生信星球 day 6

半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_joinsemi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join6. 简单连接：bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数生信星球

生信星球——生信入门DAY6:学习R包

source() : source使R直接接受来自命名文件、URL或表达式的输入，比如source(“Functions.R”)。 从该文件读取和分析输入，直到到达文件的结尾，然后在选定的环境中按顺序解析表达式。简单来讲，library更像装载，require不会报错，source装载的方式则不太一样。

生信分析中linux的使用2-文件管理

生信技能树学习笔记 Linux里的文件 1.文件的传输 2.文件的表示 文件夹管理或路径有关的符号： . 当前目录 .. /*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件 ls ../ ## 列出上层目录的文件 ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件 ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息 常见参数：-c ## 创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件） -x ## 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩） -f ## 输出结果到文件或设备 -v ## 在处理文件时显示文件（显示处理进度） -j ## 将输出重定向给bzip2命令 -z ## 将输出重定向给gzip命令 常见用法： 解压：tar [参数] [待解压包] 压缩：tar [参数] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录] 打包是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件 压缩是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件。

第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球

R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 ",'D'))test1test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'),                     y = c(1,2,3,4,5,6) test1, y = test2, by = 'x') 5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') 6. 函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x = c(5,6)

生信入门DAY5-6

DAY5 本篇内容引自生信技能树 六、R语言作图 1、作图分三类 #作图分三类 #1.基础包 略显陈旧 了解一下 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text ，函数pdf要与文件的后缀一样，还有其它的小伙伴，查帮助文档。 5、画图扩展部分 （1）STHDA网站 （2）工作目录里有扩展学习的代码 （3）小洁老师语雀画图合集 DAY6 七、R语言的综合运用 引自生信技能树 1、玩转字符串 引自生信技能树 rm(list = () #和文件打交道 （6）file.remove() #和文件打交道 7、GEO网页介绍 （1）筛选 基因芯片/常规转录组和单细胞转录组 （2）检查 样本数量，建议不少于6个 （3）具体的某个GSE ⑤GSM芯片数据基因表达量的数据范围：0~20 取过log2的数据；0~几万 没取log2；有<0 的，不正常数据，只能处理原始数据重新获得表达矩阵 ⑥GEO文件下载：只有芯片数据的文件大小是兆（M），

生信星球Day6 conda

今日学习内容：了解conda下载和安装miniconda下载个软件看看---condaconda是linux的软件商店minconda包含了Python和conda，可用于生信使用装载miniconda 下载搜索“miniconda 清华”，找到镜像网站查询服务器版本：uname -a复制最新版本的链接回到服务器：先cd biosoft，再wget 链接安装根据最新版本的文件名bash Miniconda3

生信提升day6-婷

的平均值和标准差dplyr两个实用技能1：管道操作%in%（ctr+shift+m），一步实现三步操作，简便2：count()#统计某列的重复值unique报错原因，没有区分大小写#dplyr处理关系数据6： 简单合并思维导图生信星球

生信学习小组day6--大姚

x'), z = c("A","B","C",'D')) test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), y = c(1,2,3,4,5,6) test1, y = test2, by = 'x') 5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') 6. c(10,20,30,40)) test1 ## x y ## 1 1 10 ## 2 2 20 ## 3 3 30 ## 4 4 40 test2 <- data.frame(x = c(5,6) , y = c(50,60)) test2 ## x y ## 1 5 50 ## 2 6 60 test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400)) test3

Day6-i 生信星球学习

Day6-i 生信星球学习安装&加载R包&使用镜像设置options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))清华源

Day6生信入门—R包

R语言有丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 还是会回到官方镜像，可以查询options()$BioC_mirror，如果依然是自己设置的国内镜像，就不用管了；如果发现需要再重新运行一遍代码进行设置，那么使用下面的高级模式 ### 高级模式 使用R的配置文件 .Rprofile 图片 1）首先用file.edit()来编辑文件：file.edit('~/.Rprofile') 2) 然后在左上添加两行options代码： options("repos" =  D')) test1 test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'),                      y = c(1,2,3,4,5,6)  = test2, by = 'x') ## 5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') ## 6.

生信马拉松 Day6

的特殊语法：列名不带引号，画同一个图片的两个函数之间用“+”连接1.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状，线型等）方法1：手动设置，注意需要把实际参数设置为有意义的值颜色：代表颜色的字符串如“#F8E6FF Plots的Export之外的图片保存方法但是存的时候都是按照Plots画板展示的比例存哦~方法1：ggplot系列通用ggsave保存（当然也包括ggpurb）已经在右下角画板里展示的的，就ggsave('文件名 ')，注意要写上文件名后缀，如jpeg、png等右下角画板没有的，可以ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png"):方法2：三段论1.保存的函数及文件名，如pdf ('test.pdf')、jpeg('test.jpeg')，注意文件的后缀名和函数必须一致2.写作图代码，注意基础包画图，不同的函数连接不需要加“+”3.dev.off()方法3：eoffice包可以导出为 shape=Species,color=Species))+ coord_flip()+ theme_bw()+ scale_fill_manual(values = c('#C4B4F5','#F8E6FF

生信星球学习day6-毽子

返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join图片5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')图片6.

生信星球学习day6-毽子

（6）表格在R语言中改名叫数据框^_^ （7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：? （8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看） --生信星球 part1：向量 元素包括：数字或者字符串（用chr表示）等 标量：一个元素组成的变量 向量：多个元素组成的变量 图片 赋值 x<- c(1,2,3 - X[a:b]#第a列到第b列 - X[c(a,b)]#第a列和第b列 - X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列） （6）

生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 介绍 Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq，sam 文件，查看SRA文件信息等 2. 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 prefetch SRR390728 下载多个文件 prefetch cart_0.krt 3.2 抽取fastq文件 fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq *

Confluence 6 管理文件

文件是被附加到 Confluence 的页面上的。请参考 Upload Files 页面中的内容来了解如何附加文件到页面中。 一旦文件被附加到页面上了，你可以下载，删除和编辑这些文件。 例如，你可以根据需要上传一个文件的新版本，或者修改附加的页面为别的页面。 下载附加文件 任何具有查看页面权限的用户同时也可以下载页面中附加的任何文件。 希望下载一个单独的文件： 在文件预览中，单击 下载（Download） Go to   > Attachments 然后在文件名上单击右键线程保存链接。 希望将页面中附加的所有文件下载成 zip 文件： Go to   > Attachments 单击 下载全部（Download All）。 https://www.cwiki.us/display/CONF6ZH/Manage+Files

Day6生信星球小组学习-LuKa

Day6-学习R包生信星球小组学习-LuKaR包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；

生信技能树-R语言-day6

alpha = 0.5, # 透明度 50% shape = 6,

生信星球学习小组Day6-云朵

安装和加载R包1.1.镜像设置#是为了加快R包的安装下载速度，要用到R的配置文件.Rprofile首先用file.edit()来编辑文件：file.edit('~/.Rprofile')然后在其中添加好下面的两行

生信星球学习小组笔记 Day 6——LIU

生信星球学习小组笔记 2023年12月2日一、R包的下载与装载设置镜像（解决因网络问题不能下载）options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn package")即可二、R包的使用方法（以dplyr包为例）*示例数据test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]> head(test) #head()函数观察下数据的前6行 2.7 5.1 1.9 virginica5 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa6

生信星球 DAY-6 dplyr基本函数