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【工程材料B】二：金属的晶体结构与缺陷
尤其需要注意C点，C点坐标应为（1/2，1，0），但因为第三个条件，所以它的晶向为【120】。
2.6K20发布于 2020-06-04 - 来自专栏Mac软件分享
CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)v10.8.1激活版
晶体结构软件CrystalMaker for mac创建、显示和操作各种晶体和分子结构 ，CrystalMaker Mac版便捷、灵活，能够容易的载入结构数据并产生壮观的，相片型的图形，戴上红/蓝眼镜， 图片CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)crystalmaker Mac版功能特色1、集成结构库 - 现在添加自己的CrystalMaker X包含一个具有1000多种结构的集成结构库
85520编辑于 2022-11-09 - 来自专栏DrugOne
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。 综合考虑了7个回归器，利用网格搜索优化超参数。特征选择：利用filter和wrapper的组合进行特征选择。
70511发布于 2021-09-17 - 来自专栏智能生信
|生成对抗网络预测晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络可以预测新的晶体结构。 这种方法的缺点是不能超越数据库中现有晶体结构的模板。 一些有希望探索未知晶体结构的方法包括使用全局优化的晶体结构预测方法和机器学习中的生成模型。本文采用第二种方法。 在本次工作中，将晶体结构表示为一组原子坐标和细胞参数。构建一个GAN模型来生成带有需求化学成分的新晶体结构，并将其应用于Mg-Mn-O三元体系。 在使用数据扩充版本的V-O训练数据后，我们生成了V3O4、V4O5、V5O6、V5O8和V6O7结构的样本，来比较基于VAE的iMatGen生成的化学空间。 本模型产生了比通过iMatGen产生的最稳定的多晶型物更稳定的多晶型物V3O4和V6O7。因此，当前模型的性能似乎与iMatGen相当。
99520发布于 2021-02-04 - 来自专栏智能生信
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。 综合考虑了7个回归器，利用网格搜索优化超参数。特征选择：利用filter和wrapper的组合进行特征选择。
1.1K30发布于 2021-09-10 - 来自专栏测试GO材料测试
前沿实验室丨形貌与晶体结构表征技术全解析
前沿实验室形貌与晶体结构表征技术全解析在新能源材料研发的赛道上，每一次突破都始于对材料微观世界的精准洞察。 从锌负极的枝晶抑制到高镍正极的相变调控，从水系电池的界面优化到固态电池的电解质设计，材料的形貌特征与晶体结构始终是决定性能的核心要素。
47810编辑于 2025-08-14 - 来自专栏智能生信
CrystEngComm | 基于接触图的全局优化的晶体结构预测
目前，全局优化算法与第一性原理自由能计算相结合，以预测晶体组成或晶体结构。这些方法虽然可以在搜索过程中利用某些晶体模式，但它们却不利用晶体结构中所体现的原子构型的隐式规则和约束。 一、研究背景 在标准晶体结构预测(CSP)问题中，必须在给定压力-温度条件、给定化学成分的情况下找到自由能最低的晶体结构。 2.2 使用全局优化进行接触图的CSP 作者采用全局优化算法通过最大化预测的晶体结构接触图与实际的晶体结构接触图之间的匹配来搜索坐标。 目标晶体结构的设计 四、结果分析 4.1 基于接触图的晶体结构的成功预测 ? CMA-ES算法的晶体结构重建。
1.3K20发布于 2021-05-17 - 来自专栏智能生信
AAAI Spring Symposium 2019|CrystalGan:使用生成对抗网络发现晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络(generative adversarial networks,GAN)可以高效地生成新的数据，因此可以应用于生成新的晶体结构数据。 本文提出的CrystalGan可以生成更高复杂度的新的稳定的晶体结构。本文提出的这一种高效的方法在新型氢化物发现等实际问题中可能会有比较深入的应用。 ? 因此，本文采用GAN的模型来生成新的晶体结构。 本文的目标是寻找一种可以得到三元稳定化合物的方法。目前并没有合适的方法可以直接应用于本问题。 晶体结构由一个局部分布来描述。这种分布由给出的晶体结构中的每个原子的最近邻的距离决定。这一步满足几何约束，约束细节见图1 b。 ? 图2. 各模型实验结果 下图5为一种新生成的结构：左边为晶体结构中的最近邻距离，右边为POSCAR文件。 ? 图5.
1.1K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏用户10436734的专栏
晶体结构分析 MDI Jade软件安装包下载，MDI Jade安装激活
MDI JadeX射线衍射软件是一款专业的晶体结构分析软件，以其强大的数据处理和分析能力、多样的样品类型和实验条件等特色功能深受广大研究者的喜爱。 该软件可以进行精确、快速的晶体结构测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特点。本文将从MDI JadeX软件的特色功能、使用方法和实例演示三个方面，详细介绍该软件的功能和优势。 软件提取：ruanjianxz.top/wu7iugGOQ多样的样品类型和实验条件：MDI JadeX软件支持多种样品类型和实验条件，如单晶、多晶、薄膜等，可以在不同的实验条件下进行结构测定和分析。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特征。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，并输出高质量的结果文件。
87930编辑于 2023-04-21 - 来自专栏用户10436734的专栏
材料科学研究 MDI Jade 软件安装包下载，MDI Jade软件安装激活
MDI Jade 特色功能获取：ruanjianxz.top/nGBDLe7M数据分析 MDI Jade软件提供了直观易懂的射线衍射数据分析工具，用户可以在软件中对射线衍射数据进行浏览、编辑和注释。 晶体结构解析 MDI Jade软件支持晶体结构解析工具，用户可以在软件中对射线衍射数据进行晶体结构解析，以确定样品中的晶格信息和结构组成。 晶体结构可视化 MDI Jade软件支持晶体结构可视化工具，用户可以在软件中对晶体结构图像进行可视化操作，实现三维立体展示和多角度观察。 然后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具对晶体结构图像进行三维展示和多角度观察，帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。 晶体结构可视化 在完成晶体结构解析之后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具进行三维展示和多角度观察。MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。
89811编辑于 2023-04-20 - 来自专栏DrugOne
J. Chem. Theory Comput. | 通过变分自编码器隐空间采样生成蛋白质结构集合
对于每个目标晶体，训练数据由训练集晶体结构的MD快照组成。 作者最终选择了20个K-Ras构象：4DSO、5XCO、5YXZ、6PGP、7EWB、8AFD、8DNI、4LV6、4L9W、5V9O、6B0V、6N2K、6P8W、7RT1、7U8H、4Q21、5V71 、5E95、6H46和7C40。 这里可以看出，由模型生成的样本在分布上与用于训练该模型的样本相似，并聚集在目标晶体结构的周围。 K-Ras结构重建评估 图 7 在条形图图的上部，有四个蛋白质结构的对比，显示了不同模型预测的结构叠加。 因此，作者根据结合位点残基来计算测试晶体结构的 C-alpha 坐标误差。在图的上部有三个复合物的结构叠加，展示了与目标晶体结构结合的配体抑制剂，其中隐蔽结合口袋和配体以橙色高亮显示。
70010编辑于 2024-05-13 - 来自专栏新智元
DeepMind重磅研究登Nature，预测220万晶体结构赢人类800年
新智元报道 编辑：编辑部 【新智元导读】继AlphaFold系列改变了生物学领域之后，谷歌DeepMind今日再发Nature，全新AI工具GNoME，成功预测220万种晶体结构，颠覆了材料学领域 今天，220万种晶体结构完全被AI预测出来了。 这是什么概念？相当于近800年的知识价值。 利用 AI 加速材料发现 过去，科学家们通过调整已知晶体或试验新的元素组合来寻找新的晶体结构。 这是一个昂贵且耗时的试错过程。通常需要几个月的时间才能得到有限的结果。 GNoME使用晶体结构及其稳定性的数据进行训练，这些数据可通过Materials Project公开获得。 研究人员使用GNoME来生成新的候选晶体，并预测它们的稳定性。 GNoME会对新型的、稳定的晶体结构进行预测，然后使用DFT进行测试，并将生成的高质量训练数据反馈到模型训练中。
80110编辑于 2023-12-01 - 来自专栏DrugScience
. | 基于半监督学习的晶体结构的合成预测
然而，对于晶体结构，没有这样的模型来评估其合成能力。在本文中，使用部分监督分类模型来预测晶体结构的合成概率。 这个平均值被定义为在0到1之间的晶体相似性分数(CLscore) ，使用这个CLscore来量化给定晶体结构的合成能力。 除了卷积层和池化层外，还添加了两个深度为L1和L2的全连接隐藏层，以捕捉晶体结构和属性之间的复杂映射。最后，使用输出层连接L2隐藏层来预测目标属性ˆy。 其中，排名前5位的晶体如下图所示（仅列出一种），其MP-id(无ICSD标签)、空间群、CLscore以及VESTA所示的晶体结构，这些虚拟结构的X射线粉末衍射图谱与文献报道的实验结构相吻合。 ?
1.5K20发布于 2021-03-24 Science｜蛋白质-蛋白质相互作用的结构发生机制
（F）（左）突出簇3和簇7配对之间偏向性交叉反应的成对特异性矩阵；（右）A7通过结合B3和B7表现出双重特异性，而 A3 仅结合 B3；左图中的相互作用强度源自（A）中的特异性矩阵；A3B3（浅青色和青色 ）、A7B3（蓝灰色和天蓝色）和 A7B7（橙红色和深橙红色）晶体结构的界面图和顶视图；Z-A亚基以表面模型显示，Z-B亚基以卡通模型显示，残基29ᵇ的侧链原子以球体模型显示；顶视图揭示独特的对接几何结构 ：在A7B7复合物中，Z-B亚基相对于A7B3复合物旋转53.9°；推定的A3B7模型无法形成稳定复合物。 ；每个晶体结构在2个图中使用相同的标记。 （B）晶体结构上保守顶级链间上位性F45ᴬ-F33ᴮ的可视化。
12720编辑于 2026-03-03- 来自专栏智能生信
｜CCDCGAN: 用于晶体结构逆向设计的约束晶体深度卷积生成对抗网络
对DCGAN产生的2832个晶体结构加以形成能的约束，通过进一步的DFT计算选择并优化了2148个晶体结构。 CCDCGAN模型示意图 CCDCGAN具有较高的晶体结构生成成功率，从13000个生成的二维晶体图中成功转换出3743个晶体结构。 为了进一步测试CCDCGAN的预测能力，作者特意去除了4个特定的训练集中的晶体结构，观察到这4种结构可以在实验中再生（图3 d，g）。这证明CCDCGAN可以生成未知成分的晶体结构。 证明了二维晶体图可以用来构造一个具有已知晶体结构连续表示的潜在空间，物理性质可以作为模拟的有效描述子，并且可以被解码成真实的空间晶体结构，从而产生不同的晶体结构。 convolutional generative adversarial network for the inverse design of crystal structures. npj Comput Mater 7,
1.6K10发布于 2021-06-24 - 来自专栏DrugOne
. | 快速生成晶体结构，雷丁大学采用GPT架构生成CIF文件
从化学成分预测材料的结构和性质时，生成合理的晶体结构通常是第一步。然而，目前大多数晶体结构预测方法计算成本高昂，限制了创新的速度。通过为结构预测算法提供高质量的生成候选，可以克服这一主要瓶颈。 CrystaLLM在数百万个CIF文件上进行训练，专注于通过文本建模晶体结构。实验证明，CrystaLLM能够为训练中未见过的各种无机化合物生成合理的晶体结构。 晶体结构预测（CSP）方法通过推导特定化学成分在特定物理条件下的基态晶体结构来阐明未知材料的结构，但其计算成本高昂。为加速CSP方法，生成高质量的候选结构至关重要。 近年来，机器学习和数据科学技术被广泛应用于材料科学，特别是基于自编码器和生成对抗网络的生成模型已用于晶体结构生成。然而，训练LLM来生成晶体结构的潜力尚未充分探索。 本文介绍了CrystaLLM，一种基于自回归大型语言模型，专门训练于CIF格式的无机晶体结构文本表示。
64110编辑于 2025-01-13 - 来自专栏DrugOne
基于生成式深度学习方法设计潜在2019-nCoV蛋白酶抑制剂
1 输入数据和数据集 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构 _ 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构是从Rao博士的实验室获得的。 同源建模 _ 使用与Rao博士实验室提供的晶体结构相对应的一级序列，构建了具有非共价配体的2019-nCoV 3C样蛋白酶的同源模型。 对于每个假设，根据拟肽骨架的初始晶体结构和覆盖范围内的相互作用选择7个药效基点。利用构造的配体形状和假设来估计生成的结构如何适合结合所必需的结构特征。 2 方法流程 为每种输入数据类型（晶体结构、同源性模型和共结晶配体）启用了Insilico Medicine的生成化学平台。 ? 3 结果 这项研究中，Insilico Medicine利用了专有的生成化学平台，利用了靶标蛋白的晶体结构和同源性模型的知识。
48440发布于 2021-01-29 - 来自专栏DrugOne
Insilico Medicine | 助力抗2019新型冠状病毒药物开发
我们的团队将合成和测试其中的一些化合物” ---- 1 输入数据和数据集 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构 _ 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构是从Rao博士的实验室获得的。 同源建模 _ 使用与Rao博士实验室提供的晶体结构相对应的一级序列，构建了具有非共价配体的2019-nCoV 3C样蛋白酶的同源模型。 对于每个假设，根据拟肽骨架的初始晶体结构和覆盖范围内的相互作用选择7个药效基点。利用构造的配体形状和假设来估计生成的结构如何适合结合所必需的结构特征。 2 方法流程 为每种输入数据类型（晶体结构、同源性模型和共结晶配体）启用了Insilico Medicine的生成化学平台。 3 结果 这项研究中，Insilico Medicine利用了专有的生成化学平台，利用了靶标蛋白的晶体结构和同源性模型的知识。
48540发布于 2021-02-01 Nat. Commun. | 基于强化学习与结构药物设计发现纳米级腺苷 A₂ₐ受体配体：技术突破与应用前景
多结构与约束条件的优化 为覆盖更多潜在结合模式，研究使用了7个不同构象的A₂ₐ受体晶体结构（如3REY、4EIY、6GT3等）进行平行设计，并通过 docking约束增强针对性： • 要求分子与关键残基 图1展示了完整工作流程：从7个晶体结构出发，通过CLM+AHC生成分子，经多目标评分、多样性筛选及实验验证，最终获得活性配体。 对7个晶体结构的设计结果显示，每个结构平均可重发现25种已知A₂ₐ配体的化学型，证明模型能捕捉靶点相关的关键化学特征。 图2展示了7个晶体结构对应的分子优化曲线，其中（a）为总评分，（b-f）分别对应对接分数、合成可行性、logP、可旋转键数及氢键供体数的优化趋势。 图3e通过堆叠柱状图展示了生成分子的新颖性分布：在各晶体结构对应的设计结果中，“有效、独特、新颖且含已知化学型”的分子占比显著，验证了方法在拓展化学空间上的优势。 3.
11710编辑于 2026-01-08- 来自专栏用户10436734的专栏
MDI Jade是什么软件？MDI Jade 6.5软件安装包下载及安装教程
它可以让你轻松地进行晶体结构分析、晶体结构可视化和晶体结构比较等操作。此外，MDI Jade还支持各种文件格式的导入和输出，包括CIF、PDB、SHELX等。 工具栏中包括了各种各样的工具，比如晶体结构绘制、晶体结构可视化和晶体结构比较等。数据区中包括了当前文档中的所有数据，你可以通过它来管理和处理数据。 除了这些基本操作，MDI Jade还提供了丰富的高级功能，比如晶体结构优化、晶体结构拟合和精细结构分析等。如果你想深入了解MDI Jade的功能，可以参加一些在线课程或者购买一些书籍来学习。 MDI Jade安装包souttp.work/20230331MDI Jade2023安装包.htmlMDI Jade如何绘制晶体结构MDI Jade是一款用于晶体结构分析的软件，可以通过以下步骤绘制晶体结构 在晶体结构编辑器中，还可以进行晶格参数的设置，如晶格常数、晶胞角度等。绘制完成后，可以选择“File”选项，选择“Save As”保存晶体结构文件。以上就是使用MDI Jade绘制晶体结构的基本步骤。
1.5K21编辑于 2023-04-01
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