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生信技能树学习笔记 Day 2
ggplot2参数设定① 形状(shape)标识选择图片② color & fill 区分：color指边框颜色，fill指内容物颜色，如果二者颜色不一致，color和fill都要写③ 分面：指按照数据的某一列把数据分成几张子图
52120编辑于 2023-02-07 生信学习笔记
生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。 2.R语言作图2.1 利用R语言中自带的数据集进行作图学习plot(rnorm(50))#plot 绘制图形的函数；rnorm(50)随机产生正态分布的50个数boxplot(iris$Sepal.Length
21410编辑于 2024-03-08生信学习笔记
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda
26410编辑于 2024-03-07- 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 2——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年11月28日一、Linux相关知识参考生信星球公众号文章生信小白第一天-0成本召唤linux★重点：了解windows安装子系统，实现在win上运行linux二、服务器运行 Linux软件通过Xshell 访问服务器（从官网下载安装）Xshell使用方法1.输入命令：ssh 用户名@ip进入密码输入界面；2.输入密码进行连接3.成功连接三、常用命令学习pwd显示当前路径mkdir mv移动文件，mv 456.txt 2tmp将456.txt移动到2tmp；并且，mv 123.txt 789.txt可以实现重命名。
29600编辑于 2023-11-28 生信学习笔记
生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成
21010编辑于 2024-03-06生信学习笔记
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x [4]x[-4]x[2:4]x[-(2:4)]x[c(1,5)]数据框重点：一定要将示例数据保存在工作目录下！！！
22810编辑于 2024-03-09生信学习笔记
DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
29110编辑于 2024-03-05- 来自专栏学习1221
生信笔记2
文件名称出现在代码里必然在实际参数的地方，必须带引号，且在能识别文件名称的函数括号里，实际参数位置上
22970编辑于 2023-06-16 生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cd test2-bash: cd: test2: No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 .txt': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cat test2cat: test2: No such file or
48000编辑于 2024-01-19- 来自专栏生信星球学习小组每日作业
生信星球学习小组-Day2学习笔记--召唤Linux
2.怎样登录服务器--Xshell和terminalMac电脑可通过自带的terminal(终端)登陆服务器 首先输入ssh 用户名@ip地址，然后点回车图片之后会让你输入密码，输入的密码不会显示，输入完点击回车即可 home/test #将 test.txt 移动到 /home/test 目录中创建目录mkdirmkdir test #创建了一个名为 test 的新目录mkdir -p test/test1/test2
71090编辑于 2023-02-08 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
2.服务器可以配置自己的Rstudio，供大家远程登陆，用浏览器打开后面加上：8787就可以登录，但是阿里云并没有自带，用自己电脑完全可以。 今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 查看这一篇，养成好习惯： https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA 2.显示文件列表 直接打命令不跟路径会显示哪里？ 3.加减乘除 1+2 回车 4.赋值 赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框，Environment
59310编辑于 2024-02-25第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球
拿小本本记下来（1）R的规范赋值符号是<-，也可以用=代替（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行 （3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。 x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。 2.从向量中提取元素（1）根据元素位置#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2: 4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5)] #第1个和第5个元素（2）根据值x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素Part2 X1,X2A,1B,C,D,3E,小抄截图中显示的NA表示空值，所以新建的时候像我一样空着就好。
51410编辑于 2024-02-24第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球
R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 = c(1,2,3,4,5,6))test2 1.內连inner_join,取交集inner_join(test1, test2, by = "x") 2.左连left_joinleft_join( test1, test2, by = 'x')left_join(test2, test1, by = 'x') 3.全连full_joinfull_join( test1, test2, by = ' ()函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))test2test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400))test3bind_rows(test1, test2)bind_cols
42510编辑于 2024-02-25- 来自专栏Chocolate Ice 学习笔记
生信学习小组Day2笔记-Chocolate Ice
因而Linux系统受到了广大生信研究者的青睐。目录与路径概念在Linux系统中很重要。 ------微信公众号：生信星球召唤Linux接触使用Linux有多条途径。可以在个人电脑上安装Linux系统，但对于电脑的配置有要求，也可以通过本地服务器或者云服务器使用Linux。 ------微信公众号：生信星球1. pwdpwd: print working directory作用：pwd显示当前路径示例：图片2. mkdirmkdir: make directory作用：mkdir rmdir tmp: 删除空目录"tmp" # rmdir: remove directory （3）rm-r tmp2: 删除非空目录"tmp2" # -r：recursive，递归 #mv 文件名 路径 （2）mv file1 file2: 将file1重命名为file2示例：图片图片Day2总结图片
77360编辑于 2023-01-10 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 2 —— 橙子🍊
① 服务于supercomputer的OS② 开源，能方便运行大量数据2、常用linux代码pwd #显示当前路径mkdir … #创建空目录ls #显示列表rm … #删除文件rmdir head … #显示前10行tail … #显示后10行head -n3 … #显示前3行|3可替换tail -n3 … #显示后3行cp file1 file2 #复制file1，命名file2mv #移动或重命名图片生信星球学习小组
26380编辑于 2023-10-22 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信课程note-2
seq(from = 2,to = 15,by = 2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 # 2.生成向量，内容为："student2" "student4" "student6 seq(2,100,2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 "AC104581.1" "MPP2" "ATP2A2" "SNRPE" ## [19] "PRSS8" "ZNF461" "CECR5" "LCP1" ## [43] "OR2D3" "LIPE" "LIPE" "CANX" "ATP6V1B2" "MARC2" z = rnorm(n=10,mean=0,sd=18) z[z<(-2)] ## [1] -4.657298 -8.565170 -18.576409 -2.250447 引自生信技能树 This
53320编辑于 2023-02-06 - 来自专栏生信学习小组
生信学习day2
图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 3.怎样召唤linux--阿里云服务器（1）单纯linux，用U盘安装一下纯linux系统，推荐CentOS或者Ubuntu整个过程大概只需要20分钟；（2）Windows10上的linux（3）本地服务器上的 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
34710编辑于 2024-01-17 - 来自专栏小张的学习笔记
生信技能树学习笔记1
=2. is族函数is.numeric("A") ## [1] FALSE##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSE3. as族函数实现数据类型之间的转换as.numeric("4")## [1 数据结构向量（一串数据，数据框中单独拿出一列是向量，视为一个整体，一个向量只能有一种数据类型，可以有重复值）数据框（约等于表格，一列只能有一种数据类型）矩阵列表4.1 向量的生成c(2,3,15,5,7 )## [1] 2 3 15 5 7c(1:9)## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9rep("x",times=3)## [1] "x" "x" "x"##有重复的用rep()，有规律的序列用 4.4 利用循环补齐简化代码（1）等位运算（2）向量长度不相等以长的为主paste0("student",seq(2,5,2))## [1] "student2" "student4"paste0(rep ("student",times=7),seq(from=2,to=15,by=2))## [1] "student2" "student4" "student6" "student8" "student10
71120编辑于 2023-05-10 - 来自专栏叶潭生信笔记
生信技能树数据挖掘笔记
行名数据框取子集图片图片图片图片图片图片图片数据库数据框的修改图片图片图片图片图片图片图片矩阵新建和取子集（不支持$）图片矩阵的的转置、转换图片图片图片矩阵画热图图片图片列表的的新建和取子集图片l[[2] ]:取第二个子集，再取矩阵的子集列表支持$图片图片数据结构的总结图片函数和R包图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片R包图片图片1.CRAN网站图片2.bioconductor图片3.github图片图片安装需要加引号 sort(a)tail(a,3)tail(sort(a),10)head(sort(a,decreasing = T),10)load("test2.Rdata")a = apply(test,1,var
1.1K10编辑于 2023-02-08 - 来自专栏学
生信星球 学习小组 DAY2 笔记 linux简单使用 咸鱼
图片 图片 图片 cat 与 head 命令的使用 cat 文件名 打开文件 图片 head -n 2 显示文件的前两行，如果不输入-n 参数默认显示前10行 cat 与 head 一起使用： 图片 复制文件 只需写出文件夹名就好，不用写全路径） 图片 ls 加-l参数查看文件中所有文件及文件夹的详细信息 图片 递归建立层级目录 创建文件夹使用mkdir 命令时加入 -p参数即可递归创建层级目录 mkdir 1/2/ 3/4/5/6 #1、2、3、4、5、6为嵌套的文件夹： 图片 删除层级目录 rm -r 文件夹名 （可与删除普通文件夹通用） 图片
489100编辑于 2023-06-27
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