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【工程材料B】二：金属的晶体结构与缺陷
尤其需要注意C点，C点坐标应为（1/2，1，0），但因为第三个条件，所以它的晶向为【120】。
2.6K20发布于 2020-06-04 - 来自专栏Mac软件分享
CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)v10.8.1激活版
晶体结构软件CrystalMaker for mac创建、显示和操作各种晶体和分子结构 ，CrystalMaker Mac版便捷、灵活，能够容易的载入结构数据并产生壮观的，相片型的图形，戴上红/蓝眼镜， 图片CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)crystalmaker Mac版功能特色1、集成结构库 - 现在添加自己的CrystalMaker X包含一个具有1000多种结构的集成结构库
85520编辑于 2022-11-09 - 来自专栏DrugOne
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
作者使用6种方法分别进行重采样，包括欠采样方法RU(Branco, et al., 2019)，过采样方法RBOR (Krawczyk, et al., 2020)、SMOTE (Torgo, et al 通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
70511发布于 2021-09-17 - 来自专栏智能生信
|生成对抗网络预测晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络可以预测新的晶体结构。 这种方法的缺点是不能超越数据库中现有晶体结构的模板。 一些有希望探索未知晶体结构的方法包括使用全局优化的晶体结构预测方法和机器学习中的生成模型。本文采用第二种方法。 在本次工作中，将晶体结构表示为一组原子坐标和细胞参数。构建一个GAN模型来生成带有需求化学成分的新晶体结构，并将其应用于Mg-Mn-O三元体系。 在使用数据扩充版本的V-O训练数据后，我们生成了V3O4、V4O5、V5O6、V5O8和V6O7结构的样本，来比较基于VAE的iMatGen生成的化学空间。 本模型产生了比通过iMatGen产生的最稳定的多晶型物更稳定的多晶型物V3O4和V6O7。因此，当前模型的性能似乎与iMatGen相当。
99520发布于 2021-02-04 - 来自专栏智能生信
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
作者使用6种方法分别进行重采样，包括欠采样方法RU(Branco, et al., 2019)，过采样方法RBOR (Krawczyk, et al., 2020)、SMOTE (Torgo, et al 通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
1.1K30发布于 2021-09-10 - 来自专栏测试GO材料测试
前沿实验室丨形貌与晶体结构表征技术全解析
前沿实验室形貌与晶体结构表征技术全解析在新能源材料研发的赛道上，每一次突破都始于对材料微观世界的精准洞察。 从锌负极的枝晶抑制到高镍正极的相变调控，从水系电池的界面优化到固态电池的电解质设计，材料的形貌特征与晶体结构始终是决定性能的核心要素。
47810编辑于 2025-08-14 - 来自专栏智能生信
CrystEngComm | 基于接触图的全局优化的晶体结构预测
一、研究背景 在标准晶体结构预测(CSP)问题中，必须在给定压力-温度条件、给定化学成分的情况下找到自由能最低的晶体结构。 三、实验设置 作者选择目标晶体结构作为测试用例，以评估基于接触图的晶体结构重建算法。在这里，独立原子位点的数量是2和3对应6和9个优化变量，空间群数的范围从4到61，对应于三斜、单斜和正交结构。 ? 目标晶体结构的设计 四、结果分析 4.1 基于接触图的晶体结构的成功预测 ? 表2 遗传算法在接触图预测精度方面的性能 为了评估的晶体结构预测CMCrystal方法，将其应用于选定的11个目标结构，独立原子数量从6到16不等。 图6 基于空间群和原子位点数量的问题分析 五、结论 作者基于空间群对称性和原子接触图，建立了一个晶体结构预测的重构问题，并应用了最先进的全局优化算法来解决该问题。
1.3K20发布于 2021-05-17 - 来自专栏智能生信
AAAI Spring Symposium 2019|CrystalGan:使用生成对抗网络发现晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络(generative adversarial networks,GAN)可以高效地生成新的数据，因此可以应用于生成新的晶体结构数据。 本文提出的CrystalGan可以生成更高复杂度的新的稳定的晶体结构。本文提出的这一种高效的方法在新型氢化物发现等实际问题中可能会有比较深入的应用。 ? 因此，本文采用GAN的模型来生成新的晶体结构。 本文的目标是寻找一种可以得到三元稳定化合物的方法。目前并没有合适的方法可以直接应用于本问题。 晶体结构由一个局部分布来描述。这种分布由给出的晶体结构中的每个原子的最近邻的距离决定。这一步满足几何约束，约束细节见图1 b。 ? 图2. 各模型实验结果 下图5为一种新生成的结构：左边为晶体结构中的最近邻距离，右边为POSCAR文件。 ? 图5.
1.1K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏用户10436734的专栏
晶体结构分析 MDI Jade软件安装包下载，MDI Jade安装激活
MDI JadeX射线衍射软件是一款专业的晶体结构分析软件，以其强大的数据处理和分析能力、多样的样品类型和实验条件等特色功能深受广大研究者的喜爱。 该软件可以进行精确、快速的晶体结构测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特点。本文将从MDI JadeX软件的特色功能、使用方法和实例演示三个方面，详细介绍该软件的功能和优势。 进行晶体结构测定和分析，如晶格常数计算、空间群确定等操作。导出结果文件，将计算得到的参数输出为CIF、PDF、TXT等格式。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特征。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，并输出高质量的结果文件。
87930编辑于 2023-04-21 - 来自专栏DrugOne
J. Chem. Theory Comput. | 通过变分自编码器隐空间采样生成蛋白质结构集合
作者最终选择了20个K-Ras构象：4DSO、5XCO、5YXZ、6PGP、7EWB、8AFD、8DNI、4LV6、4L9W、5V9O、6B0V、6N2K、6P8W、7RT1、7U8H、4Q21、5V71 、5E95、6H46和7C40。 通过将复合晶体结构与采样的蛋白质主链叠加，确定配体开始对接的初始位置。蛋白-配体对接允许与配体相距6埃内的侧链具有灵活性。 隐空间的PCA可视化分析 图 6 作者对隐空间使用PCA方法降维可视化。这里可以看出，由模型生成的样本在分布上与用于训练该模型的样本相似，并聚集在目标晶体结构的周围。 在图的左侧，可以看到三行结构叠加，每行代表一个特定的蛋白质结构（分别为4LV6、5YXZ和6PGP），每个结构中都有一个配体（彩色结构）。
70010编辑于 2024-05-13 - 来自专栏新智元
DeepMind重磅研究登Nature，预测220万晶体结构赢人类800年
新智元报道 编辑：编辑部 【新智元导读】继AlphaFold系列改变了生物学领域之后，谷歌DeepMind今日再发Nature，全新AI工具GNoME，成功预测220万种晶体结构，颠覆了材料学领域 今天，220万种晶体结构完全被AI预测出来了。 这是什么概念？相当于近800年的知识价值。 利用 AI 加速材料发现 过去，科学家们通过调整已知晶体或试验新的元素组合来寻找新的晶体结构。 这是一个昂贵且耗时的试错过程。通常需要几个月的时间才能得到有限的结果。 GNoME使用晶体结构及其稳定性的数据进行训练，这些数据可通过Materials Project公开获得。 研究人员使用GNoME来生成新的候选晶体，并预测它们的稳定性。 GNoME会对新型的、稳定的晶体结构进行预测，然后使用DFT进行测试，并将生成的高质量训练数据反馈到模型训练中。
80110编辑于 2023-12-01 - 来自专栏DrugScience
. | 基于半监督学习的晶体结构的合成预测
然而，对于晶体结构，没有这样的模型来评估其合成能力。在本文中，使用部分监督分类模型来预测晶体结构的合成概率。 这个平均值被定义为在0到1之间的晶体相似性分数(CLscore) ，使用这个CLscore来量化给定晶体结构的合成能力。 除了卷积层和池化层外，还添加了两个深度为L1和L2的全连接隐藏层，以捕捉晶体结构和属性之间的复杂映射。最后，使用输出层连接L2隐藏层来预测目标属性ˆy。 其中，排名前5位的晶体如下图所示（仅列出一种），其MP-id(无ICSD标签)、空间群、CLscore以及VESTA所示的晶体结构，这些虚拟结构的X射线粉末衍射图谱与文献报道的实验结构相吻合。 ? 图6CLsore最高的晶体的mp-id、空间组和x射线粉末衍射图 四、总结 在本文中作者提出的基于材料数据库部分监督学习的机器学习模型通过调整PU learning实现图卷积神经网络作为分类器，输出的CLsore
1.5K20发布于 2021-03-24 - 来自专栏DrugOne
. | 快速生成晶体结构，雷丁大学采用GPT架构生成CIF文件
从化学成分预测材料的结构和性质时，生成合理的晶体结构通常是第一步。然而，目前大多数晶体结构预测方法计算成本高昂，限制了创新的速度。通过为结构预测算法提供高质量的生成候选，可以克服这一主要瓶颈。 CrystaLLM在数百万个CIF文件上进行训练，专注于通过文本建模晶体结构。实验证明，CrystaLLM能够为训练中未见过的各种无机化合物生成合理的晶体结构。 晶体结构预测（CSP）方法通过推导特定化学成分在特定物理条件下的基态晶体结构来阐明未知材料的结构，但其计算成本高昂。为加速CSP方法，生成高质量的候选结构至关重要。 近年来，机器学习和数据科学技术被广泛应用于材料科学，特别是基于自编码器和生成对抗网络的生成模型已用于晶体结构生成。然而，训练LLM来生成晶体结构的潜力尚未充分探索。 生成新材料 图 6 如图6所示，研究人员使用CrystaLLM生成了1000个无条件的晶体结构，其中900个有效，891个独特，102个为训练集中未见的新结构。
64110编辑于 2025-01-13 - 来自专栏用户10436734的专栏
材料科学研究 MDI Jade 软件安装包下载，MDI Jade软件安装激活
晶体结构解析 MDI Jade软件支持晶体结构解析工具，用户可以在软件中对射线衍射数据进行晶体结构解析，以确定样品中的晶格信息和结构组成。 晶体结构可视化 MDI Jade软件支持晶体结构可视化工具，用户可以在软件中对晶体结构图像进行可视化操作，实现三维立体展示和多角度观察。 MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更直观地理解晶体结构信息和样品组成。举例说明：假设我们需要在MDI Jade软件中对样品中的晶体结构进行可视化。 然后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具对晶体结构图像进行三维展示和多角度观察，帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。 晶体结构可视化 在完成晶体结构解析之后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具进行三维展示和多角度观察。MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。
89811编辑于 2023-04-20 - 来自专栏DrugOne
Insilico Medicine | 助力抗2019新型冠状病毒药物开发
Insilico Medicine公布生成化学设计的靶向2019年新型冠状病毒关键蛋白质酶的小分子结构 2020年2月6日 – Insilico Medicine宣布，公司将公布2019年新型冠状病毒 我们的团队将合成和测试其中的一些化合物” ---- 1 输入数据和数据集 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构 _ 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构是从Rao博士的实验室获得的。 同源建模 _ 使用与Rao博士实验室提供的晶体结构相对应的一级序列，构建了具有非共价配体的2019-nCoV 3C样蛋白酶的同源模型。 2 方法流程 为每种输入数据类型（晶体结构、同源性模型和共结晶配体）启用了Insilico Medicine的生成化学平台。 3 结果 这项研究中，Insilico Medicine利用了专有的生成化学平台，利用了靶标蛋白的晶体结构和同源性模型的知识。
48640发布于 2021-02-01 - 来自专栏用户10436734的专栏
MDI Jade是什么软件？MDI Jade 6.5软件安装包下载及安装教程
它可以让你轻松地进行晶体结构分析、晶体结构可视化和晶体结构比较等操作。此外，MDI Jade还支持各种文件格式的导入和输出，包括CIF、PDB、SHELX等。 工具栏中包括了各种各样的工具，比如晶体结构绘制、晶体结构可视化和晶体结构比较等。数据区中包括了当前文档中的所有数据，你可以通过它来管理和处理数据。 除了这些基本操作，MDI Jade还提供了丰富的高级功能，比如晶体结构优化、晶体结构拟合和精细结构分析等。如果你想深入了解MDI Jade的功能，可以参加一些在线课程或者购买一些书籍来学习。 MDI Jade安装包souttp.work/20230331MDI Jade2023安装包.htmlMDI Jade如何绘制晶体结构MDI Jade是一款用于晶体结构分析的软件，可以通过以下步骤绘制晶体结构 在晶体结构编辑器中，还可以进行晶格参数的设置，如晶格常数、晶胞角度等。绘制完成后，可以选择“File”选项，选择“Save As”保存晶体结构文件。以上就是使用MDI Jade绘制晶体结构的基本步骤。
1.5K21编辑于 2023-04-01 - 来自专栏测试GO材料测试
同步辐射GIWAXS在有机半导体材料中的应用-测试GO
该技术不仅可以确定晶体结构，还可以分析晶体的取向和结晶度，为理解有机半导体材料的性能提供关键信息。 GIWAXS在有机半导体材料研究中的应用薄膜形貌与结晶结构分析晶体结构确定：GIWAXS可以用来确定有机半导体薄膜的晶体结构，包括晶胞参数、空间群等信息。 了解晶体结构是理解材料物理化学性质的基础。 新型有机半导体材料研究钙钛矿材料：GIWAXS被广泛应用于研究钙钛矿薄膜的结晶过程和晶体结构，这对于开发高效稳定的钙钛矿太阳能电池至关重要。 PM6基材料体系：GIWAXS用于研究SA-T5处理对PM6基材料体系纳米结构和晶体性质的影响，通过分析GIWAXS图谱和晶粒尺寸，可以了解SA-T5处理对材料结晶行为的调控作用。 透射电子显微镜（TEM）：TEM可以提供薄膜微观结构的直接图像，与GIWAXS结合使用可以更准确地确定晶体结构和取向。
79600编辑于 2025-08-01 - 来自专栏DrugOne
Soft-introspective VAEs：超越AlphaFold2，揭示K-Ras蛋白新视野
本文使用这种方法为与癌症相关的蛋白质K-Ras生成集合，训练VAE使用部分可用的K-Ras晶体结构和MD模拟快照，并评估其对从训练中排除的晶体结构的采样范围。 利用这种VAE引导的采样方法，我们生成了K-Ras结构集合，并再次留出单独的K-Ras晶体结构和从中导出的MD模拟快照，以及其他在1埃RMSD内的K-Ras晶体结构（及其MD快照）。 对于每个测试晶体结构（名称见条形图），使用RMSD大于1A的所有晶体结构的MD模拟数据训练VAE，并用于生成结构集合。 利用GA-配体对接，将来自外延晶体结构的配体与蛋白质构象对接。 讨论 我们基于VAE的采样方法允许从多个已知晶体结构的MD模拟快照中外推，生成更接近留出晶体结构的构象集合。这些集合足够准确地采样替代配体结合位点几何，以实现小分子配体的对接。
48030编辑于 2023-09-09 - 来自专栏智能生信
｜CCDCGAN: 用于晶体结构逆向设计的约束晶体深度卷积生成对抗网络
因此，DCGAN可以在已知晶体结构的相空间之外产生不同的晶体结构。 2.4 训练约束模型 逆设计的目标是设计具有所需性质的化合物，包括热力学、力学和功能性质。在本文中，作者将形成能作为目标性质。 对DCGAN产生的2832个晶体结构加以形成能的约束，通过进一步的DFT计算选择并优化了2148个晶体结构。 CCDCGAN模型示意图 CCDCGAN具有较高的晶体结构生成成功率，从13000个生成的二维晶体图中成功转换出3743个晶体结构。 为了进一步测试CCDCGAN的预测能力，作者特意去除了4个特定的训练集中的晶体结构，观察到这4种结构可以在实验中再生（图3 d，g）。这证明CCDCGAN可以生成未知成分的晶体结构。 证明了二维晶体图可以用来构造一个具有已知晶体结构连续表示的潜在空间，物理性质可以作为模拟的有效描述子，并且可以被解码成真实的空间晶体结构，从而产生不同的晶体结构。
1.6K10发布于 2021-06-24 - 来自专栏DrugOne
Nat. Commun. | Interformer：通过相互作用感知进行蛋白质-配体对接亲和力预测
因此，MDF生成的对接姿势固有地显示了这些特定的相互作用，就像大多数天然晶体结构一样。 这两个项目都涉及小分子优化，由药物化学专家根据参考小分子的晶体结构和结合模式设计候选小分子列表。 这些现实世界的制药场景强调，当实际的对接姿势可能不精确时，仅对晶体结构进行训练的模型表现欠佳。 在LSD1项目中，作者进行了对接位姿的构效关系（SAR）研究，并分析了参考小分子PDB ID: 6W4K的晶体结构。 通过SAR分析，TAD 6-ref在空间上是合理的。几乎所有其他相互作用都与参考分子保持一致。
55910编辑于 2024-12-27
腾讯云开发者
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