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生信技能树-R语言-day6
alpha = 0.5, # 透明度 50% shape = 6,
27600编辑于 2024-04-19- 来自专栏黄金榜
生信技能树
::opts_chunk$set(echo = TRUE,message=F,warning=F) R Markdown head(iris) plot(iris$Sepal.Length) 引用自生信技能树
66520编辑于 2023-04-05 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树学习笔记-day6
---title: "生信技能树学习笔记"author: "天空"引用自生信技能树date: "2023-01-04"output: html_document---R语言作图1. Petal.Length))+ geom_smooth()+ geom_point()## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula = 'y ~ x'图片（6） Please use `after_stat(prop)` instead.（7）ggplot2位置关系图片#6.位置关系# 6.1抖动的点图ggplot(data = iris,mapping = aes
79700编辑于 2023-01-16 - 来自专栏生信技能树
生信必备技能——Cytoscape
6. BiNGO ? 因为这个cytoscape软件并不是很方便下载，而且上面大量的插件都比较麻烦，所以我们打包了它们在百度云盘和腾讯微云给大家，还包括一些图文并茂的教程，而且提供微信交流群方便大家互相帮助，分享高分文章的绚丽的网络图
3.5K40发布于 2021-04-29 生信技能树 Day6 R语言作图入门
fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()+ coord_flip() ## 翻转坐标系6. iris_box_ggpubr.pptx")拼图画图部分的扩展学习画图代码+你的数据+你解决问题的能力=你的图画图的正确思维 重要的是调整数据与示例数据一致找现成的画图代码：STHDAR语言的综合应用后面分专题讲解引用自生信技能树
47300编辑于 2024-04-15- 来自专栏普通的生信笔记整理
Linux-生信技能树
Esc退出进入命令模式 ： #进入行末模式 Esc退出进入命令模式 wq #在行末模式下，输入wq（退出保存） vimtutor zh_CN#查看中文帮助文档 3 生信常见格式 `` #中间的命令优先级最高，先执行，与$()一样 6 常见报错 1、找不到文件，文件不存在 使用tab键 2、没有权限 3、命令不存在 apt/yum/sudo 使用tab键 解决报错注意点：root #官网安装包地址 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #生信技能树安装包软链接地址 info -e conda env list # 每次运行前，激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境 conda deactivate 在小环境rna中安装生信软件 "gene6" "gene7" "gene8" "gene9" "gene10" Python $ cat test.py #!
2.6K10编辑于 2023-02-18 - 来自专栏全栈程序员必看
光信快速取消1技能_生信技能树笔记软件
输入基因所属物种 outTax：查找的同源基因属于那个物种 3.NCBI homologene 有四万多对同源基因的对应表；简书链接附上 https://www.jianshu.com/p/877d6f3cc799
43810编辑于 2022-11-15 - 来自专栏叶潭生信笔记
生信技能树数据挖掘笔记
[]中括号里面的可以是逻辑值判断，可以是具体的值（即下标），可以是函数，可以是向量
1.1K10编辑于 2023-02-08 - 来自专栏小张的学习笔记
生信技能树学习笔记1
，可以有重复值）数据框（约等于表格，一列只能有一种数据类型）矩阵列表4.1 向量的生成c(2,3,15,5,7)## [1] 2 3 15 5 7c(1:9)## [1] 1 2 3 4 5 6 4.2 对单个向量进行操作#简单计算x<-c(1,3,5,6)log(x)## [1] 0.000000 1.098612 1.609438 1.791759sort(x,decreasing=T)## [1] 6 5 3 1##默认从小到大，T会变成从大到小常用函数：x<-c(1,3,5,6)var(x)#方差## [1] 4.916667sd(x)#标准差## [1] 2.217356length (x)#x长度## [1] 4unique(x)#去重复## [1] 1 3 5 6duplicated(x)#判断是否重复## [1] FALSE FALSE FALSE FALSEtable(x)# 重复值统计## x## 1 3 5 6 ## 1 1 1 1sort(x,decreasing=T)#排序##默认从小到大，T会变成从大到小## [1] 6 5 3 14.3 对两个向量进行操作 在R
70320编辑于 2023-05-10 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信技能树-R作业-2
_A1" "SS2_15_0048_A2" "SS2_15_0048_A3" "SS2_15_0048_A4" ## [5] "SS2_15_0048_A5" "SS2_15_0048_A6" _B1" "SS2_15_0048_B2" "SS2_15_0048_B3" "SS2_15_0048_B4" ## [29] "SS2_15_0048_B5" "SS2_15_0048_B6" _C1" "SS2_15_0048_C2" "SS2_15_0048_C3" "SS2_15_0048_C4" ## [53] "SS2_15_0048_C5" "SS2_15_0048_C6" _D1" "SS2_15_0048_D2" "SS2_15_0048_D3" "SS2_15_0048_D4" ## [77] "SS2_15_0048_D5" "SS2_15_0048_D6" _E1" "SS2_15_0048_E2" "SS2_15_0048_E3" "SS2_15_0048_E4" ## [101] "SS2_15_0048_E5" "SS2_15_0048_E6"
72750编辑于 2023-05-19 - 来自专栏生信技能树
跟着生信技能树，学习 CIBERSORT
后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！ 最开始接触非负矩阵分解其实是在碱基突变的signature知识点： 碱基突变类型 先说6种碱基组合与96种组合： 以下解释来源自wiki百科https://en.wikipedia.org/wiki/Mutational_signatures 为什么只有6种呢？因为G> T取代被认为等同于C> A取代，因为不可能区分最初发生在哪条DNA链（正向或反向）上。因此，C> A和G> T替换都计为“ C> A”类的一部分。 ssGSEA GSEA分析，jimmy老师在《生信技能树》公众号多次讲解： GSEA分析一文就够（单机版+R语言版） GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上
7.8K34发布于 2021-02-03 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 6
五个基础函数1. mutate()新增列2. select()按列筛选3. filter()筛选行4. arrange()按某1列或某几列对整个表格进行排序5. summarise()汇总dplyr两个实用技能 半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_joinsemi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join6. 简单连接：bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数生信星球
33860编辑于 2023-10-26 - 来自专栏R语言学习
R语言画图——生信技能书
1:5],150,replace = T)letters[1:5]#没有赋值也能够直接使用：是R中的内置数据letters[1:5],3：#随机取值a b c d e中的三个letters[1:5],6： data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))group = 1：不用改， y = 也不需要改6.
45610编辑于 2024-07-18 - 来自专栏技能板块
生信技能树学习笔记 Day 3
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 desc()
62621编辑于 2023-02-09 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信技能树-R初级作业-1
## 6 6 q.6 TRUE 7 ## 7 7 q.7 TRUE 8 ## 8 8 q.8 TRUE 9 ## 9 9 q.9 TRUE 10 ## 10 10 ## 5 5 q.5 TRUE 6 7 ## 6 6 q.6 TRUE 7 8 ## 7 7 q.7 TRUE 8 9 ## 8 8 q.8 TRUE 9 ## 4 4 q.4 TRUE 5 6 7 ## 5 5 q.5 TRUE 6 7 8 ## 6 6 q.6 TRUE 7 8 9 ## 7 7 q.7 m3[,c(4,6)] m6 ## d f ## 1 2 4 ## 2 3 5 ## 3 4 6 ## 4 5 7 ## 5 6 8 ## 6 7 9 ## （参考B站生信小技巧获取runinfo table） SraRunTable <- read.table("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/SraRunTable.txt
647130编辑于 2023-05-19 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day5
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、文件读写1. 3]## V1## 1 id## 2 66e33592-2e6e "day3/R_02/ex1.txt",header = T)ex1[1:3,1:3]## id## 1 66e33592-2e6e 实战项目的组织方式之二图片6.
51361编辑于 2023-01-16 - 来自专栏技能板块
生信技能树学习笔记 Day 2
如果代码可以运行但是不出图，可能是因为画板被占用，可以多次dev.off()关闭画板
52020编辑于 2023-02-07 - 来自专栏生信技能树
生信技能树——TCGA癌症数据1
exp),14,15)) < 10,'tumor','normal') Group = factor(Group,levels = c("normal","tumor")) table(Group) 6.
1K21编辑于 2022-06-08 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day4
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、函数和R包1. 函数与参数图片图片jimmy <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m}jimmy(a = 1,b = 2)## [1] 9jimmy(1,2)## [1] 9jimmy(3,6) ## [1] 81jimmy(3,6,-2)## [1] 0.012345682. 分情况讨论是否安装图片6. 获取R包帮助之一方法：这个不好记图片7. 列出xxR里面的函数图片8. R符号图片9. 认清函数和数据图片10. 解决问题的秘诀图片
44820编辑于 2023-01-16 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day3
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、数据框、矩阵和列表1. 数据框修改行/列名图片#改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"6. 9m[2,]## a b c ## 2 5 8m[,1]## [1] 1 2 3m[2,3]## c ## 8m[2:3,1:2]## a b## [1,] 2 5## [2,] 3 6m## a b c## [1,] 1 4 7## [2,] 2 5 8## [3,] 3 6 99. 矩阵的转置和转换图片t(m)## [,1] [,2] [,3]## a 1 2 3## b 4 5 6## c 7 8 9class(m)##
1.1K100编辑于 2023-01-16
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