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文献速递 | 6月单细胞测序文章分享
大家好，每月的单细胞文献速递栏目又来啦，6月份单细胞领域又有哪些新的成果呢？ 本期小编一共为大家统计了94篇6月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有41篇！ plexus cell types in severe COVID-19 发表期刊： Nature 影响因子：43 DOI: 10.1038/s41586-021-03710-0 发表时间：2021年6月 diversification in the mouse cerebral cortex 发表期刊：Nature 影响因子：43 DOI: 10.1038/s41586-021-03670-5 发表时间：2021年6月 6 标题：Tissue-resident macrophages provide a pro-tumorigenic niche to early NSCLC cells 发表期刊：Nature 影响因子 ：43 DOI: 10.1038/s41586-021-03651-8 发表时间：2021年6月 摘要：巨噬细胞在塑造肿瘤微环境(TME)、肿瘤免疫和免疫治疗中发挥着重要作用，这使它们成为癌症的重要靶点
62431编辑于 2022-09-21 - 来自专栏单细胞天地
文献分享——SingleR包来源
表达CX3CR1的巨噬细胞促进肺纤维化进展一些小问题关于SingleR工具安装新单词后记 前言 今天和大家分享一篇文献：《Reference-based analysis of lung single-cell 先简单看看文献吧！ PART3：在本文中利用SingleR找到过渡态的DC 接下来作者开始了自己的实验，用了6个正常小鼠和3只肺损伤小鼠（灌注博来霉素诱导）来做单细胞分析： ? PART6：表达CX3CR1的巨噬细胞促进肺纤维化进展 考虑到C2细胞和成纤维细胞在空间的临近位置关系，作者考虑CX3CR1+的巨噬细胞是不是会促进成纤维细胞的生长。 又或者难道我找错了文献？？不太清楚，毕竟我没用过。
3.8K21发布于 2020-03-30 - 来自专栏生信菜鸟团
分享| PyPubMed文献搜索整理小工具
欢迎回来，科研的日常总避不开要查阅、下载整理文献。之前我们推荐过不同的方法，例如NCBI加谷歌助手、SCI-hub代替网站、中文期刊下载方法等。 但都还是停留在手动层面，今天分享一个最近看到自动化小工具，不仅在下载中添加了条件筛选，将文献检索与摘要输出excel表格，我扒了它的github仓库，一起来看看吧~ ? Desktop\pmid-NGSTitleAb-set.txt 翻译一下几个关键的参数 -min, --min-factor FLOAT（设置最小影响因子） -l, --limit INTEGER（设置输出文献数量 pubmed.xlsx） -c, --cache（输出缓存文件） advance-search** pypubmed advance-search 这项搜索中会出现一问一答的交互，例如下图，但是作者并不建议在文献数量过多的时候使用该方法
84640发布于 2021-03-23 文献分享-----10X Visium HD & Stereo-seq图像分割（nature文献）
作者，Evil Genius今日我们分享文献，先看看正文部分，代码后续更新补充大家看到没，这些核心的算法都有中国人的参与。知识积累空间转录组学的一个开放性问题是单细胞水平上的信息推断。
42510编辑于 2024-12-12- 来自专栏量化小白上分记
文献分享(二)：深究低BETA异象
这周认真写一篇 上周的Quantocracy里面有一篇感觉挺有意思，A Deep Dive into the Low Beta Premium ，文章链接可以去翻翻上周的推文，里面介绍了许多关于beta的文献及研究结论 ，以后有空可以找找看 1970年代，菲舍尔·布莱克（Fischer Black）等人首次在文献中记录了低波动率股票的优异表现——甚至在规模和价值溢价被“发现”之前，低波动异常现象已被证明存在于世界各地的股市中 2018年，Time-Varying Leverage Demand and Predictability of Betting-Against-Beta这篇文献得到了类似的结论，过去高/低市场收益，BAB
96720编辑于 2023-03-19 - 来自专栏人人都是数据分析师
因果推断文献解析|A Survey on Causal Inference(6)
对于作者介绍的基于前文三个假设下的七个因果推断方法： (1) 权重更新方法；(2) 分层方法；(3) 匹配方法；(4) 基于树的方法；(5) 基于表示学习的方法；(6) 多任务学习方法；(7) 元学习方法 本文我们来学习基于树的方法；首先附上上一篇链接： 因果推断文献解析|A Survey on Causal Inference(5) 论文原文点击文末【阅读原文】即可查看。 为了评估因果效应，原参考文献[9]提供了一种基于CART的数据驱动方法，该方法将数据划分为策略效果不同的子群。 在原参考文献[28][29]中提出了一种称为贝叶斯加性回归树(BART)的模型。BART模型中的每棵树都是弱学习器，并且受到正则化先验的约束。该模型可以通过贝叶斯后验公式和MCMC模拟进行学习训练。 这里的相关控制变量含义比较模糊，感兴趣的可以回到原参考文献[48]进行了解。
1.9K51发布于 2021-05-13 2024空间转录组分析方向和文献分享
由此可以获得肿瘤组织空间微生物分布信息 方向三、空间邻域方向 10X空间转录组之构建邻域通讯网络 空间组学邻域分析方法更新之BANKSY 空转数据分析之细胞“社区” 10X空间转录组数据分析之细胞单元 空间转录组的几个分析要点及经典文献分享 6、空间位置上细胞之间的手拉手关系也受到各种调节，相互作用后改变自身的形态，在研究区域的细胞差异的时候，手拉手的关系尤其重要。
70320编辑于 2024-03-21- 来自专栏生信技能树
Github带有全套代码分享的文献复现2025
我们生信技能树在前面给大家整理过大量的带有全套代码在 github 上分享的文献，还有一个专门的共享表格：自带图表复现代码及数据集的单细胞及多组学文章-V1 https://docs.qq.com/sheet 我们秉承着一切分享学习的态度，即将开启2025年的新专辑《Github带有全套代码分享的文献复现2025》，我们以学习文献中的思路，代码技巧为主，带领大家攻破一篇篇文献，将其运行到自己的科研课题中。 下面第一篇学习的文章非常好，作者的数据，代码整理的非常详细见以前的分享： 代码分享|| 见过将代码整理成wiki资源的吗？这是篇极好的学习单细胞与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！ 文献信息再次提供： 标题：A multi-omic single-cell landscape of human gynecologic malignancies 发表时间：2021年 12月发表在 Mol ，代码，提前熟悉文献内容！
1.2K01编辑于 2025-02-10 - 来自专栏生命科学
MG-132 顶刊引用文献分享｜MCE
MG-132 (10-40 μM;24小时) 以时间依赖性和浓度依赖性方式显著降低 C6 神经胶质瘤细胞的活力，并显示 IC50 在 24 小时时为 18.5 μM[6]。 文献验证Cancer Cell. 2023 Jun 12;41(6):1073-1090.e12.Representative immunoblot for total p65 and β-ACTIN (3):814-831.e21.MG132 (42 μM; 12 h) almost completely blocks mouse embryonic development.MG-132 顶刊引用文献精选 文献标题ZDHHC20 mediated S -palmitoylation of fatty acid synthase (FASN) promotes hepatocarcinogenesis摘要背景 参考文献[1].
41910编辑于 2025-08-14 - 来自专栏空间转录组数据分析
空间转录组的几个分析要点及经典文献分享
图片 6、空间通讯 细胞通讯（cell communication）是指细胞接收、处理和传递环境/自身信号的能力，它是每个生物体（如细菌、植物和动物）中所有细胞的基本属性。 我们再来几篇文献 1、空间推动对肿瘤亚结构的认知 人类肿瘤图谱网络（HTAN）计划有一个远大的目标：“构建人类癌症的三维图谱，反映从癌前病变发展到晚期疾病的动态的细胞、形态和分子特征。”
3.1K31编辑于 2023-02-13 - 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】72 scRNAseq-TNBC-6-patients
中文标题：在TNBC中通过单细胞RNA-seq说明亚克隆异质性和侵略性 期刊：《Nat Commun》 影响因子: 14.910 发表时间: 2018 Sep 4 研究领域：单细胞 01 文献概述 Shared malignant subpopulations reflect diverse phenotypes 去除肿瘤细胞中患者聚类 通过线性回归去除了病人效应，6个病人的肿瘤细胞可以分成五个细胞簇 6.
58130发布于 2021-10-12 - 来自专栏Python七号
分享 6 个实用的轮子
最近看到几个非常实用的 Python 库，它们太优秀了，让我忍不住分享，我相信在今后的编程之路上，你有很大的概率会使用它们，请先看一下，在大脑中先留下印象，方便以后拿来使用。 github.com/tiangolo/fastapi 其他 Python 的 web 框架： 1、Django 2、Django rest framework 3、Flask 4、Tornado 5、Bottle 6、 ] 3841532 / 3841532> >> filename 'razorback.mp3' 官网：https://bitbucket.org/techtonik/python-wget/src 6、 00:00:00:00:00 inet addr:192.168.1.100 Bcast:192.168.1.255 Mask:255.255.255.0 inet6
65220发布于 2020-11-25 - 来自专栏王磊的博客
es6新特性分享
1、字符串查找 es5使用是indexOf() 返回字符第一次出现的位置int值 es6新增了3个方法：includes()/startsWith()/endWith()返回bool值 includes 如果参数为正数，返回 +1；参数为负数，返回 -1；参数为 0，返回 0；参数为 NaN，返回 NaN 3、数组扩展 ES6 提供三个新的方法——entries()，keys() 和 values()—
69190发布于 2018-05-08 文献分享--口腔黏膜免疫受独特的空间结构调控
作者，Evil Genius今天我们分享文献知识积累屏障组织（如皮肤、胃肠道和呼吸道）持续暴露于外界环境中。 上皮主动调控TAE组成性表达中性粒细胞趋化因子（CXCL1/2/6），主动招募中性粒细胞。表层TAE特异性高表达IL1A、IL36G等促炎细胞因子。 结果6、牙周炎中三级淋巴结构的形成在牙周炎的T细胞区室中，我们鉴定出与三级淋巴结构相关的细胞类型，包括：滤泡辅助性T细胞（CD4⁺ TFH；特征：PRDM1⁻、BCL6⁺、CXCR5⁺、CD200⁺）滤泡调节性
17420编辑于 2026-02-21- 来自专栏生信菜鸟团
每周文献分享第一季完结撒花暨第65期分享
今天，2020年6月20日，我们的每周文献分享已经陪大家度过了65周，或者，至少陪生信菜鸟团文献分享小组的几位成员真真切切的走过了65个周末。 在每周文献分享第一季结束之际，我们要特别感谢如下几位成员。 六六从文献分享的中后期开始，肩负起每周文档发布、排版以及公众号推送的任务。 lakeseefly目前在澳洲读博，从第一期文献分享至今，他的文献分享数量应该可以排进前三名，而且在大家有事的时候，都是他顶上保证正常推送。 冰糖、大吉、鲍志炜和Sunshine是最早参与到每周文献分享的几位作者，如果没有他们一开始的加入就不会有每周文献分享这个项目。 每周文献分享项目发起人 思考问题的熊 2020年6月20日 语雀知识库地址（点击阅读原文亦可） https://www.yuque.com/biotrainee/weeklypaper ---- 供稿人
68740发布于 2020-06-24 文献分享--大B细胞淋巴瘤微环境archetype profiles
作者，Evil Genius今天我们分享文献，大家多多学习，早日发文章。知识积累大B细胞淋巴瘤（LBCL）是临床和生物学异质性淋巴恶性肿瘤，具有复杂的微环境，是疾病病因学的核心。 结果6、LymphoMAPs的临床与分子特征关联在认识到原型之间肿瘤生物学的显著差异后，接下来评估了与临床特征和先前描述的LBCL分子亚型的相关性。
27610编辑于 2025-06-22- 来自专栏iSharkFly
Confluence 6 分享一个文件
分享一个文件 在一个页面中你可能有很多文件，但是你只希望你的项目小组成员只针对其中的一个文件提供反馈。你可以简单的对需要反馈的文件分享到你的项目小组中。 与分享页面的方法相同： 单击缩略图或者链接来对文件进行预览。 选择 分享（Share）按钮。 输入一个邮件地址，用户名或者用户组名，然后添加你的消息后单击发送。 你的项目组成员将会获得你的邮件和你的消息，以及分享文件的链接来查看分享的文件。 分享的通知只会通过邮件进行发送，这个通知不会显示在 工作盒（workbox） ? 中。 https://www.cwiki.us/display/CONF6ZH/Share+and+Comment+on+Files (adsbygoogle = window.adsbygoogle
51110发布于 2019-08-27 - 来自专栏iSharkFly
Confluence 6 分享一个文件
分享一个文件 在一个页面中你可能有很多文件，但是你只希望你的项目小组成员只针对其中的一个文件提供反馈。你可以简单的对需要反馈的文件分享到你的项目小组中。 与分享页面的方法相同： 单击缩略图或者链接来对文件进行预览。 选择 分享（Share）按钮。 输入一个邮件地址，用户名或者用户组名，然后添加你的消息后单击发送。 你的项目组成员将会获得你的邮件和你的消息，以及分享文件的链接来查看分享的文件。 分享的通知只会通过邮件进行发送，这个通知不会显示在 工作盒（workbox） 中。 https://www.cwiki.us/display/CONF6ZH/Share+and+Comment+on+Files
50430发布于 2019-08-27 - 来自专栏量化小白上分记
文献分享(一)：你的风险模型能预测你的风险吗？
新开一个文献分享系列。今天分享一篇UBS的研报，获取原文后台回复“paper1”。 按照报告的顺序来写吧。 01 Summary 开篇三个要点 风险模型非常重要。
87510编辑于 2023-04-03 - 来自专栏AI算法与图像处理
沐神（李沐）分享如何快速阅读和整理文献的技巧
本文整理自 B 站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1nA41157y4 由李沐大神分享关于如何快速阅读和整理文献的相关经验。 本文的主要内容包括： 1、读文献的目的 2、整理论文的技巧和工具 3、工具相关的教程 这里我做了相关的总结和规划，并收集了一些相关工具的教程。 以后看到一些优质的内容，我也会努力分享给大家，无论大家是在科研或者工作中，希望都能有所收获。 ? （未分享出来） 小技巧： 有时候一个领域里面的重要论文比较多的时候，我也会去画一个图，把比较重要的论文之间相互联系起来 ? 三、工具的整理和相关的入门教程 上面的内容就是李沐大神的分享，下面是我针对视频中提到的一些工具，进行相应的整理。
1.4K30发布于 2021-05-10
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