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生信星球——生信入门DAY7:测序
今天的笔记是自己记的Goodnotes，字比较丑请见谅…………关于测序的入门，零基础的非常推荐【陈巍学基因】视频1，讲的很清晰，可以对二代测序有一个最基本的了解。
21210编辑于 2024-01-24- 来自专栏图形化开放式生信分析系统开发
图形化开放式生信分析系统开发 - 9 Illumina测序仪测序数据自动拆分
、如何识别下机数据目录 Illumina测序仪下机数据文件夹命名： YYMMDD_machinename_XXXX_FCXXXX YYMMDD 为上机日期 machinename为该测序仪唯一命名编号 目录结构为： [Sample Project]/[Sample ID]/[Sample Name]S*_R1_*.fastq.gz 记住此目录结构，为了拆分数据得到的数据与后续生信pipeline连接做全自动分析 四、与系统交互从样本信息中生成SampleSheet.csv 如果要用程序生成SampleSheet文件，这里就会用到图形化开放式生信分析系统开发 - 2 样本信息处理文章里样本信息的字段信息。 ? 上机编号即对应于Illumina测序仪下机数据目录，前两个字段 五、与分析流程对接，实现拆分数据与数据分析联动 需要完成的工作： 请求系统根据样本信息生成SampleSheet，并下载到本地下机数据目录 如： ${pn}/${id}/^${sn}_S[a-zA-Z0-9_.\-]+_R1_[0-9]+.fastq.gz$ ${pn}/${id}/^${sn}_S[a-zA-Z0-9_.\-]+
3.1K01发布于 2020-01-17 - 来自专栏学
生信星球-生信自学小组 DAY7 测序基本知识
sanger法一代测序基本原理Sanger法是基于DNA合成反应的测序技术，又称为SBS法、末端终止法。1975年由Sanger提出，并于1977发表第一个完整的生物体基因组序列。 Illumina二代测序的基本原理基本原理：将dNTP的3'-OH以叠氮集团RTG(Reversible Terminating Group,可逆末端基团)进行修饰；将4种碱基分别与不同的荧光分子连接； 经过不断的扩增和变性循环，最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束，每一个束都含有单个DNA模板的很多份拷贝，进行这一过程的目的在于实现将碱基信号强度放大，以达到测序所需的信号要求。图片
61850编辑于 2023-07-02 - 来自专栏我的生信入门
生信入门day7—测序入门
测序原理测序是测生物体的遗传信息一代测序：sanger发明的70年代的双脱氧终止反应法原理如下：DNA的基本组成单位是单脱氧核苷酸（dNTP)，dNTP5点位和3点位各有一个羟基。 二代测序：illuma公司的合成测序方法为主流原理如下：桥式PCR扩增--DNA链进入flow cell(流动池)配对互补后，加入DNTP和聚合酶合成、加入NAOH碱溶液解开，加入中性溶液又折叠再次互补 测序过程加入4种红黄蓝绿不同荧光标记的dNTP进行互补配对，通过荧光判断碱基是哪一种二次测序读取Index（最开始文库里人工加的DNA接头），可以确认DNA片段来自哪个样本
37010编辑于 2023-10-16 - 来自专栏生信入门
生信星球Day7 测序知识
今日学习内容：测序原理第一、二、三代测序的优缺点了解组学的分类---图片---资料来源：测序的世界生信小白第6天-初涉测序生信小白第8天 名词结构化测序技术原理及常用数据格式简介DNA 测序技术的发展： 第三代测序法测序发展史：150年的风雨历程---感悟：今天学习到了测序的原理和发展，对于之前不了解的概念和困惑有了答案。 7日的学习旅程即将抵达结束的终点，这段时间的所学所获像是推了一把在生信门前徘徊的我，从对一切睁眼瞎变成对前方道路有了指示牌，更有动力继续学习和摸索下去。感谢生信星球的豆豆和花花~
27030编辑于 2023-07-24 生信入门DAY7-9
本篇内容引自生信技能树 DAY7-9 课前提问： 1、为什么要做数据挖掘？ 即用别人的数据用在自己的文章里面，多半是从别人的数据里筛选自己想要的基因。 3、数据从哪里来？ 不分方向：GEO 肿瘤专属：TCGA、ICGC、CCLE 4、有哪些测序手段可以测到这样的表达量？ 3、数据库介绍 数据集、系列（GSE）、芯片（平台）（GPL）、样本（GSM）； 探针：从基因上截取出一小段短的序列，探针的表达量代表基因的表达量。 str_detect(pd$fake,"c");table(k2) pd = pd[k1|k2,] } #(3)让exp列名与pd的行名顺序完全一致 #函数identical，判断是否一致，包括数据类型和数据结构 step2output.Rdata") #比较复杂的探针注释参考资料 #资料1：拆分取列https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen/kzgwzl/sv262capcgg9o8s5
52310编辑于 2025-05-22Day7-i 生信星球学习--测序知识
Day7-i 生信星球学习--测序相关知识双脱氧核苷酸 ddNTP一代测序（Sanger测序）准确性高，通量低，成本高二代测序读长短，拼接困难，PCR技术增加了测序的错误率1.Roche公司的454技术平台 ：flowcell： 测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lanelane： 测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile： 每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的双端测序： 可能序列比较长有四五百 ，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）边合成边测序（sequence by synthesis, SBS）～合成构建DNA文库上样 桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）（1）全基因组测序 1）获得物种或者组织的转录本信息（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等（3）发现新的基因（4）基因结构优化（5）发现可变剪切（6）发现基因融合（7）基因表达差异分析蛋白质组学（1）蛋白质组数据处理 、蛋白及其修饰鉴定（2）构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用（3）蛋白质结构功能预测（4）蛋白质连锁图代谢组学（1）代谢物指纹分析（2）代谢轮廓分析
29900编辑于 2024-02-25- 来自专栏生信情报站
生信软件 | FastQC（质量控制，查看测序质量）
生信软件 | FastQC 介绍 高通量测序数据的高级质控工具 输入FastQ，SAM，BAM文件，输出对测序数据评估的网页报告 安装 conda install fastqc 这里需要安装Conda 这是 read length = 100 的scRNAseq数据，横轴为read位置，纵轴是quality。 quality = -10*log10§，p为测错的概率。 横轴为位置，纵轴为百分比 正常测序数据为频率相近的四种碱基，无位置差异。表现在图上的话，四条线应该是平行且接近。 N 代表测序仪不能识别的碱基，横轴代表read位置，纵轴代表占比 如果正常测序，红线应该是趋近与0的直线 当任意位置N占比大于5%，报警告；大于20%，报错 Sequence Length Distribution 横坐标为重复（duplication）的次数，纵坐标为reads的数目，以unique reads的总数作为100% 比如，当unique reads数大约为10%时，有两个重复；正常测序开始较高，后续趋近
2.6K30发布于 2021-01-13 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
生信干货~测序文件还是应该质控的
质控 算是补充前面的课程，下别人的数据质控还是要做的~ Talk Less，Show Dry-Goods 安装 你需要准备的软件Fastqc与cutadapter安装方法：加入星球的或者购买镜像的conda 3~4个月第二章讲述一部国自然申请书的诞生记Chris生命科学小站网易云课堂第一学期，配合Chris生信初级教程与Chris课题与文章辅导完成直播课程。 2、已经加入Chris生信初级教程，想加入Chris课题与文章辅导的成员补差价就可以而Chris课题与文章辅导的成员赠送Chris生信初级教程3、经已加入的成员邀请加入Chris生信初级教程/Chris 重要的是，站长决定为了庆祝Chris生命科学小站成功入驻网易云课堂，发放优惠券了面值59元，也就是说你只需要花99元即可购买价值158元的Chris生信初级教程还等什么，赶紧领券加入学习吧！ 教程主讲人介绍 就是站长本人啦Chris Lou，医学专业硕士不知名的大学毕业，现就职一家医院，苦逼规培中····硕士阶段有幸得到了比较完整的魔鬼式的科研训练发表SCI论文9篇，以第一作者发表SCI论文三篇
41120编辑于 2023-03-02 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）
安装 二、使用 1、建立索引 2、STAR 比对 三、原理 聚类、拼接和评分 零、介绍 STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference），用于将测序的
6.6K21发布于 2021-07-19 生信技能树Day9 GEO数据挖掘 差异分析
差异分析表格二分组数据差异分析#差异分析 limmalibrary(limma)design = model.matrix(~Group) # 生成模型矩阵fit = lmFit(exp,design) fit = eBayes(fit)deg = topTable(fit,coef = 2,number = Inf)分组多代码更复杂为deg数据框添加几列1.加probe_id列，把行名变成一列library 先把示例数据跑通，再把自己的数据改成示例数据的格式，最后修改参数。 ggthemes)library(org.Hs.eg.db)library(dplyr)library(ggplot2)library(stringr)library(enrichplot)(1)输入数据 clusterProfiler-book/index.html# GOplot：https://mp.weixin.qq.com/s/LonwdDhDn8iFUfxqSJ2Wew# 网上的资料和宝藏无穷无尽，学好R语言慢慢发掘~生信技能树
70611编辑于 2024-04-21- 来自专栏jerry的学习笔记
生信星球学习小组Day7-测序知识 Jerry
Sanger测序 图片 有了早期的第一次测序成功，才有了后来1983年的Kary Mullis 发明PCR测序仪，利用PCR才有了我们更加效率的NGS（二代测序）。进步的是方法，不变的是基本理念。 图文来自简书刘小泽 测序的世界 2. 有哪些类型的测序 a. 第一代测序 桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准。人类基因组计划（HGP）主要基于第一代测序技术。 但成本高、通量低的传统测序技术不能满足深度测序和重复测序等大规模基因组测序的要求。 图片 b. 第二代测序 第二代DNA测序技术(next generation sequencing，NGS )-循环阵列合成测序法。 图片 二代测序大幅度提高了测序速度，降低了测序成本，保持了高准确性。 图片 图片 图文来自微信公众号生信星球 图片 图文来自微信公众号美格科服 测序技术原理及常用数据格式简介
41330编辑于 2023-08-13 - 来自专栏生信宝典
生信分析Python实战练习 9 | 视频27
生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python Reference 一些练习题 给定FASTA int转换为整数，float转换为浮点数 用到的知识点 写程序 transferMultipleColumToMatrix.py 将文件(multipleColExpr.txt)中基因在多个组织中的表达数据转换为矩阵形式 (2分) reverse list(seq) 用到的知识点 写程序 collapsemiRNAreads.py转换smRNA-Seq的测序数据。
28741编辑于 2023-09-22 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
传统安装 三、使用 1、参考基因组比对 必需参数 可选参数（常用） 2、构建索引 官方索引 自建索引 3、一个完整例子 一、介绍 Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 ( 可以处理非常长的 Reads（即10~100kb），但它针对近期测序仪产生的 Reads 长度和误差模式进行了优化，如Illumina HiSeq 2000，Roche 454和Ion Torrent仪器 如果-指定，bowtie2则从“标准输入”或“标准输入”文件句柄中读取数据。 -S 将SAM对齐文件写入。默认情况下，对齐被写入“标准输出”或“标准输出”文件句柄（即控制台）。 -x mm10 -1 example_1.fastq -2 example_2.fastq -S example.sam 这行命令表示使用–local的比对模式，使用 mm10 的索引；这里是双末端测序 ，所以将待比对文件 example_1.fq example_2.fa 分别输入，以 example.sam 的文件输出 如果为单末端测序的话，上述命令换为： bowtie2 -p 6 -3 5 -
12.8K31发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信学习小组
生信学习小组Day7笔记--测序知识
思维导图七天居然坚持下来了，感谢小洁老师，看测序的发展史，从第一代测序到第二测序，再到现在的第三代测序，感觉发现这些的人非常聪明，感觉人类跨时代发现的伟大，让我对生信真正燃起了兴趣，也感谢这个课程让我学会了 markerdown格式的文章编辑，生信好像搞最高层级感觉还是数学和物理，觉得挺难的，但人总是应该尝试一些新的东西！！！！ 希望学习班结束我能够坚持生信的学习!
20710编辑于 2024-01-22 - 来自专栏生信星球学习小组每日作业
生信星球学习小组-Day7学习笔记--测序知识
1990年代中后期开发了几种新的DNA测序方法，并于 2000年在商业DNA测序仪中实施。这些方法统称为“下一代”或“第二代”测序 (NGS) 方法，以便将它们与包括桑格测序在内的早期方法区分开来。 与第一代测序相比，NGS 技术的典型特征是高度可扩展，允许一次对整个基因组进行测序。图片本文内容源自生信小白第6天-初涉测序生信小白第8天 名词结构化测序技术原理及常用数据格式简介测序的世界
34600编辑于 2023-02-12 生信技能树 Day8 9 GEO数据挖掘 基因芯片数据
生信技能树 图表介绍 热图 散点图 箱线图 火山图 理解logFC 主成分分析 PCA样本聚类图 基因芯片差异分析的起点是一个取过log的表达矩阵，得到数据后先看下有没有取log GEO背景知识 数据库介绍 Home - GEO - NCBI (nih.gov) 分析思路 表达矩阵 代码分析流程 数据要求 分组信息和探针注释重点学习 安装包 options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn 查找和下载数据 以GSE7305为例 网站点击链接下载 代码下载 #打破下载时间的限制,改前60秒，改后10w秒 options(timeout = 100000) options(scipen = (1)提取表达矩阵exp exp <- exprs(eSet) # exprs 提取数据的函数 dim(exp) # 多少行多少列 range(exp) # 看数据范围决定是否需要log，是否有负值，异常值 比如GPL23126 解决方法见小洁老师语雀 https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen/kzgwzl/sv262capcgg9o8s5?
1.1K22编辑于 2024-04-20- 来自专栏百味科研芝士
单细胞测序结合生信分析发优质的5分+文章
本研究中作者使用单细胞测序技术（scRNA-seq）进行研究，为深入理解LSCC肿瘤内异质性提供了基础。 二、分析流程 ? 样本2使用Singleron GEXSCOPE微流控芯片进行测序，鉴定出3,712个细胞。 2.鉴定LSCC组织的细胞组成 使用Seurat包分析测序数据：预处理过滤基因数量少于200的细胞，选择前2500个高度可变的基因进行PCA主成分分析和t-SNE算法进行数据降维，评估前50个主成分进行两阶段的聚类 此外，在测序数据中几乎没有观察p16INK4a（CDKN2A）的表达（图3A），与IHC结果一致。 对于肿瘤细胞簇的标志基因，使用TCGA数据库的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）样本进行了生存分析。通过分析配受体对列表，作者还探究了正常，肿瘤及免疫细胞之间的相互作用。
4.2K51发布于 2020-10-09 - 来自专栏生信马拉松
生信马拉松 Day9-10 GEO数据分析笔记
limma::normalizeBetweenArrays(exp)，一般齐和非常齐之间拉平 有负值： a.取过log，有少量负值——正常（取log没加1，不影响使用） b.没取过log，有负值——错误数据 里的第二栏里，带“--”说明不对应任何symbol，需要删去 7、一个探针对应多个基因（非特异性探针），难以解释，这些行直接去掉 8、对于lnkRNA不能直接用页面上的TargetID，尽量寻找symbol列 9、 ="";table(k2) ids = b[k1&k2,] 16、筛选下载数据中的部分样本进行数据分析 library(stringr) # 方法1：按照行号，能数的时候可以自己数行号 keep = c (1,2,5,6) exp = exp[,keep] pd = pd[keep,] # 方法2：按照逻辑值，根据自己的数据特点编写: # 可以是提取要保留的数据有的，也可以是不要的数据有的 # 无论如何设置 str_detect(pd$title,"and");table(keep) exp = exp[,keep] pd = pd[keep,] 总结： 小洁老师讲的真的非常好，细腻又形象，准备学生信的一定要来学一波让你丝滑入门
59900编辑于 2024-01-26 生信星球——生信入门DAY5:数据结构
个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5)] #第1个和第5个元素x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素数据框 c(a,b)]#第a列和第b列a$列名#也可以提取列（优秀写法，支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)有几个问题，如果数据没处理完 ，或者a还没被赋值的时候，save a 会报错，提示找不到a；最后的plot，即是以R内置的iris数据中的两列数据作散点图，出现一个最基础的、x轴y轴一一对应的图像。
23500编辑于 2024-01-21
腾讯云开发者
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