11 使用R语言获取人类所有基因的名字,ID,symbol以及别名倒是没想到18年的时候还要纠结基因名转换的问题不过这个内容现在已经被生信马拉松最新分享的代码替代了12 R语言读书笔记以及为什么发读书笔记 芯片的探针ID找到基因名-基于R语言-一文就够这一篇分享了芯片的注释包,不过现在有小洁老师的tinyarray了,也不用这么麻烦17 R语言练习题10道,有答案代码,还有视频很基本的一些题目,真正的入门R语言生信分析题目 ,值得做18 使用methods函数来查看R语言里面的对象的操作方式介绍了一个methods函数,不过好像现在没有什么实际用处19 生信人应该这样学R语言系列视频学习心得笔记分享12年底分析的R语言生信马拉松笔记 ,对所有内容提了一个详细的大纲最后还有一些基因在TCGA数据库表达情况和生存分析的代码分享20 生信工程师全套教学视频之R语言专辑纪念版习题链接初级http://www.bio-info-trainee.com http://www.bio-info-trainee.com/3750.html高级http://www.bio-info-trainee.com/3415.html非常入门的题目,高级版也是入门版生信技能树
::opts_chunk$set(echo = TRUE,message=F,warning=F) R Markdown head(iris) plot(iris$Sepal.Length) 引用自生信技能树
引用自生信技能树
因为这个cytoscape软件并不是很方便下载,而且上面大量的插件都比较麻烦,所以我们打包了它们在百度云盘和腾讯微云给大家,还包括一些图文并茂的教程,而且提供微信交流群方便大家互相帮助,分享高分文章的绚丽的网络图
Esc退出进入命令模式 : #进入行末模式 Esc退出进入命令模式 wq #在行末模式下,输入wq(退出保存) vimtutor zh_CN#查看中文帮助文档 3 生信常见格式 #官网安装包地址 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #生信技能树安装包软链接地址 info -e conda env list # 每次运行前,激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境 conda deactivate 在小环境rna中安装生信软件
#改进版本 human_gene <- c("PTPRC", "EPCAM", "MME", "CD3G", "CD3E", "CD68", "CD79A", "RP11-34P13.8") #若干人类基因
[]中括号里面的可以是逻辑值判断,可以是具体的值(即下标),可以是函数,可以是向量
x1 = read.csv("C:/Users/win10/Desktop/x.csv")
_A6" "SS2_15_0048_A7" "SS2_15_0048_A8" ## [9] "SS2_15_0048_A9" "SS2_15_0048_A10" "SS2_15_0048_A11 _B6" "SS2_15_0048_B7" "SS2_15_0048_B8" ## [33] "SS2_15_0048_B9" "SS2_15_0048_B10" "SS2_15_0048_B11 _C6" "SS2_15_0048_C7" "SS2_15_0048_C8" ## [57] "SS2_15_0048_C9" "SS2_15_0048_C10" "SS2_15_0048_C11 SS2_15_0048_L22## 176 0048 11 SS2_15_0048_H8## 179 0048 15 SS2_15_0048_H11## 394 0049 _P5## 132 0048 19 SS2_15_0048_F12## 11 0048 14 SS2_15_0048_A11## 224 0048 11 SS2_15_
后起之秀奔涌而至,欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会! ssGSEA GSEA分析,jimmy老师在《生信技能树》公众号多次讲解: GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上 -01A-11R-A39I-07 0.0000000 0 0.03125399 # T cells CD8 # TCGA-DK-AA74-01A-11R-A39I-07 0.11688532 # TCGA-DK-A3IM-01A-11R-A20F-07 0.04647556 # TCGA-GU-A42P -01A-11R-A23W-07 0.02934341 # TCGA-4Z-AA7W-01A-11R-A39I-07 0.37869645 save(obj,file = 'output_obj.Rdata
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 desc()
(参考B站生信小技巧获取runinfo table) SraRunTable <- read.table("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/SraRunTable.txt 6 11 9 11 5 13 11 7 12 10 9 5 9 4 8 5 9 6 16 7 11 9 2 14 10 ## [291] 19 11 18 15 26 18 11 10 8 4 7 7 10 14 8 11 15 11 8 6 7 17 ## [436] 6 14 18 21 11 14 23 9 21 13 11 12 20 11 14 2 8 12 10 3 2 7 14 11 11 5 7 6 4 7 9 1 2 11 11 2 17 13 14 6 15 ## [726] 3 7 10 19 15 11 10 4 14 9 15 10 12 12 9 16 16 11 4 2 10 11 2 4 6 13 4 11 14 ## [755] 10 9 13 3 4 10 10
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、文件读写1.
如果代码可以运行但是不出图,可能是因为画板被占用,可以多次dev.off()关闭画板
因为是癌症方面,自己不研究这一方面,所以不常用,但是GEO的转录组数据,是根据这个文件改写的
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、函数和R包1.
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、数据框、矩阵和列表1. 关于R语言的修改图片11.
---title: "生信技能树学习笔记"author: "天空"date: "2023-01-04"output: html_document---R语言综合应用1. 5 6 0 3## [2,] 5 11 11 14do.call(rbind,result)## [,1] [,2]## [1,] 5 5## [2,] 6 11## [3,] 0 11## [4,] 3 14(3) 长脚本管理方式之一图片4. [17] "test2.Rdata" ## [18] "<e7>\u0094\u009f信< e6>\u008a\u0080<e8>\u0083<bd><e6><a0>\u0091<e7><ac>\u0094记day7.html" ## [19] "<e7>\u0094\u009f信<e6>
ESR1 EXO1 FGFR4 FOXA1 FOXC1 GPR160 GRB7 KIF2C KNTC2 KRT14 KRT17 KRT5 MAPT MDM2 MELK MIA MKI67 MLPH MMP11 ESR1 EXO1 FGFR4 FOXA1 FOXC1 GPR160 GRB7 KIF2C KNTC2 KRT14 KRT17 KRT5 MAPT MDM2 MELK MIA MKI67 MLPH MMP11