)#方差## [1] 4.916667sd(x)#标准差## [1] 2.217356length 重复值统计## x## 1 3 5 6 ## 1 1 1 1sort(x,decreasing=T)#排序##默认从小到大，T会变成从大到小## [1] 6 5 3 14.3 对两个向量进行操作 在R

生信学习小组DAY5

（4）显示工作路径 getwd() （5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。 （6）表格在R语言中改名叫数据框 （7）函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：? 图片 赋值 图片 从向量中提取元素 元素位置 x4 #x第4个元素 x-4#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素 x2:4#第2到4个元素 x-(2:4)#除了第2-4个元素 xc(1,5) #第1个和第 5个元素 图片 根据值 xx==10#等于10的元素 xx<0 xx %in% c(1,2,5)#存在于向量c（1，2，5）中的元素 图片 数据框 X=read.table("\Rstudiotestdoudou.txt