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生信星球——生信入门DAY4:R语言
2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面四个象限分别代表：编辑器对象/变量+历史命令脚本运行与结果显示文件/图片/包3.学会外观设置和基本操作从最简单的函数开始plot(rnorm 但是还是搜了一圈才搞清楚它的意思：boxplot即箱线图，iris是机器学习中很经典的数据集，sepal.length花萼长度，species是分类结果，col=c（）即颜色，最终得到一个经典的箱线图：基本操作：管理工作目录如果同时要处理几个项目 ，推荐先建立一个新文件夹，如若下次想打开此项目，先进此文件夹，点击相应的文件.rproj文件，防止出错。 显示文件列表dir()list.files()和linux中的ls一个意思。加减乘除常规+-*/。
40010编辑于 2024-01-21- 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 Day 4 —— 橙子🍊
源自生信星球，由于有R基础，内容1、2、3跳过了基础代码1、显示文件列表（右下角窗口file直接有显示，在R中其实不那么重要）dir()list.files()图片2、显示历史命令（右上角history
32630编辑于 2023-10-24 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析中linux的使用2-文件管理
生信技能树学习笔记 Linux里的文件 1.文件的传输 2.文件的表示 文件夹管理或路径有关的符号： . 当前目录 .. 上一级目录 ~ 家目录：每个用户的家目录都不同 / 只有当 / 在路径的最前面时才是根目录， 其他位置的 / 都是目录层级分隔符 3 . 4.系统操作命令 例如 5.关于文件的操作命令 命令 常见用法 /*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件 ls ../ ## 列出上层目录的文件 ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件 ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息 常见参数：-c ## 创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件） -x ## 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩） -f ## 输出结果到文件或设备 -v ## 在处理文件时显示文件（显示处理进度） https://wizardforcel.gitbooks.io/vbird-linux-basic-4e/content/ 鸟哥的Linux私房菜：基础学习篇 第四版（在线阅读版）
31710编辑于 2024-07-10 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 二.设置字体大小 三.R语言基本操作 1.用Rproject管理工作目录 所谓工作目录就是默认的读取和储存位置，也就是说，R语言只能和一个文件夹进行互动，这个文件夹非常重要，做不好就会导致你的脚本、文件 查看这一篇，养成好习惯： https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA 2.显示文件列表 直接打命令不跟路径会显示哪里？ 3.加减乘除 1+2 回车 4.赋值 赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框，Environment 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 代码可以复制，更推荐的方式是用键盘上q前面的那个tab
57410编辑于 2024-02-25生信入门Day3-4
引自生信技能树引自生信技能树DAY3三、数据结构——数据框1、数据框的来源（1）用代码新建（2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据注意：向量是一维的，且只存储一种数据类型；matrix #1.数据框来源# （1）用代码新建# （2）由已有数据转换或处理得到# （3）读取表格文件# （4）R语言内置数据#2.新建、读取数据框、内置数据df1 <- data.frame(gene = #<-之间要有空格或打个括号，不然会被当成赋值符号2、R包介绍3、R包镜像引自生信技能书使用镜像，加快R包的下载，不用从大洋彼岸去下载4、R包的安装与来源（1）CRAN网站（2）Bioconductor sdlibrary(limma)browseVignettes("limma") #不是每个包都有ls("package:limma")5、R包的安装和使用逻辑引自生信技能书引自生信技能树练习题4-1# ex1[2,4]#数据被污染，去查这个函数的帮助文档，重新设置默认参数。ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T)#header的意思就是“文件第一行是不是列名”。
49210编辑于 2025-05-15- 来自专栏笔记生信
生信提升day4-婷
以iris内置数据集画箱线图，以length为纵坐标，species为横坐标2：字体设置学到新的知识跳转以后可自行修改，蛙去~牛啊生信星球公众号
23040编辑于 2023-11-16 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 介绍 Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq，sam 文件，查看SRA文件信息等 2. 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 prefetch SRR390728 下载多个文件 prefetch cart_0.krt 3.2 抽取fastq文件 fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq *
7.2K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信星球每日学习
生信星球学习day4-毽子
生信星球调整字体大小图片1.新建project按红色框框图片设置工作目录：setwd()查看工作目录：getwd()2.显示文件列表dir()或 list.files()图片显示运算加减 1+2 回车乘方 abs（-3)赋值赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里生信星球删除变量 b <- 1c <- 4u <- 5+6rm(b)rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量代码可以复制，更推荐的方式是用键盘上q前面的那个tab键补齐。 <>代码块ol编号ul列表插入水平线|超编辑链接断移除超链接Σ插入公式 (输入 $ 快速插入)插入图片,限 2.4 MBV插入视频表插入表格|导入 Word 文档,限 10MB,只支持docx,doc文件请保存为
54900编辑于 2023-01-13 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day4
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、函数和R包1. 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5])}jimmy(1)jimmy(2)jimmy(3)jimmy(4) mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/ # 中科大镜像# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/4.
45020编辑于 2023-01-16 - 来自专栏生信马拉松
生信马拉松 Day4
就应该写成函数或使用循环#plot画iris的前四列jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5])}jimmy(1)jimmy(2)jimmy(3)jimmy(4) 默认参数作者可以为参数设置默认值不是所有的参数都要出现在使用者的代码里，没写的会使用默认值2.R包（R package）介绍R包可以理解为是多个函数的打包存放，也可以只有数据包含函数、示例数据、帮助文件 、描述文件等2.1 为什么要安装R包？ 404,http,download一般是网络异常的关键词可能原因：没联网、校园网限制、镜像没设置、镜像崩了情况6：not writable/permission denywindows专属问题，权限问题：管理员方式重新打开 影响转化为逻辑值，if(FALSE)则后面的代码被跳过，if(TRUE)则后面的代码被执行3.ls()函数ls('package:stringr') #列出包里有哪些函数生信技能树，生信马拉松
37300编辑于 2024-01-12 - 来自专栏Jely’s生信笔记
Jelys Note之生信入门class4
class 4#本文引用自生信技能树一、课前导言【R语言的版本99%的情况下没有问题，最后才应考虑是他的问题】【R语言报错让你选择时，先选否定的答案，如果还不行，就该yes就yes；而linux报错时有选择则应该优先选 x = c(2,5,6,2,9);plot(x)：横坐标是坐标、纵坐标是xx = seq(2,80,4);plot(x)：数据大了，看起来会有趋势x = rnorm(10);plot(x)：随机数x = jimmy(1/2/3/4/5)相应的画出五张点状图4.R包【找到R包的使用规则】（1）是什么？ 多个函数的打包存放：包含函数、数据、帮助文件、描述文件（2）为什么要装R包【不断在更新】具有特定的分析功能5.R包使用规律（1）R包在哪？及安装代码【怎么安装，就按什么网站来的】· CRAN网站！ 下载的方法· 方法1【代码在脚本里】· 方法2【每次使用都要运行，一次性的】options("repos"=c(CRAN=""))options(BioC_mirror="xxxx")（4）R包的安装和使用的逻辑函数存在于
43120编辑于 2023-05-17 - 来自专栏生信学习小组
生信学习day4-R语言基础
豆豆花花：所有自己的重要文件请保持云备份的习惯，推荐坚果云。 二、下载R和Rstudio生信星球 【R软件和R包安装】B站公开课认识R和R studio(1)R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。 设置字体大小R语言基本操作1.用Rproject管理工作目录!!! 工作目录就是默认的读取和储存位置，也就是说，R语言只能和一个文件夹进行互动，这个文件夹非常重要，做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑，找不到。 2.显示文件列表dir ()list.files()3.加减乘除 + - * /4.赋值赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x，
40910编辑于 2024-01-19 - 来自专栏生信宝典
生信分析Python实战练习 4 | 视频22
开源生信 Python教程 生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python 一些练习题 给定 FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa)，写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕 (2分) open(file) for .. in loop print() strip () function 用到的知识点 给定FASTQ格式的文件(test1.fq), 写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕 (2分) 同上 用到的知识点 写程序 splitName.py, (4分) 逻辑与操作符 and 文件中读取的内容都为字符串，需要用int转换为整数，float转换为浮点数 用到的知识点 写程序 transferMultipleColumToMatrix.py 将文件 x4 TCCTACGAGTTGCATGGATTC 简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置。
22950编辑于 2023-09-12 - 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 4——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年11月30日*之前已对R语言和Rstudio的基本操作有了初步的入门了解，但每次对R语言学习都能够获得“新知”。电脑用户名要设置为英文名，否则会带来潜在的麻烦。 利用Rproject管理脚本和数据文件。利用好history()命令或右上窗口 history 界面，可以对之前的命令进行回溯。 = （之前有看过相关说法，<-是R语言特有，部分老师推荐使用更简洁的=）高级绘图：ggplot2学习 参考豆豆和花花老师公众号文章https://mp.weixin.qq.com/s/jOIJLpCN4qTznPH0b-qJdw
27010编辑于 2023-11-30 - 来自专栏生信入门笔记
Day4 生信入门——R语言基础
share_source=copy_web&vd_source=ba670d5a7ca081b044384f15866b88ef 认识R和Rstudio R语言基本操作 1.用Rproject管理工作目录 显示文件列表 dir 3.加减乘除 1+2 回车 4.赋值 赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 TIP: 7.列出历史命令 history()直接点右上角的
479100编辑于 2023-10-05 - 来自专栏生信入门
生信星球Day4 学习R包
运行过程中的一些选项设置options()$repos 查看使用install.packages安装时的默认镜像options()$BioC_mirror 查看使用bioconductor的默认镜像R最重要的两个配置文件 : 一是.Renviron，能够设置R的环境变量； 二是.Rprofile，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的）首先，编辑文件file.edit iris[c(1:2,51:52,101:102),]t1 <- mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)t2 <- select(test,c(2,4) )t3 <- filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )t4 <- arrange(test, desc(Sepal.Length))t5 <
64240编辑于 2023-07-21 - 来自专栏嗨嗨嗨
生信星球学习小组Day4-土
R和Rstudio的下载安装 生信星球：【R软件和R包安装】 https://www.bilibili.com/video/BV1J44y1R7ci/? share_source=copy_web&vd_source=ba670d5a7ca081b044384f15866b88ef R语言学习：生信技能树https://m.bilibili.com/video /av25643438.htm 新建工作目录 生信星球：https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA 显示文件列表 相当于linux的ls dir（
21330编辑于 2023-06-30 - 来自专栏生信学习ing
生信星球学习小组Day4-云朵
今天的内容是R语言基础~ 继续涨芝士~1.安装R（基础）和Rstudio1.1 查看电脑用户名是中文还是英文打开一个文件夹，查看路径，看desktop的上一级。 ，清楚在哪个工作路径下，对读写文件非常重要。 Viewer，是用来显示本地网页文件。Presentation，是用于创建演示文稿的工具。它允许用户使用RMarkdown语法创建幻灯片，其中可以包括代码块、文本、图像、表格、公式等内容。 设置字体大小Tools→Global Options.. → Appearance→Editor Font size →Apply4. R语言基本操作4.1 用Rproject管理工作目录工作目录就是默认的读取和储存位置，也就是说，R语言只能和一个文件夹进行互动。
66340编辑于 2023-11-03 生信技能树-R语言-day4
不如用函数效率高可以用函数代替复制粘贴jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5]) } jimmy(1) jimmy(2) jimmy(3) jimmy(4)
20810编辑于 2024-04-19生信技能树 Day5 文件读写
文件读写1. 用project管理工作目录报错：文件不在工作目录下 no such file or directory/拼写错误（tab补齐或复制）显示文件后缀2.文件读取# read.系列函数# read.table () 读取txt格式# read.delim() 读取txt格式,比table少报错# read.csv() 读取csv格式R语言不能直接处理文件，要先转换为R语言对象行名列名是数据框的属性，可以设置， 数据框导出write.csv(ex2,file = "example.csv")write.table(ex2,file = "example.txt") # 写文件名的时候把后缀带上4. 引用自生信技能树
36210编辑于 2024-04-14
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