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生信学习
生信学习第6天之函数学习和操作1.R包是多个函数的集合，使用之前要加载合适的镜像，提高下载的速度。 列或某几列对整个表格进行排序5.summarise()：汇总6.管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)7.count统计某列的unique值8.內连inner_join,取交集9.左连left_join10
24810编辑于 2024-03-10生信学习笔记
生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。 系统学习作图。 2.R语言作图2.1 利用R语言中自带的数据集进行作图学习plot(rnorm(50))#plot 绘制图形的函数；rnorm(50)随机产生正态分布的50个数boxplot(iris$Sepal.Length 3.R语言学学习思维导图图片
20910编辑于 2024-03-08- 来自专栏嗨嗨嗨
生信学习小组
安装和加载R包1.镜像设置生信星球公众号：你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？
51020编辑于 2023-07-02 生信学习笔记
生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成 用户分为管理员和一般用户，一般用户能到的最高级目录为宿主目录，放在home目录下3.学习了解Linux系统中最常见的几个基础命令图片4.实践操作图片
20410编辑于 2024-03-06生信学习笔记
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x
21810编辑于 2024-03-09生信学习笔记
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda 复制代码后回车，注意理解代码意思conda list#开始使用condaconda install fastqc -yfastqc --help#确认是否安装成功3 实践操作图片4后续计划4.1 选修内容学习 4.2 linux系统详细视频学习
25710编辑于 2024-03-07生信学习笔记
DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
28010编辑于 2024-03-05第一天生信学习-生信星球学习小组
一、学习小组正确打开方式 1.如何开启高效学习 每日学习完成后，与小伙伴一起学习讨论，并在腾讯云记录学习笔记。 2.如何解决学习中遇到的问题 （1）搜索引擎 首选-谷歌，其次-必应，另外推荐一个大神级的搜索引擎：虫部落快搜。 （2）专业教程（推荐） 搜狗微信、搜狗知乎、github 直接去搜网站名字，就能搜到 （3）正确的提问 礼貌提问，描述问题需要用截图（快捷截图软件用微信截图或snipaste） 学习小组课程范围内的问题课在微信群里问 ，学习小组范围外的问题邮件提问。 (4)电脑版微信功能使用 截图功能，文件传输助手。 2.学习流程 （1）思维导图 幕布：兼具大纲与思维导图两种模式。 xmind：仅有思维导图一种模式，简单易上手。
31310编辑于 2024-02-20生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ 生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源.3.怎样召唤linux--阿里云服务器1 单纯linux2 Windows10上的linux3 Windows7 上的linux4 cannot open 'txt' for reading: No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang$ tail -n 3 test.txt10bio09
46100编辑于 2024-01-19生信星球——生信入门DAY6:学习R包
（library() : library(package)将加载名为package的命名空间，并添加到包的搜索列表中。加载前对搜索列表进行检查并更新，如果package不存在则报错，如果之前已加载package，则不会重复加载。如没有参数package即library()，则列出lib.loc指定的库中的所有可用包。library(help=package)将返回package的基本信息。
54610编辑于 2024-01-23- 来自专栏生信学习小组
生信学习day3
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域二、如何下载软件1.创建biosoft（mkdir 从某链接下载软件：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh生信星球 然后出现这个界面：3.下载完成后，运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,然后开始安装过程4.激活：source ~/.bashrc（注意空格）生信星球：激活不成功就将 add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes生信星球三
35310编辑于 2024-01-18 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 ，可以看下R for Data Science的第一章，系统学习作图。 share_source=copy_web&vd_source=ba670d5a7ca081b044384f15866b88ef 注意：只看R和Rstudio的下载部分，剩下的非学习范围（不需要装R包）
57310编辑于 2024-02-25第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球
R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40
41010编辑于 2024-02-25第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球
xx<- 1:10 #从1-10之间所有的整数xx<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）xx<- rep(1:3,times=2) #1-3 x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5)] #第1个和第5个元素（2）根据值x[x==10 ]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素Part2：数据框将示例数据放在你的工作目录下（！！！） 提取某两列作散点图：plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)学习一下脚本的使用和保存：将上面的代码复制到一个新的R脚本中。
48310编辑于 2024-02-24- 来自专栏生信学习小组
生信学习day2
图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 3.怎样召唤linux--阿里云服务器（1）单纯linux，用U盘安装一下纯linux系统，推荐CentOS或者Ubuntu整个过程大概只需要20分钟；（2）Windows10上的linux（3）本地服务器上的 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
33510编辑于 2024-01-17 - 来自专栏生信宝典
生信分析Python实战练习 10 | 视频28
(10分) find 用到的知识点 输出格式 (输出格式为bed格式，第一列为匹配到的染色体，第二列和第三列为匹配到染色体序列的起始终止位置（位置标记以0为起始，代表第一个位置；终止位置不包含在内，第一个例子中所示序列的位置是
30510编辑于 2023-09-27 - 来自专栏数据处理小技能
生信技能树 R习题 1-10
《生物信息学从业者就应该是这样学习R语言》1-5笔记1. 《如何系统入门R语言》这一篇微信文章是2017年2月写的了，距离现在7年，语言生动有趣跟现在的风格还有点不一样，那时候曾老师竟然一个个回点评还用颜文字嘞，而且17年就自称老一辈的生信工程师（难道现在是木乃伊辈的生信工程师 python/perl/R的差别：初级应用的R本质上是没有交互界面的excelR入门的基础：下载R语言；下载R studio；学习help函数（不止是?? 4.R语言入门学习路径+资源集(生信篇)资源博，适合纯新手入门5.R语言的最好资源，一个就够！ 【好书分享】《R语言实战（第2版）》就是《R语言实战》10.生信技巧第3课-请你务必学好R语言这里的视频似乎看不了了，主要的内容和生信马拉松的课程基本相同生信技能树
28810编辑于 2024-06-03 - 来自专栏小张的学习笔记
生信技能树学习笔记1
"在R语言中是命令提示符()前面的单词是函数getwd()获取绝对路径路径补充文件在桌面上，不在工作目录下，怎样读取绝对路径，换了电脑就读不成功x1 = read.csv("C:/Users/win10 student",times=7),seq(from=2,to=15,by=2))## [1] "student2" "student4" "student6" "student8" "student10
70320编辑于 2023-05-10 Day1 学习生信准备
Day1 学习生信准备1. 搜索引擎推荐1.1 浏览器搜索引擎：谷歌，必应，虫部落快搜1.2 专业教程搜索：搜狗微信、搜狗知乎、github2. 学习软件推荐2.1 浏览器：chrome，可以安装一些插件2.2 电脑文件搜索：Everything2.3 截图软件：snipaste，微信3. 学习方式：做思维导读，推荐使用幕布，xmind4. 学习markdown语法做笔记常见格式如下：1.展示代码a = 1 注意 ：这里要设置代码格式，否则会报错。 我们的学习小组教程是非开放的，你的笔记应当是经过你自己消化和整理的，禁止直接复制、抄袭发布。
36120编辑于 2024-03-04- 来自专栏生信技能树
跟着生信技能树，学习 CIBERSORT
后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！ 下面是优秀学徒的稿件 Jimmy老师去年解析了CIBERSORT使用SVM算法实现去卷积,我决定亦步亦趋的跟着Jimmy老师的代码学习 背景知识 首先有一些背景知识需要了解（特别是一些算法），但是我的理解方法特别粗暴 ssGSEA GSEA分析，jimmy老师在《生信技能树》公众号多次讲解： GSEA分析一文就够（单机版+R语言版） GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上 -17-20与https://tangshusen.me/2018/10/27/SVM/，SVM就是一种二类分类模型，他的基本模型是的定义在特征空间上的间隔最大的线性分类器，SVM的学习策略就是间隔最大化 的话 mypalette_1<-brewer.pal(10,"Set1") image(1:10,1,as.matrix(1:10),col=mypalette_1,xlab="Greens (sequential
7.8K34发布于 2021-02-03
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