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【工程材料B】二：金属的晶体结构与缺陷
尤其需要注意C点，C点坐标应为（1/2，1，0），但因为第三个条件，所以它的晶向为【120】。
2.6K20发布于 2020-06-04 - 来自专栏Mac软件分享
CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)v10.8.1激活版
晶体结构软件CrystalMaker for mac创建、显示和操作各种晶体和分子结构 ，CrystalMaker Mac版便捷、灵活，能够容易的载入结构数据并产生壮观的，相片型的图形，戴上红/蓝眼镜， 图片CrystalMaker for Mac(晶体结构软件)crystalmaker Mac版功能特色1、集成结构库 - 现在添加自己的CrystalMaker X包含一个具有1000多种结构的集成结构库
85520编辑于 2022-11-09 - 来自专栏DrugOne
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
70511发布于 2021-09-17 - 来自专栏智能生信
|生成对抗网络预测晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络可以预测新的晶体结构。 文中提出的生成HTVS框架预测了23个新的晶体结构，具有合理的计算稳定性和禁带宽度。生成模型是探索采用传统方法难以到达的化学空间隐藏部分的有效方法。 ? 这种方法的缺点是不能超越数据库中现有晶体结构的模板。 一些有希望探索未知晶体结构的方法包括使用全局优化的晶体结构预测方法和机器学习中的生成模型。本文采用第二种方法。 在本次工作中，将晶体结构表示为一组原子坐标和细胞参数。构建一个GAN模型来生成带有需求化学成分的新晶体结构，并将其应用于Mg-Mn-O三元体系。 这些生成的晶体结构会用于性能评估的密度泛函理论计算。实验结果如下图4。 ? 图4.
99520发布于 2021-02-04 - 来自专栏智能生信
Bioinformatics | XRRpred:根据蛋白质序列精确预测晶体结构质量
通过预测溶剂可及性来识别表面残基，因为暴露在蛋白质表面的残基更可能影响产生的晶体结构质量。 第二步： 提取蛋白质水平的特征。
1.1K30发布于 2021-09-10 - 来自专栏测试GO材料测试
前沿实验室丨形貌与晶体结构表征技术全解析
前沿实验室形貌与晶体结构表征技术全解析在新能源材料研发的赛道上，每一次突破都始于对材料微观世界的精准洞察。 从锌负极的枝晶抑制到高镍正极的相变调控，从水系电池的界面优化到固态电池的电解质设计，材料的形貌特征与晶体结构始终是决定性能的核心要素。 在固态电池研究中，研究者发现：当电解质薄膜的表面粗糙度Ra从50 nm降至10 nm时，界面接触电阻从120 Ω·cm²骤降至35 Ω·cm²，离子电导率提升2.3倍。
47810编辑于 2025-08-14 - 来自专栏智能生信
CrystEngComm | 基于接触图的全局优化的晶体结构预测
目前，全局优化算法与第一性原理自由能计算相结合，以预测晶体组成或晶体结构。这些方法虽然可以在搜索过程中利用某些晶体模式，但它们却不利用晶体结构中所体现的原子构型的隐式规则和约束。 一、研究背景 在标准晶体结构预测(CSP)问题中，必须在给定压力-温度条件、给定化学成分的情况下找到自由能最低的晶体结构。 2.2 使用全局优化进行接触图的CSP 作者采用全局优化算法通过最大化预测的晶体结构接触图与实际的晶体结构接触图之间的匹配来搜索坐标。 目标晶体结构的设计 四、结果分析 4.1 基于接触图的晶体结构的成功预测 ? CMA-ES算法的晶体结构重建。
1.3K20发布于 2021-05-17 - 来自专栏智能生信
AAAI Spring Symposium 2019|CrystalGan:使用生成对抗网络发现晶体结构
作者在文章中提出使用生成对抗网络(generative adversarial networks,GAN)可以高效地生成新的数据，因此可以应用于生成新的晶体结构数据。 本文提出的CrystalGan可以生成更高复杂度的新的稳定的晶体结构。本文提出的这一种高效的方法在新型氢化物发现等实际问题中可能会有比较深入的应用。 ? 因此，本文采用GAN的模型来生成新的晶体结构。 本文的目标是寻找一种可以得到三元稳定化合物的方法。目前并没有合适的方法可以直接应用于本问题。 晶体结构由一个局部分布来描述。这种分布由给出的晶体结构中的每个原子的最近邻的距离决定。这一步满足几何约束，约束细节见图1 b。 ? 图2. 各模型实验结果 下图5为一种新生成的结构：左边为晶体结构中的最近邻距离，右边为POSCAR文件。 ? 图5.
1.1K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏用户10436734的专栏
晶体结构分析 MDI Jade软件安装包下载，MDI Jade安装激活
MDI JadeX射线衍射软件是一款专业的晶体结构分析软件，以其强大的数据处理和分析能力、多样的样品类型和实验条件等特色功能深受广大研究者的喜爱。 该软件可以进行精确、快速的晶体结构测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特点。本文将从MDI JadeX软件的特色功能、使用方法和实例演示三个方面，详细介绍该软件的功能和优势。 进行晶体结构测定和分析，如晶格常数计算、空间群确定等操作。导出结果文件，将计算得到的参数输出为CIF、PDF、TXT等格式。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，帮助研究者更好地了解晶体结构的性质和特征。 通过以上流程，用户可以快速地进行晶体结构的测定和分析，并输出高质量的结果文件。
87930编辑于 2023-04-21 - 来自专栏新智元
DeepMind重磅研究登Nature，预测220万晶体结构赢人类800年
新智元报道 编辑：编辑部 【新智元导读】继AlphaFold系列改变了生物学领域之后，谷歌DeepMind今日再发Nature，全新AI工具GNoME，成功预测220万种晶体结构，颠覆了材料学领域 今天，220万种晶体结构完全被AI预测出来了。 这是什么概念？相当于近800年的知识价值。 利用 AI 加速材料发现 过去，科学家们通过调整已知晶体或试验新的元素组合来寻找新的晶体结构。 这是一个昂贵且耗时的试错过程。通常需要几个月的时间才能得到有限的结果。 GNoME会对新型的、稳定的晶体结构进行预测，然后使用DFT进行测试，并将生成的高质量训练数据反馈到模型训练中。 另外，GNoME的效率也有很大提升，将发现率从低于10%提高到了80%以上，——效率的提高会大大节约每次发现所需的计算量。 「AI配方」新材料 GNoME的目的是降低发现新材料的成本。
80110编辑于 2023-12-01 - 来自专栏智能生信
｜CCDCGAN: 用于晶体结构逆向设计的约束晶体深度卷积生成对抗网络
为了获取足够的训练数据，对使用的原型二元结构进行了DFT计算，并基于两个标准进行选择：（1）单位晶胞中没有大于20个原子；（2）最大晶格常数小于10埃。 使用Bi-Se数据库中90%/10%的训练/测试集比率进行训练，得到的平均绝对误差(Mean Absolute Error,MAE)小于现有模型。 对DCGAN产生的2832个晶体结构加以形成能的约束，通过进一步的DFT计算选择并优化了2148个晶体结构。 CCDCGAN模型示意图 CCDCGAN具有较高的晶体结构生成成功率，从13000个生成的二维晶体图中成功转换出3743个晶体结构。 证明了二维晶体图可以用来构造一个具有已知晶体结构连续表示的潜在空间，物理性质可以作为模拟的有效描述子，并且可以被解码成真实的空间晶体结构，从而产生不同的晶体结构。
1.6K10发布于 2021-06-24 - 来自专栏DrugOne
. | 快速生成晶体结构，雷丁大学采用GPT架构生成CIF文件
CrystaLLM在数百万个CIF文件上进行训练，专注于通过文本建模晶体结构。实验证明，CrystaLLM能够为训练中未见过的各种无机化合物生成合理的晶体结构。 晶体结构预测（CSP）方法通过推导特定化学成分在特定物理条件下的基态晶体结构来阐明未知材料的结构，但其计算成本高昂。为加速CSP方法，生成高质量的候选结构至关重要。 为了评估生成能力，作者保留约10,000个CIF文件作为测试集，并组建了包含70个结构的挑战集，其中58个来自最新文献，12个来自训练集。 泛化到未见结构 表 1：小模型在保留测试集上的性能 如表1所示，CrystaLLM在测试集中的10,286个CIF文件中，88.1%的案例在三次生成尝试内至少找到一个匹配结构。 对于未见的90种化合物，选择了10种并分别进行3次生成尝试，提供晶胞组成和空间群信息。所有生成尝试均成功生成有效的钙钛矿结构。
64110编辑于 2025-01-13 - 来自专栏DrugScience
. | 基于半监督学习的晶体结构的合成预测
然而，对于晶体结构，没有这样的模型来评估其合成能力。在本文中，使用部分监督分类模型来预测晶体结构的合成概率。 这个平均值被定义为在0到1之间的晶体相似性分数(CLscore) ，使用这个CLscore来量化给定晶体结构的合成能力。 除了卷积层和池化层外，还添加了两个深度为L1和L2的全连接隐藏层，以捕捉晶体结构和属性之间的复杂映射。最后，使用输出层连接L2隐藏层来预测目标属性ˆy。 其中，排名前5位的晶体如下图所示（仅列出一种），其MP-id(无ICSD标签)、空间群、CLscore以及VESTA所示的晶体结构，这些虚拟结构的X射线粉末衍射图谱与文献报道的实验结构相吻合。 ?
1.5K20发布于 2021-03-24 - 来自专栏DrugOne
J. Chem. Theory Comput. | 通过变分自编码器隐空间采样生成蛋白质结构集合
对于每个K-Ras晶体结构，作者在未结合的形式（apo）下进行了为期10ns的MD模拟，并从5个独立的轨迹中每50ps选择一个快照，每个起始结构总共得到1000个MD快照。 对于每个目标晶体，训练数据由训练集晶体结构的MD快照组成。 模型采用了为编码器和解码器分别优化的优化器，都使用了初始化参数为Adam（β1=0.9，β2=0.999）优化器，学习率为1 × 10−3，batch size为64。 为了确保维持多样性，限制隐空间坐标只在其初始起点坐标的欧几里得距离d（=10）内探索。该探索技术的目标是搜索隐空间，以找到比初始随机生成坐标更好的解决方案。 因此，作者根据结合位点残基来计算测试晶体结构的 C-alpha 坐标误差。在图的上部有三个复合物的结构叠加，展示了与目标晶体结构结合的配体抑制剂，其中隐蔽结合口袋和配体以橙色高亮显示。
70010编辑于 2024-05-13 - 来自专栏DrugOne
基于生成式深度学习方法设计潜在2019-nCoV蛋白酶抑制剂
1 输入数据和数据集 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构 _ 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构是从Rao博士的实验室获得的。 同源建模 _ 使用与Rao博士实验室提供的晶体结构相对应的一级序列，构建了具有非共价配体的2019-nCoV 3C样蛋白酶的同源模型。 2 方法流程 为每种输入数据类型（晶体结构、同源性模型和共结晶配体）启用了Insilico Medicine的生成化学平台。 ? 药物相似性评分驱动着具有代表蛋白酶肽模拟物数据集的分子特性的分子的发展logP：1.49–6.00；分子量（MW）：400–800；氢键供体（HBD）的数量：1-10；氢键受体数量（HBA）：2-10； 3 结果 这项研究中，Insilico Medicine利用了专有的生成化学平台，利用了靶标蛋白的晶体结构和同源性模型的知识。
48440发布于 2021-01-29 - 来自专栏DrugOne
Insilico Medicine | 助力抗2019新型冠状病毒药物开发
我们的团队将合成和测试其中的一些化合物” ---- 1 输入数据和数据集 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构 _ 2019-nCoV 3C样蛋白酶的晶体结构是从Rao博士的实验室获得的。 同源建模 _ 使用与Rao博士实验室提供的晶体结构相对应的一级序列，构建了具有非共价配体的2019-nCoV 3C样蛋白酶的同源模型。 2 方法流程 为每种输入数据类型（晶体结构、同源性模型和共结晶配体）启用了Insilico Medicine的生成化学平台。 药物相似性评分驱动着具有代表蛋白酶肽模拟物数据集的分子特性的分子的发展logP：1.49–6.00；分子量（MW）：400–800；氢键供体（HBD）的数量：1-10；氢键受体数量（HBA）：2-10； 3 结果 这项研究中，Insilico Medicine利用了专有的生成化学平台，利用了靶标蛋白的晶体结构和同源性模型的知识。
48640发布于 2021-02-01 - 来自专栏用户10436734的专栏
材料科学研究 MDI Jade 软件安装包下载，MDI Jade软件安装激活
晶体结构解析 MDI Jade软件支持晶体结构解析工具，用户可以在软件中对射线衍射数据进行晶体结构解析，以确定样品中的晶格信息和结构组成。 晶体结构可视化 MDI Jade软件支持晶体结构可视化工具，用户可以在软件中对晶体结构图像进行可视化操作，实现三维立体展示和多角度观察。 MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更直观地理解晶体结构信息和样品组成。举例说明：假设我们需要在MDI Jade软件中对样品中的晶体结构进行可视化。 然后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具对晶体结构图像进行三维展示和多角度观察，帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。 晶体结构可视化 在完成晶体结构解析之后，我们可以使用MDI Jade的晶体结构可视化工具进行三维展示和多角度观察。MDI Jade的晶体结构可视化工具可以帮助用户更好地理解晶体结构信息和样品组成。
89811编辑于 2023-04-20 - 来自专栏用户10436734的专栏
MDI Jade是什么软件？MDI Jade 6.5软件安装包下载及安装教程
它可以让你轻松地进行晶体结构分析、晶体结构可视化和晶体结构比较等操作。此外，MDI Jade还支持各种文件格式的导入和输出，包括CIF、PDB、SHELX等。 工具栏中包括了各种各样的工具，比如晶体结构绘制、晶体结构可视化和晶体结构比较等。数据区中包括了当前文档中的所有数据，你可以通过它来管理和处理数据。 除了这些基本操作，MDI Jade还提供了丰富的高级功能，比如晶体结构优化、晶体结构拟合和精细结构分析等。如果你想深入了解MDI Jade的功能，可以参加一些在线课程或者购买一些书籍来学习。 MDI Jade安装包souttp.work/20230331MDI Jade2023安装包.htmlMDI Jade如何绘制晶体结构MDI Jade是一款用于晶体结构分析的软件，可以通过以下步骤绘制晶体结构 在晶体结构编辑器中，还可以进行晶格参数的设置，如晶格常数、晶胞角度等。绘制完成后，可以选择“File”选项，选择“Save As”保存晶体结构文件。以上就是使用MDI Jade绘制晶体结构的基本步骤。
1.5K21编辑于 2023-04-01 - 来自专栏DrugOne
Soft-introspective VAEs：超越AlphaFold2，揭示K-Ras蛋白新视野
本文使用这种方法为与癌症相关的蛋白质K-Ras生成集合，训练VAE使用部分可用的K-Ras晶体结构和MD模拟快照，并评估其对从训练中排除的晶体结构的采样范围。 利用这种VAE引导的采样方法，我们生成了K-Ras结构集合，并再次留出单独的K-Ras晶体结构和从中导出的MD模拟快照，以及其他在1埃RMSD内的K-Ras晶体结构（及其MD快照）。 对于每个测试晶体结构（名称见条形图），使用RMSD大于1A的所有晶体结构的MD模拟数据训练VAE，并用于生成结构集合。 利用GA-配体对接，将来自外延晶体结构的配体与蛋白质构象对接。 讨论 我们基于VAE的采样方法允许从多个已知晶体结构的MD模拟快照中外推，生成更接近留出晶体结构的构象集合。这些集合足够准确地采样替代配体结合位点几何，以实现小分子配体的对接。
48030编辑于 2023-09-09 - 来自专栏DrugOne
人工智能(AI)遇上仿制药
例如，需要根据分子结合的位置和结构的形状来标记形成晶体结构的药物化合物的显微图像。 ? 临床试验数据通常由进行实验的科学家写在实验记录中。 一些患者数据可能已经被IDC-10代码标记。这有助于仿制药公司找出哪些临床试验患者是给定药物预期行为的良好代表。这使该公司可以为测试其通用版本争取切实的成果。 研究药物的晶体结构 一些制药公司使用AI软件研究固体化合物的晶体结构。需要将药物分子名称连接到其固体形式的晶体形状的数据进行预测分析算法的训练。药物化合物的晶体结构可能会影响药物的生产方式。 这是因为晶体结构可能无法与药丸或液体药物中的其他成分发生良好反应。 仿制药公司可以通过使用这种应用来确定其生物仿制药的晶体结构来利用这种应用。 该信息来自有关药物的晶体结构在浸入溶剂（例如水）中或摄入时如何分解的数据。 查找此类信息的应用程序通常是预测分析应用程序。
1.2K40发布于 2021-02-01
腾讯云开发者
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