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生信学习
生信学习第6天之函数学习和操作1.R包是多个函数的集合，使用之前要加载合适的镜像，提高下载的速度。 1列或某几列对整个表格进行排序5.summarise()：汇总6.管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)7.count统计某列的unique值8.內连inner_join,取交集9.
24810编辑于 2024-03-10生信入门DAY7-9
本篇内容引自生信技能树 DAY7-9 课前提问： 1、为什么要做数据挖掘？ 即用别人的数据用在自己的文章里面，多半是从别人的数据里筛选自己想要的基因。 gpl_number <- eSet@annotation;gpl_number save(pd,exp,gpl_number,file = "step1output.Rdata") # 原始数据处理的代码，按需学习 step2output.Rdata") #比较复杂的探针注释参考资料 #资料1：拆分取列https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen/kzgwzl/sv262capcgg9o8s5 ) #画图代码不报错，但不出图用dev.off解决 #关于breaks的进一步学习 #?
52310编辑于 2025-05-22生信学习笔记
生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。 系统学习作图。 2.R语言作图2.1 利用R语言中自带的数据集进行作图学习plot(rnorm(50))#plot 绘制图形的函数；rnorm(50)随机产生正态分布的50个数boxplot(iris$Sepal.Length 3.R语言学学习思维导图图片
20910编辑于 2024-03-08- 来自专栏嗨嗨嗨
生信学习小组
安装和加载R包1.镜像设置生信星球公众号：你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？
51020编辑于 2023-07-02 生信学习笔记
生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成 用户分为管理员和一般用户，一般用户能到的最高级目录为宿主目录，放在home目录下3.学习了解Linux系统中最常见的几个基础命令图片4.实践操作图片
20410编辑于 2024-03-06生信学习笔记
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x
21810编辑于 2024-03-09生信学习笔记
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda 复制代码后回车，注意理解代码意思conda list#开始使用condaconda install fastqc -yfastqc --help#确认是否安装成功3 实践操作图片4后续计划4.1 选修内容学习 4.2 linux系统详细视频学习
25610编辑于 2024-03-07生信学习笔记
DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
28010编辑于 2024-03-05第一天生信学习-生信星球学习小组
一、学习小组正确打开方式 1.如何开启高效学习 每日学习完成后，与小伙伴一起学习讨论，并在腾讯云记录学习笔记。 2.如何解决学习中遇到的问题 （1）搜索引擎 首选-谷歌，其次-必应，另外推荐一个大神级的搜索引擎：虫部落快搜。 （2）专业教程（推荐） 搜狗微信、搜狗知乎、github 直接去搜网站名字，就能搜到 （3）正确的提问 礼貌提问，描述问题需要用截图（快捷截图软件用微信截图或snipaste） 学习小组课程范围内的问题课在微信群里问 ，学习小组范围外的问题邮件提问。 (4)电脑版微信功能使用 截图功能，文件传输助手。 2.学习流程 （1）思维导图 幕布：兼具大纲与思维导图两种模式。 xmind：仅有思维导图一种模式，简单易上手。
31310编辑于 2024-02-20生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？
46100编辑于 2024-01-19- 来自专栏生信宝典
生信分析Python实战练习 9 | 视频27
生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python Reference 一些练习题 给定FASTA
28741编辑于 2023-09-22 生信星球——生信入门DAY6:学习R包
（library() : library(package)将加载名为package的命名空间，并添加到包的搜索列表中。加载前对搜索列表进行检查并更新，如果package不存在则报错，如果之前已加载package，则不会重复加载。如没有参数package即library()，则列出lib.loc指定的库中的所有可用包。library(help=package)将返回package的基本信息。
54610编辑于 2024-01-23- 来自专栏生信学习小组
生信学习day3
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域二、如何下载软件1.创建biosoft（mkdir 从某链接下载软件：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh生信星球 然后出现这个界面：3.下载完成后，运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,然后开始安装过程4.激活：source ~/.bashrc（注意空格）生信星球：激活不成功就将 add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes生信星球三
35310编辑于 2024-01-18 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 ，可以看下R for Data Science的第一章，系统学习作图。 share_source=copy_web&vd_source=ba670d5a7ca081b044384f15866b88ef 注意：只看R和Rstudio的下载部分，剩下的非学习范围（不需要装R包） 百度网盘里的软件下载链接： 链接：https://pan.baidu.com/s/1YVf9lvI5jiK_7pPcdAQtvA 提取码：glgk 一.认识R和Rstudio R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境 查看这一篇，养成好习惯： https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA 2.显示文件列表 直接打命令不跟路径会显示哪里？
57310编辑于 2024-02-25第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球
R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
41010编辑于 2024-02-25第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球
提取某两列作散点图：plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)学习一下脚本的使用和保存：将上面的代码复制到一个新的R脚本中。
48310编辑于 2024-02-24- 来自专栏生信学习小组
生信学习day2
图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
33510编辑于 2024-01-17 - 来自专栏小张的学习笔记
生信技能树学习笔记1
视为一个整体，一个向量只能有一种数据类型，可以有重复值）数据框（约等于表格，一列只能有一种数据类型）矩阵列表4.1 向量的生成c(2,3,15,5,7)## [1] 2 3 15 5 7c(1:9) ## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9rep("x",times=3)## [1] "x" "x" "x"##有重复的用rep()，有规律的序列用seq(),随机数用rnorm()seq(from =3,to=21,by=3)## [1] 3 6 9 12 15 18 21paste0(rep("x",times=3),1:3)## [1] "x1" "x2" "x3"###paste0函数是把数据连在一起
70320编辑于 2023-05-10 Day1 学习生信准备
Day1 学习生信准备1. 搜索引擎推荐1.1 浏览器搜索引擎：谷歌，必应，虫部落快搜1.2 专业教程搜索：搜狗微信、搜狗知乎、github2. 学习软件推荐2.1 浏览器：chrome，可以安装一些插件2.2 电脑文件搜索：Everything2.3 截图软件：snipaste，微信3. 学习方式：做思维导读，推荐使用幕布，xmind4. 学习markdown语法做笔记常见格式如下：1.展示代码a = 1 注意 ：这里要设置代码格式，否则会报错。 我们的学习小组教程是非开放的，你的笔记应当是经过你自己消化和整理的，禁止直接复制、抄袭发布。
36120编辑于 2024-03-04- 来自专栏生信技能树
跟着生信技能树，学习 CIBERSORT
后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！ 下面是优秀学徒的稿件 Jimmy老师去年解析了CIBERSORT使用SVM算法实现去卷积,我决定亦步亦趋的跟着Jimmy老师的代码学习 背景知识 首先有一些背景知识需要了解（特别是一些算法），但是我的理解方法特别粗暴 ssGSEA GSEA分析，jimmy老师在《生信技能树》公众号多次讲解： GSEA分析一文就够（单机版+R语言版） GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上 cells CD4 naive" # [7] "T cells CD4 memory resting" "T cells CD4 memory activated" # [9] 8),col=mypalette_1,xlab="Greens (sequential)", ylab="",xaxt="n",yaxt="n",bty="n") set1里面配色最多9种
7.8K34发布于 2021-02-03
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