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生信星球——生信入门DAY7:测序
今天的笔记是自己记的Goodnotes，字比较丑请见谅…………关于测序的入门，零基础的非常推荐【陈巍学基因】视频1，讲的很清晰，可以对二代测序有一个最基本的了解。 `chmod 用3个数字来表达对 用户（文件或目录的所有者），用户组（同组用户），其他用户 的权限： 如：chmod 755 fastqc 数字7是表达同时具有读，写，执行权限：(7 = 4 + 2+ 1) 读取--用数字4表示； 写入--用数字2表示； 执行--用数字1表示; 三者皆否：0将FastQC文件夹导入环境变量echo 'export PATH=/YOUR/FASTQC PATH/
21210编辑于 2024-01-24- 来自专栏生信情报站
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
传统安装 三、使用 1、参考基因组比对 必需参数 可选参数（常用） 2、构建索引 官方索引 自建索引 3、一个完整例子 一、介绍 Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 ( 可以处理非常长的 Reads（即10~100kb），但它针对近期测序仪产生的 Reads 长度和误差模式进行了优化，如Illumina HiSeq 2000，Roche 454和Ion Torrent仪器 如果-指定，bowtie2则从“标准输入”或“标准输入”文件句柄中读取数据。 -S 将SAM对齐文件写入。默认情况下，对齐被写入“标准输出”或“标准输出”文件句柄（即控制台）。 -2 example_2.fastq -S example.sam 这行命令表示使用–local的比对模式，使用 mm10 的索引；这里是双末端测序，所以将待比对文件 example_1.fq example _2.fa 分别输入，以 example.sam 的文件输出 如果为单末端测序的话，上述命令换为： bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -U /opt/sdc/SRR
12.8K31发布于 2021-01-13 - 来自专栏学
生信星球-生信自学小组 DAY7 测序基本知识
sanger法一代测序基本原理Sanger法是基于DNA合成反应的测序技术，又称为SBS法、末端终止法。1975年由Sanger提出，并于1977发表第一个完整的生物体基因组序列。 Illumina二代测序的基本原理基本原理：将dNTP的3'-OH以叠氮集团RTG(Reversible Terminating Group,可逆末端基团)进行修饰；将4种碱基分别与不同的荧光分子连接； 经过不断的扩增和变性循环，最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束，每一个束都含有单个DNA模板的很多份拷贝，进行这一过程的目的在于实现将碱基信号强度放大，以达到测序所需的信号要求。图片
61850编辑于 2023-07-02 - 来自专栏我的生信入门
生信入门day7—测序入门
测序原理测序是测生物体的遗传信息一代测序：sanger发明的70年代的双脱氧终止反应法原理如下：DNA的基本组成单位是单脱氧核苷酸（dNTP)，dNTP5点位和3点位各有一个羟基。 二代测序：illuma公司的合成测序方法为主流原理如下：桥式PCR扩增--DNA链进入flow cell(流动池)配对互补后，加入DNTP和聚合酶合成、加入NAOH碱溶液解开，加入中性溶液又折叠再次互补 测序过程加入4种红黄蓝绿不同荧光标记的dNTP进行互补配对，通过荧光判断碱基是哪一种二次测序读取Index（最开始文库里人工加的DNA接头），可以确认DNA片段来自哪个样本
37010编辑于 2023-10-16 - 来自专栏生信入门
生信星球Day7 测序知识
今日学习内容：测序原理第一、二、三代测序的优缺点了解组学的分类---图片---资料来源：测序的世界生信小白第6天-初涉测序生信小白第8天 名词结构化测序技术原理及常用数据格式简介DNA 测序技术的发展： 第三代测序法测序发展史：150年的风雨历程---感悟：今天学习到了测序的原理和发展，对于之前不了解的概念和困惑有了答案。 7日的学习旅程即将抵达结束的终点，这段时间的所学所获像是推了一把在生信门前徘徊的我，从对一切睁眼瞎变成对前方道路有了指示牌，更有动力继续学习和摸索下去。感谢生信星球的豆豆和花花~
27030编辑于 2023-07-24 Day7-i 生信星球学习--测序知识
Day7-i 生信星球学习--测序相关知识双脱氧核苷酸 ddNTP一代测序（Sanger测序）准确性高，通量低，成本高二代测序读长短，拼接困难，PCR技术增加了测序的错误率1.Roche公司的454技术平台 ：罗氏454公司的GS FLX sequencer第二代测序技术中第一个商业化运营的测序平台2.illumina公司的Solexa/Hiseq技术平台：Illumina solexa genome analyzer3 （WGS）（2）全外显子组测序（WES）（3）简化基因组测序（RRGS）作用：（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）（2）核苷酸序列分析（3）基因定位（4）基因功能分析其它：（1）以全基因组测序为目标的结构基因组学 （2）以基因功能鉴定为目标的功能基因组学转录组学（基因表达分析）（1）mRNA-Seq（2）IncRNA-Seq（长链非编码RNA）（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）作用：（1）获得物种或者组织的转录本信息 （2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等（3）发现新的基因（4）基因结构优化（5）发现可变剪切（6）发现基因融合（7）基因表达差异分析蛋白质组学（1）蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定（2）构建蛋白质数据库
29900编辑于 2024-02-25- 来自专栏生信情报站
生信软件 | FastQC（质量控制，查看测序质量）
生信软件 | FastQC 介绍 高通量测序数据的高级质控工具 输入FastQ，SAM，BAM文件，输出对测序数据评估的网页报告 安装 conda install fastqc 这里需要安装Conda 这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 使用 fastqc -t 12 -o out_path sample1_1.fq sample1_2. 文件格式name[tab]sequence -k --kmers：指定kmers长度（2-10bp,默认7bp） -q --quiet： 安静模式 文档：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk 横轴为位置，纵轴为百分比 正常测序数据为频率相近的四种碱基，无位置差异。表现在图上的话，四条线应该是平行且接近。 N 代表测序仪不能识别的碱基，横轴代表read位置，纵轴代表占比 如果正常测序，红线应该是趋近与0的直线 当任意位置N占比大于5%，报警告；大于20%，报错 Sequence Length Distribution
2.6K30发布于 2021-01-13 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
生信干货~测序文件还是应该质控的
质控 算是补充前面的课程，下别人的数据质控还是要做的~ Talk Less，Show Dry-Goods 安装 你需要准备的软件Fastqc与cutadapter安装方法：加入星球的或者购买镜像的conda 3~4个月第二章讲述一部国自然申请书的诞生记Chris生命科学小站网易云课堂第一学期，配合Chris生信初级教程与Chris课题与文章辅导完成直播课程。 第二学期，看看大家的投票来决定讲什么吧~ 来说说优惠 1、已经加入Chris生信初级教程和Chris课题与文章辅导的成员，参加直播的我会在直播前统计发放课程Chris生命科学小站网易云课堂优惠券。 2、已经加入Chris生信初级教程，想加入Chris课题与文章辅导的成员补差价就可以而Chris课题与文章辅导的成员赠送Chris生信初级教程3、经已加入的成员邀请加入Chris生信初级教程/Chris 重要的是，站长决定为了庆祝Chris生命科学小站成功入驻网易云课堂，发放优惠券了面值59元，也就是说你只需要花99元即可购买价值158元的Chris生信初级教程还等什么，赶紧领券加入学习吧！
41120编辑于 2023-03-02 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）
文章目录 零、介绍 一、安装 二、使用 1、建立索引 2、STAR 比对 三、原理 聚类、拼接和评分 零、介绍 STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference ），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。 2、STAR 比对 STAR --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --runThreadN 20 \ --genomeDir . /hg38_index \ --readFilesIn seq_data_1.fastq seq_data_2.fastq \ --outFileNamePrefix . 随后 STAR 将再次仅搜索读数的未映射部分，以找到与参考基因组完全匹配的下一个最长序列 MMP，即seed2，以此类推。 ? 这种 Read 顺序搜索是 STAR 算法效率的基础。
6.6K21发布于 2021-07-19 生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cd test2-bash: cd: test2: No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 .txt': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cat test2cat: test2: No such file or
46100编辑于 2024-01-19- 来自专栏DJ生信学习笔记
生信技能树-数据挖掘Day2
Day2主要内容：向量一、向量生成二、单个向量操作三、两个向量操作四、向量筛选（取子集）图片图片图片图片图片图片1、比较运算 2、数学计算 3、连接图片循环补齐发生的条件：等位运算；两个向量长度不相等图片图片图片图片图片 unexpected是代码错误的关键词图片图片图片引用自生信技能树
18600编辑于 2023-08-08 - 来自专栏jerry的学习笔记
生信星球学习小组Day7-测序知识 Jerry
Sanger测序 图片 有了早期的第一次测序成功，才有了后来1983年的Kary Mullis 发明PCR测序仪，利用PCR才有了我们更加效率的NGS（二代测序）。进步的是方法，不变的是基本理念。 图文来自简书刘小泽 测序的世界 2. 有哪些类型的测序 a. 第一代测序 桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准。人类基因组计划（HGP）主要基于第一代测序技术。 但成本高、通量低的传统测序技术不能满足深度测序和重复测序等大规模基因组测序的要求。 图片 b. 第二代测序 第二代DNA测序技术(next generation sequencing，NGS )-循环阵列合成测序法。 图片 二代测序大幅度提高了测序速度，降低了测序成本，保持了高准确性。 图片 图片 图文来自微信公众号生信星球 图片 图文来自微信公众号美格科服 测序技术原理及常用数据格式简介
41330编辑于 2023-08-13 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信课程note-2
title: "noteH" output: html_document date: "2023-02-06" class 2 2.1数据类型转换的优先顺序： 数值型会转变成字符型 c(1,"a") seq(from = 2,to = 15,by = 2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 # 2.生成向量，内容为："student2" "student4" "student6 " # 3.将两种不同类型的数据用c()组合在一起，看输出结果 c(1,"a") ## [1] "1" "a" c(TRUE,"a") ## [1] "TRUE" "a" c(1,TRUE) ## [1 seq(2,100,2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 z = rnorm(n=10,mean=0,sd=18) z[z<(-2)] ## [1] -4.657298 -8.565170 -18.576409 -2.250447 引自生信技能树 This
52120编辑于 2023-02-06 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 2 —— 橙子🍊
① 服务于supercomputer的OS② 开源，能方便运行大量数据2、常用linux代码pwd #显示当前路径mkdir … #创建空目录ls #显示列表rm … #删除文件rmdir head … #显示前10行tail … #显示后10行head -n3 … #显示前3行|3可替换tail -n3 … #显示后3行cp file1 file2 #复制file1，命名file2mv #移动或重命名图片生信星球学习小组
25380编辑于 2023-10-22 - 来自专栏生信学习小组
生信学习day2
图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 3.怎样召唤linux--阿里云服务器（1）单纯linux，用U盘安装一下纯linux系统，推荐CentOS或者Ubuntu整个过程大概只需要20分钟；（2）Windows10上的linux（3）本地服务器上的 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
33710编辑于 2024-01-17 - 来自专栏图形化开放式生信分析系统开发
图形化开放式生信分析系统开发 - 9 Illumina测序仪测序数据自动拆分
为了实现完整的自动化，本文讲述如何与Illumina测序仪衔接，实现下机数据自动拆分（测试过的机型MiSeq,NextSeq500）。 R 下机数据目录 --sample-sheet samplesheet文件所在位置 --outputdir / -o 输出目录 二、如何识别下机数据目录 Illumina测序仪下机数据文件夹命名 目录结构为： [Sample Project]/[Sample ID]/[Sample Name]S*_R1_*.fastq.gz 记住此目录结构，为了拆分数据得到的数据与后续生信pipeline连接做全自动分析 四、与系统交互从样本信息中生成SampleSheet.csv 如果要用程序生成SampleSheet文件，这里就会用到图形化开放式生信分析系统开发 - 2 样本信息处理文章里样本信息的字段信息。 ? 上机编号即对应于Illumina测序仪下机数据目录，前两个字段 五、与分析流程对接，实现拆分数据与数据分析联动 需要完成的工作： 请求系统根据样本信息生成SampleSheet，并下载到本地下机数据目录
3.1K01发布于 2020-01-17 - 来自专栏生信学习小组
生信学习小组Day7笔记--测序知识
思维导图七天居然坚持下来了，感谢小洁老师，看测序的发展史，从第一代测序到第二测序，再到现在的第三代测序，感觉发现这些的人非常聪明，感觉人类跨时代发现的伟大，让我对生信真正燃起了兴趣，也感谢这个课程让我学会了 markerdown格式的文章编辑，生信好像搞最高层级感觉还是数学和物理，觉得挺难的，但人总是应该尝试一些新的东西！！！！ 希望学习班结束我能够坚持生信的学习!
20710编辑于 2024-01-22 - 来自专栏生信星球学习小组每日作业
生信星球学习小组-Day7学习笔记--测序知识
1990年代中后期开发了几种新的DNA测序方法，并于 2000年在商业DNA测序仪中实施。这些方法统称为“下一代”或“第二代”测序 (NGS) 方法，以便将它们与包括桑格测序在内的早期方法区分开来。 与第一代测序相比，NGS 技术的典型特征是高度可扩展，允许一次对整个基因组进行测序。图片本文内容源自生信小白第6天-初涉测序生信小白第8天 名词结构化测序技术原理及常用数据格式简介测序的世界
34600编辑于 2023-02-12 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信技能树-R作业-2
title=sample$Titletitle## [1] "SS2_15_0048_A1" "SS2_15_0048_A2" "SS2_15_0048_A3" "SS2_15_0048_A4 25] "SS2_15_0048_B1" "SS2_15_0048_B2" "SS2_15_0048_B3" "SS2_15_0048_B4" ## [29] "SS2_15_0048_B5" x = "MBases", fill = "plate", add = "mean", rug = TRUE)p7图片图片#14、随机取384个MBases信息，跟前面的两个plate的信息组合成新的数据框 ，第一列是分组，第二列是MBases，总共是384*3行数据。 #str()函数的作用用英语来表示是：check classification of viriables,一般用于检查数据框当中有哪些数据
72750编辑于 2023-05-19 - 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY2—分野
: 复制 cp 原文件名字+新命名文件名 cp hi.txt hihi.txt 图片 mv: 给文件重命名或者移动文件路径 mv hi.txt 路径 意思是移动hi文件到某路径下 mv hi1 hi2 意思是给hi1重命名为hi2 图片
40570编辑于 2023-09-21
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