生信星球——生信入门DAY7:测序

fastqc，linux中可以直接用wget安装`unzip fastqc_v0.11.7.zip`-->`cd FastQC`-- >`chmod755 fastqc`chmod 用3个数字来表达对 用户（文件或目录的所有者 ），用户组（同组用户），其他用户 的权限：　　如：chmod 755 fastqc　　数字7是表达同时具有读，写，执行权限：(7 = 4 + 2+ 1)　　读取--用数字4表示；　　写入--用数字2表示 ；　　执行--用数字1表示; 三者皆否：0将FastQC文件夹导入环境变量echo 'export PATH=/YOUR/FASTQC PATH/:$PATH' >> ~/.bashrcsource ~

生信星球 —— day 7

生信星球1. 一二三代测序每一代测序都是为了解决上一代的问题，但又不完美一代测序准确度高，但通量低二代测序即高通量测序，但读长短三代测序读长长，但准确度低2.

生信DAY7

生信分析中linux的使用2-文件管理

生信技能树学习笔记 Linux里的文件 1.文件的传输 2.文件的表示 文件夹管理或路径有关的符号： . 当前目录 .. /*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件 ls ../ ## 列出上层目录的文件 ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件 ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息 常见参数：-c ## 创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件） -x ## 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩） -f ## 输出结果到文件或设备 -v ## 在处理文件时显示文件（显示处理进度） -j ## 将输出重定向给bzip2命令 -z ## 将输出重定向给gzip命令 常见用法： 解压：tar [参数] [待解压包] 压缩：tar [参数] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录] 打包是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件 压缩是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件。

生信提升day7--婷

一二三代测序以及二代大体流程NGS组学分类生信星球生信星球原理视频b站up-一只小蛮腰呀，还有字数限制呀，那我写写心得，二代原理还是不太清楚，下来继续查阅文章，实验室得测序机子是BD的，看了公众号和视频都没有涉及

生信星球-生信自学小组 DAY7 测序基本知识

Sanger法是基于DNA合成反应的测序技术，又称为SBS法、末端终止法。1975年由Sanger提出，并于1977发表第一个完整的生物体基因组序列。

生信星球day7-毽子

Fastq文件→Fasta文件 Linux命令 法1：sed '/^@/! your.fasta 法2：seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta FASTX-Toolkit •一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序 ，里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。

生信入门DAY7-9

本篇内容引自生信技能树 DAY7-9 课前提问： 1、为什么要做数据挖掘？ 即用别人的数据用在自己的文章里面，多半是从别人的数据里筛选自己想要的基因。 las=2) #boxplot(exp[,seq(1,ncol(exp),4)],las=2) #随机取样的方式画图，样本数量很多的时候 #boxplot(exp[,sample(1:ncol(exp),7) id和基因symbol(没有现成的需要拆分和转换)，不同文件代码不统一，等看同学们的例子。 # 方法3 官网下载注释文件并读取 # 方法4 自主注释，了解一下 #https://mp.weixin.qq.com/s/mrtjpN8yDKUdCSvSUuUwcA save(exp,Group,ids 是表达量最离散的1000个基因，包括了组间的---- #因为整个表达矩阵画不了热图，我们挑出一部分来画 g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),1000)) #day7-

生信入门day7—测序入门

生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 介绍 Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq，sam 文件，查看SRA文件信息等 2. 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 prefetch SRR390728 下载多个文件 prefetch cart_0.krt 3.2 抽取fastq文件 fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq *

生信马拉松 Day7

stage i、stage iib、stage iva等，只想保留分期信息 str_remove_all(a$tumor_stage.diagnoses,'stage |a|b') 4.如何进行长脚本的管理 1.可以用if(F){}来进行长脚本的管理，带有{}的代码，可以被折叠 2.分成多个脚本，每个脚本最后保存Rdata，下一个脚本开头清空再加载，不推荐表格文件 生信技能树，生信马拉松

生信星球Day7 测序知识

今日学习内容：测序原理第一、二、三代测序的优缺点了解组学的分类---图片---资料来源：测序的世界生信小白第6天-初涉测序生信小白第8天 名词结构化测序技术原理及常用数据格式简介DNA 测序技术的发展： 7日的学习旅程即将抵达结束的终点，这段时间的所学所获像是推了一把在生信门前徘徊的我，从对一切睁眼瞎变成对前方道路有了指示牌，更有动力继续学习和摸索下去。感谢生信星球的豆豆和花花~

生信技能树笔记day7

---title: "生信技能树学习笔记"author: "天空"date: "2023-01-04"output: html_document---R语言综合应用1. ,result)## [,1] [,2]## [1,] 5 5## [2,] 6 11## [3,] 0 11## [4,] 3 14(3) 长脚本管理方式之一图片 \u0094\u009f信<e6>\u008a\u0080<e8>\u0083<bd><e6><a0>\u0091<e7><ac>\u0094记day7.html" ## [19] "<e7>\u0094 \u009f信<e6>\u008a\u0080<e8>\u0083<bd><e6><a0>\u0091<e7><ac>\u0094记day7.Rmd"dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以 .R结尾的文件## [1] "0_pre_install.R" ## [2] "1_<e7>\

生信学习小组day7土

sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）作用：（1）获得物种或者组织的转录本信息（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等（3）发现新的基因（4）基因结构优化（5）发现可变剪切（6）发现基因融合（7）

生信星球学习小组笔记 Day 7——LIU

生信星球学习小组笔记 2023年12月3日之前学习生信完全靠零碎的知识点凑凑补补，“知其然不知其所以然”，忘记了最重要的是了解原理，即测序的原理，今天对测序的发展和原理有了基本的框架，至少不会闹出NGS 测序发展史：https://mp.weixin.qq.com/s/GReWY8yq7O_xVnajknrHZQ测序原理整理和相关数据格式介绍：https://mp.weixin.qq.com/s/zPa2G5gzl-sTFAi-qAzbvA

生信技能树- R语言-day7

放弃match的解法load("matchtest.Rdata")rownames(x) = x$file_namex = x[colnames(y),]colnames(y) = x$ID2.一些搞文件的函数 ----dir() # 列出工作目录下的文件dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以.R结尾的文件file.create("douhua.txt") #用代码创建文件file.exists ("douhua.txt") #某文件在工作目录下是否存在file.remove("douhua.txt") #用代码删除文件file.exists("douhua.txt") #删掉了就不存在啦可以批量的新建和删除 f = paste0("douhua",1:100,".txt")file.create(f)file.remove(f)重要的函数多脚本的管理便于方面管理的文件夹save(赋值各个文件名,file = "xxxx.Rdata/Rdata")../ 读取上一级文件夹

Day7生信星球小组学习-LuKa

Day7生信星球小组学习-LuKa测序技术是指测定核酸或氨基酸等生物分子序列的技术。自从人类发现DNA以来，经过了100多年的努力，人类终于通过测序技术，得以阅读和理解生命的密码。

生信学习小组笔记Day7- 刘

第一代测序技术——Sanger 图片 第二代测序技术——以illumina为例 图片 第三代测序技术 图片 今天是在生信星球学习的最后一天，感谢gewei 老师七天的陪伴，通过这七天的学习，为我正式踏入生信的学习之路提供了很好的指引

生信入门课DAY7--向逸一

原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY 密码： 密码：bxsry4

Day7-i 生信星球学习--测序知识

Day7-i 生信星球学习--测序相关知识双脱氧核苷酸 ddNTP一代测序（Sanger测序）准确性高，通量低，成本高二代测序读长短，拼接困难，PCR技术增加了测序的错误率1.Roche公司的454技术平台 sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）作用：（1）获得物种或者组织的转录本信息（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等（3）发现新的基因（4）基因结构优化（5）发现可变剪切（6）发现基因融合（7）