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生信技能树学习笔记 Day 3
Sepal.Length)) #从大到小 desc()2. distinct，数据框按照某一列去重复distinct(test,Species,.keep_all = T) #.keep_all 保留全部列3.
63221编辑于 2023-02-09 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day3
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、数据框、矩阵和列表1. gene1 up 5## 2 gene2 up 3## 3 gene3 down -2## 4 gene4 down -42. df1[,3]## [1] 5 3 -2 -4df1[,ncol(df1)]## [1] 5 3 -2 -4#如何取数据框除了最后一列以外的其他列？ 2,] 2 5 8## [3,] 3 6 9m[2,]## a b c ## 2 5 8m[,1]## [1] 1 2 3m[2,3]## c ## 8m[2:3,1:2]## a b## [ 1,] 2 5## [2,] 3 6m## a b c## [1,] 1 4 7## [2,] 2 5 8## [3,] 3 6 99.
1.1K100编辑于 2023-01-16 生信学习笔记
生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。 3.R语言学学习思维导图图片
21410编辑于 2024-03-08生信学习笔记
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda 安装linux下面有64-bit（x86_64）的最新版本，复制链接，如https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- 进入biosoft路径，过程中可以使用Tab补齐功能，避免输错wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- 4.5.11-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc#激活conda config --add channels show_channel_urls yes#复制代码后回车，注意理解代码意思conda list#开始使用condaconda install fastqc -yfastqc --help#确认是否安装成功3
26410编辑于 2024-03-07生信学习笔记
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x
22810编辑于 2024-03-09生信学习笔记
生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成 用户分为管理员和一般用户，一般用户能到的最高级目录为宿主目录，放在home目录下3.学习了解Linux系统中最常见的几个基础命令图片4.实践操作图片
21010编辑于 2024-03-06- 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 3——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年11月29日一、今日学习体会1.命令行界面不可怕一直对linux有种莫名的恐惧感，或许是对于这种不能直接眼见为实的的操作有种害怕的感觉吧。 具体说来1. miniconda下载地址（生信用miniconda足够）清华大学镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/? /Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh5.安装miniconda：bash Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh yes回答；conda install fastqc=0.11.7 -y限定版本安装fastqc -help检查是否安装成功conda remove fastqc -y卸载四、进阶环境（耳目一新，重点）生信实战中 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y3.激活环境conda activate rna-seq，带*号的即为激活4.退出环境conda
30800编辑于 2023-11-29 生信学习笔记
DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
29110编辑于 2024-03-05- 来自专栏生信技能树
2022年3月_生信入门班_微信群答疑笔记
下面是2022年3月_生信入门班_微信群答疑笔记 老师，我的Rstudio 怎么只有两个窗口了，该怎么调呀？ 老师好，我原先自学R的时候把笔记做在了一个R文件里，但是没有对应的project。 如果你基础已经很好了，那你可以看一下生信技能树b站你感兴趣的教程。有问题可以在群里问，但是如果你问的问题是你由于你基础不过关导致的，那还是要把基础课程看一遍。 老师我卡在第一步了, 好像是我的密码不对 登录名，ip，密码是3个不同的东西，你可以通过ssh来登陆我们生信技能树的服务器，使用下面的命令 ssh Mar20@49.232.173.27 然后你的密码是 sd函数不能接受3个参数，把它们c起来
2.1K40编辑于 2022-04-15 - 来自专栏生信星球学习小组每日作业
生信星球学习小组-Day3学习笔记--conda
为了生信分析的需求，我们安装Miniconda即可。图片1. 首先，为了更加稳定、快速地获得Miniconda的安装包，我们需要从国内相关镜像网站下载，如清华、北外、国科大、阿里等镜像网站。 三个字母，然后按 tab键 就会补全后续命令，这样做非常高效，还能避免输入错误wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh # wget是一个linux系统自带的可在网络上进行下载的简单而强大的自由软件，wget + 下载链接 即可下载下来3.安装miniconda 一般我们可以使用bash Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh命令行进行安装，会弹出以下信息：图片之后还需要使用source ~/.bashrc来激活 conda
85100编辑于 2023-02-08 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 3.加减乘除 1+2 回车 4.赋值 赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框，Environment 里的Value列表里 直接输入x 回车，就会把x的值（3）打印到控制台上,前面的那个[1]是结果的第一个，不用管他。 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 代码可以复制，更推荐的方式是用键盘上q前面的那个tab
59310编辑于 2024-02-25第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球
拿小本本记下来（1）R的规范赋值符号是<-，也可以用=代替（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行 （3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。 x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。 xx<- 1:10 #从1-10之间所有的整数xx<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）xx<- rep(1:3,times=2) #1-3 X1,X2A,1B,C,D,3E,小抄截图中显示的NA表示空值，所以新建的时候像我一样空着就好。 可以看帮助文档尝试理解它们的意思（2）查看行名和列名、行数和列数colnames(a) #查看列名rownames(a) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...dim(a)#几行几列（3）
51410编辑于 2024-02-24第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球
R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 3.加载library和require，两个函数均可。需要先安装再加载。 (test, Petal.Length, Petal.Width)vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")select(test, one_of(vars)) 3. ), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))test2test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400))test3bind_rows(test1, test2)bind_cols(test1, test3)
42510编辑于 2024-02-25- 来自专栏生信学习小组
生信学习day3
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域二、如何下载软件1.创建biosoft（mkdir biosoft（cd biosoft）2.从某链接下载软件：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- latest-Linux-x86_64.sh生信星球：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本。 然后出现这个界面：3.下载完成后，运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,然后开始安装过程4.激活：source ~/.bashrc（注意空格）生信星球：激活不成功就将 add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes生信星球三
36410编辑于 2024-01-18 - 来自专栏Chocolate Ice 学习笔记
生信学习小组Day3笔记—Chocolate Ice
日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号：生信星球图片Conda的下载Being/Google搜索“miniconda 清华”图片进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn undefined ------微信公众号：生信星球Miniconda ------微信公众号：生信星球使用Conda下载软件添加镜像：为了加快下载速度所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度 conda也是舶来品，之前我们一直在用的国内镜像中科大和清华被列为无授权镜像，又经历了改用官方镜像的尴尬，但后来又传来了好消息，清华源重启 ------微信公众号：生信星球复制并使用下列代码# 使用中科大的镜像 python=3 fastqc trimmomatic -y完成后，会在~/miniconda3目录下新出现一个“envs”目录，存放着新安装的环境目录。
70120编辑于 2023-01-12 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信课程note-3
#筛选score > 0的基因df1[df1$score > 0,1]df1$gene[df1$score > 0]#5.数据框修改#改一个格df1[3,3] <- 5df1#改一整列df1$score mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]mt(m):转置 行变列m<-as.data.frame(m) 转换为数据框 必须要赋值矩阵画热图： pheatmap::pheatmap(m) rm(df1,df2)rm(list = ls()) 改变列的顺序a <- a[,c(1,3,4,2)]练习3-1# 练习3-1# 1.读取exercise.csv这个文件，赋值给test。 ="b",]test[test$Species=="a"|test$Species=="c",]test[test$Species %in% c("a","c"),]练习3-2# 练习3-2# 1.统计内置数据 (a))a# 4.探索列表取子集l[2]和l[[2]]的区别（提示：数据结构）class(l[2])class(l[[2]])图片引自生信技能树
1.8K40编辑于 2023-02-09 - 来自专栏笔记生信
生信提升day3
查看服务器 uname -a1.好的，是你64-bit（x86_64）2.3.下载成功未安装，需要运行这句代码(问啥回答啥)bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh conda config --set show_channel_urls yes使用conda查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list安装软件 conda install fastqc -y 3尝试不加 fastqc -y（先不试）选修conda 环境 分身就是不同的“conda environment”为了满足不同项目需要的相同软件的不同版本1.查看conda有哪些环境（带*已激活）2.创建也成功了3. 成功成功，芜湖~4.退出当前环境conda deactivate 代码引用生信星球，说明部分引用生信星球心得，感觉今天比昨天简单，嘻嘻~
24400编辑于 2023-11-15 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 3 —— 橙子🍊
安装一切顺利，愉快学习的一天，感谢生信星球，感恩豆豆花花，继续磕cp安装操作记录1. 查看linux服务器位数uname -a选择对应的64位，.sh是脚本文件后缀；注：64-bit（x86_64）、32-bit(x86)3. 选择相应的miniconda，右键复制链接网址图片4. 安装minicondabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #记得用tab安装过程中会出现很多的版权信息，持续按回车跳过；当出现“Do you accept the 环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic；安装完确认一下。 3. 激活新环境conda activate rna-seq相当于进入该环境，类似于cd 目录conda deactivate退出当前环境
36370编辑于 2023-10-23 - 来自专栏叶潭生信笔记
生信技能树数据挖掘笔记
转换图片图片图片矩阵画热图图片图片列表的的新建和取子集图片l[[2]]:取第二个子集，再取矩阵的子集列表支持$图片图片数据结构的总结图片函数和R包图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片R包图片图片1.CRAN网站图片2.bioconductor图片3. sort(a)tail(a,3)tail(sort(a),10)head(sort(a,decreasing = T),10)load("test2.Rdata")a = apply(test,1,var
1.1K10编辑于 2023-02-08 - 来自专栏小张的学习笔记
生信技能树学习笔记1
)## [1] 2 3 15 5 7c(1:9)## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9rep("x",times=3)## [1] "x" "x" "x"##有重复的用rep()，有规律的序列用 seq(),随机数用rnorm()seq(from=3,to=21,by=3)## [1] 3 6 9 12 15 18 21paste0(rep("x",times=3),1:3)## [1] "x1" "x2" "x3"###paste0函数是把数据连在一起。 [1] 6 5 3 1##默认从小到大，T会变成从大到小常用函数：x<-c(1,3,5,6)var(x)#方差## [1] 4.916667sd(x)#标准差## [1] 2.217356length 重复值统计## x## 1 3 5 6 ## 1 1 1 1sort(x,decreasing=T)#排序##默认从小到大，T会变成从大到小## [1] 6 5 3 14.3 对两个向量进行操作 在R
71120编辑于 2023-05-10
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