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【工程材料B】二：金属的晶体结构与缺陷
晶向的名字称为晶向指数：【u v w】 确定晶向： 1：选定晶包的某一阵点为原点，以晶包的三条棱边为坐标轴，以棱边的长度为单位长度 2：确定晶向上距原点最近的一个阵点的坐标值 3：将三个坐标按比例化为最小整数 尤其需要注意C点，C点坐标应为（1/2，1，0），但因为第三个条件，所以它的晶向为【120】。 如果晶向起点没有在原点，我们就只需把他们平移到原点就可以了。 然后有几个注意事项，见下图： ? 2：求出待定晶面在三坐标轴上的截距，若晶面与某一轴平行，则认为该晶面在该轴上的截距为无穷大，倒数为0. 3：取各轴截距的倒数，并化为最小整数，放入()内 如下图，红色面为（111），蓝色面为（001） 注意事项： 1：所有相互平行的晶面都具有相同的晶面指数 2：在立方晶系中，相同指数的晶面与晶向相互垂直，如下图 ? 境界的特性及其对材料的影响 1：能降低能量的元素具有向境界聚集的趋势 2：晶界容易被优先腐蚀和氧化 3：新相往往在母相的晶界上形核 4：晶界会阻碍位错运动，导致材料强度上升 ?
2.6K20发布于 2020-06-04 - 来自专栏Mac软件分享
CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)v10.8.1激活版
晶体结构软件CrystalMaker for mac创建、显示和操作各种晶体和分子结构 ，CrystalMaker Mac版便捷、灵活，能够容易的载入结构数据并产生壮观的，相片型的图形，戴上红/蓝眼镜， 图片CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)crystalmaker Mac版功能特色1、集成结构库 - 现在添加自己的CrystalMaker X包含一个具有1000多种结构的集成结构库 2、综合数据导入和导出虽然内置的图书馆非常适合教学，但研究人员希望可视化他们自己的数据 - 他们可以！CrystalMaker X允许您从40多种不同格式导入数据：具有即时显示和强大的自定义功能。
85520编辑于 2022-11-09 - 来自专栏DrugOne
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
70511发布于 2021-09-17 - 来自专栏智能生信
|生成对抗网络预测晶体结构
2.搜索已知材料的通用数据库。第二种方法中HTVS被大家熟知。使用HTVS已经发现了很多有前景的材料。 这种方法的缺点是不能超越数据库中现有晶体结构的模板。 一些有希望探索未知晶体结构的方法包括使用全局优化的晶体结构预测方法和机器学习中的生成模型。本文采用第二种方法。 在本次工作中，将晶体结构表示为一组原子坐标和细胞参数。构建一个GAN模型来生成带有需求化学成分的新晶体结构，并将其应用于Mg-Mn-O三元体系。 如下图2，针对这些问题，使用三种方法进行数据扩充。添加超晶胞结构以及应用平移和旋转操作的结构，将数据集扩充为每种组分产生1000种结构。 图2. 通过添加超晶胞、平移、旋转扩充数据 2.3 生成对抗网络结构 GAN结构如下图3，GAN由三部分组成：生成器、分类器、critic。
99520发布于 2021-02-04 - 来自专栏智能生信
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
1.1K30发布于 2021-09-10 - 来自专栏测试GO材料测试
前沿实验室丨形貌与晶体结构表征技术全解析
前沿实验室形貌与晶体结构表征技术全解析在新能源材料研发的赛道上，每一次突破都始于对材料微观世界的精准洞察。 从锌负极的枝晶抑制到高镍正极的相变调控，从水系电池的界面优化到固态电池的电解质设计，材料的形貌特征与晶体结构始终是决定性能的核心要素。 二维X射线衍射（2D XRD）传统一维XRD如同单色滤镜，只能捕捉材料的局部衍射信息；而二维XRD借助同步辐射光源构建三维衍射空间，将散射信号转化为可视化的衍射斑点矩阵，犹如为材料打造了一台"立体CT"
47810编辑于 2025-08-14 - 来自专栏智能生信
CrystEngComm | 基于接触图的全局优化的晶体结构预测
图2 基于接触图的晶体结构预测的CMCrysta算法 在这项工作中，作者探索了如何使用全局优化算法来搜索在给定的接触图的原子坐标，将六种最先进的全局优化算法应用于不同的问题实例来评估和比较它们的性能。 三、实验设置 作者选择目标晶体结构作为测试用例，以评估基于接触图的晶体结构重建算法。在这里，独立原子位点的数量是2和3对应6和9个优化变量，空间群数的范围从4到61，对应于三斜、单斜和正交结构。 ? 目标晶体结构的设计 四、结果分析 4.1 基于接触图的晶体结构的成功预测 ? 表2 遗传算法在接触图预测精度方面的性能 为了评估的晶体结构预测CMCrystal方法，将其应用于选定的11个目标结构，独立原子数量从6到16不等。 表2还显示了预测结构与目标结构相比的RMSD和MAE，这两者都是根据独立原子位点的分数坐标计算出来的。 ?
1.3K20发布于 2021-05-17 - 来自专栏智能生信
AAAI Spring Symposium 2019|CrystalGan:使用生成对抗网络发现晶体结构
因此，本文采用GAN的模型来生成新的晶体结构。 本文的目标是寻找一种可以得到三元稳定化合物的方法。目前并没有合适的方法可以直接应用于本问题。 为了准备生成更高阶复杂度样本的数据集，本文添加了一个占位符，详细结构如下图2。 第二步GAN把第一步GAN生成的数据作为输入，并且经过了特征迁移程序。 晶体结构由一个局部分布来描述。这种分布由给出的晶体结构中的每个原子的最近邻的距离决定。这一步满足几何约束，约束细节见图1 b。 ? 图2. 在这篇文章中的所有实验距离被修正为d1=1.88Å,d2=3Å。使用标准的Adam优化器，学习率 α=0.0001，β1=0.5。迭代次数为1000。 结果如下表2。 ? 表2. 各模型实验结果 下图5为一种新生成的结构：左边为晶体结构中的最近邻距离，右边为POSCAR文件。 ? 图5.
1.1K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏用户10436734的专栏
晶体结构分析 MDI Jade软件安装包下载，MDI Jade安装激活
MDI JadeX射线衍射软件是一款专业的晶体结构分析软件，以其强大的数据处理和分析能力、多样的样品类型和实验条件等特色功能深受广大研究者的喜爱。 该软件可以进行精确、快速的晶体结构测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特点。本文将从MDI JadeX软件的特色功能、使用方法和实例演示三个方面，详细介绍该软件的功能和优势。 进行晶体结构测定和分析，如晶格常数计算、空间群确定等操作。导出结果文件，将计算得到的参数输出为CIF、PDF、TXT等格式。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特征。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，并输出高质量的结果文件。
87930编辑于 2023-04-21 - 来自专栏新智元
DeepMind重磅研究登Nature，预测220万晶体结构赢人类800年
新智元报道 编辑：编辑部 【新智元导读】继AlphaFold系列改变了生物学领域之后，谷歌DeepMind今日再发Nature，全新AI工具GNoME，成功预测220万种晶体结构，颠覆了材料学领域 今天，220万种晶体结构完全被AI预测出来了。 这是什么概念？相当于近800年的知识价值。 利用 AI 加速材料发现 过去，科学家们通过调整已知晶体或试验新的元素组合来寻找新的晶体结构。 这是一个昂贵且耗时的试错过程。通常需要几个月的时间才能得到有限的结果。 GNoME会对新型的、稳定的晶体结构进行预测，然后使用DFT进行测试，并将生成的高质量训练数据反馈到模型训练中。 研究人员将预测结果与实验和更高保真的 r2SCAN计算结果进行了比较，从而验证了研究结果。 最后，研究人员证明了在GNoME发现过程中产生的数据集为下游应用释放了新的建模能力。
80110编辑于 2023-12-01 - 来自专栏DrugScience
. | 基于半监督学习的晶体结构的合成预测
然而，对于晶体结构，没有这样的模型来评估其合成能力。在本文中，使用部分监督分类模型来预测晶体结构的合成概率。 这个平均值被定义为在0到1之间的晶体相似性分数(CLscore) ，使用这个CLscore来量化给定晶体结构的合成能力。 图2晶体图卷积神经网络的图解 在晶体图上构建的卷积神经网络主要由卷积层和池化层两部分组成。卷积层通过非线性图卷积函数迭代更新原子特征向量Vi与周围原子和键的“卷积”。 ? 除了卷积层和池化层外，还添加了两个深度为L1和L2的全连接隐藏层，以捕捉晶体结构和属性之间的复杂映射。最后，使用输出层连接L2隐藏层来预测目标属性ˆy。 其中，排名前5位的晶体如下图所示（仅列出一种），其MP-id(无ICSD标签)、空间群、CLscore以及VESTA所示的晶体结构，这些虚拟结构的X射线粉末衍射图谱与文献报道的实验结构相吻合。 ?
1.5K20发布于 2021-03-24 - 来自专栏DrugOne
Soft-introspective VAEs：超越AlphaFold2，揭示K-Ras蛋白新视野
本文发现，潜在空间采样程序可以迅速生成具有高结构质量的集合，并能够在1埃范围内采样保留的晶体结构，其一致性高于MD模拟或AlphaFold2预测。 所生成的结构集合能够在与保留的晶体结构相比的1埃范围内进行采样，表现优于MD模拟和AlphaFold2预测。这些采样的结构足够重现保留的K-Ras结构中的隐藏口袋，可以用于小分子对接。 晶体结构和MD模拟的3D坐标被转换为RoseTTAFold 2D模板特征。解码后的模板特征通过RoseTTAFold转换为三维结构，并给出氨基酸序列。 我们发现，对于大多数目标，3000个结构的集合比最近的训练集晶体结构、训练集MD模拟快照和最近的AF2模型更接近于留出结构（见图3）。 左:训练集晶体结构（第2列）、MD快照（第3列）、AlphaFold模型（第4列）和VAE集合（第5列）中持有的晶体结构配合物（第1列）和最近的对接配合物（就配体上的RMSD而言）。
48030编辑于 2023-09-09 - 来自专栏DrugOne
. | 快速生成晶体结构，雷丁大学采用GPT架构生成CIF文件
CrystaLLM在数百万个CIF文件上进行训练，专注于通过文本建模晶体结构。实验证明，CrystaLLM能够为训练中未见过的各种无机化合物生成合理的晶体结构。 训练过程中，模型参数从2500万到2亿不等，并使用验证集监控训练进展。 图 2 图2展示了生成的晶胞参数与真实参数的高度一致性，R²和平均绝对误差（MAE）均表现良好。 表2：在有/无空间组下，小模型和大模型在挑战集上的结果 对于挑战集中的70个结构，表2显示，提示中包含空间群信息显著提高了生成有效结构和匹配真实结构的概率，且大型模型在所有类别中均优于小型模型。 相比之下，CrystaLLM的模型规模较小（2亿参数），更易部署和微调，且具备更高的灵活性和成本效益。
64110编辑于 2025-01-13 - 来自专栏智能生信
｜CCDCGAN: 用于晶体结构逆向设计的约束晶体深度卷积生成对抗网络
为了获取足够的训练数据，对使用的原型二元结构进行了DFT计算，并基于两个标准进行选择：（1）单位晶胞中没有大于20个原子；（2）最大晶格常数小于10埃。 训练集丢失和测试集丢失的差异都可以忽略不计，这表明潜在空间中的二维晶体图包含了足够的信息来重建晶体结构。潜空间中12个典型的2D晶体图的多样性证实了这一点（图1d）。 ? 此外，DCGAN在生成结构时探索了更大的相空间，如图2（c）所示，Bi-Se数据库中的结构集中在潜在空间中的较小区域中，而DCGAN覆盖了更大的相空间。 图2（d）为训练过程的学习曲线。 2.5 DCGAN+约束的构造和预测 如图2（a）所示，实现形成能优化的直接方法是使用DCGAN对生成的结构加以约束。 证明了二维晶体图可以用来构造一个具有已知晶体结构连续表示的潜在空间，物理性质可以作为模拟的有效描述子，并且可以被解码成真实的空间晶体结构，从而产生不同的晶体结构。
1.6K10发布于 2021-06-24 - 来自专栏用户10436734的专栏
材料科学研究 MDI Jade 软件安装包下载，MDI Jade软件安装激活
晶体结构解析 MDI Jade软件支持晶体结构解析工具，用户可以在软件中对射线衍射数据进行晶体结构解析，以确定样品中的晶格信息和结构组成。 晶体结构可视化 MDI Jade软件支持晶体结构可视化工具，用户可以在软件中对晶体结构图像进行可视化操作，实现三维立体展示和多角度观察。 MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更直观地理解晶体结构信息和样品组成。举例说明：假设我们需要在MDI Jade软件中对样品中的晶体结构进行可视化。 然后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具对晶体结构图像进行三维展示和多角度观察，帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。 晶体结构可视化 在完成晶体结构解析之后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具进行三维展示和多角度观察。MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。
89811编辑于 2023-04-20 - 来自专栏用户10436734的专栏
MDI Jade是什么软件？MDI Jade 6.5软件安装包下载及安装教程
它可以让你轻松地进行晶体结构分析、晶体结构可视化和晶体结构比较等操作。此外，MDI Jade还支持各种文件格式的导入和输出，包括CIF、PDB、SHELX等。 工具栏中包括了各种各样的工具，比如晶体结构绘制、晶体结构可视化和晶体结构比较等。数据区中包括了当前文档中的所有数据，你可以通过它来管理和处理数据。 除了这些基本操作，MDI Jade还提供了丰富的高级功能，比如晶体结构优化、晶体结构拟合和精细结构分析等。如果你想深入了解MDI Jade的功能，可以参加一些在线课程或者购买一些书籍来学习。 MDI Jade安装包souttp.work/20230331MDI Jade2023安装包.htmlMDI Jade如何绘制晶体结构MDI Jade是一款用于晶体结构分析的软件，可以通过以下步骤绘制晶体结构 在晶体结构编辑器中，还可以进行晶格参数的设置，如晶格常数、晶胞角度等。绘制完成后，可以选择“File”选项，选择“Save As”保存晶体结构文件。以上就是使用MDI Jade绘制晶体结构的基本步骤。
1.5K21编辑于 2023-04-01 - 来自专栏软件安装技巧
MDI Jade软件下载，x射线衍射分析软件MDI Jade下载安装教程
：该软件可以对含有无定形结构的分子进行晶体结构分析，并得出准确的晶体结构参数。 （2）晶格参数计算：MDI Jade能够通过对XRD谱图数据的处理与分析，精确计算出晶格参数，如晶格常数、晶胞体积等。 （2）准确：MDI Jade能够提供准确的晶体结构参数和晶格参数计算结果，并通过PDF分析等手段，对分子的结构进行深入理解。 参数设置：根据需要分析的物质及其特性，设置分析参数，如晶体结构模型、原子类型及约束条件等。数据处理：使用MDI Jade自带的算法对XRD谱图数据进行处理，精确计算出晶体结构参数和晶格参数等。 结果分析：利用MDI Jade自带的晶体结构和PDF分析工具，对分子结构和组装方式进行深入理解和分析。结果输出：最后，将分析结果输出到文件或打印出来，方便研究人员进行进一步研究。
1.5K21编辑于 2023-04-13 - 来自专栏DrugOne
J. Chem. Theory Comput. | 通过变分自编码器隐空间采样生成蛋白质结构集合
和AlphaFold2方法。 在条形图图的上部，有三个蛋白质结构的对比，显示了真实晶体结构（灰色）、AF2预测模型（蓝色）和VAE重建模型（橙色）之间的结构叠加，用于展示预测和实际结构之间的相似度。 下方的条形图显示了AF2和VAE重建模型在不同蛋白晶体结构的C-alpha坐标的RMSD偏差。RMSD值低于1埃的被认为是高度精确的预测（对应图中的灰色虚线）。 VAE重建模型在20个晶体中的13个晶体预测中RMSD低于1 Å ，而AF2模型只有2个晶体预测的RMSD低于1 Å 。 隐空间的PCA可视化分析 图 6 作者对隐空间使用PCA方法降维可视化。 这些方法包括：MD Snapshot、AlphaFold2（AF2）、MD+RoseTTAFold、VAE重建模型。
70010编辑于 2024-05-13 - 来自专栏DrugOne
基于生成式深度学习方法设计潜在2019-nCoV蛋白酶抑制剂
1 输入数据和数据集 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构 _ 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构是从Rao博士的实验室获得的。 同源建模 _ 使用与Rao博士实验室提供的晶体结构相对应的一级序列，构建了具有非共价配体的2019-nCoV 3C样蛋白酶的同源模型。 2 方法流程 为每种输入数据类型（晶体结构、同源性模型和共结晶配体）启用了Insilico Medicine的生成化学平台。 ? 药物相似性评分驱动着具有代表蛋白酶肽模拟物数据集的分子特性的分子的发展logP：1.49–6.00；分子量（MW）：400–800；氢键供体（HBD）的数量：1-10；氢键受体数量（HBA）：2-10； 3 结果 这项研究中，Insilico Medicine利用了专有的生成化学平台，利用了靶标蛋白的晶体结构和同源性模型的知识。
48440发布于 2021-01-29 - 来自专栏生命科学
MMPL3 蛋白的晶体结构,MMPL3 抑制剂有望治疗结核病 | MedChemExpress
近日，来自上海科技大学免疫化学研究所的一项研究报道了分枝杆菌 MMPL3 蛋白以及 4 种候选结核病治疗药物的晶体结构。MMPL3 由质孔结构域和 12 螺旋跨膜结构域组成。 作者首先解析了单独的 MMPL3 分子的晶体结构（图1A）。 通过分析 Rimonabant 与 MMPL3 蛋白复合物的晶体结构，作者证实了 MMPL3 蛋白是 Rimonabant 的直接靶点。 “臂2”，哌啶酰-1-氨基甲酰简称为“臂3”（图 3D）。 除了 S4 亚位点外，S1、S2、S3、S5 都是疏水的。S1 和 S2 相对较小，而 S3 和 S5 都比较大，足以容纳大型疏水基团以增强结合(图 4A)。
41420编辑于 2023-02-20
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