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生信学习day2
图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 3.怎样召唤linux--阿里云服务器（1）单纯linux，用U盘安装一下纯linux系统，推荐CentOS或者Ubuntu整个过程大概只需要20分钟；（2）Windows10上的linux（3）本地服务器上的 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
41010编辑于 2024-01-17 生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cd test2-bash: cd: test2: No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 .txt': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cat test2cat: test2: No such file or
57700编辑于 2024-01-19生信学习
生信学习第6天之函数学习和操作1.R包是多个函数的集合，使用之前要加载合适的镜像，提高下载的速度。 mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源安装和调用的命令install.packages("dplyr")#安装的命令有双引号library(dplyr)#调用的时候无双引号2. 常用的几个函数1.mutate(),新增列2.select(),按列筛选3.filter()筛选行4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序5.summarise()：汇总6.管道操作
30510编辑于 2024-03-10- 来自专栏技能板块
生信技能树学习笔记 Day 2
ggplot2参数设定① 形状(shape)标识选择图片② color & fill 区分：color指边框颜色，fill指内容物颜色，如果二者颜色不一致，color和fill都要写③ 分面：指按照数据的某一列把数据分成几张子图
55320编辑于 2023-02-07 - 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day2：linux入门
显示列表图片创建空目录mkdir #创建空目录图片删空目录图片删文件rm rmdir 删空目录 rm-r 删非空目录图片vi 创建文本 cat 查看文本图片查看前/后十行图片查看前几行图片移动 重命名图片引用生信星球
26200编辑于 2023-06-27 生信学习笔记
生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。 系统学习作图。 2.R语言作图2.1 利用R语言中自带的数据集进行作图学习plot(rnorm(50))#plot 绘制图形的函数；rnorm(50)随机产生正态分布的50个数boxplot(iris$Sepal.Length 3.R语言学学习思维导图图片
26410编辑于 2024-03-08- 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 2——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年11月28日一、Linux相关知识参考生信星球公众号文章生信小白第一天-0成本召唤linux★重点：了解windows安装子系统，实现在win上运行linux二、服务器运行 Linux软件通过Xshell 访问服务器（从官网下载安装）Xshell使用方法1.输入命令：ssh 用户名@ip进入密码输入界面；2.输入密码进行连接3.成功连接三、常用命令学习pwd显示当前路径mkdir mv移动文件，mv 456.txt 2tmp将456.txt移动到2tmp；并且，mv 123.txt 789.txt可以实现重命名。 图片四、扩展学习（参考豆豆和花花老师）如果大家感觉对linux想知根知底，推荐马哥Linux视频课程，课程比较长，建议1.25倍速，豆豆当时是花了一个星期的时间，一天学10小时才学完；时间比较紧张的话，
35100编辑于 2023-11-28 - 来自专栏LuKa07777
Day2—生信星球小组学习-LuKa
Day2生信星球小组学习-LuKaLinux导图如下：图片练习1练习cd操作：进入tmp目录，然后查看当前路径，然后返回主目录bio01@VM-0-6-ubuntu:~$ cd tmpbio01@VM- 0-6-ubuntu:~/tmp$ pwd/home/bio01/tmpbio01@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cd练习2练习删除操作：删除doodle.txt;删除整个huahua目录;
30240编辑于 2023-10-04 - 来自专栏生信学习ing
生信星球学习小组DAY2-云朵
生信入门第2天，开始召唤linux了。。1.登陆服务器1.1 windows下载**xshell**软件，并登录。1.2 macmac 在terminal页面操作：ssh 用户名@ip地址2. mkdirmkdir ：make directory-- 创建空目录2.3 lsls List information about files，#显示列表2.4 rmrmremove ，#删除（1）删除文件--rm（2）
40750编辑于 2023-11-01 - 来自专栏嗨嗨嗨
生信学习小组
安装和加载R包1.镜像设置生信星球公众号：你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？ 2.安装联网R包安装命令是install.packages(“包”)#安装的包存在于CRAN网站BiocManager::install(“包”)#安装的包存在于Biocductor存在于哪里？ :52,101:102),]#示例数据直接使用内置数据集iris的简化版1.mutate(),新增列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)图片2.select (),按列筛选(1)按列号筛选select(test,1)select(test,c(1,5))select(test,Sepal.Length)图片(2)按列名筛选select(test, Petal.Length Sepal.Length))#计算每组Sepal.Length的平均值和标准差图片dplyr两个实用技能1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号）图片2：
61520编辑于 2023-07-02 - 来自专栏生信学习小组（L）
生信学习小组Day 2-linux（L）
Linux是一个操作系统（OS），开源、免费、稳定、安全，区别于windows和mac的图形界面，linux的操作靠命令行来实现，因此深受广大生信研究者的喜爱。 ------微信公众号：生信星球 2.召唤Linux和登录服务器 (1) 个人电脑 Windows 设置-更新和安全-针对开发人员-启用开发人员模式 控制面板-控制面板-程序-启用或关闭windows ------微信公众号：生信星球 pwd：print working directory 作用：显示当前路径 示例： 图片 mkdir：make directory 作用：创建你的空目录 示例： 图片 vi 作用：新建脚本或者文本文档 （1）vi aa.txt：新建名为aa的文本文档，并打开编辑 （2）输入英文i，开始写下具体文本 （3）按Esc键退出编辑模式 （4）左下角输入:x， 将文件名1重命名为文件名2 示例： 图片
1K10编辑于 2023-01-10 生信学习笔记
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda 复制代码后回车，注意理解代码意思conda list#开始使用condaconda install fastqc -yfastqc --help#确认是否安装成功3 实践操作图片4后续计划4.1 选修内容学习 4.2 linux系统详细视频学习
31610编辑于 2024-03-07生信学习笔记
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x [4]x[-4]x[2:4]x[-(2:4)]x[c(1,5)]数据框重点：一定要将示例数据保存在工作目录下！！！
28710编辑于 2024-03-09生信学习笔记
生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成 用户分为管理员和一般用户，一般用户能到的最高级目录为宿主目录，放在home目录下3.学习了解Linux系统中最常见的几个基础命令图片4.实践操作图片
25110编辑于 2024-03-06生信学习笔记
DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
34010编辑于 2024-03-05- 来自专栏生信星球学习小组每日作业
生信星球学习小组-Day2学习笔记--召唤Linux
2.怎样登录服务器--Xshell和terminalMac电脑可通过自带的terminal(终端)登陆服务器 首先输入ssh 用户名@ip地址，然后点回车图片之后会让你输入密码，输入的密码不会显示，输入完点击回车即可 home/test #将 test.txt 移动到 /home/test 目录中创建目录mkdirmkdir test #创建了一个名为 test 的新目录mkdir -p test/test1/test2
78590编辑于 2023-02-08 第一天生信学习-生信星球学习小组
一、学习小组正确打开方式 1.如何开启高效学习 每日学习完成后，与小伙伴一起学习讨论，并在腾讯云记录学习笔记。 2.如何解决学习中遇到的问题 （1）搜索引擎 首选-谷歌，其次-必应，另外推荐一个大神级的搜索引擎：虫部落快搜。 （2）专业教程（推荐） 搜狗微信、搜狗知乎、github 直接去搜网站名字，就能搜到 （3）正确的提问 礼貌提问，描述问题需要用截图（快捷截图软件用微信截图或snipaste） 学习小组课程范围内的问题课在微信群里问 (4)电脑版微信功能使用 截图功能，文件传输助手。 2.学习流程 （1）思维导图 幕布：兼具大纲与思维导图两种模式。 xmind：仅有思维导图一种模式，简单易上手。 （2）电子版笔记 腾讯云社区 3.markdown语法 （1）级别标题 一个井号加空格 就是一级标题，两个井号加空格 就是二级标题，以此类推 （2）代码块 两组三个反引号中间写代码，回车。
38010编辑于 2024-02-20- 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信课程note-2
seq(from = 2,to = 15,by = 2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 # 2.生成向量，内容为："student2" "student4" "student6 seq(2,100,2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 "AC104581.1" "MPP2" "ATP2A2" "SNRPE" ## [19] "PRSS8" "ZNF461" "CECR5" "LCP1" ## [43] "OR2D3" "LIPE" "LIPE" "CANX" "ATP6V1B2" "MARC2" z = rnorm(n=10,mean=0,sd=18) z[z<(-2)] ## [1] -4.657298 -8.565170 -18.576409 -2.250447 引自生信技能树 This
59320编辑于 2023-02-06 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 2 —— 橙子🍊
① 服务于supercomputer的OS② 开源，能方便运行大量数据2、常用linux代码pwd #显示当前路径mkdir … #创建空目录ls #显示列表rm … #删除文件rmdir head … #显示前10行tail … #显示后10行head -n3 … #显示前3行|3可替换tail -n3 … #显示后3行cp file1 file2 #复制file1，命名file2mv #移动或重命名图片生信星球学习小组
33080编辑于 2023-10-22 - 来自专栏jerry的学习笔记
生信星球学习小组Day2-召唤linux Jerry
今天是学习小组学习的第一天，主要是学习了解linux的基本概念、如何使用以及基本操作1. /E/F盘，文件系统呈树状由于用户不唯一，像类似“我的电脑”这种级别的文件，用户是无法访问的，每个用户能到达的最高级目录“宿主目录”，即用户登录时所在的目录，宿主目录放在home目录下图片图文来源于微信公众号生信星球 为什么学生信要用linux？ hello_world.txt#先保证电脑切换到了英文输入法，然后敲i键，就可以输入了#写下你的感悟～几行简短的英文# 按Esc键 #退出编辑模式:x #在左下角输入，意思是保存并退出```'代码来自微信公众号生信星球 directory3 #建立层级目录# 怎样删除这些层级目录（提示：搜索rm）rm -r test1/test2/test3 #系统学习linux推荐B站马哥linux教程全套视频图片
66550编辑于 2023-08-08
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