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【工程材料B】二：金属的晶体结构与缺陷
尤其需要注意C点，C点坐标应为（1/2，1，0），但因为第三个条件，所以它的晶向为【120】。
2.6K20发布于 2020-06-04 - 来自专栏Mac软件分享
CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)v10.8.1激活版
晶体结构软件CrystalMaker for mac创建、显示和操作各种晶体和分子结构 ，CrystalMaker Mac版便捷、灵活，能够容易的载入结构数据并产生壮观的，相片型的图形，戴上红/蓝眼镜， 图片CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)crystalmaker Mac版功能特色1、集成结构库 - 现在添加自己的CrystalMaker X包含一个具有1000多种结构的集成结构库
85520编辑于 2022-11-09 - 来自专栏DrugOne
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
70511发布于 2021-09-17 - 来自专栏智能生信
|生成对抗网络预测晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络可以预测新的晶体结构。 这种方法的缺点是不能超越数据库中现有晶体结构的模板。 一些有希望探索未知晶体结构的方法包括使用全局优化的晶体结构预测方法和机器学习中的生成模型。本文采用第二种方法。 在本次工作中，将晶体结构表示为一组原子坐标和细胞参数。构建一个GAN模型来生成带有需求化学成分的新晶体结构，并将其应用于Mg-Mn-O三元体系。 在使用数据扩充版本的V-O训练数据后，我们生成了V3O4、V4O5、V5O6、V5O8和V6O7结构的样本，来比较基于VAE的iMatGen生成的化学空间。 这些生成的晶体结构会用于性能评估的密度泛函理论计算。实验结果如下图4。 ? 图4.
99520发布于 2021-02-04 - 来自专栏智能生信
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
1.1K30发布于 2021-09-10 - 来自专栏测试GO材料测试
前沿实验室丨形貌与晶体结构表征技术全解析
前沿实验室形貌与晶体结构表征技术全解析在新能源材料研发的赛道上，每一次突破都始于对材料微观世界的精准洞察。 从锌负极的枝晶抑制到高镍正极的相变调控，从水系电池的界面优化到固态电池的电解质设计，材料的形貌特征与晶体结构始终是决定性能的核心要素。
47810编辑于 2025-08-14 - 来自专栏智能生信
CrystEngComm | 基于接触图的全局优化的晶体结构预测
目标晶体结构的设计 四、结果分析 4.1 基于接触图的晶体结构的成功预测 ? 图3 由CMCrystal预测的晶体结构与真实的目标结构 图3显示了B4N4、Bi4Se4和Co4As8的预测结构与目标结构，对于B4N4和Bi4Se4接触图精度达到100%，预测结构非常接近目标结构； Co4As8的目标结构的接触图精度较低，其值为92.3%。 对于Bi4Se4和B4N4的简单情况，所有的算法都达到了100%的预测精度；对于复杂的Ni8P8，只有DE算法达到100%的精度，而PSO和BO落后的最多；对于最复杂的目标Co4As8，没有任何算法达到 从图5中可以发现，B4N4和Co4As8的CMA-ES均达到了最好的RMSD性能；对于Bi4Se4晶体，GA取得了最佳结果，RMSD为0.12；对于Ni8P8晶体，RBFOpt取得了最佳结果，RMSD为
1.3K20发布于 2021-05-17 - 来自专栏智能生信
AAAI Spring Symposium 2019|CrystalGan:使用生成对抗网络发现晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络(generative adversarial networks,GAN)可以高效地生成新的数据，因此可以应用于生成新的晶体结构数据。 本文提出的CrystalGan可以生成更高复杂度的新的稳定的晶体结构。本文提出的这一种高效的方法在新型氢化物发现等实际问题中可能会有比较深入的应用。 ? 因此，本文采用GAN的模型来生成新的晶体结构。 本文的目标是寻找一种可以得到三元稳定化合物的方法。目前并没有合适的方法可以直接应用于本问题。 晶体结构由一个局部分布来描述。这种分布由给出的晶体结构中的每个原子的最近邻的距离决定。这一步满足几何约束，约束细节见图1 b。 ? 图2. 各模型实验结果 下图5为一种新生成的结构：左边为晶体结构中的最近邻距离，右边为POSCAR文件。 ? 图5.
1.1K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏用户10436734的专栏
晶体结构分析 MDI Jade软件安装包下载，MDI Jade安装激活
MDI JadeX射线衍射软件是一款专业的晶体结构分析软件，以其强大的数据处理和分析能力、多样的样品类型和实验条件等特色功能深受广大研究者的喜爱。 该软件可以进行精确、快速的晶体结构测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特点。本文将从MDI JadeX软件的特色功能、使用方法和实例演示三个方面，详细介绍该软件的功能和优势。 进行晶体结构测定和分析，如晶格常数计算、空间群确定等操作。导出结果文件，将计算得到的参数输出为CIF、PDF、TXT等格式。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特征。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，并输出高质量的结果文件。
87930编辑于 2023-04-21 - 来自专栏新智元
DeepMind重磅研究登Nature，预测220万晶体结构赢人类800年
新智元报道 编辑：编辑部 【新智元导读】继AlphaFold系列改变了生物学领域之后，谷歌DeepMind今日再发Nature，全新AI工具GNoME，成功预测220万种晶体结构，颠覆了材料学领域 今天，220万种晶体结构完全被AI预测出来了。 这是什么概念？相当于近800年的知识价值。 利用 AI 加速材料发现 过去，科学家们通过调整已知晶体或试验新的元素组合来寻找新的晶体结构。 这是一个昂贵且耗时的试错过程。通常需要几个月的时间才能得到有限的结果。 GNoME使用晶体结构及其稳定性的数据进行训练，这些数据可通过Materials Project公开获得。 研究人员使用GNoME来生成新的候选晶体，并预测它们的稳定性。 GNoME会对新型的、稳定的晶体结构进行预测，然后使用DFT进行测试，并将生成的高质量训练数据反馈到模型训练中。
80110编辑于 2023-12-01 - 来自专栏DrugOne
J. Chem. Theory Comput. | 通过变分自编码器隐空间采样生成蛋白质结构集合
baker团队利用这个方法来产生K-Ras的3D结构集合，在K-Ras晶体结构和分子动力学模拟快照上训练VAE。 对于每个目标晶体，训练数据由训练集晶体结构的MD快照组成。 作者最终选择了20个K-Ras构象：4DSO、5XCO、5YXZ、6PGP、7EWB、8AFD、8DNI、4LV6、4L9W、5V9O、6B0V、6N2K、6P8W、7RT1、7U8H、4Q21、5V71 条形图显示了不同蛋白质结构预测方法相对于目标晶体结构的C-alpha坐标均方根偏差（RMSD）。 K-Ras隐蔽口袋重建评估 图 8 对于小分子对接计算，配体结合口袋几何形状的采样尤其重要。因此，作者根据结合位点残基来计算测试晶体结构的 C-alpha 坐标误差。
70010编辑于 2024-05-13 - 来自专栏DrugScience
. | 基于半监督学习的晶体结构的合成预测
然而，对于晶体结构，没有这样的模型来评估其合成能力。在本文中，使用部分监督分类模型来预测晶体结构的合成概率。 这个平均值被定义为在0到1之间的晶体相似性分数(CLscore) ，使用这个CLscore来量化给定晶体结构的合成能力。 除了卷积层和池化层外，还添加了两个深度为L1和L2的全连接隐藏层，以捕捉晶体结构和属性之间的复杂映射。最后，使用输出层连接L2隐藏层来预测目标属性ˆy。 其中，排名前5位的晶体如下图所示（仅列出一种），其MP-id(无ICSD标签)、空间群、CLscore以及VESTA所示的晶体结构，这些虚拟结构的X射线粉末衍射图谱与文献报道的实验结构相吻合。 ?
1.5K20发布于 2021-03-24 - 来自专栏ATYUN订阅号
AI研究新突破：利用神经网络预测新的化合物
编译：chux 出品：ATYUN订阅号 佛罗里达州立大学的一个研究小组开发了一种AI系统，用来识别数十万个假想的晶体结构中的哪一个可以预测新的化合物。 博士生Kevin Ryan开发了一种机器学习模型，该模型依赖于神经网络，可以分析现有的无机材料晶体结构，并利用这些知识预测新的化合物。 该研究发表在美国化学学会期刊上：pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.8b03913 “它在做的是创建一个基于晶体结构知识的模型，以了解化学元素如何结合到新的结构布置中以制造新材料 研究人员用超过50000个晶体结构训练网络，而没有提供任何其他有关化学理论的知识或数据。计算机从原子的几何排列中学习化学。此外，他们允许网络通过使用可移动的虚拟探针来学习原子排列。 为了测试模型，Ryan在数据集上训练它，然后在它从未见过的晶体结构子集上进行测试。研究人员发现，网络可以识别元素组内的相似性。
40630发布于 2018-07-27 - 来自专栏DrugOne
. | 快速生成晶体结构，雷丁大学采用GPT架构生成CIF文件
从化学成分预测材料的结构和性质时，生成合理的晶体结构通常是第一步。然而，目前大多数晶体结构预测方法计算成本高昂，限制了创新的速度。通过为结构预测算法提供高质量的生成候选，可以克服这一主要瓶颈。 CrystaLLM在数百万个CIF文件上进行训练，专注于通过文本建模晶体结构。实验证明，CrystaLLM能够为训练中未见过的各种无机化合物生成合理的晶体结构。 晶体结构预测（CSP）方法通过推导特定化学成分在特定物理条件下的基态晶体结构来阐明未知材料的结构，但其计算成本高昂。为加速CSP方法，生成高质量的候选结构至关重要。 近年来，机器学习和数据科学技术被广泛应用于材料科学，特别是基于自编码器和生成对抗网络的生成模型已用于晶体结构生成。然而，训练LLM来生成晶体结构的潜力尚未充分探索。 本文介绍了CrystaLLM，一种基于自回归大型语言模型，专门训练于CIF格式的无机晶体结构文本表示。
64110编辑于 2025-01-13 - 来自专栏用户10436734的专栏
材料科学研究 MDI Jade 软件安装包下载，MDI Jade软件安装激活
晶体结构解析 MDI Jade软件支持晶体结构解析工具，用户可以在软件中对射线衍射数据进行晶体结构解析，以确定样品中的晶格信息和结构组成。 晶体结构可视化 MDI Jade软件支持晶体结构可视化工具，用户可以在软件中对晶体结构图像进行可视化操作，实现三维立体展示和多角度观察。 MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更直观地理解晶体结构信息和样品组成。举例说明：假设我们需要在MDI Jade软件中对样品中的晶体结构进行可视化。 然后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具对晶体结构图像进行三维展示和多角度观察，帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。 晶体结构可视化 在完成晶体结构解析之后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具进行三维展示和多角度观察。MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。
89811编辑于 2023-04-20 - 来自专栏用户10436734的专栏
MDI Jade是什么软件？MDI Jade 6.5软件安装包下载及安装教程
它可以让你轻松地进行晶体结构分析、晶体结构可视化和晶体结构比较等操作。此外，MDI Jade还支持各种文件格式的导入和输出，包括CIF、PDB、SHELX等。 工具栏中包括了各种各样的工具，比如晶体结构绘制、晶体结构可视化和晶体结构比较等。数据区中包括了当前文档中的所有数据，你可以通过它来管理和处理数据。 除了这些基本操作，MDI Jade还提供了丰富的高级功能，比如晶体结构优化、晶体结构拟合和精细结构分析等。如果你想深入了解MDI Jade的功能，可以参加一些在线课程或者购买一些书籍来学习。 MDI Jade安装包souttp.work/20230331MDI Jade2023安装包.htmlMDI Jade如何绘制晶体结构MDI Jade是一款用于晶体结构分析的软件，可以通过以下步骤绘制晶体结构 在晶体结构编辑器中，还可以进行晶格参数的设置，如晶格常数、晶胞角度等。绘制完成后，可以选择“File”选项，选择“Save As”保存晶体结构文件。以上就是使用MDI Jade绘制晶体结构的基本步骤。
1.5K21编辑于 2023-04-01 - 来自专栏DrugOne
Soft-introspective VAEs：超越AlphaFold2，揭示K-Ras蛋白新视野
本文使用这种方法为与癌症相关的蛋白质K-Ras生成集合，训练VAE使用部分可用的K-Ras晶体结构和MD模拟快照，并评估其对从训练中排除的晶体结构的采样范围。 利用这种VAE引导的采样方法，我们生成了K-Ras结构集合，并再次留出单独的K-Ras晶体结构和从中导出的MD模拟快照，以及其他在1埃RMSD内的K-Ras晶体结构（及其MD快照）。 对于每个测试晶体结构（名称见条形图），使用RMSD大于1A的所有晶体结构的MD模拟数据训练VAE，并用于生成结构集合。 利用GA-配体对接，将来自外延晶体结构的配体与蛋白质构象对接。 讨论 我们基于VAE的采样方法允许从多个已知晶体结构的MD模拟快照中外推，生成更接近留出晶体结构的构象集合。这些集合足够准确地采样替代配体结合位点几何，以实现小分子配体的对接。
48030编辑于 2023-09-09 - 来自专栏智能生信
｜CCDCGAN: 用于晶体结构逆向设计的约束晶体深度卷积生成对抗网络
因此，DCGAN可以在已知晶体结构的相空间之外产生不同的晶体结构。 2.4 训练约束模型 逆设计的目标是设计具有所需性质的化合物，包括热力学、力学和功能性质。在本文中，作者将形成能作为目标性质。 对DCGAN产生的2832个晶体结构加以形成能的约束，通过进一步的DFT计算选择并优化了2148个晶体结构。 CCDCGAN模型示意图 CCDCGAN具有较高的晶体结构生成成功率，从13000个生成的二维晶体图中成功转换出3743个晶体结构。 为了进一步测试CCDCGAN的预测能力，作者特意去除了4个特定的训练集中的晶体结构，观察到这4种结构可以在实验中再生（图3 d，g）。这证明CCDCGAN可以生成未知成分的晶体结构。 证明了二维晶体图可以用来构造一个具有已知晶体结构连续表示的潜在空间，物理性质可以作为模拟的有效描述子，并且可以被解码成真实的空间晶体结构，从而产生不同的晶体结构。
1.6K10发布于 2021-06-24 - 来自专栏生命科学
MMPL3 蛋白的晶体结构,MMPL3 抑制剂有望治疗结核病 | MedChemExpress
结核分枝杆菌（Mtb）编码 13 种 MMPL 蛋白，其中 MMPL 3、4、5、7、8、10 和 11 已被证实参与分枝杆菌细胞膜的生物合成。 近日，来自上海科技大学免疫化学研究所的一项研究报道了分枝杆菌 MMPL3 蛋白以及 4 种候选结核病治疗药物的晶体结构。MMPL3 由质孔结构域和 12 螺旋跨膜结构域组成。 作者首先解析了单独的 MMPL3 分子的晶体结构（图1A）。 随后，研究团队分别解析了 MMPL3 蛋白与四种抑制剂（SQ109、AU1235、ICA38 和 Rimonabant）复合物结合的晶体结构，通过 MST（microscale thermophoresis 通过分析 Rimonabant 与 MMPL3 蛋白复合物的晶体结构，作者证实了 MMPL3 蛋白是 Rimonabant 的直接靶点。
41420编辑于 2023-02-20 - 来自专栏软件安装技巧
MDI Jade软件下载，x射线衍射分析软件MDI Jade下载安装教程
：该软件可以对含有无定形结构的分子进行晶体结构分析，并得出准确的晶体结构参数。 （2）准确：MDI Jade能够提供准确的晶体结构参数和晶格参数计算结果，并通过PDF分析等手段，对分子的结构进行深入理解。 参数设置：根据需要分析的物质及其特性，设置分析参数，如晶体结构模型、原子类型及约束条件等。数据处理：使用MDI Jade自带的算法对XRD谱图数据进行处理，精确计算出晶体结构参数和晶格参数等。 结果分析：利用MDI Jade自带的晶体结构和PDF分析工具，对分子结构和组装方式进行深入理解和分析。结果输出：最后，将分析结果输出到文件或打印出来，方便研究人员进行进一步研究。 举例说明以一种新型药物分子为例，通过MDI Jade XRD分析软件进行晶体结构分析和晶格参数计算。首先，将XRD数据导入MDI Jade软件中，设置好第一步所述参数后，进行数据处理。
1.5K21编辑于 2023-04-13
腾讯云开发者
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