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生信学习day3
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域二、如何下载软件1.创建biosoft（mkdir biosoft（cd biosoft）2.从某链接下载软件：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- latest-Linux-x86_64.sh生信星球：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本。 然后出现这个界面：3.下载完成后，运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,然后开始安装过程4.激活：source ~/.bashrc（注意空格）生信星球：激活不成功就将 add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes生信星球三
44310编辑于 2024-01-18 生信学习
生信学习第6天之函数学习和操作1.R包是多个函数的集合，使用之前要加载合适的镜像，提高下载的速度。 对应中科大源安装和调用的命令install.packages("dplyr")#安装的命令有双引号library(dplyr)#调用的时候无双引号2.常用的几个函数1.mutate(),新增列2.select(),按列筛选3. 半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join12.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join13.简单合并：cbind（）&rbind() 注：c:col指行，r:row指列3.
30510编辑于 2024-03-10- 来自专栏技能板块
生信技能树学习笔记 Day 3
Sepal.Length)) #从大到小 desc()2. distinct，数据框按照某一列去重复distinct(test,Species,.keep_all = T) #.keep_all 保留全部列3.
71021编辑于 2023-02-09 - 来自专栏生信重要笔记
生信学习day3——linux安装
ash miniconda-latest-Linux-86_64.sh 进入安装过程（过程需要连续enter直达出现yes or no ）
23500编辑于 2023-06-28 - 来自专栏生信星球每日学习
生信星球每日学习day3-毽子
生信星球登陆服务器，进入biosoft目录cd ~/biosoftwget命令 wget 接复制下载链接wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh图片安装minicondabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh图片跟着操作 /.bashrc来激活conda命令行输入conda图片出现此即可安装有问题，可以参考演示视频【无声版】链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k 生信星球添加镜像 install fastqc -y #安装fastqc 默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本 如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y生信星球 3.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。
83400编辑于 2023-01-11 - 来自专栏小欧生信学习
生信星球学习小组day3--conda
store，能够下载需要的软件 下载并安装miniconda谷歌搜索miniconda清华根据服务器位数找到下载链接登录xshell，cd biosoftwget 下载的链接安装 bash Miniconda3- conda remove fastqc -y卸载软件 conda环境conda ifo --envs查看有哪些环境，带*的是激活的例：处理转录组数据，建立rnaseq的conda环境，指定python版本是3， 安装fastqc\trimmomatic代码：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y创建完成，conda info --envs再次查看环境 conda activate rna-seq激活新环境conda deactivate推出当前环境笔记内容来源：生信星球学习小组图片
29030编辑于 2023-10-22 生信学习笔记
生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。 系统学习作图。 2.R语言作图2.1 利用R语言中自带的数据集进行作图学习plot(rnorm(50))#plot 绘制图形的函数；rnorm(50)随机产生正态分布的50个数boxplot(iris$Sepal.Length 3.R语言学学习思维导图图片
26410编辑于 2024-03-08- 来自专栏嗨嗨嗨
生信学习小组
安装和加载R包1.镜像设置生信星球公众号：你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？ 3.加载library和require，两个函数均可。使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。 test, Petal.Length, Petal.Width)vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")select(test, one_of(vars))图片3.
61520编辑于 2023-07-02 - 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day3：linux安装软件
不同的分析需要的软件/软件版本不同，即环境不同，则需要不同的conda environment
29840编辑于 2023-06-28 - 来自专栏LuKa07777
Day3—生信星球小组学习-LuKa
Day3生信星球小组学习-LuKaLinux环境下的软件安装Linuxe如何安装软件 在Linux环境下，有三种常用的安装软件的方法：源码安装、包管理器安装和二进制包安装。 2) Linux下安装软件的逻辑和过程_逝水-无痕的博客-CSDN博客. https://blog.csdn.net/wangkai_123456/article/details/26163049.(3) Linux安装软件基本流程_zx3安装_zx超的博客-CSDN博客. https://blog.csdn.net/weixin_44885180/article/details/113835946.(
45640编辑于 2023-10-04 - 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 3——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年11月29日一、今日学习体会1.命令行界面不可怕一直对linux有种莫名的恐惧感，或许是对于这种不能直接眼见为实的的操作有种害怕的感觉吧。 具体说来1. miniconda下载地址（生信用miniconda足够）清华大学镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/? /Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh5.安装miniconda：bash Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh yes回答；conda install fastqc=0.11.7 -y限定版本安装fastqc -help检查是否安装成功conda remove fastqc -y卸载四、进阶环境（耳目一新，重点）生信实战中 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y3.激活环境conda activate rna-seq，带*号的即为激活4.退出环境conda
38100编辑于 2023-11-29 - 来自专栏生信学习ing
生信星球学习小组Day3-云朵
安装miniconda bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 按提示点击回车，输入yes。 解决方案：全部退出，重新来 3. 激活 source ~/.bashrc激活conda，注意空格 4.
28330编辑于 2023-11-02 生信学习笔记
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda 安装linux下面有64-bit（x86_64）的最新版本，复制链接，如https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- 进入biosoft路径，过程中可以使用Tab补齐功能，避免输错wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- 4.5.11-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc#激活conda config --add channels 实践操作图片4后续计划4.1 选修内容学习4.2 linux系统详细视频学习
31610编辑于 2024-03-07- 来自专栏生信星球学习小组每日作业
生信星球学习小组-Day3学习笔记--conda
为了生信分析的需求，我们安装Miniconda即可。图片1. 首先，为了更加稳定、快速地获得Miniconda的安装包，我们需要从国内相关镜像网站下载，如清华、北外、国科大、阿里等镜像网站。 三个字母，然后按 tab键 就会补全后续命令，这样做非常高效，还能避免输入错误wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh # wget是一个linux系统自带的可在网络上进行下载的简单而强大的自由软件，wget + 下载链接 即可下载下来3.安装miniconda 一般我们可以使用bash Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh命令行进行安装，会弹出以下信息：图片之后还需要使用source ~/.bashrc来激活 conda
90300编辑于 2023-02-08 生信学习笔记
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x
28710编辑于 2024-03-09生信学习笔记
生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成 用户分为管理员和一般用户，一般用户能到的最高级目录为宿主目录，放在home目录下3.学习了解Linux系统中最常见的几个基础命令图片4.实践操作图片
25110编辑于 2024-03-06生信学习笔记
DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
34010编辑于 2024-03-05岩酱的生信学习DAY 3( Minicoda安装）
64-bit最新版本，右键复制下载链接cd ~/biosoftwget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3- latest-Linux-x86_64.sh鼠标进行复制粘贴操作3.安装Minicodabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按Q跳过安装步骤，跳不过就回答YES回车 软件安装练习1.查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list2 安装软件fastaqcconda install fastqc -y-y意思是yes，当在安装过程中遇到所有情况都默认YES3. conda info --envs #查看当前conda环境1.创建新的环境conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y创建名为rna-seq 指定版本为python，安装fastqc trimmomatic 软件2.查看新创建环境，并激活conda info --envsconda activate rna-seq默认*会转移到rna-seq前面3.
92510编辑于 2024-04-15第一天生信学习-生信星球学习小组
一、学习小组正确打开方式 1.如何开启高效学习 每日学习完成后，与小伙伴一起学习讨论，并在腾讯云记录学习笔记。 （2）专业教程（推荐） 搜狗微信、搜狗知乎、github 直接去搜网站名字，就能搜到 （3）正确的提问 礼貌提问，描述问题需要用截图（快捷截图软件用微信截图或snipaste） 学习小组课程范围内的问题课在微信群里问 （3）快捷截图软件 snipaste 30秒学会简单使用：双击打开，没有任何提示，快捷键是F1，可以在截出的图添加一些箭头、文字标记。 (4)电脑版微信功能使用 截图功能，文件传输助手。 （2）电子版笔记 腾讯云社区 3.markdown语法 （1）级别标题 一个井号加空格 就是一级标题，两个井号加空格 就是二级标题，以此类推 （2）代码块 两组三个反引号中间写代码，回车。 如下： ``` a = 1 ``` “```”是数字键1前面的键，切换成英文格式 （3）引用 大于号加空格 后面写内容即可
38010编辑于 2024-02-20生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ 生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源.3.怎样召唤linux--阿里云服务器1 单纯linux2 Windows10上的linux3 Windows7 上的linux4 working directory，也就是显示当前路径mkdir ：make directory-- 创建你的空目录ls 显示列表，不管是目录还是文件，都能显示1 删除文件--rm2 删除空目录--rmdir3 q # version 1.6.3-1, orapt install python-q-text-as-data apt install python3- test.txt110bio09@ecm-cefa:~/lidahuang$ tail -n 3 test txttail: cannot open 'test' for reading: No such
57700编辑于 2024-01-19
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