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生信星球——生信入门DAY5:数据结构
)表示1-10之间每0.5取一个数从向量中提取元素x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5) ] #第1个和第5个元素x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素数据框read.table(file="",sep="",header
23500编辑于 2024-01-21- 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 5 ——橙子🍊
生信星球数据结构 向量vector 标量：1个元素 向量：多个元素 从向量中提取元素 x[4] x[x==10] 位置、逻辑值 数据框 a <- read.table(file='huahua.txt'
19250编辑于 2023-10-25 - 来自专栏生信技能树
生信技巧第5课-生信人必须安装的软件
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。 products/xsh_overview.html winscp https://winscp.net/eng/docs/lang:chs Windows10系统可以直接启动ubuntu，自行搜索教程如何开启 ，如果是低版本的Windows系统，自行搜索教程安装虚拟机。 生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错
2K30发布于 2018-07-27 第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球
（4）显示工作路径 getwd()（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。（6）表格在R语言中称为数据框^_^（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。 这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5) ] #第1个和第5个元素（2）根据值x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素Part2：数据框将示例数据放在你的工作目录下（！ （1）新建doudou.txt，输入以下（如果教程里让你新建，又没说在哪里，你就默认在工作目录下新建。）X1,X2A,1B,C,D,3E,小抄截图中显示的NA表示空值，所以新建的时候像我一样空着就好。 刚才让师姐测试我教程的时候很担忧你们粗暴地复制我的代码，最后啥也没看懂。)
48310编辑于 2024-02-24生信入门DAY5-6
DAY5 本篇内容引自生信技能树 六、R语言作图 1、作图分三类 #作图分三类 #1.基础包 略显陈旧 了解一下 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length), size = 5, Petal.Length, color = Species))+ scale_color_manual(values = c("#2874C5" 5、画图扩展部分 （1）STHDA网站 （2）工作目录里有扩展学习的代码 （3）小洁老师语雀画图合集 DAY6 七、R语言的综合运用 引自生信技能树 1、玩转字符串 引自生信技能树 rm(list = ### 3.按位置提取字符串 str_sub(x,5,9) ### 4.字符检测 str_detect(x2,"h")#这串逻辑值的特点是：长度与向量x2一一对应，且长度相等。
41220编辑于 2025-05-27- 来自专栏生信入门
生信星球Day5 Linux
今日学习内容：认识linux，使用云服务器linux的常用指令---云服务器上的linuxmac: terminal页面中输入 ssh 用户名@ip地址win: 下载xshell，教程：https://
29920编辑于 2023-07-22 - 来自专栏嗨嗨嗨
生信学习小组DAY5
（4）显示工作路径 getwd() （5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。 （6）表格在R语言中改名叫数据框 （7）函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：? 图片 赋值 图片 从向量中提取元素 元素位置 x4 #x第4个元素 x-4#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素 x2:4#第2到4个元素 x-(2:4)#除了第2-4个元素 xc(1,5) #第1个和第 5个元素 图片 根据值 xx==10#等于10的元素 xx<0 xx %in% c(1,2,5)#存在于向量c（1，2，5）中的元素 图片 数据框 X=read.table("\Rstudiotestdoudou.txt
38420编辑于 2023-07-01 - 来自专栏笔记生信
生信提升day5-婷
3：设置行名列名4：数据框的导出：write.table(x,file = "yu.txt",sep = ",",quote = F)5：变量的保存与重新加载save保存，load加载6：提取元素7；用内置数据集画散点图 8：保存到工作目录问题回答因为找不到对象了，这时需要去重新run一下x的赋值代码思维导图生信星球公众号
20810编辑于 2023-11-18 - 来自专栏生信马拉松
生信马拉松 Day5
今天的内容主要是关于生信学习的思路，另外学习了文件的读取和输出1.解决问题的正确姿势（1）检查代码和环境是代码错误？还是工作目录改变？ 找不同比较能正确运行的数据和出错的数据，可能出现的情况有：异常值INF，重复值、非法输入、数据类型、数据结构（3）搜报错复制error信息，浏览器搜索（注意只需要复制报错的冒号后半句）（4）有效提问 （这个思路很重要，不只是生信提问 的一个替代函数失败有两种表现：1.报错 2.意外的结果直接读取如果失败，就需要指定一些参数，常见的参数有header=T（设置第一行为列名），check.names=F（读取时不修改列名格式），sep= （修改分隔符）5. 导出为普通表格文件export(iris,file = "iris.csv")#导出列表ls = split(iris,iris$Species)export(ls,file = "ls.xlsx")生信技能树 ，生信马拉松
51800编辑于 2024-01-13 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day5
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、文件读写1. V1## 1 id## 2 66e33592-2e6e-4e50-8a5b /ex1.txt",header = T)ex1[1:3,1:3]## id## 1 66e33592-2e6e-4e50-8a5b ## 2 nationwidechildrens.org_clinical.TCGA-W5-AA2O.xml b83ddabb84f4a71ad3fa95cae64d0b10## 3 nationwidechildrens.org_clinical.TCGA-W5 实战项目的组织方式之一图片5. 实战项目的组织方式之二图片6.
51361编辑于 2023-01-16 - 来自专栏学新栏
生信学习小组day5--大姚
（4）显示工作路径 getwd() （5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。 （6）表格在R语言中改名叫数据框^_^ （7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。 test.RData中，会出现问题中的报错情况是因为还没有定义X这个变量又或者说没有这个变量存在，解决方法可以将需要保存的数据赋值到X这个变量或者将X改为已经定义的变量 以上代码以及新手小本本均来自生信星球
97420编辑于 2023-02-10 生信技能树 Day5 文件读写
见帮助文档export(ex1,file = "ex1.xlsx")注意：一定要经常检查数据，注意读取之后是数据框还是矩阵，取完列里面是数值还是字符，处理完是什么类型等等R语言能够读取多种文件格式 引用自生信技能树
35910编辑于 2024-04-14- 来自专栏LuKa07777
Day5生信星球小组学习-LuKa
Day5数据结构生信星球小组学习-LuKa如果你在执行 save(X, file = "test.RData") 时出现 "object X not found" 的错误，这通常表示在保存之前，R 无法找到名为
33400编辑于 2023-10-06 - 来自专栏生信学习小组
生信学习-Day5-数据结构
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。（6）表格在R语言中称为数据框。（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。 :10#从1-10之间所有的整数x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次2.从向量中提取元素数据框如果教程里让你新建 5.提取元素a[x,y]#第x行第y列a[x,]#第x行a[,y]#第y列a[y] #也是第y列a[a:b]#第a列到第b列或者 a[,a:b]a[a:b,]#第a行到第b行a[c(a,b)]#第a列和第
56210编辑于 2024-01-20 - 来自专栏Jely’s生信笔记
Jelys Note之生信入门class5
class 5 #本文引用自生信技能树 一、判断R包的安装 1.电脑是否已经安装过此R包？ >as.logical(require()) if(! [[]] · 而文件名称应该：1.在实际参数位置2.且在能识别文件名称的函数括号内3.带引号 5. 解决问题的正确姿势 （1）检查代码与环境 代码错误？环境问题？工作目录？重启？ ,file="文件名"） load（）加载：load（“文件名”） （5）文件的后缀 没有意义，文件内容不改变 （6）文件导出 write.文件类型（变量，file=） （7）实站文件！！ 列名是什么 dim(soft)---维度，统计多少行多少列 colnames(soft)-----列名 rownames（）-----行名 5）将soft导出为csv write.csv(soft,file
1.5K10编辑于 2023-05-17 - 来自专栏生信学习ing
生信星球学习小组Day5-云朵
（1）R的赋值符号是**<-**> （2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行 > （3）R的代码都是**带括号**的，括号必须是英文> （4）显示工作路径 getwd()> （5） 这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5) ] #第1个和第5个元素（2）根据值x[x==10]#等于10的元素, *两个等号*x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素# 3.
34240编辑于 2023-11-04 - 来自专栏生信学习小组--张三
生信小组打卡D5-张三
Linux登录ssh 用户名@ip1.pwd:print working directory显示当前路径2.mkdirmaking directory创建空目录例子：mkdir biosoft#存放生信软件 src#存放源代码3.ls显示列表（目录或文件）4.rm删除rm #删除普通文件rmdir #删除空目录rm-r #删除非空目录rm-rf#可怕命令#-r递归，多级目录一并删除#-f强制删除，无提示5.
24630编辑于 2023-07-22 生信技能树-R语言-day5
作为列名给第一列定义为了数据列名里如果有特殊字符有时候也会被r语言自己检查，改为其他格式row.names = 1 把第一列 设置为行名字check.names = F 不要检查我的列名里的特殊字符数据框不允许重复的行名练习题5- mean.default(y[, 1]) : argument is not numeric or logical: returning NA > y[,1]GSM1 GSM2 GSM3 GSM4 GSM5 "QSeq ID" "Strand" "Source Seq Length" "/qseq_name"[5] RPKM"[17] "RA_LPS_1 - log2 total RPKM" "RA_LPS_2 - log2 total RPKM" "RA_LPS_3 - log2 total x2 = x1[,5:
36310编辑于 2024-04-19- 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 5——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年12月1日今天对R语言数据结构进行学习，★划重点：向量和数据框一、向量新知初印象：变量、一串数字、一串字符、不止一个、数据分析的直接对象。 x <- rnorm(5) #利用正态分布函数生成5个符合正态分布的数字> x[1] 0.4565827 0.0398871 0.9193298 1.0669231 -1.2529013TIPS 二、从一串向量取出需要的值通过上面的结果，我们得到了有5个数值的向量。 #第4至5个x[c(1,2,5)] #第1，2，5个获得结果> x[1][1] 0.4565827> x[-1][1] 0.0398871 0.9193298 1.0669231 -1.2529013 > x[4:5][1] 1.066923 -1.252901> x[c(1,2,5)][1] 0.4565827 0.0398871 -1.2529013三、数据框（data frame）*英文名字很重要
29500编辑于 2023-12-01 - 来自专栏生信技能树
2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记
下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 上一期答疑笔记是：2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 整理人：汪哲 整理时间：2022年5月 联系方式：zhewang@webmail.hzau.edu.cn 本次开课时间：2022年4月25日——5月21日 课前答疑 运行完最后的library（）那几行代码没有出现报错就是安装完毕对么？ linux教程会介绍一些参数和通字符的讲解吗？ ID是数字没关系，能对应就好，它公司出产芯片自己的规定 我分组用治疗前、后样本，不管c3和c5，然后就有个报错，老师帮我看下 x里头是字符串，y里头是数值，所以没法inner_join。 () subread 安装后 command not found subread包含其它软件，但不包含一个叫subread的软件，比如你下了一个软件叫腾讯，它里面没有一个真的软件叫腾讯，他是腾讯的微信或者
2.9K30编辑于 2022-07-26
腾讯云开发者
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