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生信分析Python实战练习 2 | 视频20
开源生信 Python教程 生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python 一些练习题 给定 FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa)，写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕 (2分) open(file) for .. in loop print() strip ......TCCGCTG......GCGTTCACC......CGGGGTCCGGAG 写程序 formatFasta-2.py, 读入test2.fa，把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 (2分) sort dict aDict[key] = [] aDict[key].append(value) 用到的知识点 提取给定名字的序列 (2分) 用到的知识点 print >>fh, or fh.write() 取模运算，4 % 2 == 0 写程序 grepFasta.py, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。
20620编辑于 2023-08-30 - 来自专栏生信宝典
生信分析Python实战练习 2 | 视频19
开源生信 Python教程 生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python 一些练习题 给定 FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa)，写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕 (2分) open(file) for .. in loop print() strip ......TCCGCTG......GCGTTCACC......CGGGGTCCGGAG 写程序 formatFasta-2.py, 读入test2.fa，把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 (2分) sort dict aDict[key] = [] aDict[key].append(value) 用到的知识点 提取给定名字的序列 (2分) 用到的知识点 print >>fh, or fh.write() 取模运算，4 % 2 == 0 写程序 grepFasta.py, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。
25340编辑于 2023-08-30 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析网站（生存分析）
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 差异分析，无论是Oncomine，GEPIA，还是UALCAN、HPA数据库，都不需要R语言编写代码，容易上手，基本上一个星期甚至更短的时间就可以搞定，属于菜鸟级别生信操作。并没有想象中那么难。 fold change＞2（起码1.5），p<0.05是差异分析的基本标准。但是表达的差异≠表型的差异，而这两者关系又密不可分。 生存分析是生信论文中经常出现的表型，也就是说基因在正常和肿瘤组织中表达的差异，与生存率的指标密切相关。如A基因在肿瘤中表达明显上调，生存率显著下降，这就是非常明确的相关性。 生存分析是非常重要的表型，诸多文章均有介绍。这里，我们对生存分析的纯生信数据库进行总结，果友们在选择时也可以作为参考。
4.4K44发布于 2020-08-11 生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
1.什么是linux，什么是服务器？linux与windows、mac同属于操作系统。应用场景supercomputer（服务器），优点在于支持多用户同时使用，且互不干扰。 权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ 生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源.3.怎样召唤linux--阿里云服务器1 单纯linux2 Windows10上的linux3 Windows7 上的linux4 Mac上的linux5 本地服务器上的linux6 云服务器上的linux相较于windows，mac在此方面有天然优势。 4.怎样登录服务器--xshell和terminal恰好手头有台macbookmacbook，terminal启动！5.linux有哪些最基本的操作？
46300编辑于 2024-01-19- 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析网站（免疫浸润分析）
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 在差异分析的前提下，表型分析成为重点内容，也是可以玩出花样的地方。 生存分析是非常常见的表型分析。与生存分析相比，相关性分析是另外一个常见的表型分析。 免疫浸润分析比生存分析、差异分析和相关性分析难度更大，因为免疫学是不断延伸、拓展的学科，并不断从理论走向应用、临床，兼有科学性和技术性，比如实验中已经普遍应用的免疫印迹（WB），流式分析，免疫组化和免疫荧光等等 生信分析中，有一种算法叫反卷积分析，英文名叫Deconvolution。 生信开发人员可以先通过预设一个优秀的数据训练集（训练集主要包含了每种不同免疫细胞的基因表达特征），然后通过反卷积算法推算出这个整体样本中究竟有哪些免疫细胞。
7.7K43发布于 2020-08-12 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析中linux的使用2-文件管理
生信技能树学习笔记 Linux里的文件 1.文件的传输 2.文件的表示 文件夹管理或路径有关的符号： . 当前目录 .. cp：copy and paste 常见参数：-r, copy directories recursively 常见用法：cp [OPTION] SOURCE DIRECTORY 要说明：1.拷贝谁2. tar归档文件（创建压缩文件） -x ## 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩） -f ## 输出结果到文件或设备 -v ## 在处理文件时显示文件（显示处理进度） -j ## 将输出重定向给bzip2命令 Linux 中很多压缩程序只能针对一个文件进行压缩，这样当你想要压缩 一大堆文件时，你得先将这一大堆文件先打成一个包（tar命令），然后 再用压缩程序进行压缩（gzip、bzip2或zip命令）。 http://linux.51yip.com/ linux命令手册 Q2：有没有什么书籍可以系统地学习linux相关的知识？
31710编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信课程note-2
seq(from = 2,to = 15,by = 2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 # 2.生成向量，内容为："student2" "student4" "student6 seq(2,100,2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 "AC104581.1" "MPP2" "ATP2A2" "SNRPE" ## [19] "PRSS8" "ZNF461" "CECR5" "LCP1" ## [43] "OR2D3" "LIPE" "LIPE" "CANX" "ATP6V1B2" "MARC2" z = rnorm(n=10,mean=0,sd=18) z[z<(-2)] ## [1] -4.657298 -8.565170 -18.576409 -2.250447 引自生信技能树 This
52120编辑于 2023-02-06 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 2 —— 橙子🍊
① 服务于supercomputer的OS② 开源，能方便运行大量数据2、常用linux代码pwd #显示当前路径mkdir … #创建空目录ls #显示列表rm … #删除文件rmdir head … #显示前10行tail … #显示后10行head -n3 … #显示前3行|3可替换tail -n3 … #显示后3行cp file1 file2 #复制file1，命名file2mv #移动或重命名图片生信星球学习小组
25380编辑于 2023-10-22 - 来自专栏生信学习小组
生信学习day2
1.什么是linux，什么是服务器？ 图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 3.怎样召唤linux--阿里云服务器（1）单纯linux，用U盘安装一下纯linux系统，推荐CentOS或者Ubuntu整个过程大概只需要20分钟；（2）Windows10上的linux（3）本地服务器上的 Unix/Linux 服务器。 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
33710编辑于 2024-01-17 - 来自专栏图形化开放式生信分析系统开发
图形化开放式生信分析系统开发 - 5 生信分析流程服务器端运行
在上文图形化开放式生信分析系统开发 - 4 生信分析流程的图形化设计 讨论了生信分析pipeline的图形化，如何用图形的方式显示生信pipeline，但是pipeline脚本按照变量的形式保存之后，如何运行 本地模式： 优势：容易实现，运行效率高，不依赖网络 劣势：限制了软件的适用范围，本机性能就决定了分析性能，不易扩展，限于运算量较低的业务。 2. 远程模式： 优势：便于扩展，部署方便。 分析过程状态、服务器运行状态，需要由服务器端推送到用户端。 服务器信息2.png 针对分析流程，按照约定定义了两个变量：${data}数据输入目录，${result}输出目录 考虑到并行运算，这里设置了该账户可以并行运行的任务数量，已经连续运行任务的最小时间间隔 运行完成后服务器端推送信息到控制端，判断是否符合要求，输出文件是否存在 运行失败后服务器端推送信息到控制端，显示错误信息，错误日志，便于生信开发人员查找错误 统计每一个分析步骤的运行时间，便于统计分析
95500发布于 2020-01-17 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
2元小时的生信分析云服务器的建立、配置与操作攻略~
操作步骤 建立一台云服务器 登陆https://cloud.tencent.com注册一个账号登陆这个账号充个值20元。 具体操作如下1、 2、 3、 4、 5、 6、 7、 8、 这样你就有一台自己的服务器了 尝试与服务器第一次牵手 打开终端 输入ssh -q -l root -p 22 xxx.xxx.xxx.xxx 这里的xxx是服务器公网IP，下图中找到。 详细如下：一般PE150的数据压缩以后最多8G，上传的速度1M/s，所用时间为2小时，低配置1元/小时，一共需要2元钱。 然后做完一次项目云服务器点销毁，一定要点销毁，关机的话还会计费的，我被坑过，后来联系客服才知道。
1.8K10编辑于 2023-02-28 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析网站（欢迎收藏）
生信分析，无论是Oncomine，GEPIA，还是KM Plotter数据库，都不需要R语言编写代码，容易上手，基本上一个星期甚至更短的时间就可以搞定，属于菜鸟级别生信操作。并没有想象中那么难。 p<0.05就是我们前期做分析想要的结果，即使用GEO数据库、TCGA数据库做分析，甚至做芯片或测序，没有差异也是枉然。 对于医生，个人建议是最好学会R语言，最起码掌握不用R语言的数据库分析。 最重要的是阅读过的文献和做过的生信分析，可以进一步促进对临床上疾病的认识，提升医生的诊治水平。 ? 接下来，我们将按照中心法则和生信论文分析的思路总结生信分析的网站。 这些网站均是纯生信数据库，不需要R语言基础，就像Excel、PPT一样容易上手，只要你愿意学，肯定能学会。 差异分析数据库 oncomine数据库（差异分析首选） https://www.oncomine.org/resource/main.html GEPIA数据库（共表达是特色） http://gepia.cancer-pku.cn
3.1K20发布于 2020-08-10 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析之conda安装
生信技能树学习笔记 Anaconda 的官网是 https://www.anaconda.com/ 官网上介绍anaconda是所有语言的包、依赖和环境管理器。 Conda之间的关系如下 当我们使用服务器分析数据，我们使用miniconda，如果在自己的电脑上使用anaconda。 因为在数据分析过程中我们要使用很多种软件，软件安装中会遇到各种问题。 添加镜像要看服务器所在的位置，不是使用者所在的位置 第三步——创建独立小环境 为什么要创建独立的环境? conda remove -n rna fastqc 不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作，同样，-y能够跳过确认执行的步骤 Conda常用命令 补充 生信技能树学习笔记 前情提要：1.安装
1.2K10编辑于 2024-07-10 - 来自专栏芒果先生聊生信
生信分析网站（相关性分析）
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal 数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 在差异分析的前提下，表型分析成为重点内容，也是可以玩出花样的地方。生存分析是非常常见的表型分析。与生存分析相比，相关性分析是另外一个常见的表型分析。 严谨的生信论文还对分析结果做出ROC曲线，以提高数据的可信度和说服力。 ） http://www.oncolnc.org/ cBioPortal（组学分析神器也能做生存分析） https://www.cbioportal.org/ 差异分析数据库 oncomine数据库（差异分析首选
5.5K21发布于 2020-08-11 - 来自专栏生信技能树
生信第一步-购买腾讯云服务器搭建自己的生信分析环境
一.腾讯云服务器-构建生信分析环境 01.硬盘设置 挂载数据盘，我先买了200G的云数据盘，暂时够用，手动挂载后，需要进入服务器，再次进行挂载 df -h # 服务器原始的状态 ? 这里要特别感谢生信技能树群里的小伙伴，jimmy、skk、李东野、黯蓝、卖萌哥、小洁，在他们的热心帮助下，解决了这个问题！万分感谢！问题出在腾讯云的安全组设置！ ? ? ? ? rstudio ? ♚ OK，到这里，生信配置就完成了！前前后后、反反复复，配置一个云服务器，花了3天的时间，设置自动挂载、寻找源，一个个的解决问题，这还是在有优质的教学视频的前提下，假如没有，学习成本还要高得多。 这里，真的要大力推荐 生信技能树团队 的教程， 感谢jimmy等一批无私分享者！对于我们这样的小白，实在是务必珍贵的资源，希望更多人能够看到，并从中学习到想要的技能、知识！ 参考： 生信技能树公众号 - 所有的教程都值得仔仔细细的学习 R官网教程 https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html#secure-apt
4.7K22发布于 2020-04-02 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信技能树-R作业-2
title=sample$Titletitle## [1] "SS2_15_0048_A1" "SS2_15_0048_A2" "SS2_15_0048_A3" "SS2_15_0048_A4 25] "SS2_15_0048_B1" "SS2_15_0048_B2" "SS2_15_0048_B3" "SS2_15_0048_B4" ## [29] "SS2_15_0048_B5" "SS2_15_0048_B6" "SS2_15_0048_B7" "SS2_15_0048_B8" ## [33] "SS2_15_0048_B9" "SS2_15_0048_B10" "SS2 _0048_C2" "SS2_15_0048_C3" "SS2_15_0048_C4" ## [53] "SS2_15_0048_C5" "SS2_15_0048_C6" "SS2_15_0048 SS2_15_0048_N23" "SS2_15_0048_N24"## [337] "SS2_15_0048_O1" "SS2_15_0048_O2" "SS2_15_0048_O3" "SS2
72750编辑于 2023-05-19 - 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY2—分野
Linux服务器 Linux登录的方法 下载xshell，相当于服务器终端。 : 复制 cp 原文件名字+新命名文件名 cp hi.txt hihi.txt 图片 mv: 给文件重命名或者移动文件路径 mv hi.txt 路径 意思是移动hi文件到某路径下 mv hi1 hi2 意思是给hi1重命名为hi2 图片
40570编辑于 2023-09-21 - 来自专栏笔记生信
生信提升day2-婷
好像只要谈到linux，必会和服务器挂钩，服务器，云服务器，扩展机....是不是可以理解为电脑只是用linux这个操作系统的载体，而不像微软的电脑用windows，苹果用mac，所以Linux需要一个服务器来载起它 ，不需要专门的电脑和它匹配，这个服务器就像配备精良的高端电脑 登录 登录成功了，但是没有理解1-9的练习内容 代码引用生信星球 疑问 有的练习成功，有的失败，说明还是没搞懂，再试试看看 思维导图 别的问题不大 就是从第四以后就感觉很奇怪，老师说的和我有运行的是两个东西 练习后的截图，有不对的请指正 1.print working directory(pwd)，显示当前路径 /home/bio07 是我的当前路径 2. 而不需要每次都用ls查看 6.7芜湖~有趣 8：使用：cp file1 file2 ，复制file1，命名为file2的意思。 9.每个命令中间都要打空格吗，不打是不是就报错？
34920编辑于 2023-11-15 - 来自专栏科研菌
生信代码：差异分析（TCGAbiolinks包）
此外，还会顺带讲两个进行富集分析和聚类分析的函数。 <- dataFilt_LIHC_final[,341-390] mat2 <- log(mat2+1) # 然后就可以进行差异表达分析啦！ 此参数不用设置 contrast.formula 自主设置系数和对比度 Condtypes MAT中的样本分组 富集分析 02 # 设置logFC，挑选表达有差异的基因进行富集分析 Data_DEGs_high_expr )"：2行2列 xlim X轴的范围 color 每个条形图的颜色，默认：c("orange", "cyan","green","yellow") 聚类分析 02 res.hc <- TCGAanalyze_Clustering ) # 聚类分析结果： ?
3.2K42发布于 2021-01-12 生信入门——Day1-2
Day1引自生信技能树一、R与Rstudio1、什么是R编程语言；环境2、什么是Rstuio集成开发环境3、如何在Rstuio中新建项目project引自生信技能树4、新建脚本script引自生信技能树 5、Rstuio介绍引自生信技能树6、面板显示和字号设置引自生信技能树引自生信技能树7、与R语言交互（1）控制台窗口（2）脚本编辑器（逐行运行ctrl+enter；选中运行ctrl+A）（3）使用“#” ，忽略# 练习2-2# 1.生成1到15之间所有偶数，并用代码查看a的内容a = seq(from = __,to = __,by =__)a#答案：2，14，2# 2.生成向量，内容为："student2 （2）数学计算（3）连接（4）交集、并集、差集引自生信技能树引自生信技能树老师提问：若两边的y各增加一个元素2，那么两边产生的逻辑值的个数分别为5和4。 4、向量取子集（1）按照逻辑值取（2）按照位置取引自生信技能树#####2.4.向量筛选(取子集)--看ppt#####x <- 8:12#根据逻辑值取子集x[x == 10]x[x < 12]x[x
52810编辑于 2025-05-11
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