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生信技能树-R作业-2
title=sample$Titletitle## [1] "SS2_15_0048_A1" "SS2_15_0048_A2" "SS2_15_0048_A3" "SS2_15_0048_A4 25] "SS2_15_0048_B1" "SS2_15_0048_B2" "SS2_15_0048_B3" "SS2_15_0048_B4" ## [29] "SS2_15_0048_B5" "SS2_15_0048_B6" "SS2_15_0048_B7" "SS2_15_0048_B8" ## [33] "SS2_15_0048_B9" "SS2_15_0048_B10" "SS2 _0048_C2" "SS2_15_0048_C3" "SS2_15_0048_C4" ## [53] "SS2_15_0048_C5" "SS2_15_0048_C6" "SS2_15_0048 SS2_15_0048_N23" "SS2_15_0048_N24"## [337] "SS2_15_0048_O1" "SS2_15_0048_O2" "SS2_15_0048_O3" "SS2
72750编辑于 2023-05-19 - 来自专栏技能板块
生信技能树学习笔记 Day 2
ggplot2参数设定① 形状(shape)标识选择图片② color & fill 区分：color指边框颜色，fill指内容物颜色，如果二者颜色不一致，color和fill都要写③ 分面：指按照数据的某一列把数据分成几张子图
52020编辑于 2023-02-07 - 来自专栏黄金榜
生信技能树
::opts_chunk$set(echo = TRUE,message=F,warning=F) R Markdown head(iris) plot(iris$Sepal.Length) 引用自生信技能树
66420编辑于 2023-04-05 - 来自专栏DJ生信学习笔记
生信技能树-数据挖掘Day2
Day2主要内容：向量一、向量生成二、单个向量操作三、两个向量操作四、向量筛选（取子集）图片图片图片图片图片图片1、比较运算 2、数学计算 3、连接图片循环补齐发生的条件：等位运算；两个向量长度不相等图片图片图片图片图片 unexpected是代码错误的关键词图片图片图片引用自生信技能树
18600编辑于 2023-08-08 - 来自专栏生信技能树
生信必备技能——Cytoscape
一、背景 cytoscape 目前是最出名的网络可视化神器，免费，零代码，过2万的引用率是最强大的口碑. ? 2. miRNA 调控网络 ? 3. cytoHubba ? 4. MCODE ? 5. stringAPP ? 6. BiNGO ? 因为这个cytoscape软件并不是很方便下载，而且上面大量的插件都比较麻烦，所以我们打包了它们在百度云盘和腾讯微云给大家，还包括一些图文并茂的教程，而且提供微信交流群方便大家互相帮助，分享高分文章的绚丽的网络图
3.5K40发布于 2021-04-29 生信技能树 Day2 R语言入门
作业讲解seq() 函数 # 1.生成1到15之间所有偶数seq(from = 2,to = 15,by = 2)## [1] 2 4 6 8 10 12 14##参数可以省略seq(2,15,2 )## [1] 2 4 6 8 10 12 14paste0()函数# 2.生成向量，内容为："student2" "student4" "student6" "student8" "student10 " "student12" "student14" paste0(rep("student",times = 7),seq(from = 2, to = 15,by = 2))## [1] "student2 "paste0(rep("student",times = 7),seq(from = 2, to = 6,by = 2))## [1] "student2" "student4" "student6" 引用自生信技能树
45120编辑于 2024-04-12- 来自专栏普通的生信笔记整理
Linux-生信技能树
file3 #file2重命名为file3 mv file3 myDir1 #file3移动进myDir1 mv myDir1 myDir2 #myDir1移动进myDir2 mv myDir2 myDir3 退出进入命令模式 ： #进入行末模式 Esc退出进入命令模式 wq #在行末模式下，输入wq（退出保存） vimtutor zh_CN#查看中文帮助文档 3 生信常见格式 #第2行 2,4 #第2行到第4行 2,$ #第2行到最后一行 2~3 #第2行开始，每隔3行取一行 2，+4#从第2行到2+4行 /pattern/ #匹配上pattern的行输出 [i] #取反'2 #官网安装包地址 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #生信技能树安装包软链接地址 info -e conda env list # 每次运行前，激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境 conda deactivate 在小环境rna中安装生信软件
2.6K10编辑于 2023-02-18 - 来自专栏全栈程序员必看
光信快速取消1技能_生信技能树笔记软件
tolower(var) first_letter = toupper( substr(var ,1 ,1) ) word = paste0(first_letter ,substring(var ,2 )) return(word) } mouse_gene = sapply(human_gene, upper_low) Jetbrains全家桶1年46，售后保障稳定 2.在R包homologene ivk_sa=1024320u 4.R包 biomart转换 hsa2mus_all <- getLDS(attributes = c("hgnc_symbol"), filters attributesL = c("mgi_symbol"), martL = mouse,uniqueRows = T) head(hsa2mus_all ) length(hsaGeneInfo$symbol) nrow(hsa2mus_all) 5.ensymble实现 https://www.ensembl.info/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species
43810编辑于 2022-11-15 - 来自专栏叶潭生信笔记
生信技能树数据挖掘笔记
行名数据框取子集图片图片图片图片图片图片图片数据库数据框的修改图片图片图片图片图片图片图片矩阵新建和取子集（不支持$）图片矩阵的的转置、转换图片图片图片矩阵画热图图片图片列表的的新建和取子集图片l[[2] ]:取第二个子集，再取矩阵的子集列表支持$图片图片数据结构的总结图片函数和R包图片图片图片图片图片图片图片图片图片图片R包图片图片1.CRAN网站图片2.bioconductor图片3.github图片图片安装需要加引号 sort(a)tail(a,3)tail(sort(a),10)head(sort(a,decreasing = T),10)load("test2.Rdata")a = apply(test,1,var
1.1K10编辑于 2023-02-08 - 来自专栏小张的学习笔记
生信技能树学习笔记1
=2. is族函数is.numeric("A") ## [1] FALSE##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSE3. as族函数实现数据类型之间的转换as.numeric("4")## [1 数据结构向量（一串数据，数据框中单独拿出一列是向量，视为一个整体，一个向量只能有一种数据类型，可以有重复值）数据框（约等于表格，一列只能有一种数据类型）矩阵列表4.1 向量的生成c(2,3,15,5,7 )## [1] 2 3 15 5 7c(1:9)## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9rep("x",times=3)## [1] "x" "x" "x"##有重复的用rep()，有规律的序列用 4.4 利用循环补齐简化代码（1）等位运算（2）向量长度不相等以长的为主paste0("student",seq(2,5,2))## [1] "student2" "student4"paste0(rep ("student",times=7),seq(from=2,to=15,by=2))## [1] "student2" "student4" "student6" "student8" "student10
70220编辑于 2023-05-10 - 来自专栏生信技能树
跟着生信技能树，学习 CIBERSORT
后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！ ssGSEA GSEA分析，jimmy老师在《生信技能树》公众号多次讲解： GSEA分析一文就够（单机版+R语言版） GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上 首先H1不能把类别分开，这个分类器肯定是不行的；H2可以，但分割线与最近的数据点只有很小的间隔，如果测试数据有一些噪声的话可能就会被H2错误分类(即对噪声敏感、泛化能力弱)。 Y} ###如果Y矩阵中最大值<50，则变为2的y次方，也就是原始Y是被log2的 QN = F #QN = Quantile normalization of input mixture (default flag <- apply(cibersort_tidy,2,function(x) sum(x == 0) < dim(cibersort_tidy)[1]/2) #
7.8K34发布于 2021-02-03 - 来自专栏R语言学习
R语言画图——生信技能书
base ggplot2(以这个为主） ggpubr拼图：par里的mfrowgrid.arragecowplot:被最后一个取代customlayoutpatchwork：推荐使用导出：经典三段论ggsave （属于ggplot2）eoffice—topptx基础包：绘图函数plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) #设置横坐标，纵坐标，颜色text(6.5,4, labels = 'hello')#添加文字高级包：ggplot2 中坚力量，语法有个性library(ggplot2)ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes( 否则无效真正的颜色：颜色编码来代替；十六进制颜色编码：搜索引擎进行搜索Q2：color和fill两个属性空心和实心得形状都用color设置颜色fill：既有边框又有内心的，才需要color和fill两个参数 fre) + geom_bar(mapping = aes(x = Var1, y = Freq), stat = "identity") stat = "identity"：这样子才能编辑y使用场景2：
45610编辑于 2024-07-18 - 来自专栏R语言学习-大茗
生信技能树 R语言入门 ggplot2画图
ggplot2基操1.入门级绘图模板：作图数据+横纵坐标ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))2.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状，线型等）2.1 手动设置，需要设置为有意义的值颜色：library(ggplot2)ggplot(data = iris)
1.2K20编辑于 2023-04-05 - 来自专栏技能板块
生信技能树学习笔记 Day 3
arrange() #排序arrange(test, Sepal.Length) #从小到大arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 desc()2. distinct ifelse()中条件不成立输出的一栏可以再增加ifelse()代码，进行多个条件判断③ for循环 for (i in x){执行操作}两种循环方式（1） 元素循环for(i in x){s= s+i}（2） length(x)){s= s+x[[i]]}元素循环无法保存，下标循环可以保存；注意要对for循环结果进行保存for循环中取子集需要用两个[]PS: 判断两个数据是否一致 identical(x1, x2)
62621编辑于 2023-02-09 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信技能树-R初级作业-1
# , , 1 ## ## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 1 3 5 ## [2,] 2 4 6 ## ## , , 2 ## ## 3] ## [1,] 1 3 5 ## [2,] 2 4 6 ## ## , , 2 ## ## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 7 c d ## 1 1 q.1 FALSE 2 ## 2 2 q.2 FALSE 3 ## 3 3 q.3 FALSE 4 ## 4 4 q.4 TRUE 5 ## 5 （参考B站生信小技巧获取runinfo table） SraRunTable <- read.table("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/SraRunTable.txt 15_0048_A1" "SS2_15_0048_A2" "SS2_15_0048_A3" "SS2_15_0048_A4" ... ## $ Sample.Type : chr "SRA
647130编辑于 2023-05-19 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day5
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、文件读写1. 3]## id## 1 66e33592-2e6e-4e50-8a5b-8a3f902eb2b5## 2 142aea0e-7a7b -4ac4-9dbb-0f62e2379599## 3 9d951ff8-ce21-4c69-86f2-0d1eeb2e40e3## -AA31.xml ae4382dde26cb733ad388df197e6947b#2.读取ex2.csvex2 <- read.csv("day3/R_02/ex2.csv")ex2[1:3,1:3 <- read.csv("day3/R_02/ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)ex2[1:3,1:3]## TCGA-06-0238-01A
51361编辑于 2023-01-16 - 来自专栏生信技能树
生信技能树——TCGA癌症数据1
pvalue < pvalue_t)&(DEG1$log2FoldChange > logFC_t);table(k2) DEG1$change = ifelse(k1,"DOWN",ifelse(k2 topTags(fit, n=Inf) class(DEG2) DEG2=as.data.frame(DEG2) head(DEG2) k1 = (DEG2$PValue < pvalue_t)&(DEG2 $logFC < -logFC_t);table(k1) k2 = (DEG2$PValue < pvalue_t)&(DEG2$logFC > logFC_t);table(k2) DEG2$change = ifelse(k1,"DOWN",ifelse(k2,"UP","NOT")) head(DEG2) table(DEG2$change) ###limma---- library(limma) ="NOT"] cg2 = rownames(DEG2)[DEG2$change !="NOT"] cg3 = rownames(DEG3)[DEG3$change !
1K21编辑于 2022-06-08 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day4
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、函数和R包1. 函数与参数图片图片jimmy <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m}jimmy(a = 1,b = 2)## [1] 9jimmy(1,2)## [1] 9jimmy(3,6 )## [1] 81jimmy(3,6,-2)## [1] 0.012345682. 用函数代替复制粘贴图片#当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5])}jimmy(1)jimmy(2) R包介绍图片2. xxx包如何安装图片3.
44820编辑于 2023-01-16 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day3
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、数据框、矩阵和列表1. 0.5# 按坐标df1[2,2]## [1] "up"df1[2,]## gene change score## 2 gene2 up 3df1[,2]## [1] "up" ] 2 5 8## [3,] 3 6 9m[2,]## a b c ## 2 5 8m[,1]## [1] 1 2 3m[2,3]## c ## 8m[2:3,1:2]## a b## [1, ] 2 5## [2,] 3 6m## a b c## [1,] 1 4 7## [2,] 2 5 8## [3,] 3 6 99. [,2] [,3] [,4]## [1,] 2 4 6 8## [2,] 3 5 7 9l[[2]]## [,1] [,2] [,3] [,4
1.1K100编辑于 2023-01-16 - 来自专栏2023生信技能树学习记录
生信技能树笔记day7
---title: "生信技能树学习笔记"author: "天空"date: "2023-01-04"output: html_document---R语言综合应用1. 4.3## 3 nicker group2 4.9## 4 tony group2 4.5library(dplyr)inner_join(test1,test2,by="name <NA> group2 4.5semi_join(test1,test2,by="name")## name blood_type## 1 jimmy A## 2 nicker Rdata" ## [18] "<e7>\u0094\u009f信<e6>\u008a\u0080 <e8>\u0083<bd><e6><a0>\u0091<e7><ac>\u0094记day7.html" ## [19] "<e7>\u0094\u009f信<e6>\u008a\u0080<e8
70100编辑于 2023-01-16
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