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【工程材料B】二：金属的晶体结构与缺陷
尤其需要注意C点，C点坐标应为（1/2，1，0），但因为第三个条件，所以它的晶向为【120】。
2.6K20发布于 2020-06-04 - 来自专栏Mac软件分享
CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)v10.8.1激活版
晶体结构软件CrystalMaker for mac创建、显示和操作各种晶体和分子结构 ，CrystalMaker Mac版便捷、灵活，能够容易的载入结构数据并产生壮观的，相片型的图形，戴上红/蓝眼镜， 图片CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)crystalmaker Mac版功能特色1、集成结构库 - 现在添加自己的CrystalMaker X包含一个具有1000多种结构的集成结构库 5、实时操作使用鼠标单击并拖动，使用键盘或工具栏。平行于矢量或平面法线查看。利用Leap Motion 控制器 视频，利用触控板进行多点触控旋转和缩放，或在空间中使用简单的手势。
85520编辑于 2022-11-09 - 来自专栏DrugOne
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
70511发布于 2021-09-17 - 来自专栏智能生信
|生成对抗网络预测晶体结构
这种方法的缺点是不能超越数据库中现有晶体结构的模板。 一些有希望探索未知晶体结构的方法包括使用全局优化的晶体结构预测方法和机器学习中的生成模型。本文采用第二种方法。 在本次工作中，将晶体结构表示为一组原子坐标和细胞参数。构建一个GAN模型来生成带有需求化学成分的新晶体结构，并将其应用于Mg-Mn-O三元体系。 在使用数据扩充版本的V-O训练数据后，我们生成了V3O4、V4O5、V5O6、V5O8和V6O7结构的样本，来比较基于VAE的iMatGen生成的化学空间。 相图和密度泛函理论计算热力学稳定性 如下图5，红圈表示GAN模型产生的稳定结构的晶体，蓝色虚线框是有前景的光阳极材料的目标区域。 图5.Pourbaix稳定性和HSE带隙能量 四、总结 本文使用生成对立网络(GAN)来生成晶体结构，使用基于坐标的矩阵表示晶体。通过用晶体组分调节网络，我们的模型可以生成具有所需化学组分的材料。
99520发布于 2021-02-04 - 来自专栏智能生信
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
1.1K30发布于 2021-09-10 - 来自专栏测试GO材料测试
前沿实验室丨形貌与晶体结构表征技术全解析
前沿实验室形貌与晶体结构表征技术全解析在新能源材料研发的赛道上，每一次突破都始于对材料微观世界的精准洞察。 从锌负极的枝晶抑制到高镍正极的相变调控，从水系电池的界面优化到固态电池的电解质设计，材料的形貌特征与晶体结构始终是决定性能的核心要素。
47810编辑于 2025-08-14 - 来自专栏智能生信
CrystEngComm | 基于接触图的全局优化的晶体结构预测
一、研究背景 在标准晶体结构预测(CSP)问题中，必须在给定压力-温度条件、给定化学成分的情况下找到自由能最低的晶体结构。 目标晶体结构的设计 四、结果分析 4.1 基于接触图的晶体结构的成功预测 ? 图5 四种目标结构上接触图预测均方根距离(RMSD)的不同算法的性能比较。 从图5中可以发现，B4N4和Co4As8的CMA-ES均达到了最好的RMSD性能；对于Bi4Se4晶体，GA取得了最佳结果，RMSD为0.12；对于Ni8P8晶体，RBFOpt取得了最佳结果，RMSD为 CMA-ES算法的晶体结构重建。
1.3K20发布于 2021-05-17 - 来自专栏智能生信
AAAI Spring Symposium 2019|CrystalGan:使用生成对抗网络发现晶体结构
本文提出的CrystalGan可以生成更高复杂度的新的稳定的晶体结构。本文提出的这一种高效的方法在新型氢化物发现等实际问题中可能会有比较深入的应用。 ? 因此，本文采用GAN的模型来生成新的晶体结构。 本文的目标是寻找一种可以得到三元稳定化合物的方法。目前并没有合适的方法可以直接应用于本问题。 晶体结构由一个局部分布来描述。这种分布由给出的晶体结构中的每个原子的最近邻的距离决定。这一步满足几何约束，约束细节见图1 b。 ? 图2. CrystalGan的每个模块是一个有5层隐藏层的多层神经网络。每一层的激活函数为ReLU函数。代码使用python（TensorFlow）实现。 各模型实验结果 下图5为一种新生成的结构：左边为晶体结构中的最近邻距离，右边为POSCAR文件。 ? 图5.
1.1K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏用户10436734的专栏
晶体结构分析 MDI Jade软件安装包下载，MDI Jade安装激活
MDI JadeX射线衍射软件是一款专业的晶体结构分析软件，以其强大的数据处理和分析能力、多样的样品类型和实验条件等特色功能深受广大研究者的喜爱。 该软件可以进行精确、快速的晶体结构测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特点。本文将从MDI JadeX软件的特色功能、使用方法和实例演示三个方面，详细介绍该软件的功能和优势。 进行晶体结构测定和分析，如晶格常数计算、空间群确定等操作。导出结果文件，将计算得到的参数输出为CIF、PDF、TXT等格式。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特征。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，并输出高质量的结果文件。
87930编辑于 2023-04-21 - 来自专栏新智元
DeepMind重磅研究登Nature，预测220万晶体结构赢人类800年
新智元报道 编辑：编辑部 【新智元导读】继AlphaFold系列改变了生物学领域之后，谷歌DeepMind今日再发Nature，全新AI工具GNoME，成功预测220万种晶体结构，颠覆了材料学领域 今天，220万种晶体结构完全被AI预测出来了。 这是什么概念？相当于近800年的知识价值。 利用 AI 加速材料发现 过去，科学家们通过调整已知晶体或试验新的元素组合来寻找新的晶体结构。 这是一个昂贵且耗时的试错过程。通常需要几个月的时间才能得到有限的结果。 GNoME会对新型的、稳定的晶体结构进行预测，然后使用DFT进行测试，并将生成的高质量训练数据反馈到模型训练中。 例如，GNoME能够准确预测含有5个以上独特元素的结构（尽管在训练中省略了这些元素），为有效探索这一化学空间提供了首批策略之一。
80110编辑于 2023-12-01 - 来自专栏DrugOne
Soft-introspective VAEs：超越AlphaFold2，揭示K-Ras蛋白新视野
解码和RF结构生成后，使用坐标RMSD评估样本，以目标晶体对整体结构和隐蔽口袋环境（定义为与配体结合口袋内5埃的残基）进行重构。 对于每个测试晶体结构（名称见条形图），使用RMSD大于1A的所有晶体结构的MD模拟数据训练VAE，并用于生成结构集合。 图3对测试晶体结构的坐标误差仅计算结合位点残基（定义为配体结合袋5埃范围内的残基）。结构叠加图（上）显示配体抑制剂仅停靠在目标晶体上，其中隐式结合袋和配体在目标晶体结构上以橙色突出显示。 与上述观察结果一致，与AF2预测相比，配体原子的RMSD对于生成的样本集合始终较低，在大多数情况下，与MD集合的对接相比也较低（见图5）。 图5：小分子对接到VAE生成的集合中。 左:训练集晶体结构（第2列）、MD快照（第3列）、AlphaFold模型（第4列）和VAE集合（第5列）中持有的晶体结构配合物（第1列）和最近的对接配合物（就配体上的RMSD而言）。
48030编辑于 2023-09-09 - 来自专栏DrugScience
. | 基于半监督学习的晶体结构的合成预测
然而，对于晶体结构，没有这样的模型来评估其合成能力。在本文中，使用部分监督分类模型来预测晶体结构的合成概率。 这个平均值被定义为在0到1之间的晶体相似性分数(CLscore) ，使用这个CLscore来量化给定晶体结构的合成能力。 除了卷积层和池化层外，还添加了两个深度为L1和L2的全连接隐藏层，以捕捉晶体结构和属性之间的复杂映射。最后，使用输出层连接L2隐藏层来预测目标属性ˆy。 图5 MP和OQMD数据库中虚拟材料的预测CLscore分布 为了验证模型，在CLscore中将MP中的77734个虚拟数据点按降序排序，并搜索文献，查看是否有前100个可合成虚拟材料中的任何材料被合成 其中，排名前5位的晶体如下图所示（仅列出一种），其MP-id(无ICSD标签)、空间群、CLscore以及VESTA所示的晶体结构，这些虚拟结构的X射线粉末衍射图谱与文献报道的实验结构相吻合。 ?
1.5K20发布于 2021-03-24 - 来自专栏DrugOne
J. Chem. Theory Comput. | 通过变分自编码器隐空间采样生成蛋白质结构集合
对于每个K-Ras晶体结构，作者在未结合的形式（apo）下进行了为期10ns的MD模拟，并从5个独立的轨迹中每50ps选择一个快照，每个起始结构总共得到1000个MD快照。 作者最终选择了20个K-Ras构象：4DSO、5XCO、5YXZ、6PGP、7EWB、8AFD、8DNI、4LV6、4L9W、5V9O、6B0V、6N2K、6P8W、7RT1、7U8H、4Q21、5V71 、5E95、6H46和7C40。 VAE重建准确率 图 5 这张图展示了各模型结构预测的效果。 在图的左侧，可以看到三行结构叠加，每行代表一个特定的蛋白质结构（分别为4LV6、5YXZ和6PGP），每个结构中都有一个配体（彩色结构）。
70010编辑于 2024-05-13 - 来自专栏DrugOne
. | 快速生成晶体结构，雷丁大学采用GPT架构生成CIF文件
CrystaLLM在数百万个CIF文件上进行训练，专注于通过文本建模晶体结构。实验证明，CrystaLLM能够为训练中未见过的各种无机化合物生成合理的晶体结构。 晶体结构预测（CSP）方法通过推导特定化学成分在特定物理条件下的基态晶体结构来阐明未知材料的结构，但其计算成本高昂。为加速CSP方法，生成高质量的候选结构至关重要。 近年来，机器学习和数据科学技术被广泛应用于材料科学，特别是基于自编码器和生成对抗网络的生成模型已用于晶体结构生成。然而，训练LLM来生成晶体结构的潜力尚未充分探索。 与其他基于机器学习的方法的比较 表3：基准CSP结果（n表示每个结构生成的样本数量） 如表3所示，CrystaLLM在条件生成任务中，在四个基准测试中有三项（Perov-5、Carbon-24、MP-20 启发式搜索以寻找低能量结构 图 5 如图5所示，作者采用了基于CrystaLLM的蒙特卡罗树搜索（MCTS）算法来生成晶体结构。
64110编辑于 2025-01-13 - 来自专栏用户10436734的专栏
材料科学研究 MDI Jade 软件安装包下载，MDI Jade软件安装激活
晶体结构解析 MDI Jade软件支持晶体结构解析工具，用户可以在软件中对射线衍射数据进行晶体结构解析，以确定样品中的晶格信息和结构组成。 晶体结构可视化 MDI Jade软件支持晶体结构可视化工具，用户可以在软件中对晶体结构图像进行可视化操作，实现三维立体展示和多角度观察。 MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更直观地理解晶体结构信息和样品组成。举例说明：假设我们需要在MDI Jade软件中对样品中的晶体结构进行可视化。 然后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具对晶体结构图像进行三维展示和多角度观察，帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。 晶体结构可视化 在完成晶体结构解析之后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具进行三维展示和多角度观察。MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。
89811编辑于 2023-04-20 - 来自专栏用户10436734的专栏
MDI Jade是什么软件？MDI Jade 6.5软件安装包下载及安装教程
它可以让你轻松地进行晶体结构分析、晶体结构可视化和晶体结构比较等操作。此外，MDI Jade还支持各种文件格式的导入和输出，包括CIF、PDB、SHELX等。 工具栏中包括了各种各样的工具，比如晶体结构绘制、晶体结构可视化和晶体结构比较等。数据区中包括了当前文档中的所有数据，你可以通过它来管理和处理数据。 除了这些基本操作，MDI Jade还提供了丰富的高级功能，比如晶体结构优化、晶体结构拟合和精细结构分析等。如果你想深入了解MDI Jade的功能，可以参加一些在线课程或者购买一些书籍来学习。 MDI Jade安装包souttp.work/20230331MDI Jade2023安装包.htmlMDI Jade如何绘制晶体结构MDI Jade是一款用于晶体结构分析的软件，可以通过以下步骤绘制晶体结构 在晶体结构编辑器中，还可以进行晶格参数的设置，如晶格常数、晶胞角度等。绘制完成后，可以选择“File”选项，选择“Save As”保存晶体结构文件。以上就是使用MDI Jade绘制晶体结构的基本步骤。
1.5K21编辑于 2023-04-01 Science｜蛋白质-蛋白质相互作用的结构发生机制
（D）合成界面对接取向的结构多样性：（左）合成界面复合物的叠加晶体结构；（右）Z-B螺旋3相对于簇5结构的对接角度变化，突出簇间对接几何结构的多样性。 （D）第5轮序列相似性网络簇序列在所有代表性晶体结构上的Frame2seq界面评分；正确（同源）的序列 - 结构配对以蓝色表示，错误（非同源）的配对以橙色表示。 ；每个晶体结构在2个图中使用相同的标记。 合成与天然界面中共进化的上位性解析 图6 共进化配对之间的上位性贡献 （A）（左和中）叠加在A5B5晶体结构上的链内成对SPM上位性可视化：连接库残基的键宽与相应上位性重要性成正比；（右）前10个链间成对 （B）晶体结构上保守顶级链间上位性F45ᴬ-F33ᴮ的可视化。
12720编辑于 2026-03-03- 来自专栏智能生信
｜CCDCGAN: 用于晶体结构逆向设计的约束晶体深度卷积生成对抗网络
因此，DCGAN可以在已知晶体结构的相空间之外产生不同的晶体结构。 2.4 训练约束模型 逆设计的目标是设计具有所需性质的化合物，包括热力学、力学和功能性质。在本文中，作者将形成能作为目标性质。 对DCGAN产生的2832个晶体结构加以形成能的约束，通过进一步的DFT计算选择并优化了2148个晶体结构。 CCDCGAN模型示意图 CCDCGAN具有较高的晶体结构生成成功率，从13000个生成的二维晶体图中成功转换出3743个晶体结构。 为了进一步测试CCDCGAN的预测能力，作者特意去除了4个特定的训练集中的晶体结构，观察到这4种结构可以在实验中再生（图3 d，g）。这证明CCDCGAN可以生成未知成分的晶体结构。 证明了二维晶体图可以用来构造一个具有已知晶体结构连续表示的潜在空间，物理性质可以作为模拟的有效描述子，并且可以被解码成真实的空间晶体结构，从而产生不同的晶体结构。
1.6K10发布于 2021-06-24 - 来自专栏测试GO材料测试
单晶衍射测试的技术特点与操作要点-测试狗
温度与压力调控：现代单晶衍射设备通常具备温度和压力调控系统，允许研究者在不同的环境条件下对晶体结构进行探究。4. 动态分析能力：部分高端设备支持时间分辨的单晶衍射实验，这使得捕捉晶体结构在化学反应或物理过程变化中的动态信息成为可能。二、操作要点详解1. 结构解析：运用各种算法（如直接法、帕特森法等）解析晶体结构。结构精修：通过最小二乘法等方法对解析出的结构模型进行优化。5. 通过上述技术特点与操作要点的阐述，我们可以看出单晶衍射测试是一项技术要求较高的实验技术；只有精确控制实验条件，严谨地进行数据处理，才能获得准确的晶体结构信息，为相关学科的研究与发展提供坚实的理论基础。
37710编辑于 2024-10-08 - 来自专栏生命科学
MMPL3 蛋白的晶体结构,MMPL3 抑制剂有望治疗结核病 | MedChemExpress
近日，来自上海科技大学免疫化学研究所的一项研究报道了分枝杆菌 MMPL3 蛋白以及 4 种候选结核病治疗药物的晶体结构。MMPL3 由质孔结构域和 12 螺旋跨膜结构域组成。 作者首先解析了单独的 MMPL3 分子的晶体结构（图1A）。 通过分析 Rimonabant 与 MMPL3 蛋白复合物的晶体结构，作者证实了 MMPL3 蛋白是 Rimonabant 的直接靶点。 “臂1”占据了一个由 5 个脂肪族氨基酸侧链包围的疏水口袋（图 3C 和 D）。 除了 S4 亚位点外，S1、S2、S3、S5 都是疏水的。S1 和 S2 相对较小，而 S3 和 S5 都比较大，足以容纳大型疏水基团以增强结合(图 4A)。
41420编辑于 2023-02-20
腾讯云开发者
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